New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 958761 = | 42 (0.890) | 3 (0.070) | 3/248 | NT | 7.6% | intergenic (+20/‑51) | serC/aroA | phosphoserine/phosphohydroxythreonine aminotransferase/3‑phosphoshikimate 1‑carboxyvinyltransferase |
? | NC_000913 | 958782 = | 34 (0.770) | intergenic (+41/‑30) | serC/aroA | phosphoserine/phosphohydroxythreonine aminotransferase/3‑phosphoshikimate 1‑carboxyvinyltransferase |
TGCACTGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGC > NC_000913/958621‑958902 | tGCACTGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATccc > 1:554706/1‑143 (MQ=255) ccgtgtgctcatgccgcgagcaataaagcgcggttagaaacgctcttggaaccgggcagattaatagtgccatcgacacgagcgatgggttgtaacgtcagggattccatgaactcaactctctacaacagaaataaaaaccc > 2:590899‑M1/141‑143 (MQ=255) gtaCTGAAAGGGTATCGTGTTGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCGATGCCGCTGGAAGGCGTCAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCAAAGTTAACACCGAAATTTTGCTTAATcccc < 2:336032/141‑1 (MQ=255) gCACTGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTACTGCCGAAATTTTGCTTCATcccc > 1:721594/1‑143 (MQ=255) gCACTGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCAGCACGGTTAATGCCGAAATATTGATTTATctca > 2:364022/1‑140 (MQ=255) gCACTGAAAGGTCACAGTGTGGTCGGCGGAATGCTCGCTACTAATTATAACGCCATGCCGCTGAAAGGCGTTGAAGCGCTGACCGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCGCGCTGAATGCCGCAATTTTTCTTTATcccc > 2:793574/1‑143 (MQ=255) cgtgtgctaatgccgccagcaataaagcgcggttagaaacgctcttggaaccgggcagattaatagtgccatcgacacgagcgatgggttgtaacgtcagggcttccatgaactcaactctctacaacagaaataaaaacccc < 1:860470‑M1/4‑1 (MQ=255) tgtgctaatgccgccagcaataaagcgcggttagaaacgctcttggaaccgggcagattactagtgccatcgacacgcgcgatgggttgtaccgtcagggatcccatgaacccaactctcttcaacagacataaaacccccca < 2:370434‑M1/6‑3 (MQ=255) tgtgctaatgccgccagcaataaagcgcggttagaaacgctcttggaaccgggcagattaatagtgccatcgacacgagcgatgggttgtaacgtcagggattccatgaactcaactctctacaacagaaataaaaaCCCcac > 1:481610‑M1/138‑143 (MQ=255) gtgctaatgccgccagcaataaagcgcggttagaaacgctcttggaaccgggcagattaatagtgccatcgacacgagcgatgggttgtaacgtcagggattccatgaactcaactctctacaacagaaataaaaaCCCcaca < 2:359165‑M1/7‑1 (MQ=255) aaaGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGCAGTTTTGCTTAATCCCCAcagcc > 2:736650/1‑143 (MQ=255) aGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCAcagccag > 1:332908/1‑143 (MQ=255) tCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCt > 1:502896/1‑143 (MQ=255) ccGTGTGGTCGGCGGAATGCGCTCTGCGATTTATAACGCCATGCCGCTGGGATGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCtgtg < 2:666237/143‑1 (MQ=255) ccGGGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGCGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCtgtg < 2:639939/143‑1 (MQ=255) gtttgGGCGGCGGAATGCGCTCTTCTAGTGATAGCGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTGACGCGCTGACAGACTTCGTGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGGCTGGCTGTggg < 2:507472/140‑1 (MQ=255) gtgtGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCG‑AATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTgggg < 1:443365/143‑1 (MQ=255) cgcaataaagcgcggttagaaacgctcttggacccgggcagattaatagtgccatcgacacgagcgatgggttgtaacgtcagggattccatgaactcaactctctacaacagaaataaaaaCCCCACAGCCAGCCTGTgggg > 1:418429‑M1/123‑143 (MQ=255) tgGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGtt < 1:375865/143‑1 (MQ=255) tgGGCGGCGGAATGCGCGCTGCTATGTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACGTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGtt < 1:895835/143‑1 (MQ=255) gTCGGCTGAGTGGGCGCGTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGtttt < 1:208795/143‑1 (MQ=255) cggcgtAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTa < 1:457676/143‑1 (MQ=255) gcggAATGCGCGTTGCGATTTATAACGCCGTGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTAtt < 2:13351/143‑1 (MQ=255) aTGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCtgt < 1:28077/143‑1 (MQ=255) aTGCGCGCTGCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCAGGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCtgt < 2:511608/143‑1 (MQ=255) gcgcTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGCTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCCGTGGGGCTTTTCTTTCTGTTGTa > 1:606824/1‑143 (MQ=255) tCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTagagag > 1:782082/1‑143 (MQ=255) tCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGAGGGGTTTTTATTTCTGTTGTagagcg > 1:107484/1‑141 (MQ=255) tCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAACGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGCTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCCCAGCCAGCCTGTGGGGGCCTTATCTCTACTGTagagag > 2:501966/1‑143 (MQ=255) tATTTATCACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAgagtt < 1:215862/143‑1 (MQ=255) aTTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTGGAgagttg > 1:503831/1‑143 (MQ=255) aCGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCAt > 1:488414/1‑143 (MQ=255) cGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATg < 1:461890/143‑1 (MQ=255) tGCCGCTGGACGGCGTTAAAGCGCTGACAGACCTCATGGCTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATc < 1:651819/143‑1 (MQ=255) gCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAAGGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGCTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTCGAGTTCATGGAATcc > 2:424920/1‑143 (MQ=255) cGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTACATGGTTGAGTTTGAGGGCCGTCACGGGTAATGCCGAAAGTTTGCTTGATGCCCACAGCCAGCCTGTGGGGGTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATcctg > 2:332696/1‑141 (MQ=255) gCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCAAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCCGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGGTGGCGATAGTTGGGTGCATGGCATCCGTg > 1:236197/1‑143 (MQ=255) taatagtgccatcgacacgagcgatgggttgtaacgtcagggattccatgaactcaactctctacaacagaaataaaaaCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGa > 1:457111‑M1/80‑143 (MQ=255) cTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGa < 1:453465/143‑1 (MQ=255) ggAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACg < 2:220403/143‑1 (MQ=255) agccGTTCAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTa < 1:444258/140‑1 (MQ=255) aGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCCCGGTTCATGCCGACCTTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTATTACTTACCAGAGGAGATGGTTGTGTTTAGGAAACCCCTGACGTTACAACCAATc > 1:347701/1‑143 (MQ=255) gcgcTTACAGAGTCCATGGGTGTGTGCGAACGCCGTCACGGGTAGTGCGGGAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCg < 2:612925/143‑1 (MQ=255) cTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGAt < 1:594576/143‑1 (MQ=255) gTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAAt > 1:837721/1‑143 (MQ=255) ttCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGATTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGCGTTCATGGAATCACTGACGTTACACCCCATCGCTCGTGTCGCTGGCACTAttcctc > 1:253750/1‑139 (MQ=255) cGAGCGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAGTCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTGCAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTg < 2:177942/143‑1 (MQ=255) gCCGTCACGGTTAATGCCCAAAGTTTGTTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCgg < 1:632768/143‑1 (MQ=255) catgaactcaactctctacaacagaaataaaaaCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTGTGTTGGAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTCATCTGCCCgg < 1:845620‑M1/110‑1 (MQ=255) cACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTCGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTCATCTGCCCGGTTCCa < 1:262794/143‑1 (MQ=255) tGCCGAAATTTTGCTGAATCCCCACGGCCACGCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCATTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGttt < 2:86113/143‑1 (MQ=255) ccGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTCTTTATTTCTGTTGTGGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGGGGTTCt > 1:379126/1‑143 (MQ=255) ccGAAATGTTGCTTAATCCCCAGAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCt < 1:750748/143‑1 (MQ=255) gAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTaa > 1:291247/1‑143 (MQ=255) gCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACCATTAAACTGCCCGGTTCCAAGACCGTTCCTAACCGCGCtt > 2:612161/1‑143 (MQ=255) ttAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGCGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGATTACAAGAGAGTCTCTAACCCCGCtttc > 2:802941/1‑142 (MQ=255) tCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGCGTCGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACCACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAAGGAATCTCACCGCGCTTTATTGc > 2:609719/1‑143 (MQ=255) | TGCACTGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGC > NC_000913/958621‑958902 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |