| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1201870 = | 68 (0.780) | 4 (0.050) | 4/264 | NT | 5.8% | coding (215/309 nt) | ymfJ | e14 prophage; protein YmfJ |
| ? | NC_000913 | 1201905 = | 65 (0.780) | coding (180/309 nt) | ymfJ | e14 prophage; protein YmfJ | |||||
AATATATTTGTCTGTAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTATC > NC_000913/1201722‑1202019 | attgttgctggaagacgctaaacgtttgcagcagatagagccaaatgcaggcactgaggcccgcattttgttagcaaaacaggcattaaagacttgcggggcgcaagcccctggtcgaaccgagttcatgaatttcatggctaacacaCt > 2:1420624‑M1/149‑150 (MQ=255)aaTATATTTGTCTGTAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCt < 1:200842/150‑1 (MQ=255)aaTATATTTGTCTGTAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTAAGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCt < 2:653763/150‑1 (MQ=255) atatatTTGTCTGTAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTc < 2:1535585/150‑1 (MQ=255) tatatTTGTCTGTAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCa > 1:173634/1‑150 (MQ=255) ttgctggaagacgctaaacgtttgcagcagatagagccaaatgcaggcactgaggcccgcattttgttagcaaaacaggcattaaagacttgcggggcgcaagcccctggtcgaaccgagttcatgaatttcatggctaacacaCTCAcc < 1:969057‑M1/6‑1 (MQ=255) ttgctggaagacgctaaacgtttgcagcagatagagccaaatgcaggcactgaggcccgcattttgttagcaaaacaggcattaaagacttgcggggcgcaagcccctggtcgaaccgagttcatgaatttcatggctaacacaCTCAcc > 2:1287910‑M1/145‑150 (MQ=255) ttgctggaagacgctaaacgtttgcagcagatagagccaaatgcaggcactgaggcccgcattttgttagcaaaacaggcattaaagacttgcggggcgcaagcccctggtcgaaccgagttcatgaatttcatggctaacacaCTCAcc > 2:358708‑M1/145‑150 (MQ=255) tgctggaagacgctaaacgtttgcagcagatagagccaaatgcaggcactgaggcccgcattttgttagcaaaacaggcattaaagacttgcggggcgcaagcccctggtcgaaccgagttcatgaatttcatggctaacacaCTc > 1:772964‑M1/144‑146 (MQ=255) tgctggaagacgctaaacgtttgcagcagatagagccaaatgcaggcactgaggcccgcattttgttagcaaaacaggcattaaagacttgcggggcgcaagcccctggtcgaaccgagttcatgaatttcatggctaacacaCTc < 2:772964‑M1/3‑1 (MQ=255) tttGTCTGTAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCtt > 1:275213/1‑150 (MQ=255) tttGTCTGTAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCtt > 2:1393262/1‑150 (MQ=255) ttGTCTGTAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTtc < 1:1232045/150‑1 (MQ=255) tCTGTAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTtctct < 1:1459559/150‑1 (MQ=255) tGTAAATTTGAAAAAAGCGCATCCTTACTTACGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACAAGGATCAACTTCTCTcc > 2:1205266/1‑150 (MQ=255) aaTTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTg < 1:1285230/150‑1 (MQ=255) aaTTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTg < 2:408485/150‑1 (MQ=255) tttGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCa > 1:1420272/1‑150 (MQ=255) 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tGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCa < 2:499541/150‑1 (MQ=255) tGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCa > 2:305304/1‑150 (MQ=255) aTAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCAtt > 1:782908/1‑150 (MQ=255) tAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTgtgtttatcacgacacaatggttaaggctttaagaatcgagcttgatgggcttaggcgtaagatcgtaatgaacgaaatcgttaccaactaaggaagcag > 1:102848‑M2/1‑45 (MQ=255) tAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTgtgtttatcacgacacaatggttaaggctttaagaatcgagcttgatgggcttaggcgtaagatcgtaatgaacgaaatcgttaccaactaaggaagcag < 2:102848‑M2/145‑101 (MQ=255) tAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCAttt > 2:832249/1‑150 (MQ=255) acacGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGc < 1:1164396/150‑1 (MQ=255) acacGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGc < 1:1324175/150‑1 (MQ=255) acacGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGc > 1:1530492/1‑150 (MQ=255) acacGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGc < 2:848542/150‑1 (MQ=255) acacGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGc < 1:757293/150‑1 (MQ=255) acGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGctc < 2:791676/150‑1 (MQ=255) acGGCTCACCTTCTCTCCAATGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTAAGCCATGAAATTCATGAACTCGGCGCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTACTGCCTGTTATGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGctc < 1:1416699/150‑1 (MQ=255) gCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTgc < 2:741567/82‑1 (MQ=255) gCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTgc > 1:741567/1‑82 (MQ=255) gCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTAt < 2:224824/150‑1 (MQ=255) CTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCACCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAAAAAAATGCGGGCCTCATTGCCTGCATTTGTCTCTATc > 2:640871‑M1/1‑150 (MQ=255) | AATATATTTGTCTGTAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTATC > NC_000913/1201722‑1202019 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |