New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 4200145 = | 235 (2.470) | 17 (0.190) | 12/252 | NT | 7.3% | intergenic (+51/‑136) | yjaG/hupA | conserved protein YjaG/DNA‑binding protein HU‑alpha |
? | NC_000913 | 4200182 = | 218 (2.490) | intergenic (+88/‑99) | yjaG/hupA | conserved protein YjaG/DNA‑binding protein HU‑alpha |
Only 100 of 311 total aligned reads displayed.
GCCTTAGGGCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAGGATAACTTATGAACAAGACTCAACTGATTGATGTAATTGCAGAGAAAGCAGAACTGTCC > NC_000913/4200033‑4200331 | gCCTTAGGGCAGACGTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTTGTATTATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGGCTGATTTGTCGTACCTCGAGTCTTCCCTTTCGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTTGGGGGCG‑aaaa < 2:576317/150‑1 (MQ=255) cTTAGGGCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑aaaaaa > 1:481144/1‑150 (MQ=255) cTTAGGGCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑aaaaaa > 2:969552/1‑150 (MQ=255) ttAGGGCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑aaaaaaa > 2:1651656/1‑150 (MQ=255) tAGGGCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAg < 1:1046671/150‑1 (MQ=255) tAGGGCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAg > 1:1200855/1‑150 (MQ=255) gggCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTg < 2:921899/150‑1 (MQ=255) gggCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTg < 2:1126594/150‑1 (MQ=255) gttcataagttatccttacaatgtgtttatcgcttgctaagcatcgagtgcgacggaaatgccagaatagcactctcctgcatacacgcaccgatagccacttttTTTCGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTgg > 2:1505972‑M1/106‑150 (MQ=255) gCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTGGc < 2:456710/150‑1 (MQ=255) gCAGACCTGCGGGAGGCGGGTGAGAGCAATTTTCGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTCGAGTCTTCCCTTTCGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTGGc < 2:442295/150‑1 (MQ=255) gACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑aaaaaa < 1:639798/141‑1 (MQ=255) gACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑aaaaaa > 2:639798/1‑141 (MQ=255) gACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTGGCTAt > 1:1489963/1‑150 (MQ=255) ccTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCGAAAAAAAAGTGGCTATc > 1:926309/1‑150 (MQ=255) tGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTGGCTATCGGt > 2:1432932/1‑150 (MQ=255) gCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTGGCTATCGGTg > 1:1232358/1‑150 (MQ=255) gTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTGGCTATCGGTGCg < 1:57004/150‑1 (MQ=255) 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agagCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGgag > 1:1546799/1‑150 (MQ=255) agagCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGgag > 1:729883/1‑150 (MQ=255) agagCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGgag > 2:1492653/1‑150 (MQ=255) agagCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGgag < 2:1515158/150‑1 (MQ=255) cAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTg < 2:94575/150‑1 (MQ=255) aaTATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGATAGTGc < 2:721872/150‑1 (MQ=255) gTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTg > 2:17881/1‑150 (MQ=255) ataATTTTTCAGTAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGc > 1:175290/1‑150 (MQ=255) ataATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGc < 2:1190987/150‑1 (MQ=255) ataATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGc < 2:19745/150‑1 (MQ=255) taATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCa > 2:677344/1‑150 (MQ=255) taATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCa > 1:511567/1‑150 (MQ=255) aTTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCAtt < 1:1514013/150‑1 (MQ=255) tttCAGCAATAAGACCAGAAAACGGGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTGTTCCCTTTCGCCCCG‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGGAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTcc < 1:136015/150‑1 (MQ=255) cgcgcgacgcaaatgccagaatcccacgctcctccatacacgcaccgatagccacttttTTTCGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTc > 1:834635‑M1/60‑150 (MQ=255) 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ttcgccccccaaatgtagaccagacggggggcgaaaAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAGCACATTGTAAGGATAACTTATGAACAAGACTCaa > 1:755427‑M2/37‑150 (MQ=255) CGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAGGATAACTTATGAACAAGACTCAACt < 2:987671‑M1/150‑1 (MQ=255) cgccccccaaatgtagaccagacggggggcgaaaAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAGGATAACTTATGAACAAGACTCAACt > 1:1112804‑M2/35‑150 (MQ=255) CCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAGGATAACTTATGAACAAGACTCAACtga < 2:616755‑M1/150‑1 (MQ=255) gccccccaaatgtagaccagacggggggcgaaaAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAGGATAACTTATGAACAAGACTCAACtg > 1:1598580‑M2/34‑150 (MQ=255) CC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAGGATAACTTATGAACAAGACTCAACtgattg > 2:1583414‑M1/1‑150 (MQ=255) CC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAGGATAACTTATGAACAAGACTCAACtgattg > 2:1219241‑M1/1‑150 (MQ=255) CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAGGATAACTTATGAACAAGACTCAACtgattgat > 1:805103‑M1/1‑150 (MQ=255) tCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAGGATAACTTATGAACAAGACTCAACTGATTGATGt > 1:777827/1‑150 (MQ=255) cTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAGGATAACTTATGAACAAGACTCa < 1:956110/132‑1 (MQ=255) cTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAGGATAACTTATGAACAAGACTCAACTGATTGATGTAATTGc < 1:850974/150‑1 (MQ=255) aTTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAGGATAACTTATGAACAAGACTCAACTGATTGATGTAATTGCagag < 2:777827/150‑1 (MQ=255) aTTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAGGATAACTTATGAACAAGACTCAACTGATTGATGTAATTGCagag < 2:465239/150‑1 (MQ=255) tGGGGGGCG‑AAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAGGATAACTTATGAACAAGACTCAACTGATTGATGTAATTGCAGAGaaa < 2:511567/150‑1 (MQ=255) gggggcgaaaAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGATAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAGGATAACTTATGAACAAGACTCAACTGATTGATGTAATTGCAGAGAAAGc < 1:1181768‑M2/140‑1 (MQ=255) gcgaaaAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAGGATAACTTATGAACAAGACTCAACTGATTGATGTAATTGCAGAGAAAGCAGaa > 2:278795‑M2/7‑150 (MQ=255) gcgaaaAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAGGATAACTTATGAACAAGACTCAACTGATTGATGTAATTGCAGAGAAAGCAGaa < 1:1265524‑M2/144‑1 (MQ=255) cgaaaAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAGGATAACTTATGAACAAGACTCAACTGATTGATGTAATTGCAGAGAAAGCAGAAc > 1:188404‑M2/6‑150 (MQ=255) gaaaAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAGGATAACTTATGAACAAGACTCAACTGATTGATGTAATTGCAGAGAAAGCAGAACt > 2:89960‑M2/5‑150 (MQ=255) aaaAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAGGATAACTTATGAACAAGACTCAACTGATTGATGTAATTGCAGAGAAAGCAGAACTg > 1:1169297‑M2/4‑150 (MQ=255) aaaAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAGGATAACTTATGAACAAGACTCAACTGATTGATGTAATTGCAGAGAAAGCAGAACTg > 1:1084494‑M2/4‑150 (MQ=255) aaaaGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAGGATAACTTATGAACAAGACTCAACTGATTGATGTAATTGCAGAGAAAGCAGAACTGTcc < 1:616755/150‑1 (MQ=255) | GCCTTAGGGCAGACCTGCGTGAGGCGGGTGAGAGCAATATTGGTATAATTTTTCAGCAATAAGACCAGAAAACGTGATTTAACGCCTGATTTGTCGTACCTGGAGTCTTCCCTTTCGCCCCC‑CGTCTGGTCTACATTTGGGGGGCG‑AAAAAAAGTGGCTATCGGTGCGTGTATGCAGGAGAGTGCTATTCTGGCATTTCCGTCGCACTCGATGCTTAGCAAGCGATAAACACATTGTAAGGATAACTTATGAACAAGACTCAACTGATTGATGTAATTGCAGAGAAAGCAGAACTGTCC > NC_000913/4200033‑4200331 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |