| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NC_000913 | = 4104183 | 87 (0.910) | 5 (0.050) | 5/262 | NT | 5.5% | coding (793/1374 nt) | cpxA | sensory histidine kinase CpxA |
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Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
CACAACTGGTTGGCTTTGATGGTTTCGCTAACCAGCGCGTTTTTTTGCTGATTACGTGACATCACCAACAGATCGTTGATCATGCTGTCCAGACGTTGCGCTTCGGTTTCAATACGCTCCAGTTCCTTGCTTTCACCGCTACGACGGCGCAGTAACGCCGTACCCAGTTGCAGACGCGTCAGCGGGGTGCGCAGCTCGTGAGAGATATCAGAAAGCAGACGCTGCTGAGAGGTCATCATGCGCTCCAGCGCGGTGACCATCTGGTTAAAACTGGCACCTGCGGCAAGGAATTCCTGTG > NC_000913/4104035‑4104332 | cacaACTGGTTGGCTTTGATGGTTTCGCTAACCAGCGCGTTTTTTTGCTGATTACGTGACATCACCAACAGATCGTTGATCATGCTGTCCAGACGTTGCGCTTCGGTTTCAATACGCTCCAGTTCCTTGCTTTCACCGCTACGACGgcgc < 2:973639/150‑1 (MQ=255)cacaACTGGTTGGCTTTGATGGTTTCGCTAACCAGCGCGTTTTTTTGCTGATTACGTGACATCACCAACAGATCGTTGATCATGCTGTCCAGACGTTGCGCTTCGGTTTCAATACGCTCCAGTTCCTTGCTTTCACCGCTACGACGgcgc < 2:1377228/150‑1 (MQ=255)cacaACTGGTTGGCTTTGATGGTTTCGCTAACCAGCGCGTTTTTTTGCTGATTACGTGACATCACCAACAGATCGTTGATCATGCTGTCCAGACGTTGCGCTTCGGTTTCAATACGCTCCAGTTCCTTGCTTTCACCGCTACGACGgcgc < 2:263534/150‑1 (MQ=255)cacaACTGGTTGGCTTTGATGGTTTCGCTAACCAGCGCGTTTTTTTGCTGATTACGTGACATCACCAACAGATCGTTGATCATGCTGTCCAGACGTTGCGCTTCGGTTTCAATACGCTCCAGTTCCTTGCTTTCACCGCTACGACGgcgc > 1:263534/1‑150 (MQ=255)cacaACTGGTTGGCTTTGATGGTTTCGCTAACCAGCGCGTTTTTTTGCTGATTACGTGACATCACCAACAGATCGTTGATCATGCTGTCCAGACGTTGCGCTTCGGTTTCAATACGCTCCAGTTCCTTGCTTTCACCGCTACGACGgcgc > 1:334740/1‑150 (MQ=255) acaACTGGTTGGCTTTGATGGTTTCGCTAACCAGCGCGTTTTTTTGCTGATTACGTGACATCACCAACAGATCGTTGATCATGCTGTCCAGACGTTGCGCTTCGGTTTCAATACGCTCCAGTTCCTTGCTTTCACCGCTACGACGGCGCa < 1:82647/150‑1 (MQ=255) aCTGGTTGGCTTTGATGGTTTCGCTAACCAGCGCGTTTTTTTGCTGATTACGTGACATCACCAACAGATCGTTGATCATGCTGTCCAGACGTTGCGCTTCGGTTTCAATACGCTCCAGTTCCTTGCTTTCACCGCTACGACGGCGCAGTa > 1:111523/1‑150 (MQ=255) cTGGTTGGCTTTGATGGTTTCGCTAACCAGCGCGTTTTTTTGCTGATTACGTGACATCACCAACAGATCGTTGATCATGCTGTCCAGACGTTGCGCTTCGGTTTCAATACGCTCCAGTTCCTTGCTTTCACCGCTACGACGGCGCAGTaa > 1:621819/1‑150 (MQ=255) 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aTACGCTCCAGTTCCTTGCTTTCACCGCTACGACGGCGCAGTAAcgccgtcgtagcggtgaaagcaaggaactggagcgtattgaaaccgaagcgcaacgtctggacagcatgatcaacgaactgttggtgatgtcacgtaatcagcaaa < 2:1053667‑M2/150‑107 (MQ=255) tACGCTCCAGTTCCTTGCTTTCACCGCTACGACGGCGCAGTAACGCCGTACCCAGTTGCAGACGCGTCAGCGGGGTGCGCAGCTCGTGAGAGATATCAGAAAGCAGACGCTGCTGAGAGGTCATCATGCGCTCCAGCGCGGTGACCATCt < 2:1204376/150‑1 (MQ=255) tACGCTCCAGTTCCTTGCTTTCACCGCTACGACGGCGCAGTAACGCCGTACCCAGTTGCAGACGCGTCAGCGGGGTGCGCAGCTCGTGAGAGATATCAGAAAGCAGACGCTGCTGAGAGGTCATCATGCGCTCCAGCGCGGTGACCATCt < 2:1577108/150‑1 (MQ=255) cGCTCCAGTTCCTTGCTTTCACCGCTACGACGGCGCAGTAACGCCGTACCCAGTTGCAGACGCGTCAGCGGGGTGCGCAGCTCGTGAGAGATATCAGAAAGCAGACGCTGCTGAGAGGTCATCATGCGCTCCAGCGCGGTGACCATCTgg < 2:1175529/150‑1 (MQ=255) ccAGTTCCTTGCTTTCACCGCTACGACGGCGCAGTAACGCCGTACCCAGTTGCAGACGCGTCAGCGGGGTGCGCAGCTCGTGAGAGATATCAGAAAGCAGACGCTGCTGAGAGGTCATCATGCGCTCCAGCGCGGTGACCATCTGGTTaa > 1:13555/1‑150 (MQ=255) 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ccTTGCTTTCACCGCTACGACGGCGCAGTAACGCCGTACCCAGTTGCAGACGCGTCAGCGGGGTGCGCAGCTCGTGAGAGATATCAGAAAGCAGACGCTGCTGAGAGGTCATCATGCGCTCCAGCGCGGTGACCATCTGGTTAAAACTgg < 1:1131636/150‑1 (MQ=255) ttGCTTTCACCGCTACGACGGCGCAGTAAcgccgtcgtagcggtgaaagcaaggaactggagcgtattgaaaccgaagcgcaacgtctggacagcatgat < 2:687905‑M2/100‑72 (MQ=255) cTTTCACCGCTACGACGGCGCAGTAACGCCGTACCCAGTTGCAGACGCGTCAGCGGGGTGCGCAGCTCGTGAGAGATATCAGAAAGCAGACGCTGCTGAGAGGTCATCATGCGCTCCAGCGCGGTGACCATCTGGTTAAAACTGGCACCt > 2:625490/1‑150 (MQ=255) ttCACCGCTACGACGGCGCAGTAAcgccgtcgtagcggtgaaagcaaggaactggagcgtattgaaaccgaagcgcaacgtctggacagcatgatcaacgatctgttggtgatgtcacgtaatcagcaaaaaaacgcgctggttagcgaa < 2:18406‑M2/150‑127 (MQ=255) cACCGCTACGACGGCGCAGTAACGCCGTACCCAGTTGCAGACGCGTCAGCGGGGTGCGCAGCTCGTGAGAGATATCAGAAAGCAGACGCTGCTGAGAGGTCATCATGCGCTCCAGCGCGGTGACCATCTGGTTAAAACTGGCACCTGCgg < 2:621819/150‑1 (MQ=255) ccGCTACGACGGCGCAGTAAcgccgtcgtagcggtgaaagcaaggaactggagcgtattgaaaccgaagcgcaacgtctggacagcatgatcaacgatctgttggtgatgtcacgtaatcagcaaaaaaacgcgctggttagcgaaacca < 1:259247‑M2/150‑131 (MQ=255) gCTACGACGGCGCAGTAACGCCGTACCCAGTTGCAGACGCGTCAGCGGGGTGCGCAGCTCGTGAGAGATATCAGAAAGCAGACGCTGCTGAGAGGTCATCATGCGCTCCAGCGCGGTGACCATCTGGTTAAAACTGGCACCTGCGGCAAg < 1:11116/150‑1 (MQ=255) cTACGACGGCGCAGTAACGCCGTACCCAGTTGCAGACGCGTCAGCGGGGTGCGCAGCTCGTGAGAGATATCAGAAAGCAGACGCTGCTGAGAGGTCATCATGCGCTCCAGCGCGGTGACCATCTGGTTAAAACTGGCACCTGCGGCAAgg < 2:286021/150‑1 (MQ=255) tACGACGGCGCAGTAACGCCGTACCCAGTTGCAGACGCGTCAGCGGGGTGCGCAGCTCGTGAGAGATATCAGAAAGCAGACGCTGCTGAGAGGTCATCATGCGCTCCAGCGCGGTGACCATCTGGTTAAAACTGGCACCTGCGGCAAGGa < 1:722397/150‑1 (MQ=255) acgacgGCGCAGTAACGCCGTACCCAGTTGCAGACGCGTCAGCGGGGTGCGCAGCTCGTGAGAGATATCAGAAAGCAGACGCTGCTGAGAGGTCATCATGAGCTCCAGCGCGGTGACCATCTGGTTAAAACTGGCACCTGCGGCAAGGaa > 1:145215/1‑150 (MQ=255) cgacgGCGCAGTAACGCCGTACCCAGTTGCAGACGCGTCAGCGGGGTGCGCAGCTCGTGAGAGATATCAGAAAGCAGACGCTGCTGAGAGGTCATCATGCGCTCCAGCGCGGTGACCATCTgg > 1:73412/1‑123 (MQ=255) gcgcAGTAACGCCGTACCCAGTTGCAGACGCGTCAGCGGGGTGCGCAGCTCGTGAGAGATATCAGAAAGCAGACGCTGCTGAGAGGTCATGATGCGCTCCAGCGCGGTGACCATCTGGTTAAAACTGGCACCTGCGGCAAGGAATTCCtg < 2:217538/150‑1 (MQ=255) gCGttactgcgccgtcgtagcggtgaaagcaaggaactggagcgtattgaaaccgaagcgcaacgtctggacagcatgatcaacgatctgttggtgatgtcacgtaatcagcaaaaaaacgcgctggttagcgaaaccatcaaagccaac < 1:187873‑M1/150‑148 (MQ=255) cgcAGTAACGCCGTACCCAGTTGCAGACGCGTCAGCGGGGTGCGCAGCTCGTGAGAGATATCAGAAAGCAGACGCTGCTGAGAGGTCATCATGCGCTCCAGCGCGGTGACCATCTGGTTAAAACTGGCACCTGCGGCAAGGAATTCCtgt > 2:720833/1‑150 (MQ=255) gttactgcgccgtcgtagcggtgaaagcaaggaactggagcgtattgaaaccgaagcgcaacgtctggacagcatgatcaacgatctgttggtgatgtcacgtaatcagcaaaaaaacgcgctggttagcgaaaccatcaaagccaacca > 2:1326040‑M1/1‑1 (MQ=255) gcAGTAACGCCGTACCCAGTTGCAGACGCGTCAGCGGGGTGCGCAGCTCGTGAGAGATATCAGAAAGCAGACGCTGCTGAGAGGTCATCATGCGCTCCAGCGCGGTGACCATCTGGTTAAAACTGGCACCTGCGGCAAGGAATTCCtgtg < 1:1380719/150‑1 (MQ=255) | CACAACTGGTTGGCTTTGATGGTTTCGCTAACCAGCGCGTTTTTTTGCTGATTACGTGACATCACCAACAGATCGTTGATCATGCTGTCCAGACGTTGCGCTTCGGTTTCAATACGCTCCAGTTCCTTGCTTTCACCGCTACGACGGCGCAGTAACGCCGTACCCAGTTGCAGACGCGTCAGCGGGGTGCGCAGCTCGTGAGAGATATCAGAAAGCAGACGCTGCTGAGAGGTCATCATGCGCTCCAGCGCGGTGACCATCTGGTTAAAACTGGCACCTGCGGCAAGGAATTCCTGTG > NC_000913/4104035‑4104332 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |