| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 317664 | 102 (1.170) | 7 (0.090) | 7/256 | NT | 6.7% | intergenic (‑528/+62) | ykgA/rclC | putative DNA‑binding transcriptional regulator YkgA/reactive chlorine species resistance protein C |
| ? | NC_000913 | = 317682 | 100 (1.230) | intergenic (‑546/+44) | ykgA/rclC | putative DNA‑binding transcriptional regulator YkgA/reactive chlorine species resistance protein C | |||||
GGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/317507‑317664‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggcgtcaggcCCCCTTTCTGATGATGAAGCCTGACGCCATATTACCGGAGATATGACAGAGTGAAGATCAATATCACTCCCTGTTAAAAGGTTTTTGTCGTCTTAGGTAAAATACATGATTAATATCAATCATGTATTTTTACAGCAAGACAACCAC < NC_000913/317682‑317536 GGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGG > 2:356211/1‑150GGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGG > 1:1026312/1‑150GGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGG < 1:430695/150‑1 TAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCG > 1:1354985/1‑150 AAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTC > 1:1324049/1‑150 AAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTC > 2:627323/1‑150 AACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATTATTGATATTAATCATCTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCA > 2:1186376/1‑150 AACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCA > 2:762082/1‑150 ACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAG < 1:66016/150‑1 ACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAG < 2:1361008/150‑1 ATTTTAATCCTTAATTTGTTGTTTGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCTTGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACGTTTTAAGAGTGAGTGATATTTATGTTCACTCTGTCATATCTCCGGTATTATTGCGTCAGGC < 2:7871/150‑1 TTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGCCCCCTTTCTGATGATGAAGCCTGAC < 2:380560/150‑1 TGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGCCCCCTTTCTGATGATGAAGCCTGACG < 1:1479050/150‑1 GTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGCCCCCTTTCTGATGATGAAGCCTGACGC < 1:88050/150‑1 TCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGCCCCCTTTCTGATGATGAAGCCTGACGCC < 1:576870/150‑1 GCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATG > 2:263590/1‑109 GCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATG < 1:263590/109‑1 AAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGCCCCCTTTCTGATGATGAAGCCTGACGCCATATTACCGG < 2:186597/150‑1 CATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGCCCCCTTTCTGATGATGAAGCCTGACGCCATATTACCGGAGATAT < 1:939002/150‑1 TAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGCCCCCTTTCTGATGATGAAGCCTGACGCCATATTACCGGAGATATGACAGAGTGAAGATCAATATCACTCCCTGTTAAAAGGTTTTTGTCGTC < 2:1354985/150‑1 CGTCAGGCCCCCTTTATGATGATGAAGCCTGACGCCATATTACCGGAGATATGACAGAGTGAAGATCAATATCACTCCCTGTTAAAAGGTTTTTGTCGTCTTAGGTAAAATACATGATTAATATCAATCATGTATTTTTACAGCAAGACA > 1:605842/1‑150 CAGGCCCCCTTTCTGATGATGAAGCCTGACGCCATATTACCGGAGATATGACAGAGTGAAGATCAATATCACTCCCTGTTAAAAGGTTTTTGTCGTCTTAGGTAAAATACATGATTAATATCAATCATGTATTTTTACAGCAAGACAACC > 2:1474678/1‑150 CAGGCCCCCTTTCTGATGATGAAGCCTGACGCCATATTACCGGAGATATGACAGAGTGAAGATCAATATCACTCCCTGTTAAAAGGTTTTTGTCGTCTTAGGTAAAATACATGATTAATATCAATCATGTATTTTTACAGCAAGACAACC < 2:622180/150‑1 AGGCCCCCTTTCTGATGATGAAGCCTGACGCCATATTACCGGAGATATGACAGAGTGAAGATCAATATCACTCCCTGTTAAAAGGTTTTTGTCGTCTTAGGTAAAATACATGATTAATATCAATCATGTATTTTTACAGCAAGACAACCA < 2:1531621/150‑1 GGCCCCCTTTCTGATGATGAAGCCTGACGCCATATTACCGGAGATATGACAGAGTGAAGATCAATATCACTCCCTGTTAAAAGGTTTTTGTCGTCTTAGGTAAAATACATGATTAATATCAATCATGTATTTTTACAGCAAGACAACCAC > 1:555986/1‑150 GGCCCCCTTTCTGATGATGAAGCCTGACGCCATATTACCGGAGATATGACAGAGGGAAGATCAATATCACTCCCTGTTAAAAGGTTTTTGTCGTCTTAGGTAAAATACATGATAAATATCAATCATGTATTTTTACAGCAAGACAACCAC < 1:207912/150‑1 GGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/317507‑317664‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggcgtcaggcCCCCTTTCTGATGATGAAGCCTGACGCCATATTACCGGAGATATGACAGAGTGAAGATCAATATCACTCCCTGTTAAAAGGTTTTTGTCGTCTTAGGTAAAATACATGATTAATATCAATCATGTATTTTTACAGCAAGACAACCAC < NC_000913/317682‑317536 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |