New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 1200516 = | 90 (0.950) | 6 (0.060) | 4/266 | NT | 6.8% | coding (291/1128 nt) | intE | e14 prophage; putative integrase |
? | NC_000913 | 1200556 = | 77 (0.830) | coding (251/1128 nt) | intE | e14 prophage; putative integrase |
TGACATCAACGGCTGAGATCAACTTCATTCCTGCTCGTTCTCTGAGCAAGGATACTGGTTTAGCTTTTTGTTTATAGGTGTTGAGTCTTATATCACCACTTTTAAGCCTGTCATCCTGG‑‑‑‑ATCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGCGATCCTGTCACTGATAGCCAGAATCTGCCGGGTTCTTTGTTCAGCCAGGCGAGTGTTGGCCTCAGTGGCAATAGCGATAGCTTCAGCTTCGTTTGTTCCCAAAGCATGGAATTTTCCT > NC_000913/1200407‑1200702 | tGACATCAACGGCTGAGATCAACTTCATTCCTGCTCGTTCTCTGAGCAAGGATACTGGTTTAGCTTTTTGTTTATAGGTGTTGAGTCTTATATCACCACTTTTAAGCCTGTCATCCTGG‑‑‑‑ATCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACg < 2:1208386/150‑1 (MQ=255) tatcgctattgccactgaggccaacactcgcctggctgaacaaagaacccggcagattctggctatcagtgacaggatcgcaaccagcaaaggaaaggctatcacaacGTCATCCTGG‑‑‑‑ATCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGt > 1:290561‑M1/109‑150 (MQ=255) atcgctattgccactgaggccaacactcgcctggctgaacaaagaacccggcagattctggctatcagtgacaggatcgcaaccagcaaaggaaaggctatcacaacGTCATCCTGG‑‑‑‑ATCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGtt > 2:455176‑M1/108‑150 (MQ=255) tcgctattgccactgaggccaacactcgcctggctgaacaaagaacccggcagattctggctatcagtgacaggatcgcaaccagcaaaggaaaggctatcacaacGTCATCCTGG‑‑‑‑ATCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTtg > 2:655254‑M1/107‑150 (MQ=255) tcgctattgccacggaggccaacactcgcctggctgaacaaagaacccggcagagtctggctatcagtgacaggatcgcaaccagcaaaggaaaggctatcacaacGTCATCCTGG‑‑‑‑ATCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTtg > 2:854670‑M1/107‑150 (MQ=255) cATCAACGGCTGAGATCAACTTCATTCCTGCTCGTTCTCTGAGCAAGGATACTGGTTTAGCTTTTTGTTTATAGGTGTTGAGTCTTATATCACCACTTTTAAGCCTGTCATCCTGG‑‑‑‑ATCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTtg < 2:234949/150‑1 (MQ=255) cATCAACGGCTGAGATCAACTTCATTCCTGCTCGTTCTCTGAGCAAGGATACTGGTTTAGCTTTTTGTTTATAGGTGTTGAGTCTTATATCACCACTTTTAAGCCTGTCATCCTGG‑‑‑‑ATCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTtg < 1:14676/150‑1 (MQ=255) aTCAACGGCTGAGATCAACTTCATACCTGCTCGTTCTCTGAGCAAGGATACTGGTTTAGCTTTTTGTTTATAGGTGTTGAGTCTTATATCACCACTTTTAAGCCTGTCATCCTGG‑‑‑‑ATCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTtgt < 2:1576476/150‑1 (MQ=255) cAACGGCTGAGATCAACTTCATTCCTGCTCGTTCTCTGAGCAAGGATACTGGTTTAGCTTTTTGTTTATAGGTGTTGAGTCTTATATCACCACTTTTAAGCCTGTCATCCTGG‑‑‑‑ATCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGa > 2:174459/1‑150 (MQ=255) aaCGGCTGAGATCAACTTCATTCCTGCTCGTTCTCTGAGCAAGGATACTGGTTTAGCTTTTTGTTTATAGGTGTTGAGTCTTATATCACCACTTTTAAGCCTGTCATCCTGG‑‑‑‑ATCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGAt < 1:88257/150‑1 (MQ=255) aaCGGCTGAGATCAACTTCATTCCTGCTCGTTCTCTGAGCAAGGATACTGGTTTAGCTTTTTGTTTATAGGTGTTGAGTCTTATATCACCACTTTTAAGCCTGTCATCCTGG‑‑‑‑ATCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGAt < 1:980206/150‑1 (MQ=255) aaCGGCTGAGATCAACTTCATTCCTGCTCGTTCTCTGAGCAAGGATACTGGTTTAGCTTTTTGTTTATAGGTGTTGAGTCTTATATCACCACTTTTAAGCCTGTCATCCTGG‑‑‑‑ATCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGAt < 2:1185518/150‑1 (MQ=255) aCGGCTGAGATCAACTTCATTCCTGCTCGTTCTCTGAGCAAGGATACTGGTTTAGCTTTTTGTTTATAGGTGTTGAGTCTTATATCACCACTTTTAAGCCTGTCATCCTGG‑‑‑‑ATCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGATa < 1:1555493/150‑1 (MQ=255) aCGGCTGAGATCAACTTCATTCCTGCTCGTTCTCTGAGCAAGGATACTGGTTTAGCTTTTTGTTTATAGGTGTTGAGTCTTATATCACCACTTTTAAGCCTGTCATCCTGG‑‑‑‑ATCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGATa > 1:310695/1‑150 (MQ=255) gCTGAGATCAACTTCATTCCTGCTCGTTCTCTGAGCAAGGATACTGGTTTAGCTTTTTGTTTATAGGTGTTGAGTCTTATATCACCACTTTTAAGCCTGTCATCCTGG‑‑‑‑ATCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGATAGcc > 2:1661357/1‑150 (MQ=255) gCTGAGATCAACTTCATTCCTGCTCGTTCTCTGAGCAAGGATACTGGTTTAGCTTTTTGTTTATAGGTGTTGAGTCTTATATCACCACTTTTAAGCCTGTCATCCTGG‑‑‑‑ATCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGATAGcc < 2:1655263/150‑1 (MQ=255) gagaTCAACTTCATTCCTGCTCGTTCTCTGAGCAAGGATACTGGTTTAGCTTTTTGTTTATAGGTGTTGAGTCTTATATCACCACTTTTAAGCCTGTCATCCTGG‑‑‑‑ATCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGATAGccttt > 2:830941/1‑150 (MQ=255) agaTCAACTTCATTCCTGCTCGTTCTCTGAGCAAGGATACTGGTTTAGCTTTTTGTTTATAGGTGTTGAGTCTTATATCACCACTTTTAAGCCTGTCATCCTGG‑‑‑‑ATCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGATAGcctttc > 1:1374228/1‑150 (MQ=255) 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ttCTCTGAGCAAGGATACTGGTTTAGCTTTTTGTTTATAGGTGTTGAGTCTTATATCACCACTTTTAAGCCTGTCATCCTGG‑‑‑‑ATCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGCGATCCTGTc < 2:805172/150‑1 (MQ=255) ctctGAGCAAGGATACTGGTTTAGCTTTTTGTTTATAGGTGTTGAGTCTTATATCACCACTTTTAAGCCTGTCATCCTGG‑‑‑‑ATCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGCGATCCTGTCAc < 2:968951/150‑1 (MQ=255) gAGCAAGGATACTGGTTTAGCTTTATGTTTATAGGTGTTGAGTCTTATATCACCACTTTTAAGCCTGTCATCCTGG‑‑‑‑ATCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGATAGCCTTTCCTTTGGTGGTTGCGATCATGTCACTGAt > 2:1099997/1‑150 (MQ=255) aGCAAGGATACTGGTTTAGCTTTTTGTTTATAGGTGTTGAGTCTTATATCACCACTTTTAAGCCTGTCATCCTGG‑‑‑‑ATCGCTTGATAGCGATCTACCCAGGTTGACGTTGTGATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGCGATCCTGTCACTGATa > 2:180633/1‑150 (MQ=255) aGCAAGGATACTGGTTTAGCTTTTTGTTTATAGGTGTTGAGTCTTATATCACCACTTTTAAGCCTGTCATCCTGG‑‑‑‑ATCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGCGATCCTGTCACTGATa < 2:914670/150‑1 (MQ=255) 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acgtcaacctggttagatcgctatcaagcgatccaggatgacGTTGTGATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGCGATCCTGTCACTGATAGCCAGAATCTGCCGGGTTCTTTGTTCAGCCAGGCGAGTGTTGGCCTCAGTGGCAATAGCGATa > 1:290561‑M2/43‑150 (MQ=255) tCCTGG‑‑‑‑ATCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGTGATCCTGTCACTGATAGCCAGAATCTGCCGGGTTCTTTGTTCAGCCAGGCGAGTGTTGGCCTCAGTGGCAATAGCGATagcttca > 2:1573068/1‑150 (MQ=255) tCCTGG‑‑‑‑ATCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGCGATCCTGTCACTGATAGCCAGAATCTGCCGGGTTCTTTGTTCAGCCAGGCGAGTGTTGGCCTCAGTGGCAATAGc < 1:1413142/140‑1 (MQ=255) tCCTGG‑‑‑‑ATCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGCGATCCTGTCACTGATAGCCAGAATCTGCCGGGTTCTTTGTTCAGCCAGGCGAGTGTTGGCCTCAGTGGCAATAGc > 2:1413142/1‑140 (MQ=255) tCCTGG‑‑‑‑ATCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGCGATCCTGTCACTGATAGCCAGAATCTGCCGGGTTCTTTGTTCAGCCAGGCGAGTGTTGGCCTCAGTGGCAATAGCGATagcttca > 1:367332/1‑150 (MQ=255) ccTGG‑‑‑‑ATCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGCGATCCTGTCACTGATAGCCAGAATCTGCCGGGTTCTTTGTTCAGCCAGGCGAGTGTTGGCCTCAGTGGCAATAGCGATagcttcag < 2:119771/150‑1 (MQ=255) ctggttagatcgctatcaagcgatccaaccaggttgacGTTGTGATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGCGATCCTGTCACTGATAGCCAGAATCTGCCGGGTTCTTTGTTCAGCCAGGCGAGTGTTGGCCTCAGTGGCAATAGCGATagctt > 1:971433‑M2/39‑150 (MQ=255) aTCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGTGATCCTGTCACTGATAGCCAGAATCTGCCGGGTTCTTTGTTCAGCCAGGCGAGTGTTGGCCTCAGTGGCAATAGCGATAGCTTCAGCTTCg < 1:1573068/150‑1 (MQ=255) ggCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGCGATCCTGTCACTGATAGCCAGAATCTGCCGGGTTCTTTGTTCAGCCAGGCGAGTGTTGGCCTCAGTGGCAATAGCGATAGCTTCAGCTTCGtt < 1:167108/149‑1 (MQ=255) cGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGCGATCCTGTCACTGATAGCCAGAATCTGCCGGGTTCTTTGTTCAGCCAGGCGAGTGTTGGCCTCAGTGGCAATAGCGATAGCTTCAGCTTCGtt < 1:433096/150‑1 (MQ=255) gCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGCGATCCTGTCACTGATAGCCAGAATCTGCCGGGTTCTTTGTTCAGCCAGGCGAGTGTTGGCCTCAGTGGCAATAGCGATAGCTTCAGCTTCGttt > 2:932601/1‑150 (MQ=255) cTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGCGATCCTGTCACTGATAGCCAGAATCTGCCGGGTTCTTTGTTCAGCCAGGCGAGTGTTGGCCTCAGTGGCAATAGCGATAGCTTCAGCTTCGTTTg < 1:932601/150‑1 (MQ=255) ttGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGCGATCCTGTCACTGATAGCCAGAATCTGCCGGGTTCTTTGTTCAGCCAGGCGAGTGTTGGCCTCAGTGGCAATAGCGATAGCTTCAGCTTCGTTTGt > 2:965273/1‑150 (MQ=255) tGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGCGATCCTGTCACTGATAGCCAGAATCTGCCGGGTTCTTTGTTCAGCCAGGCGAGTGTTGGCCTCAGTGGCAATAGCGATAGCTTCAGCTTCGTTTGtt > 2:87190/1‑150 (MQ=255) gATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGCGATCCTGTCACTGATAGCCAGAATCTGCCGGGTTCTTTGTTCAGCCAGGCGAGTGTTGGCCTCAGTGGCAATAGCGATAGCTTCAGCTTCGTTTGTTc < 1:1191078/150‑1 (MQ=255) gCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGCGATCCTGTCACTGATAGCCAGAATCTGCCGGGTTCTTTGTTCAGCCAGGCGAGTGTTGGCCTCAGTGGCAATAGCGATAGCTTCAGCTTCGTTTGTTCCCaa > 1:1325203/1‑150 (MQ=255) cGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGCGATCCTGTCACTGATAGCCAGAATCTGCCGGGTTCTTTGTTCAGCCAGGCGAGTGTTGGCCTCAGTGGCAATAGCGATAGCTTCAGCTTCGTTTGTTCCCaaa > 1:418547/1‑150 (MQ=255) cTAACCAGGTTGACGTTGTGATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGCGATCCTGTCACTGATAGCCAGAATCTGCCGGGTTCTTTGTTCAGCCAGGCGAGTGTTGGCCTCAGTGGCAATAGCGATAGCTTCAGCTTCGTTTGTTCCCAAAGCAt > 1:1466865/1‑150 (MQ=255) ccAGGTTGACGTTGTGATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGCGATCCTGTCACTGATAGCCAGAATCTGCCGGGTTCTTTGTTCAGCCAGGCGAGTGTTGGCCTCAGTGGCAATAGCGATAGCTTCAGCTTCGTTTGTTCCCAAAGCATGGaa > 1:1457267/1‑150 (MQ=255) cAGGTTGACGTTGCGATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGCGATCCTGTCACTGATAGCCAGAATCTGCCGGGTTCTTTGTTCAGCCAGGCGAGTGTTGGCCTCAGTGGCAATAGCGATAGCTTCAGCTTCGTTTGTTCCCAAAGCATGGAAt > 2:638929/1‑150 (MQ=255) ttGACGTTGTGATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGCGATCCTGTCACTGATAGCCAGAATCTGCCGGGTTCTTTGTTCAGCCACGCGAGTGTTGGCCTCAGTGGCAATACCGATAGCTTCAGCTTCGATTGTTCCCAAACCATGGAATTTTc > 2:924727/1‑150 (MQ=255) gacGTTGTGATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGCGATCCTGTCACTGATAGCCAGAATCTGCCGGGTTCTTTGTTCAGCCAGGCGAGTGTTGGCCTCAGTGGCAATAGCGATAGCTTCAGCTTCGTTTGTTCCCAAAGCATGGAATTTTCCt < 1:317504‑M2/147‑1 (MQ=255) | TGACATCAACGGCTGAGATCAACTTCATTCCTGCTCGTTCTCTGAGCAAGGATACTGGTTTAGCTTTTTGTTTATAGGTGTTGAGTCTTATATCACCACTTTTAAGCCTGTCATCCTGG‑‑‑‑ATCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGCGATCCTGTCACTGATAGCCAGAATCTGCCGGGTTCTTTGTTCAGCCAGGCGAGTGTTGGCCTCAGTGGCAATAGCGATAGCTTCAGCTTCGTTTGTTCCCAAAGCATGGAATTTTCCT > NC_000913/1200407‑1200702 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |