| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | = 3599279 | 88 (0.950) | coding (380/1104 nt) | livJ | branched chain amino acid/phenylalanine ABC transporter periplasmic binding protein | |||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
GACCTTCGCCGTATTGCTGTTTGTCGTGAACGATAGCAATACGCTGCGGTTTCACTTTCTCAAGAATATATTTCGCCGCCGTCGGCCCCTGGTCGGAGTCCAGGCCGGTGGTGCGCAGGATCAGCTGATAGCCACGGGCGGTCAGCT‑‑‑CCGGCGCGGTTGCCGCTGGGGTGATCATTAAAATGCCTTCGTCTTCGTAGATGTCAGACGCAGGCTGCGTTGATGAAGAACAGAGGTGACCAATCACATATTTAATGCCGTCGTTAACGACTTTGTTCGCCACCGCAACCGCCTGTTTCGGG > NC_000913/3599130‑3599428 | gACCTTCGCCGTATTGCTGTTTGTCGTGAACGATAGCAATACGCTGCGGTTTCACTTTCTCAAGAATATATTTCGCCGCCGTCGGCCCCTGGTCGGAGTCCAGGCCGGTGGTGCGCAGGATCAGCTGATAGCCACGGGCGGTCAGCT‑‑‑CCg > 2:463182/1‑150 (MQ=255) cTTCGCCGTATTGCTGTTTCTCGTGAACGATAGCAATACGCTGCGGTTTCACTTTCTCAAGAATATATTTCGCCGCCGTCGGCCCCTGGTCGGAGTCCAGGCCGGTGGTGCGCAGGATCAGCTGATAGCCACGGGCGGTCAGCT‑‑‑CCGgcg < 2:445886‑M2/150‑4 (MQ=255) ttCGCCGTATTGCTGTTTGTCGTGAACGATAGCAATACGCTGCGGTTTCACTTTCTCAAGAATATATTTCGCCGCCGTCGGCCCCTGGTCGGAGTCCAGGCCGGTGGTGCGCAGGATCAGCTGATAGCCACGGGCGGTCAGCT‑‑‑CCGgcgc > 2:31047‑M2/1‑146 (MQ=255) 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gTATTGCTGTTTGTCGTGAACGATAGCAATACGCTGCGGTTTCACTTTCTCAAGAATATATTTCGCCGCCGTCGGCCCCTGGTCGGAGTCCAGGCCGGTGGTGCGCAGGATCAGCTGATAGCCACGGGCGGTCAGCT‑‑‑CCGGCGCGGTTGc < 1:1095063/150‑1 (MQ=255) ttGCTGTTTGTCGTGAACGATAGCAATACGCTGCGGTTTCACTTTCTCAAGAATATATTTCGCCGCCGTCGGCCCCTGGTCGGAGTCCAGGCCGGTGGTGCGCAGGATCAGCTGATAGCCACGGGCGGTCAGCT‑‑‑CCGGCGCGGTTGCCGc > 1:290429/1‑150 (MQ=255) tGCTGTTTGTCGTGAACGATAGCAATACGCTGCGGTTTCACTTTCTCAAGAATATATTTCGCCGCCGTCGGCCCCTGGTCGGAGTCCAGGCCGGTGGTGCGCAGGATCAGCTGATAGCCACGGGCGGTCAGCT‑‑‑CCGGCGCGGTTGCCGCt > 1:960899/1‑150 (MQ=255) tGCTGTTTGTCGTGAACGATAGCAATACGCTGCGGTTTCACTTTCTCAAGAATATATTTCGCCGCCGTCGGCCCCTGGTCGGAGTCCAGGCCGGTGGTGCGCAGGATCAGCTGATAGCCACGGGCGGTCAGCT‑‑‑CCGGCGCGGTTGCCGCt > 2:1184982/1‑150 (MQ=255) gCTGTTTGTCGTGAACGATAGCAATACGCTGCGGTTTCACTTTCTCAAGAATATATTTCGCCGCCGTCGGCCCCTGGTCGGAGTCCAGGCCGGTGGTGCGCAGGATCAGCTGATAGCCACGGGCGGTCAGCT‑‑‑CCGGCGCGGTTGCCGCTg > 1:660185/1‑150 (MQ=255) 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aGCTGATAGCCACGGGCGGTCAGCT‑‑‑CCGGCGCGGTTGCCGCTGGGGTGATCATTAAAATGCCTTCGTCTTCGTAGATGTCAGACGCAGGCTGCGTTGATGAAGAACAGAGGTGACCAATCACATATTTAATGCCGTCGTTAACGACTTTg > 2:1533622/1‑150 (MQ=255) aGCTGATAGCCACGGGCGGTCAGCT‑‑‑CCGGCGCGGTTGCCGCTGGGGTGATCATTAAAATGCCTTCGTCTTCGTAGATGTCAGACGCAGGCTGCGTTGATGAAGAACAGAGGTGACCAATCACATATTTAATGCCGTCGTTAACGACTTTg > 1:1012229/1‑150 (MQ=255) aGCTGATAGCCACGGGCGGTCAGCT‑‑‑CCGGCGCGGTTGCCGCTGGGGTGATCATTAAAATGCCTTCGTCTTCGTAGATGTCAGACGCAGGCTGCGTTGATGAAGAACAGAGGTGACCAATCACATATTTAATGCCGTCGTTAACGACTTTg < 1:422025/150‑1 (MQ=255) gCTGATAGCCACGGGCGGTCAGCTGATCCTgcgcaccaccggcctggactccgaccaggggccgacggcggcgaaatatattcttgagaaagtgaaaccgcagcgtattgctatcgttcacgacaaacagcaatacggcgaaggtctggc < 1:1279988‑M2/150‑121 (MQ=255) gATAGCCACGGGCGGTCAGCT‑‑‑CCGGCGCGGTTGCCGCTGGGGTGATCATTAAAATGCCTTCGTCTTCGTAGATGTCAGACGCAGGCTGCGTTGATGAAGAACAGAGGTGACCAATCACATATTTAATGCCGTCGTTAACGACTTTGTTCg > 2:1259658/1‑150 (MQ=255) gATAGCCACGGGCGGTCAGCT‑‑‑CCGGCGCGGTTGCCGCTGGGGTGATCATTAAAATGCCTTCGTCTTCGTAGATGTCAGACGCAGGCTGCGTTGATGAAGAACAGAGGTGACCAATCACATATTTAATGCCGTCGTTAACGACTTTGTTCg > 1:1301729/1‑150 (MQ=255) gATAGCCACGGGCGGTCAGCT‑‑‑CCGGCGCGGTTGCCGCTGGGGTGATCATTAAAATGCCTTCGTCTTCGTAGATGTCAGACGCAGGCTGCGTTGATGAAGAACAGAGGTGACCAATCACATATTTAATGCCGTCGTTAACGACTTTGTTCg < 2:106332/150‑1 (MQ=255) gATAGCCACGGGCGGTCAGCT‑‑‑CCGGCGCGGTTGCCGCTGGGGTGATCATTAAAATGCCTTCGTCTTCGTAGATGTCAGACGCAGGCTGCGTTGATGAAGAACAGAGGTGACCAATCACATATTTAATGCCGTCGTTAACGACTTTGTTCg < 1:515186/150‑1 (MQ=255) cACGGGCGGTCAGCT‑‑‑CCGGCGCGGTTGCCGCTGGGGTGATCATTAAAATGCCTTCGTCTTCGTAGATGTCAGATGCAGGCTGCGTTGATGAAGAACAGAGGTGACCAATCACATATTTAATGCCGTCGTTAACGACTTTGTTCGCCACCg > 1:1334086/1‑150 (MQ=255) aCGGGCGGTCAGCT‑‑‑CCGGCGCGGTTGCCGCTGGGGTGATCATTAAAATGCCTTCGTCTTCGTAGATGTCAGACGCAGGCTGCGTTGATGAAGAACAGAGGTGACCAATCACATATTTAATGCCGTCGTTAACGACTTTGTTCGCCACCGc < 2:1366961/150‑1 (MQ=255) ggCGGTCAGCT‑‑‑CCGGCGCGGTTGCCGCTGGGGTGATCATTAAAATGCCTTCGTCTTCGTAGATGTCAGACGCAGGCTGCGTTGATGAAGAACAGAGGTGACCAATCACATATTTAATGCCGTCGTTAACGACTTTGTTCGCCACCGCAAc < 1:1547736/150‑1 (MQ=255) ggTCAGCT‑‑‑CCGGCGCGGTTGCCGCTGGGGTGATCATTAAAATGCCTTCGTCTTCGTAGATGTCAGACGCAGGCTGCGTTGATGAAGAACAGAGGTGACCAATCACATATTTAATGCCGTCGTTAACGACTTTGTTCGCCACCGCAACCGc < 1:1657681/150‑1 (MQ=255) ggTCAGCT‑‑‑CCGGCGCGGTTGCCGCTGGGGTGATCATTAAAATGCCTTCGTCTTCGTAGATGTCAGACGCAGGCTGCGTTGATGAAGAACAGAGGTGACCAATCACATATTTAATGCCGTCGTTAACGACTTTGTTCGCCACCGCAACCGc > 1:997568/1‑150 (MQ=255) ggTCAGCT‑‑‑CCGGCGCGGTTGCCGCTGGGGTGATCATTAAAATGCCTTCGTCTTCGTAGATGTCAGACGCAGGCTGCGTTGATGAAGAACAGAGGTGACCAATCACATATTTAATGCCGTCGTTAACGACTCTGTTCGCCACCGCAACCGc > 1:1077717/1‑150 (MQ=255) gTCAGCT‑‑‑CCGGCGCGGTTGCCGCTGGGGTGATCATTAAAATGCCTTCGTCTTCGTAGATGTCAGACGCAGGCTGCGTTGATGAAGAACAGAGGTGACCAATCACATATTTAATGCCGTCGTTAACGACTTTGTTCGCCACCGCAACCGcc < 2:290429/150‑1 (MQ=255) cT‑‑‑CCGgcgcaccaccggcctggactccgaccaggggccgacggcggcgaaatatattcttgagaaagtgaaaccgcagcgtattgctatcgttcacgacaaacagcaatacggcgaaggtctggcgcgagcggtgcaggacggcctgaag > 2:1427386‑M2/1‑5 (MQ=255) t‑‑‑CCGGCGCGGTTGCCGCTGGGGTGATCATTAAAATGCCTTCGTCTTCGTAGATGTCAGACGCAGGCTGCGTTGATGAAGAACAGAGGTGACCAATCACATATTTAATGCCGTCGTTAACGACTTTGTTCGCCACCGCAACCGCCTGTTTc > 1:213754/1‑150 (MQ=255) ccGGCGCGGTTGCCGCTGGGGTGATCATTAAAATGCCTTCGTCTTCGTAGATGTCAGACGCAGGCTGCGTTGATGAAGAACAGAGGTGACCAATCACATATTTAATGCCGTCGTTAACGACTTTGTTCGCCACCGCAACCGCCTGTTTCg > 2:1336145/1‑150 (MQ=255) cGGCGCGGTTGCCGCTGGGGTGATCATTAAAATGCCTTCGTCTTCGTAGATGTCAGACGCAGGCTGCGTTGATGAAGAACAGAGGTGACCAATCACATATTTAATGCCGTCGTTAACGACTTTGTTCGCCACCGCAACCGCCTGTTTCgg < 1:1344792/150‑1 (MQ=255) cGGCGCGGTTGCCGCTGGGGTGATCATTAAAATGCCTTCGTCTTCGTAGATGTCAGACGCAGGCTGCGTTGATGAAGAACAGAGGTGACCAATCACATATTTAATGCCGTCGTTAACGACTTTGTTCGCCACCGCAACCGCCTGTTTCgg > 1:805479/1‑150 (MQ=255) ggCGCGGTTGCCGCTGGGGTGATCATTAAAATGCCTTCGTCTTCGTAGATGTCAGACGCAGGCTGCGTTGATGAAGAACAGAGGTGACCAATCACATATTTAATGCCGTCGTTAACGACTTTGTTCGCCACCGCAACCGCCTGTTTCggg < 2:632376/150‑1 (MQ=255) ggCGCGGTTGCCGCTGGGGTGATCATTAAAATGACTTCGTCTTCGTAGATGTCAGACGCAGGCTGCGTAGATCAAGAACAGAGGTGACCAATCACATATTTAATGCCGTCCTTAACGACTTTGTTCGCCACCGCAACCGCCTGTTTCggg > 1:771910/1‑150 (MQ=255) | GACCTTCGCCGTATTGCTGTTTGTCGTGAACGATAGCAATACGCTGCGGTTTCACTTTCTCAAGAATATATTTCGCCGCCGTCGGCCCCTGGTCGGAGTCCAGGCCGGTGGTGCGCAGGATCAGCTGATAGCCACGGGCGGTCAGCT‑‑‑CCGGCGCGGTTGCCGCTGGGGTGATCATTAAAATGCCTTCGTCTTCGTAGATGTCAGACGCAGGCTGCGTTGATGAAGAACAGAGGTGACCAATCACATATTTAATGCCGTCGTTAACGACTTTGTTCGCCACCGCAACCGCCTGTTTCGGG > NC_000913/3599130‑3599428 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |