New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 317664 | 102 (1.170) | 7 (0.090) | 7/256 | NT | 6.7% | intergenic (‑528/+62) | ykgA/rclC | putative DNA‑binding transcriptional regulator YkgA/reactive chlorine species resistance protein C |
? | NC_000913 | = 317682 | 100 (1.230) | intergenic (‑546/+44) | ykgA/rclC | putative DNA‑binding transcriptional regulator YkgA/reactive chlorine species resistance protein C |
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
ATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGCTTCATCATCAGAAAGGGGGCCTGACGCCTGAAAAAGTGAACAACAGACAGTGTTCGGATTATCAATATTCAGTTTTTAACGTTGAACTGGATTCATTACTGCGTTGTTTAAGAATTTCCCGCGCCGAATCTGCCATTATCATGACTG > NC_000913/317515‑317811 | ttttAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGCt > 2:525830/1‑150 (MQ=255) ttttAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGGCAGGCt < 2:233690/150‑1 (MQ=255) ttAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGCTtc < 1:1404342/150‑1 (MQ=255) tAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGCTtca < 1:805433/150‑1 (MQ=255) tAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGCTtca < 1:406056/150‑1 (MQ=255) tAATCATTAATTTGTTCGTTGTTTTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGAGAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGCTtca < 1:587249/150‑1 (MQ=255) tCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCCCCGGTAATATGGCGTCAGGCTtcatca < 1:1059642/150‑1 (MQ=255) ccTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGCTtcatcat > 1:1092186/1‑150 (MQ=255) cTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGCTtcatcatc > 2:574214/1‑150 (MQ=255) tGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGCTTCATAATCAGAAAgg > 2:960734/1‑150 (MQ=255) gTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGCTTCATCATCAGAAAggg > 2:1086484/1‑150 (MQ=255) tGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGCTTCATCATCAGAAAGGGGgcct < 2:1531621‑M2/150‑5 (MQ=255) ggTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGCTTCATCATCAGAAAGGGGgcctg > 2:1474678‑M2/1‑145 (MQ=255) 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atGGCGTCAGGCTTCATCATCAGAAAGGGGGCCTGACGCCTGAAAAAGTGAACAACAGACAGTGTTCGGATTATCAATATTCAGTTTTTAACGTTGAACTGGATTCATTACTGCGTTGTTTAAGAATTTCCCGCGCCGAATCTGCCATTa > 1:452185/1‑150 (MQ=255) ggCGTCAGGCTTCATCATCAGAAAGGGGgcctgacgccatattaccggagatatgacagagtgaagatcaatatcactccctgttaaaaggtttttgtcgtcttaggtaaaatacatgattaatatcaatcatgtatttttacagcaaga < 1:576870‑M2/150‑123 (MQ=255) gCGTCAGGCTTCATCATCAGAAAGGGGgcctgacgccatattaccggagatatgacagagtgaagatcaatatcactccctgttaaaaggtttttgtcgtcttaggtaaaatacatgattaatatcaatcatgtatttttacagcaagac < 1:88050‑M2/150‑124 (MQ=255) gCGTCAGGCTTCATCATCAGAAAGGGGGCCTGACGCCTGAAAAAGTGAACAACAGACAGTGTTCGGATTATCAATATTCAGTTTTTAACGTTGAACTGGATTCATTACTGCGTTGTTTAAGAATTTCCCGCGCCGAATCTGCCATTATCa < 1:1004206/150‑1 (MQ=255) cGTCAGGCcccctttatgatgatgaagcctgacgccatattaccggagatatgacagagtgaagatcaatatcactccctgttaaaaggtttttgtcgtcttaggtaaaatacatgattaatatcaatcatgtatttttacagcaagaca > 1:605842‑M1/1‑8 (MQ=255) cAGGCcccctttctgatgatgaagcctgacgccatattaccggagatatgacagagtgaagatcaatatcactccctgttaaaaggtttttgtcgtcttaggtaaaatacatgattaatatcaatcatgtatttttacagcaagacaacc < 2:622180‑M1/150‑146 (MQ=255) cAGGCcccctttctgatgatgaagcctgacgccatattaccggagatatgacagagtgaagatcaatatcactccctgttaaaaggtttttgtcgtcttaggtaaaatacatgattaatatcaatcatgtatttttacagcaagacaacc > 2:1474678‑M1/1‑5 (MQ=255) aGGCcccctttctgatgatgaagcctgacgccatattaccggagatatgacagagtgaagatcaatatcactccctgttaaaaggtttttgtcgtcttaggtaaaatacatgattaatatcaatcatgtatttttacagcaagacaacca < 2:1531621‑M1/150‑147 (MQ=255) ggCcccctttctgatgatgaagcctgacgccatattaccggagatatgacagagtgaagatcaatatcactccctgttaaaaggtttttgtcgtcttaggtaaaatacatgattaatatcaatcatgtatttttacagcaagacaaccac > 1:555986‑M1/1‑3 (MQ=255) ggCcccctttctgatgatgaagcctgacgccatattaccggagatatgacagagggaagatcaatatcactccctgttaaaaggtttttgtcgtcttaggtaaaatacatgataaatatcaatcatgtatttttacagcaagacaaccac < 1:207912‑M1/150‑148 (MQ=255) ggCTTCATCATCAGAAAGGGGGCCTGACGCCTGAAAAAGTGAACAACAGACAGTGTTCGGATTATCAATATTCAGTTTTTAACGTTGAACTGGATTCATTACTGCGTTGTTTAAGAATTTCCCGCGCCGAATCTGCCATTATCATGACTg > 1:204114/1‑150 (MQ=255) ggCTTCATCATCAGAAAGGGGGCCTGACGCCTGAAAAAGTGAACAACAGACAGTGTTCGGATTATCAATATTCAGTTTTTAACGTTGAACTGGATTCATTACTGCGTTGTTTAAGAATTTCCCGCGCCGAATCTGCCATTATCATGACTg < 2:1242193/150‑1 (MQ=255) | ATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGCTTCATCATCAGAAAGGGGGCCTGACGCCTGAAAAAGTGAACAACAGACAGTGTTCGGATTATCAATATTCAGTTTTTAACGTTGAACTGGATTCATTACTGCGTTGTTTAAGAATTTCCCGCGCCGAATCTGCCATTATCATGACTG > NC_000913/317515‑317811 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |