| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3944978 | NA (NA) | 4 (0.090) | 3/252 | NT | 15.4% | noncoding (1275/2904 nt) | rrlC | 23S ribosomal RNA |
| ? | NC_000913 | = 4038811 | 23 (0.490) | noncoding (1293/2905 nt) | rrlA | 23S ribosomal RNA | |||||
ACCGAAGCTGCGGCAGCGACACTATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACGTTAATCGGGGCAGGGTGAGTCGACCCCTAAGGCGAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGGAAACAGGTTAATATTCCTGTACTTGGTGTTACTGCGAAGGGGGGACGGAGAAGG > NC_000913/4038669‑4038953 | aCCGAAGCTGCGGCAGCGACACTATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCGTGCTGGAGGCATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCT < 1:35174‑M2/143‑1 (MQ=255)aCCGAAGCTGCGGCAGCGACACTATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCT < 1:797544‑M2/143‑1 (MQ=255)aCCGAAGCTGCGGCAGCGACACTATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCT < 1:919567‑M2/143‑1 (MQ=255) cTGCGGCAGCGACACTATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGa > 1:798826/1‑143 (MQ=255) tGCGGCAGCGACACTATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGaa < 1:856288/143‑1 (MQ=255) cGGCAGCGACACTATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGa > 2:672636/1‑143 (MQ=255) ggCAGCGACACTATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCggggtgac > 2:808010/1‑138 (MQ=255) ggCAGCGACACTATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGAc > 1:309713/1‑143 (MQ=255) ggCAGCGACACTATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGAc > 2:526781/1‑143 (MQ=40) acTATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGCATGCTGACATAAGTCACGATACAGCGGGTGAAAGGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTc > 1:178750/1‑143 (MQ=255) acTATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTc < 2:309713/143‑1 (MQ=35) tATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGACGGTGTGCTGTGAGGCCTGCTGGAGGTATAAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGCCAAGCCCGCTCGACGGAAGACCAAGGGCTCCt > 2:322138/1‑143 (MQ=11) tATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGGGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCt > 1:698080/1‑143 (MQ=25) gaTGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCt < 1:42326/142‑1 (MQ=25) tgtgTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATAAGACGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACACAGGGTTCCTGt > 1:590680/1‑143 (MQ=255) tgtgTTGTGGGGTAGCGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCACGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATGAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCCCGCGGGACGACCCGGGGCTCCTGt > 2:2548/1‑143 (MQ=11) tgttgtTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGCGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTcc < 1:735015/143‑1 (MQ=17) gtggttgGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATCAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCa < 1:238389/140‑1 (MQ=17) cagttgGGTAGCGGAGCGTACTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCaa < 1:471283/141‑1 (MQ=12) ggtgGGTAGGGGAGCGTTCGGGAAGCCTGTGAAGGTGGGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACg < 1:95491/141‑1 (MQ=12) ggggCGTTCTGTAAGCCTGTTAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACGTTAATCgggg < 2:625048/140‑1 (MQ=17) gAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACGTTAATCGGGGc < 2:797544/143‑1 (MQ=32) gTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATTAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCACGGGTTCCAGTCCAACGTCCATCGCGGCAggg > 2:514454/1‑143 (MQ=11) tgcTGTAAGCCTGTGAAGGAGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACGTTAATCGGGGCAGGGt < 1:403039/141‑1 (MQ=17) gTAAGCCTGTGACCGTGTGCTGTGGGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGTTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACGTTAATCGGGGCAGGGTGAGt < 1:33435/143‑1 (MQ=255) aGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACGTTAATCGGGGCAGGGTGAGTCGa > 1:380520/1‑143 (MQ=32) tGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctcccgcatcccccacagcactctttcgcaggcgtagagaacgctcccccacgcaccaac < 2:324494‑M2/143‑98 (MQ=255) aTAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcattcctcccagcacaccttcgcaggcttacagaacgcccccctacccaacaacgccaaagcgtccccgccgcacct < 2:946088‑M2/143‑121 (MQ=255) aTAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgactcacagcacaccttcacaggcttacagaacgcccccccacccaacaacccataagcgtcgctgcagcagct < 2:105238‑M2/143‑121 (MQ=255) aaaGCGGGTGAAAAGCCCGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctcccccacaacgcataagcgtcgctgccgcagctcc < 2:911770‑M2/143‑123 (MQ=255) ccccgCTttctcggtacttatgtcagcattcgcactgctgatccctccagcatgcctcaccgcacaccgtcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagcttcggtgcatggtttag > 2:784234‑M2/2‑7 (MQ=255) cccGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatccctccagcatgcctcacagcacacctccgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagcttcggtgcatggtttagc > 2:138000‑M2/1‑6 (MQ=255) cccGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagcttcggtgcatggtttagc > 1:325630‑M2/1‑6 (MQ=255) cccGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagctccggtgcacggtttcgc < 2:945219‑M2/143‑138 (MQ=255) ccGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagcttcggtgcgtggtttagcc < 1:337927‑M2/143‑139 (MQ=255) ccGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcctacataacactcccctaccccacaacgcataagcgtcgcgcccgcagcttcggcgcaaggcttagca < 2:92896‑M2/143‑139 (MQ=255) ccGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcaaaacatagcgggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagcttcggtgcatgggttagcc < 1:844324‑M2/143‑139 (MQ=255) cGCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttatgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgcccccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgccgcctcggtgcatgggttagccc < 2:393894‑M2/143‑140 (MQ=255) gCTttctcgttacttacatcaccattcgcacttctgctacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaactcataagcgtcgctgccgcagcttcggtgcatggtttagcccc > 2:608897‑M2/1‑3 (MQ=255) gCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctaccctacaactcataagcgtcgctgccgcagcttcggtgcatggtttagcccc > 2:722968‑M2/1‑3 (MQ=255) gCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagcttcggtgcatggtttagcccc < 1:644645‑M2/143‑141 (MQ=255) gCTttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggattacagaacgctgccctacccaacaacgcataagcgtcgctgcggcggcttaggtgcatgggttagcccc < 1:295797‑M2/143‑141 (MQ=255) gCTttatcgttactgaggtcagcatgcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagcttcggtgcatggtttagcccc > 1:525822‑M2/1‑3 (MQ=255) tttttcgttacttctgtcagcattcgcacttctggtacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaccgctcccctacccaacaacgcatcagcgtcgctgccgcagcttcggtgcatggtttagccccgt > 2:824771‑M2/1‑1 (MQ=255) tttatcgttacttatgtcagcattcgcccttctgatacctccagcctgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaactacgcataagcgtcgctgccgcagcttcggtgcatggtttagccccgt > 2:391077‑M2/1‑1 (MQ=255) tttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctaccccacaacgcataagcgtcgctgccgccgctgcggcgcatggtctaccccccc < 2:259877‑M2/143‑143 (MQ=255) tttatcgttacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggctaacagaacactcgcctaccccacaacgcataagcgtcgctgccgcagcttcggtgcatggtttagccccgt < 1:433828‑M2/143‑143 (MQ=255) tttaccgtcacttatgtcagcattcgcacttctgatacctccagcatgcctcacagcacaccttcgcaggcttacagaacgctcccctacccaacaacgcataagcgtcgctgccgcagcttcggtgcatggtttagccccgt > 1:607895‑M2/1‑1 (MQ=255) | ACCGAAGCTGCGGCAGCGACACTATGTGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGTGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCGCCGGAAGACCAAGGGTTCCTGTCCAACGTTAATCGGGGCAGGGTGAGTCGACCCCTAAGGCGAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGGAAACAGGTTAATATTCCTGTACTTGGTGTTACTGCGAAGGGGGGACGGAGAAGG > NC_000913/4038669‑4038953 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |