New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 1299498 | 2 (0.040) | 13 (0.240) | 11/256 | NT | 93.1% | intergenic (+253/‑33) | ychE/insH21 | putative inner membrane protein/IS5 transposase and trans‑activator |
? | NC_000913 | 1300698 = | 0 (0.000) | intergenic (+151/‑484) | insH21/oppA | IS5 transposase and trans‑activator/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
AATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGTTCATCATGAGTCATCAACTTACCTTCGCCGACAGT‑GAATTCAGCAGTAAGCGCCGTCAGACCAGAAAAGAGATTT > NC_000913/1299357‑1299636 | aaTTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTAACCATCATGTTATTTTCGACAAATCATAATCCTGGGCTTCATGAAGAATAATTGAAATGATATTAATAATTCCACTGCCTTTGTAAGATGCAAGTGCTAAa > 2:96841‑M1/1‑142 (MQ=255) tCCTTAACTGCTCCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATGCTACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattatt < 1:1053027‑M1/143‑25 (MQ=255) cTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTGTTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgt > 2:512100‑M1/1‑117 (MQ=255) tGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGACTCATTGACATGATATTATTAATTGAACGGCCTTTGGTATAGGAAAGTGCTAAatattaatcaattgttaaattattgtgcattt > 2:958061‑M1/1‑111 (MQ=255) atcatGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactg < 2:984028‑M1/143‑47 (MQ=255) ggCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaat < 2:936814‑M1/143‑78 (MQ=255) ggCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaat < 1:379728‑M1/143‑78 (MQ=255) tGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaaatgtaatcagaaaagatagacatccttagccaatctctaat > 2:766806‑M1/1‑59 (MQ=255) attattAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtt < 1:443945‑M1/143‑105 (MQ=255) aactccaCTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaa < 1:18654‑M1/140‑111 (MQ=255) aaTTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaa > 1:1006424‑M1/1‑33 (MQ=255) aaTTCCACTGCCTGTGGTAGAGGAAAGTGTTAAataataatcaattgttaaatgattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaa < 2:838788‑M1/143‑111 (MQ=255) tttGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcagggatgca > 1:406570‑M1/1‑21 (MQ=255) tAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaagggtggacgtgcacagccaaccgctatttgctggaatggaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagcta > 1:511954‑M1/1‑16 (MQ=255) ttcgTGCGAAGGACGGTGGGAACAAGCCCCGGATATGAGCTCATGTTTGTCATCTGCAGCCATAGAACAGGGTTCATCATGAGTCATCAACTTACCTTCGCCGACAGT‑GAATTCAGCAGTAAGCGCCGTCAGACCAGAAAtga < 2:1060152/140‑1 (MQ=11) tGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGTTCATCATGAGTCATCAACTTACCTTCGCCGAAAGTATAATTGAACTG‑AAGCGCCGTCAGACCGGAAAagagctg > 1:749389/1‑140 (MQ=11) cTAAgtaagaattaattgttaaattattgtgtatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaatttaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagctatagattctgata < 2:495666‑M1/143‑140 (MQ=255) | AATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGTTCATCATGAGTCATCAACTTACCTTCGCCGACAGT‑GAATTCAGCAGTAAGCGCCGTCAGACCAGAAAAGAGATTT > NC_000913/1299357‑1299636 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |