New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | NC_000913 | 4200145 = | 235 (2.470) | 17 (0.190) | 12/252 | NT | 7.3% | intergenic (+51/‑136) | yjaG/hupA | conserved protein YjaG/DNA‑binding protein HU‑alpha |
? | NC_000913 | 4200182 = | 218 (2.490) | intergenic (+88/‑99) | yjaG/hupA | conserved protein YjaG/DNA‑binding protein HU‑alpha |
Only 100 of 365 total aligned reads displayed.
GCTGAGTGCGAAGAACGCGATATCGAGCTGATAAAAGGCCTTAGGGCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTT‑CGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAGGATAACTTATGAACAAGACTC > NC_000913/4199996‑4200293 | tGAGTGCGAAGAACGCGATATCGAGCTGATAAAAGGCCTTAGGGCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTT > 2:876390‑M1/1‑150 (MQ=255) tGAGTGCGAAGAACGCGATATCGAGCTGATAAAAGGCCTTAGGGCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTT < 2:1006017‑M1/150‑1 (MQ=255) cagttctgctttctctgcaattacatcaatcagttgagtcttgttcataagttatccttacaatgtgtttatcgcttgctaagcatcgagtgcgacggaaatgccagaatagcactctcctgcatacacgcaccgatagccacttttttt > 1:1169297‑M1/148‑150 (MQ=255) 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ttctgctttctctgcaattacatcaatcagttgagtcttgttcataagttatccttacaatgtgtttatcgcttgctaagcatcgagtgcgacggaaatgccagaatagcactctcctgcatacacgcaccgatagccacttttTTT‑CGc > 1:1274504‑M1/145‑150 (MQ=255) gCGAAGAACGCGATATCGAGCTGATAATAGGCCTTAGGGCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTT‑CGCCC > 1:1212878‑M1/1‑150 (MQ=255) gCGAAGAACGCGATATCGAGCTGATAAAAGGCCTTAGGGCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTT‑CGCCC > 2:1035662‑M1/1‑150 (MQ=255) gCGAAGAACGCGATATCGAGCTGATAAAAGGCCTTAGGGCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTT‑CGCCC > 1:986102‑M1/1‑150 (MQ=255) gCGAAGAACGCGATATCGAGCTGATAAAAGGCCTTAGGGCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTT‑CGCCC < 1:1494212‑M1/150‑1 (MQ=255) 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cTGATAAAAGGCCTTAGGGCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTT‑CGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTgg < 2:187083‑M2/150‑3 (MQ=255) gATAAAAGGCCTTAGGGCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTT‑CGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTgggg > 1:962457‑M2/1‑146 (MQ=255) gATAAAAGGCCTTAGGGCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTT‑CGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTgggg < 1:1098644‑M2/150‑5 (MQ=255) tAAAAGGCCTTAGGGCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTT‑CGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTgggggg < 1:762449‑M2/150‑7 (MQ=255) cagttgagtcttgttcataagttatccttacaatgtgtttatcgcttgctaagcatcgagtgcgacggaaatgccagaatagcactctcctgcatacacgcaccgatagccacttttTTT‑CGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGc > 1:1598580‑M1/118‑150 (MQ=255) aaaattccttagggCAGAACTGCGTGAGGCGGGTGAGATCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTTATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTT‑CTCCCCC‑Caaatgtagaccagacggggggc < 2:1395707‑M1/144‑23 (MQ=255) aaaGGCCTTAGGGCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTT‑CGACCCC‑CGTCTGGTCTACATTTggggggcg < 1:1318408‑M2/150‑9 (MQ=255) aaGGCCTTAGGGCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTT‑CGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTggggggcga > 1:495870‑M2/1‑141 (MQ=255) tgagtcttgttcataagttatccttacaatgtgtttatcgcttgctaagcatcgagtgcgacggaaatgccagaatagcactctcctgcatacacgcaccgatagccacttttTTT‑CGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑aaa > 2:1375139‑M1/114‑150 (MQ=255) ccTTAGGGCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTT‑CGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑aaaaa > 1:546270/1‑150 (MQ=255) ttAGGGCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTT‑CGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑aaaaaaa > 2:437451/1‑150 (MQ=255) tAGGGCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTT‑CGCCCCC‑Caaatgtagaccagacggggggcgaaagggaa < 1:703683‑M1/150‑32 (MQ=255) tAGGGCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTT‑CGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAg < 1:1046671/150‑1 (MQ=255) gggCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTT‑CGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTg < 2:1451281/150‑1 (MQ=255) gCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTT‑CGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTGGc < 1:147811/150‑1 (MQ=255) 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ttGTCGTACGTGGAGTGTTCCCTTT‑CGCCGCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGGATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAg < 2:1318408/150‑1 (MQ=255) ttGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTT‑CGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAg < 2:224582/150‑1 (MQ=255) gTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTT‑CGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAGGa > 2:8441/1‑150 (MQ=255) cGTACCTGGAGTCTTCCCTTT‑CGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGAAAAACACATTGTAAGGATa < 1:1454223/150‑1 (MQ=255) tACCTGGAGTCTTCCCTTT‑CGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAGGATAAc > 1:90352/1‑150 (MQ=255) 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cTTCCCTTT‑CGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTggggggcgaaagggaagactccaggtacgacaaatcaggcgttaaatcacgttttctggtcttattgctgaaaaattataccaatattgctctcacccgcctcacgcaggtctgccct < 1:65740‑M2/150‑119 (MQ=255) tCCCTTT‑CGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAGGATAACTTATGAACAAGa > 2:977185/1‑150 (MQ=255) | GCTGAGTGCGAAGAACGCGATATCGAGCTGATAAAAGGCCTTAGGGCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTT‑CGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAGGATAACTTATGAACAAGACTC > NC_000913/4199996‑4200293 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |