New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 4012917 = | 30 (1.450) | 4 (0.200) | 4/256 | NT | 12.3% | intergenic (‑101/‑136) | metR/metE | DNA‑binding transcriptional dual regulator MetR/cobalamin‑independent homocysteine transmethylase |
? | NC_000913 | 4013018 = | 28 (1.400) | intergenic (‑202/‑35) | metR/metE | DNA‑binding transcriptional dual regulator MetR/cobalamin‑independent homocysteine transmethylase |
CCGCAACGCTTGTAGCGTTTTCAGGTGTTTTACTTCGATCATGAAAGTCCTTCACTTCGGCATGAATAATTTGCGCTTGAGGAATATACAGTAACCGCCAATTATGGATGTGTAAACATCTGGACGGCTAAAATCCTTCGTCTTTTAAATTTATGGTGCGTTGGCTGCGTTTCTCCACCCCGGTCACTTACTTCAGTAAGCTCCCGGGGATGAATAAACTTGCCGCCTTCCCTAAATTCAAAATCCATAGGATTTACATATAATTAGAGGAAGAAAAAATG > NC_000913/4012775‑4013055 | agttcttcacgcgtggagttccccgcccaataactttcttgcgcttttttcagctcgcgacgcaggccaacgcgagggaaaccgagggtgtgattcaatattgtcattttttcttcctctaattatatgtaaatcctatggat > 2:216871‑M1/143‑143 (MQ=255) gaaaCTCTTGTAGCTTTTTCATGTGTTTTACTTTGATCATTACAGTCCTTCACTTCGGCATGAATAATTTGCGATTGAGGAATATACAGTAACCGCCAATTATGGATGTGTAAACATCTGGACGGCTAAAATCCTTCGTCttt < 1:279399/141‑1 (MQ=255) gCAACGCTTGTTGCTTTTTCTGGTGTTTTACTTCGATCATGAAAGTCCTTCACTTCGGCATGAATAATTTGCGCTTGAGGAATATACAGTAACCGCCAATTATGGATGTGTAAACATCTGGACGGCTAAAATCCTTCGTCttt < 1:280041/143‑1 (MQ=255) gCAACGCTTGTAGCGTTTTCAGGTGTTTTACTTCGATCATGAAAGTCCTTCACTTCGGCATGAATAATTTGCGCTTGAGGAATATACAGTAACCGCCAATTATGGGTGTGTAAACATCTGGACGGCTAAAGTCCTTCGTCttg > 1:22559/1‑142 (MQ=255) aaCGCTTGTAGCGTTTTCAGGTGTTTTACTTCGATCATGAAAGTCCGTCACTTCGGCATGAATAATTTGCGCTTGAGGAATATACAGTAACCGCCAATTATGGATGTGTAAACATCTGGACGGCTAAAATCCTTCGTCTTTTa < 2:216180/143‑1 (MQ=255) ttcacgcgtggagttccccgcccaataactttcttgcgcttttttcagctcgcgacgcaggccaacgcgagggaaaccgagggtgtgattcaatattgtcattttttcttcctctcattatatgtaaatcctatggatcttgc < 2:150754‑M1/6‑6 (MQ=255) gCTGGTAGCGTTTGCAGGTGTTTTACTTCGATCATGAAAGTCCTTCACTTCGGCATGAATAATTTGCGCTTGAGGAATATACAGTAACCGCCAATTATGGATGTGTAAACATCTGGACGGCTAAAATCCTTCGTCTTTTAAAt < 1:99270/143‑1 (MQ=255) gCGTTTTCAGGTGTTTTACTTCGATCATGAAAGTCCTTCACTGCGGCATGAATAATTTGCGCTTGAGGAATATACAGTAACCGCCAATTATGGATGTGTAAACATCTGGACGGCTAAAATCCTTCGTCTTTTAAATTTATGGt < 1:268868/143‑1 (MQ=255) aGGTGTTTTACTTCGATCATGAAAGTCCTTCACTTCGGCATGAATAATTTGCGCTTGAGGAATATACAGTAACCGCCAATTATGGATGTGTAAACATCTGGACGGCTAAAATCCTTCGTCTTTTAACTTTATGGTGCGTTGGc > 2:115363/1‑143 (MQ=255) aGGTGTTTTACTTCGATCATGAAAGTCCTTCACTTCGGAATGAATACTTTGCGCTTGAGGAATATACACTAACCGCCAATTATGGATGTGTAAACATCTCGCCGGCTAAAATCCTTCGCTCTTTAAATTTAAGTTTCGTTGGc > 2:370803/1‑143 (MQ=255) cgtCGATCATGAAAGTCCTTGACTTCGGCATGAATAATTTGCGCGTGAGGAATATACAGTAACCGCCAATTATGGATGTGTAAACATCTGGACGGCTAAAATCCTTCGTCTTTTAAATTTATGGTGCGTTGGCTGCGTTtctc < 1:26194/141‑1 (MQ=255) cTTCGATCATGAAAGTCCTTCACTTCGGCATGAATAATTTGCGCTTGAGGAATATACAGTAACCGCCAATTATGGATGTGTAAACATCTGGACGGCTAAAATCCTTCGTCTTTTAAATTTATGGTGCGTTGGCTGCGTTtctc < 1:295456/143‑1 (MQ=255) ttCGATCATGAAAGTCCTTCACTTCGGCATGAATAATTTGCGCTTGAGGAATATACAGTAACCGCCAATTATGGATGTGTAAACATCTGGAAGGCTAAAATCCTTCGTCTTTTAAATTGATGGGGAGTTGGCTGCGTTtcgtc > 2:217041/1‑140 (MQ=255) aTGAAAGTCCTTCACTTCGGCATGAATAATTTGCGCTTGAGGAATATACAGTAACCGCCAATTATGGATGTGTAAACATCTGGACGGCTAAAATCCTTCGTCTTTTAAATTTATGGTGCGTTGGCTGCGTTTCTCCACCCCgg > 1:254357/1‑143 (MQ=255) gAAAGTCCTTCACTTCGGCATGAATAATTTGCGCTTGAGGAATATACAGTAACCGCCAATTATGGATGTGTAAACATCTGGACGGCTAAAATCCTTCGTCTTTTAAATTTATGGTGCGTTGGATGCGTTTCTCCACCCCGGTc > 1:246050/1‑143 (MQ=255) agaGTCCTTCACTTCCGCATGAAGAATTTGCGCTTGAGGAATATACAGTATCCGCCAATTATGGATGTGTAAACATCTGGACGGCTAAAATCCTTCGTCTTTTAAATTTATGGTGCGTTGTCTGCGTTTCTCCACCCCGTTCa < 2:33127/141‑1 (MQ=255) aCTTCGGCATGAATAATTTGCGCTTGAGGAATATACAGGAACCGCCAATTATGGATGTGTAAACATCTGGACGGCTAAAATCCTTCGTCTTTTAAATTTATGGTGCGTTGGCTGCGTTTCTCCACCCCGGTCACTTACTTCAg < 2:212811/143‑1 (MQ=255) cATGAATAATTTGCGCTTGAGGAATATACAGTAACCGCCAATTATGGATGTGTAAACATCTGGACGGCTAAAATCCTTCGTCTTTTAAATTTATGGTGCGTTGGCTGCGTTTCTCCACCCCGGTCACTTACTTCAGTAAGCTc < 2:316/143‑1 (MQ=255) acgAATCATTTGCGCTTGACGAATCTACAGTACCCGCCAACTATGGATGTGTACACATCTGGACGGCTAAACTCCTCCGTCTTTTACATTTATGGTGCGTTGGCTGCGTTTCTCCACCCCGGTCACTTACTTCAGTAAGCTcc < 1:626/141‑1 (MQ=255) gAATAATTTGCGCTTGAGGAATATACAGTAACCGCCAATTATGGATGTGTAAACATCTGGACGGCTAACAGCCTTCGTCTTTTAAATTTATGGTGCGTTGGCTGCGTTTCTCCACACAGGTCACTTCATTCATTAAGCtgcac > 2:184870/1‑139 (MQ=255) gccaacgcgagggaaaccgagggtgtgattcaatattgtcattttttcttcctctaattatatgtaaatcctatggaTTTTAAATTTATGGTGNGTTGGCTGCGTTTCTCCACCCCGGTCACTTACTTCAGTAAGCTCCCggg < 1:235799‑M1/66‑1 (MQ=255) taatTTGCGCTTGAGGAATATACAGTAACCGCCAATTATGGATGTGTAAACATCTGGACGGCTAAAATCCTTCGTCTTTTAAATTTATGGTGCGTTGGCTGCGTTTCTCCACCCCGGTCACTTACTTCAGTAAGCTCCCgggg > 1:196044/1‑143 (MQ=255) tttGCGCTTGAGGAATATACAGTAACCGCCAATTATGGATGTGTAAACATCTGGACGGCTAAAATCCTTCGTCTTTTAAATTTATGGTGCGTTGGCTGCGTTTCTCCACCCCGGTCACTTACTTCAGTAAGCTCCCGGGGATg > 1:382119/1‑143 (MQ=255) gcTTGAGGAATATACAGTTACCGCTTATTATGTATGTGTAAACATCTGGACGGCTAAACTCCTTCGTCTTTTAAAGTTATGGTGCGTTGGCTGCGTTTCTCCACCCCGGTCACTTACTTCAGTAAGCTCCCGGGGATGAATaa < 1:148369/143‑1 (MQ=255) cTTGAGGAATATACAGTAACCGCCAATTATGGATGTGTAAACATCTGGACGGCTAAAATCCTTCGTCTTTTAAATTTATGGTGCGTTGGCTGCGTTTCTCCACCCCGGTCACTTACTTCAGTAAGCTCCCGGGGATGAAGaaa > 1:224052/1‑143 (MQ=255) aGGAATATACAGTAACCGCCACTTATGGATGTGTAAACATCTGGACGGCTAAAATCCTTCGTCTCTTAACTTTATGGTGCGTTGGCTGCGTTTCTCCACCCCGGTCACTTACTTCAGTAAGCTCCCGGGGATGAATAAACTTg < 2:25565/143‑1 (MQ=255) gAATATACAGTAACCGCCAATTATGGATGTGTAAACATCTGGACGGCTCACATCCTTCGTCTTTTAAATTTATGGTGCGTTGGCTGAGTTTCTCCACCCCGGTCACTTACTTCAGTAAGCTCCCGGGGCTGAATAACCTTgcc > 2:259428/1‑143 (MQ=255) ataCAGTAACCGCCAATTATGGATGTGTAAACATCTGGACGGCTAAAATCCTTCGTCTTTTAAATTTATGGTGCGTTGGCTGCGTTTCTCCACCCCGGTCACTTACTTCAGTAAGCTCCCGGGGATGAATAAACTTGCCGCCt < 1:257799/143‑1 (MQ=255) attcagtattgtcattttttcttcctctaattctatgtccttcctacggaTGTTAAATTTATGGTGCGTTGGCTGCGTTTCTCCACCCCGGTCACTTACTTCAGTAAGCTCCCGGGGATGAATAAACTTGCCGCCTTCCCTaa > 2:235799‑M1/51‑143 (MQ=255) gCCAATTATGGATGTGTAAACATCTGGACGGCTAAAATCCTTCGTCTTTTAAATTTATGGTGCGTTGGCTGCGTTTCTCCACCCCGGTCACTTACTTCAGTAAGCTCCCGGGGATGAATAAACTTGCCGCCTTCCCTAAATTc < 1:73915/143‑1 (MQ=255) tattgtcatttgttcttcctctaattatatgtaaatccttcgtcTTTTAAATTTATGGTGCGTTGGCTGCGTTTCTCCACCCCGGTCACTTACTTCAGTAAGCTCCCGGGGATGAATAAACTTGCCGCCTTCCCTAAATTCaa > 1:17325‑M1/45‑143 (MQ=255) aaTTATGGATGTGTAAACATCTGGACGGCTAAAATCCTTCGTCTTTTAAATTTATGGTGCGTTGGCTGCGTTTCTCCACCCCGGTCACTTACTTCAGTAAGCTCCCGGGGATGAATAAACTTGCCGCCTTCCCTAAATTCaaa < 1:2205/143‑1 (MQ=255) aTGGATGTGTAAACATCTGGACGGCTAAAATCCTTCGTCTTTTAAATTTATGGTGCGTTGGCTGCGTTTCTCCACCCCGGTCACTTACTTCAGTAAGCTCCCGGGGATGAATAAACTTGCCGCCTTCCCTAAATTCAAAATcc < 2:74732/143‑1 (MQ=255) ttttttgttcctctaattatatgtaaatccttcgtcTTTTAAATTTATGGTGCGTTGGCTGCGTTTCTCCACCTCGGTCACTTACTTCAGTAAGCTCCCGGGGATGAATAAACTTGCCGCCTTCCCTAAATTCAAAATCCATa > 2:14357‑M1/37‑143 (MQ=255) gtAAACATCTGGACGGCTAAAATCCTTCGTCTTTTAAATTTATGGTGCGTTGGCTGCGTTTCTCCACCCCGGTCCCTTACTTCAGTAAGCTCCCGGGGATGACTAAACTTCCCGCCTTCCCTAAATTCACAATACGTAGGttt > 1:120195/1‑143 (MQ=255) tAAACATCTGGACGGCTAAAATCCTTCGTCTTTTAAATTTATGGTGCGTTGGCTGCGTTTCTCCACCCCGGTCACTTACTTCAGTAAGCTCCCGGGGATGAATAAACTTGCCGCCTTCCCTAAATTCAAAATCCATAGGAttt > 2:312033/1‑143 (MQ=255) tGGACGGCTAAAATCCTTCGTCTTGTAAAGTTATGGTGCGTTGGCTGCGTTTCTCCACCCCGGTCACTTACTTCAGTAAGCTCCCGGGGATGAATAAACTTGCCGCCTTCCCTAAATTCAAAATCCATAGGATTTACATATaa < 2:54610/143‑1 (MQ=255) ggACGGCTAAAATCCTTCGTCTTTTAAATTTATGGTGCGTTGGCTGCGTTTCTCCACCCCGGTCACTTACTTCAGTAAGCTCCCGGGGATGAATAAACTTGCCGCCTTCCCTAAATTCAAAATCGATAGGATGTACATATAAt > 2:266489/1‑143 (MQ=255) aaTCCTTCGTCTTTTAAATTTATGGTGCGTTGGCTGCGTTTCTCCACCCCGGTCACTTACTTCAGTAAGCTCCCGGGGATGAATAAACTTGCCGCCTTCCCTAAATTCAAAATCCATAGGATTTACATATAATTAGAGgaaga > 1:128024/1‑143 (MQ=255) ttCGTCTTTTAAATTTATGGTGCGTTGGCTGCGTTTCTCCACCCCGGTCACTTACTTCAGTAAGCTCCCGGGGATGAATAAACTTGCCGCCTTCCCTAAATTCAAAATCCATAGGATTTACATATAATTAGAGGAAGaaaaaa < 1:257062/143‑1 (MQ=255) cGTCTTTTAAATTTATGGTGCGTTGGCTGCGTTTCTCCACCCCGGTCACTTACTTCAGTAAGCTCCCGGGGATGAATAAACTTGCCGCCTTCCCTAAATTCAAAATCCATAGGATTTACATATAATTAGAGGTAGAAAAAATg < 1:353181/143‑1 (MQ=255) | CCGCAACGCTTGTAGCGTTTTCAGGTGTTTTACTTCGATCATGAAAGTCCTTCACTTCGGCATGAATAATTTGCGCTTGAGGAATATACAGTAACCGCCAATTATGGATGTGTAAACATCTGGACGGCTAAAATCCTTCGTCTTTTAAATTTATGGTGCGTTGGCTGCGTTTCTCCACCCCGGTCACTTACTTCAGTAAGCTCCCGGGGATGAATAAACTTGCCGCCTTCCCTAAATTCAAAATCCATAGGATTTACATATAATTAGAGGAAGAAAAAATG > NC_000913/4012775‑4013055 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |