New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 3599245 | 90 (0.950) | 5 (0.050) | 4/266 | NT | 5.4% | coding (414/1104 nt) | livJ | branched chain amino acid/phenylalanine ABC transporter periplasmic binding protein |
? | NC_000913 | = 3599279 | 88 (0.950) | coding (380/1104 nt) | livJ | branched chain amino acid/phenylalanine ABC transporter periplasmic binding protein |
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
CCTTTCTTCAGGCCGTCCTGCACCGCTCGCGCCAGACCTTCGCCGTATTGCTGTTTGTCGTGAACGATAGCAATACGCTGCGGTTTCACTTTCTCAAGAATATATTTCGCCGCCGTCGGCCCCTGGTCGGAGTCCAGGCCGGTGGTGCGCAGGATCAGCTGATAGCCACGGGCGGTCAGCTCCGGCGCGGTTGCCGCTGGGGTGATCATTAAAATGCCTTCGTCTTCGTAGATGTCAGACGCAGGCTGCGTTGATGAAGAACAGAGGTGACCAATCACATATTTAATGCCGTCGTTAAC > NC_000913/3599096‑3599394 | ccTTTCTTCAGGCCGTCCTGCACCGCTCGCGCCAGACCTTCGCCGTATTGCTGTTTGTCGTGAACGATAGCAATACGCTGCGGTTTCACTTTCTCAAGAATATATTTCGCCGCCGTCGGCCCCTGGTCGGAGTCCAGGCCGGTGGTGCGC > 1:677635‑M1/1‑150 (MQ=255) cTTTCTTCAGGCCGTCCTGCACCGCTCGCGCCAGACCTTCGCCGTATTGCTGTTTGTCGTGAACGATAGCAATACGCTGCGGTTTCACTTTCTCAAGAATATATTTCGCCGCCGTCGGCCCCTGGTCGGAGTCCAGGCCGGTGGTGCGCa > 1:79547/1‑150 (MQ=255) cTTTCTTCAGGCCGTCCTGCACCGCTCGCGCCAGACCTTCGCCGTATTGCTGTTTGTCGTGAACGATAGCAATACGCTGCGGTTTCACTTTCTCAAGAATATATTTCGCCGCCGTCGGCCCCTGGTCGGAGTCCAGGCCGGTGGTGCGCa > 1:1440194/1‑150 (MQ=255) cttcAGGCCGTCCTGCACCGCTCGCGCCAGACCTTCGCCGTATTGCTGTTTGTCGTGAACGATAGCAATACGCTGCGGTTTCACTTTCTCAAGAATATATTTCGCCGCCGTCGGCCCCTGGTCGGAGTCCAGGCCGGTGGTGCGCcggag > 2:1427386‑M1/1‑145 (MQ=255) tcAGGCCGTCCTGCACCGCTCGCGCCAGACCTTCGCCGTATTGCTGTTTGTCGTGAACGATAGCAATACGCTGCGGTTTCACTTTCTCAAGAATATATTTCGCCGCCGTCGGCCCCTGGTCGGAGTCCAGGCCGGTGGTGCGCAGGATCa < 2:858552/150‑1 (MQ=255) ggCCGTCCTGCACCGCTCGCGCCAGACCTTCGCCGTATTGCTGTTTGTCGTGAACGATAGCAATACGCTGCGGTTTCACTTTCTCAAGAATATATTTCGCCGCCGTCGGCCCCTGGTCGGAGTCCAGGCCGGTGGTGCGCAGGATCAGCt < 1:456861/150‑1 (MQ=255) tCCTGCACCGCTCGCGCCAGACCTTCGCCGTATTGCTGTTTGTCGTGAACGATAGCAATACGCTGCGGTTTCACTTTCTCAAGAATATATTTCGCCGCCGTCGGCCCCTGGTCGGAGTCCAGGCCGGTGGTGCGCAGGATCAGCTGATAg < 1:196850/150‑1 (MQ=255) ccTGCACCGCTCGCGCCAGACCTTCGGCGTATTGATGTTTGTCGTGAACGATAGCAATAGGCTGCGGTTTCACTTTCTCAAGATTATATTTCGCCGCCGTCGGCCCCTGGTCGGAGTCCATGCCGGTTGTGCGCAGGATCAGCTGATAGc < 1:1608555/150‑1 (MQ=255) ccTGCACCGCTCGCGCCAGACCTTCGCCGTATTGCTGTTTGTCGTGAACGATAGCAATACGCTGCGGTTTCACTTTCTCAAGAATATATTTCGCCGCCGTCGGCCCCTGGTCGGAGTCCAGGCCGGTGGTGCGCAGGATCAGCTGATAGc > 1:1003629/1‑150 (MQ=255) gCACCGCTCGCGCCAGACCTTCGCCGTATTGCTGTTTGTCGTGAACGATAGCAATACGCTGCGGTTTCACTTTCTCAAGAATATATTTCGCCGCCGTCGGCCCCTGGTCGGAGTCCAGGCCGGTGGTGCGCAGGATCAGCTGATAGCCAc < 1:40250/150‑1 (MQ=255) gCACCGCTCGCGCCAGACCTTCGCCGTATTGCTGTTTGTCGTGAACGATAGCAATACGCTGCGGTTTCACTTTCTCAAGAATATATTTCGCCGCCGTCGGCCCCTGGTCGGAGTCCAGGCCGGTGGTGCGCAGGATCAGCTGATAGCCAc > 2:1252692/1‑150 (MQ=255) cACCGCTCGCGCCAGACCTTCGCCGTATTGCTGTTTGTCGTGAACGATAGCAATACGCTGCGGTTTCACTTTCTCAAGAATATATTTCGCCGCCGTCGGCCCCTGGTCGGAGTCCAGGCCGGTGGTGCGCAGGATCAGCTGATAGCCACg < 1:1107119/150‑1 (MQ=255) ccGCTCGCGCCAGACCTTCGCCGTATTGCTGTTTGTCGTGAACGATAGCAATACGCTGCGGTTTCACTTTCTCAAGAATATATTTCGCCGCCGTCGGCCCCTGGTAGGAGTCCAGGCCGGTGGTGCGCAGGATCAGCTGATAGCCACggg > 1:31047/1‑150 (MQ=255) 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ggAGTCCAGGCCGGTGGTGCGCAGGATCAGCTGATAGCCACGGGCGGTCAGCTCCGGCGCGGTTGCCGCTGGGGTGATCATTAAAATGCCTTCGTCTTCGTAGATGTCAGACGCAGGCTGCGTTGATGAAGAACAGAGGTGACCAATcac > 2:877554/1‑150 (MQ=255) tCCAGGCCGGTGGTGCGCAGGATCAGCTGATAGCCACGGGCGGTCAGCTCCGGCGCGGTTGCCGCTGGGGTGATCATTAAAATGCCTTCGTCTTCGTAGATGTCAGACGCAGGCTGCGTTGATGAAGAACAGAGGTGACCAATCACatat < 2:79547/150‑1 (MQ=255) ccAGGCCGGTGGTGCGCAGGATCAGCTGATAGCCACGGGCGGTCAGCTCCGGCGCGGTTGCCGCTGGGGTGATCATTAAAATGCCTTCGTCTTCGTAGATGTCAGACGCAGGCTGCTTTGATGAAGAACAGAgg < 2:1251204/134‑1 (MQ=255) ccAGGCCGGTGGTGCGCAGGATCAGCTGATAGCCACGGGCGGTCAGCTCCGGCGCGGTTGCCGCTGGGGTGATCATTAAAATGCCTTCGTCTTCGTAGATGTCAGACGCAGGCTGCGTTGATGAAGAACAGAGGTGACCAATCACATAtt > 2:779723/1‑150 (MQ=255) ccAGGCCGGTGGTGCGCAGGATCAGCTGATAGCCACGGGCGGTCAGCTCCGGCGCGGTTGCCGCTGGGGTGATCATTAAAATGCCTTCGTCTTCGTAGATGTCAGACGCAGGCTGCGTTGATGAAGAACAGAGGTGACCAATCACATAtt > 2:1344792/1‑150 (MQ=255) ccAGGCCGGTGGTGCGCAGGATCAGCTGATAGCCACGGGCGGTCAGCTCCGGCGCGGTTGCCGCTGGGGTGATCATTAAAATGCCTTCGTCTTCGTAGATGTCAGACGCAGGCTGCGTTGATGAAGAACAGAGGTGACCAATCACATAtt < 1:741484/150‑1 (MQ=255) ccAGGCCGGTGGTGCGCAGGATCAGCTGATAGCCACGGGCGGTCAGCTCCGGCGCGGTTGCCGCTGGGGTGATCATTAAAATGCCTTCGTCTTCGTAGATGTCAGACGCAGGCTGCATTGATGAAGAACAGAgg > 1:1251204/1‑134 (MQ=255) cAGGCCGGTGGTGCGCAGGATCAGCTGATAGCCACGGGCGGTCAGCTCCGGCGCGGTTGCCGCTGGGGTGATCATTAAAATGCCTTCGTCTTCGTAGATGTCAGACGCAGGCTGCGTTGATGAAGAACAGAGGTGACCAATCACATAttt > 1:999013/1‑150 (MQ=255) cAGGCCGGTGGTGCGCAGGATCAGCTGATAGCCACGGGCGGTCAGCTCCGGCGCGGTTGCCGCTGGGGTGATCATTAAAATGCCTTCGTCTTCGTAGATGTCAGACGCAGGCTGCGTTGATGAAGAACAGAGGTGACCAATCACATAttt < 2:973153/150‑1 (MQ=255) aGGCCGGTGGTGCGCAGGATCAGCTGATAGCCACGGGCGGTCAGCTCCGGCGCGGTTGCCGCTGGGGTGATCATTAAAATGCCTTCGTCTTCGTAGATGTCAGACGCAGGCTGCGTTGATGAAGAACAGAGGTGACCAATCACATATTTa > 2:2472/1‑150 (MQ=255) ggCCGGTGGTGCGCAGGATCAGCTGATAGCCACGGGCGGTCAGCTCCGGCGCGGTTGCCGCTGGGGTGATCATTAAAATGCCTTCGTCTTCGTAGATGTCAGACGCAGGCTGCGTTGATGAAGAACAGAGGTGACCAATCACATATTTaa > 2:1418453/1‑150 (MQ=255) ccGGTGGTGCGCAGGATCAGCTGATAGCCACGGGCGGTCAGCTCCGGCGCGGTTGCCGCTGGGGTGATCATTAAAATGCCTTCGTCTTCGTAGATGTCAGACGCAGGCTGCGTTGATGAAGAACAGAGGTGACCAATCACATATTTAATg < 1:1418453/150‑1 (MQ=255) cGGTGGTGCGCAGGATCAGCTGATAGCCACGGGCGGTCAGCTCCGGCGCGGTTGCCGCTGGGGTGATCATTAAAATGCCTTCGTCTTCGTAGATGTCAGACGCAGGCTGCGTTGATGAAGAACAGAGGTGACCAATCACATATTTAATGc < 1:554279/150‑1 (MQ=255) ggtgCGCAGGATCAGCTGATAGCCACGGGCGGTCAGCTCCGgcgcaccaccggcctggactccgaccaggggccgacggcggcgaaatatattcttgagaaagtgaaaccgcagcgtattgctatcgttcacgacaaacagcaatacggc < 1:742190‑M2/150‑110 (MQ=255) gtgCGCAGGATCAGCTGATAGCCACGGGCGGTCAGCTCCGgcgcaccaccggcctggactccgaccaggggccgacggcggcgaaatatattcttgagaaagtgaaaccgcagcgtattgctatcgttcacgacaaacagcaatacggcg < 2:785041‑M2/150‑111 (MQ=255) gcgccggagctgaccgcccgtggctatcagctgatcctgcgcaccaccggcctggactccgaccaggggccgacggcggcgaaatatattcttgagaaagtgaaaccgcagcgtattgctatcgttcacgacaaacagcaatacggcgaa > 2:31047‑M1/1‑4 (MQ=255) gcgcAGGATCAGCTGATAGCCACGGGCGGTCAGCTCCGgcgcaccaccggcctggactccgaccaggggccgacggcggcgaaatatattcttgagaaagtgaaaccgcagcgtattgctatcgttcacgacaaacagcaatacggcgaa < 1:1427386‑M2/150‑113 (MQ=255) gcgcAGGATCAGCTGATAGCCACGGGCGGTCAGCTCCGGCGCGGTTGCCGCTGGGGTGATCATTAAAATGCCTTCGTCTTCGTAGATGTCAGACGCAGGCTGCGTTGATGAAGAACAGAGGTGACCAATCACATATTTAATGCCGTCGtt > 1:109248/1‑150 (MQ=255) cgccggagctgaccgcccgtggctatcagctgatcctgcgcaccaccggcctggactccgaccaggggccgacggcggcgaaatatattcttgagaaagtgaaaccgcagcgtattgctatcgttcacgagaaacagcaatacggcgaag < 2:445886‑M1/150‑148 (MQ=255) gcAGGATCAGCTGATAGCCACGGGCGGTCAGCTCCGgcgcaccaccggcctggactccgaccaggggccgacggcggcgaaatatattcttgagaaagtgaaaccgcagcgtattgctatcgttcacgacaaacagcaatacggcgaagg > 1:785041‑M2/1‑36 (MQ=255) gcAGGATCAGCTGATAGCCACGGGCGGTCAGCTCCGGCGCGGTTGCCGCTGGGGTGATCATTAAAATGCCTTCGTCTTCGTAGATGTCAGACGCAGGCTGCGTTGATGAAGAACAGAGGTGACCAATCACATATTTAATGCCGTCGTTaa > 2:1221733/1‑150 (MQ=255) cAGGATCAGCTGATAGCCACGGGCGGTCAGCTCCGGCGCGGTTGCCGCTGGGGTGATCATTAAAATGCCTTCGTCTTCGTAGATGTCAGACGCAGGCTGCGTTGATGAAGAACAGAGGTGACCAATCACATATTTAATGCCGTCGTTAAc > 1:285617/1‑150 (MQ=255) | CCTTTCTTCAGGCCGTCCTGCACCGCTCGCGCCAGACCTTCGCCGTATTGCTGTTTGTCGTGAACGATAGCAATACGCTGCGGTTTCACTTTCTCAAGAATATATTTCGCCGCCGTCGGCCCCTGGTCGGAGTCCAGGCCGGTGGTGCGCAGGATCAGCTGATAGCCACGGGCGGTCAGCTCCGGCGCGGTTGCCGCTGGGGTGATCATTAAAATGCCTTCGTCTTCGTAGATGTCAGACGCAGGCTGCGTTGATGAAGAACAGAGGTGACCAATCACATATTTAATGCCGTCGTTAAC > NC_000913/3599096‑3599394 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |