New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 1229368 = | 81 (0.930) | 5 (0.060) | 4/254 | NT | 5.8% | intergenic (+92/+115) | ycgN/hlyE | PF03693 family protein YcgN/hemolysin E |
? | NC_000913 | 1229409 = | 87 (1.080) | intergenic (+133/+74) | ycgN/hlyE | PF03693 family protein YcgN/hemolysin E |
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
ATCAGAAGTGATTGACTGGCAGGATCATATCTTAAATAAACCTGACTGGGCGCAGTGATAAATTTAATAGATGCTGATGGGGGCTTTCTTAATATACGTCTGGATGCTCGCCATTTCGTAGCCCTGTTTTTGAAAGCGCTCTGTCATAATGAGAGTTACCCGATACCTTATTATCAACAGGTAACTCTCAATCTTTAAAAAACGTCTGTGTTTTTAAATGTGATAAACCTTATACCTTGAGTACATGGAGAGAATAATCGCTTATCAGACTTCAGGTACCTCAAAGAGTGTCTTTTTAC > NC_000913/1229219‑1229517 | aTCAGAAGTGATTGACTGGCAGGATCATATCTTAAATAAACCTGACTGGGCGCAGTGATAAATTTAATAGATGCTGATGGGGGCTTTCTTAATATACGTCTGGATGCTCGCCATTTCGTAGCCCTGTTTTTGAAAGCGCTCTGTCATAAT > 1:427716‑M1/1‑150 (MQ=255) aaatgattaacacctgtaatgagtatcagaaaagacacggtaaaaagacactctttgaggtacctgaagtctgataagcgattattctctccatgtactcaaggtataaggtttatcacatttaaaaacacagacgttttttaaagatTg > 1:292721‑M1/149‑150 (MQ=255) gattaacacctgtaatgagtatcagaaaagacacggtaaaaagacactctttgaggtacctgaagtctgataagcgattattctctccatgtactcaaggtataaggtttatcacatttaaaaacacagacgttttttaaagatTGagag > 2:349446‑M1/145‑150 (MQ=255) aaGTGATTGACTGGCAGGATCATATCTTAAATAAACCTGACTGGGCGCAGTGATAAATTTAATAGATGCTGATGGGGGCTTTCTTAATATACGTCTGGATGCTCGCCATTTCGTAGCCCTGTTTTTGAAAGCGCTCTGTCATAATGAGAG > 2:775571‑M1/1‑150 (MQ=255) aaGTGATTGACTGGCAGGATCATATCTTAAATAAACCTGACTGGGCGCAGTGATAAATTTAATAGATGCTGATGGGGGCTTTCTTAATATACGTCTGGATGCTCGCCATTTCGTAGCCCTGTTTTTGAAAGCGCTCTGTCATAATGAGAG > 2:563030‑M1/1‑150 (MQ=255) taacacctgtaatgagtatcagaaaagacacggtaaaaagacactctttgaggtacctgaagtctgataagcgattattctctccatgtactcaaggtataaggtttatcacatttaaaaacacagacgttttttaaagatTGAGAGTTa < 1:986451‑M1/9‑1 (MQ=255) aacacctgtaatgagtatcagaaaagacacggtaaaaagacactctttgaggtacctgaagtctgataagcgattattctctccatgtactcaaggtataaggtttatcacatttaaaaacacagacgttttttaaagatTGAGAGTTAc < 1:586501‑M1/10‑1 (MQ=255) cTGGCAGGATCATATCTTAAATAAACCTGACTGGGCGCAGTGATAAATTTAATAGATGCTGATGGGGGCTTTCTTAATATACGTCTGGATGCTCGCCATTTCGTAGCCCTGTTTTTGAAAGCGCTCTGTCATAATGAGAGTTACCCGATa > 1:1497980/1‑150 (MQ=255) ggCAGGATCATATCTTAAATAAACCTGACTGGGCGCAGTGATAAATTTAATAGATGCTGATGGGGGCTTTCTTAATATACGTCTGGATGCTCGCCATTTCGTAGCCCTGTTTTTGAAAGCGCTCTGTCATAATGAGAGTTACCCGATAcc > 2:308144/1‑150 (MQ=255) gCAGGATCATATCTTAAATAAACCTGACTGGGCGCAGTGATAAATTTAATAGATGCTGATGGGGGCTTTCTTAATATACGTCTGGATGCTCGCCATTTCGTAGCCCTGTTTTTGAAAGCGCTCTGTCATAATGAGAGTTACCCGATACCt < 1:1255770/150‑1 (MQ=255) cAGGATCATATCTTAAATAAACCTGACTGGGCGCAGTGATAAATTTAATAGATGCTGATGGGGGCTTTCTTAATATACGTCTGGATGCTCGCCATTTCGTAGCCCTGTTTTTGAAAGCGCTCTGTCATAATGAGAGTTACCCGATACCtt > 1:1235227/1‑150 (MQ=255) cAGGATCATATCTTAAATAAACCTGACTGGGCGCAGTGATAAATTTAATAGATGCTGATGGGGGCTTTCTTAATATACGTCTGGATGCTCGCCATTTCGTAGCCCTGTTTTTGAAAGCGCTCTGTCATAATGAGAGTTACCCGATACCtt > 2:313679/1‑150 (MQ=255) tgagtatcagaaaagacacggtaaaaagacactctttgaggtacctgaagtctgataagcgattattctctccatgtactcaaggtataaggtttatcacatttaaaaacacagacgttttttaaagatTGAGAGTTACCCGATACCtta < 1:538480‑M1/21‑1 (MQ=255) ggATCATATCTTAAATAAACCTGACTGGGCGCAGTGATAAATTTAATAGATGCTGATGGGGGCTTTCTTAATATACGTCTGGATGCTCGCCATTTCGTAGCCCTGTTTTTGAAAGCGCTCTGTCATAATGAGAGTTACCCGATACCttat < 2:81460/150‑1 (MQ=255) aTCATATCTTAAATAAACCTGACTGGGCGCAGTGATAAATTTAATAGATGCTGATGGGGGCTTTCTTAATATACGTCTGGATGATCGCCATTTCGTAGCAGTGTTTTTGAAAGCGATCTGTCATAATGAGAGTTACCCGATACAttatta > 2:510014/1‑150 (MQ=255) tCATATCTTAAATAAACCTGACTGGGCGCAGTGATAAATTTAATAGATGCTGATGGGGGCTTTCTTAATATACGTCTGGATGCTCGCCATTTCGTAGCCCTGTTTTTGAAAGCGCTCTGTCATAATGAGAGTTACCCGATACCTtattat > 2:895630/1‑150 (MQ=255) tatatCTTAAATAAACCTGACTGCGCGCAGTGATAATTTTTATAGATGCTGTTGGGTTCTTTCTTAATATACGTCTGGATTCTCGCCATTTCGTTGCCCTGTTTTTGATAGCGCTCTGTCATATTGAGAGTTACCCGATACCTttttata < 2:335061/149‑2 (MQ=255) cATATCTTAAATAAACCTGACTGGGCGCAGTGATAAATTTAATAGATGCTGATGGGGGCTTTCTTAATATACGTCTGGATGCTCGCCATTTCGTAGCCCTGTTTTTGAAAGCGCTCTGTCATAATGAGAGTTACCCGATACCTTATTATc > 2:1435873/1‑150 (MQ=255) 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aaataaaCCTGACTGGGCGCAGTGATAAATTTAATAGATGCTGATGGGGGCTTTCTTAATATACGTCTGGATGCTCGCCATTTCGTAGCCCTGTTTTTGAAAGCGCTCTGTCATAATGAGAGTTACCCGATACCTTATTATCAACAggta < 1:1524772‑M2/150‑5 (MQ=255) aaataaaCCTGACTGGGCGCAGTGATAAATTTAATAGATGCTGATGGGGGCTTTCTTAATATACGTCTGGATGCTCGCCATTTCGTAGCCCTGTTTTTGAAAGCGCTCTGTCATAATGAGAGTTACCCGATACCTTATTATCAACAggta > 1:40109‑M2/1‑146 (MQ=255) ataaaCCTGACTGGGCGCAGTGATAAATTTAATAGATGCTGATGGGGGCTTTCTTAATATACGTCTGGATGCTCGCCATTTCGTAGCCCTGTTTTTGAAAGCGCTCTGTCATAATGAGAGTTACCCGATACCTTATTATCAACAggtaac > 2:389742‑M2/1‑144 (MQ=255) ataaaCCTGACTGGGCGCAGTGATAAATTTAATAGATGCTGATGGGGGCTTTCTTAATATACGTCTGGATGCTCGCCATTTCGTAGCCCTGTTTTTGAAAGCGCTCTGTCATAATGAGAGTTACCCGATACCTTATTATCAACAggtaac > 1:709312‑M2/1‑144 (MQ=255) cggtaaaaagacactctttgaggtacctgaagtctgataagcgattattctctccatgtactcaaggtataaggtttatcacatttaaaaacacagacgttttttaaagatTGAGAGTTACC‑‑‑‑‑‑‑TTATTATCAACAGGTAACTCTCAATCtt > 1:24492‑M1/112‑150 (MQ=255) aaCCTGACTGGGCGCAGTGATAAATTTAATAGATGCTGATGGGGGCTTTCTTAATATACGTCTGGATGCTCGCCATTTCGTAGCCCTGTTTTTGAAAGCGCTCTGTCATAATGAGAGTTACCCGATACCTTATTATCAACAggtaactct < 1:1075435‑M2/150‑10 (MQ=255) cTGACTGGGCGCAGTGATAAATTTAATAGATGCTGATGGGGGCTTTCTTAATATACGTCTGGATGCTCGCCATTTCGTAGCCCTGTTTTTGAAAGCGCTCTGGCATAATGAGAGTTACCtgttgataataaggtatcgggtaactctcat < 1:303679‑M1/150‑32 (MQ=255) aCTGGGCGCAGTGATAAATTTAATAGATGCTGATGGGGGCTTTCTTAATATACGTCTGGATGCTCGCCATTTCGTAGCCCTGTTTTTGAAAGCGCTCTGTCATAATGAGAGTTACCCGATACCTTATTATCAACAggta > 2:1059830‑M2/1‑135 (MQ=255) aCTGGGCGCAGTGATAAATTTAATAGATGCTGATGGGGGCTTTCTTAATATACGTCTGGATGCTCGCCATTTCGTAGCCCTGTTTTTGAAAGCGCTCTGTCATAATGAGAGTTACCCGATACCTTATTATCAACAggta < 1:1059830‑M2/139‑5 (MQ=255) tGGGCGCAGTGATAAATTTAATAGATGCTGATGGGGGCTTTCTTAATATACGTCTGGATGCTCGCCATTTCGTAGCCCTGTTTTTGAAAGCGCTCTGTCATAATGAGAGTTACCCGATACCTTATTATCAACAGGTAACTCTCAATCttt < 2:194822/150‑1 (MQ=255) tctttgaggtacctgaagtctgataagcgattattctctccatgtactcaaggtataaggtttatcacatttaaaaacacagacgttttttaaagatTGAGAGTTACCCGATACCTTATTATCAACAGGTAACTCTCAATCTTTaaaaaa > 2:538480‑M1/98‑150 (MQ=255) cAGTGATAAATTTAATAGATGCTGATGGGGGCTTTCTTAATATACGTCTGGATGCTCGCCATTTCGTAGCCCTGTTTTTGAAAGCGCTCTGTCATAATGAGAGTTACCCGATACCTTATTATCAACAGGTAACTCTCAATCTTTaaaaaa < 2:1243893/150‑1 (MQ=255) gTGATAAATTTAATAGATGCTGATGGGGGCTTTCTTAATATACGTCTGGATGCTCGCCATTTCGTAGCCCTGTTTTTGAAAGCGCTCTGTCATAATGAGAGTTACCCGATACCTTATTATCAACAGGTAACTCTCAATCTTTAAAAAACg < 2:1070265/150‑1 (MQ=255) gATAAATTTAATAGATGCTGATGGGGGCTTTCTTAATATACGTCTGGATGCTCGCCATTTCGTAGCCCTGTTTTTGAAAGCGCTCTGTCATAATGAGAGTTACCCGATACCTTATTATCAACAGGTAACTCTCAATCTTTAAAAAACGTc > 1:1511456/1‑150 (MQ=255) tAAATTTAATAGATGCTGATGGGGGCTTTCTTAATATACGTCTGGATGCTCGCCATTTCGTAGCCCTGTTTTTGAAAGCGCTCTGTCATAATGAGAGTTACCCGATACCTTATTATCAACAGGTAACTCTCAATCTTTAAAAAACGTCtg < 2:556196/150‑1 (MQ=255) 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ggggCTTTCTTAATATACGTCTGGATGCTCGCCATTTCGTAGCCCTGTTTTTGAAAGCGCTCTGTCATAATGAGAGTTACCCGATACCTTATTATCAACAGGTAACTCTCAATCTTTAAAAAACGTCTGTGTTTTTAAATGTGATAAAcc > 1:871910/1‑150 (MQ=255) ggCTTTCTTAATATACGTCTGGATGCTCGCCATTTCGTAGCCCTGTTTTTGAAAGCGCTCTGTCATAATGAGAGTTACCCGATACCTTATTATCAACAGGTAACTCTAAATCTTTAAAAAACGTCTGTGTTTTTAAATGTGATAAACCtt > 2:887822/1‑150 (MQ=255) tCTTAATATACGTCTGGATGCTCGCCATTTCGTAGCCCTGTTTTTGAAAGCGCTCTGTCATAATGAGAGTTACCCGATACCTTATTATCAACAGGTAACTCTCAATCTTTAAAAAACGTCTGTGTTTTTAAATGTGATAAACCTTATAcc < 2:43089/150‑1 (MQ=255) tCTTAAAATACGACTGGATGCTCGCCATTTCGTAGCCCTGTTTTTGAAAGCGCTCTGTCATAATGAGAGTTACCCGATACCTTATTATCAACAGGTAACTCTCAATCTTTAAAAAACGTCTGTGTTTTTAAATGTGATAAACCTTATAcc > 2:1238786/1‑150 (MQ=255) tAATATACGTCTGGATGCTCGCCATTTCTTAGCCCTGTTTTTGAAAGCGCTCTGTCATAATGAGAGTTACCCGATACCTTATTATCAACAGGTAACTCTCAATCTTTAAAAAACGTCTGTGTTTTTAAATGTGATAAACCTTATACCTTg < 2:140249/150‑1 (MQ=255) 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tGAAAGCGCTCTGTCATAATGAGAGTTACCCGATACCTTATTATCAACAGGTAACTCTCAATCTTTAAAAAACGTCTGTGTTTTTAAATGTGATAAACCTTATACCTTGAGTACATGGAGAGAATAATCGCTTATCAGACTTCAGGTAcc < 2:481632/150‑1 (MQ=255) tGAAAGCGCTCTGTCATAATGAGAGTTACCCGATACCTTATTATCAACAGGTAACTCTCAATCTTTAAAAAACGTCTGTGTTTTTAAATGTGATAAACCTTATACCTTGAGTACATGGAGAGAATAATCGCTTATCAGACTTCAGGTAcc > 1:499394/1‑150 (MQ=255) tGAAAGCGCTATGTAATAATGAGAGTTACCCGATACCTTATTATCAACAGGTAACTCTCAATCTTTAAAAAACGTCTGTGTTTTTAAATGTGATAAACCTTATACCTTGAGTACATGGAGAGAATAATCGCTTATCAGACTTCAGGTAcc < 1:1001475/150‑1 (MQ=255) ctctGTCATAATGAGAGTTACCCGATACCTTATTATCAACAGGTAACTCTCAATCTTTAAAAAACGTCTGTGTTTTTAAATGTGATAAACCTTATACCTTGAGTACATGGAGAGAATAATCGCTTATCAGACTTCAGGTACCTCAAagag < 1:895630/150‑1 (MQ=255) ctGTCATAATGAGAGTTACCCGATACCTTATTATCAACAGGTAACTCTCAATCTTTAAAAAACGTCTGTGTTTTTAAATGTGATAAACCTTATACCTTGAGTACATGGAGAGAATAATCGCTTATCAGACTTCAGGTACCTCAAAGAgtg < 2:285081/150‑1 (MQ=255) 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tGAGAGTTACCtgttgataataaggtatcgggtaactctcattatgacagagcgctttcaaaaacagggctacgaaatggcgagcatccagacgtatattaagaaagcccccatcagcatctattaaatttatcactgcgcccagtcagg < 2:42762‑M1/150‑140 (MQ=255) tGAGAGTTACCCGATACCTTATTATCAACAggtaactctcattatgacagagcgctttcaaaaacagggctacgaaatggcgagcat > 1:521166‑M2/1‑30 (MQ=255) tGAGAGTTACCCGATACCTTATTATCAACAggtaactctcattatgacagagcgctttcaaaaacagggctacgaaatggcgagcat < 2:521166‑M2/87‑58 (MQ=255) TGAGAGTTACCCGATACCTTATTATCAACAGGTAACTCTCAATCTTTAAAAAACGTCTGTGTTTTTAAATGTGATAAACCTTATACCTTGAGTACATGGAGAGAATAATCGCTTATCAGACTTCAGGTACCTCAAAGAGTGTCTTTTTAc < 2:424406‑M1/150‑1 (MQ=255) | ATCAGAAGTGATTGACTGGCAGGATCATATCTTAAATAAACCTGACTGGGCGCAGTGATAAATTTAATAGATGCTGATGGGGGCTTTCTTAATATACGTCTGGATGCTCGCCATTTCGTAGCCCTGTTTTTGAAAGCGCTCTGTCATAATGAGAGTTACCCGATACCTTATTATCAACAGGTAACTCTCAATCTTTAAAAAACGTCTGTGTTTTTAAATGTGATAAACCTTATACCTTGAGTACATGGAGAGAATAATCGCTTATCAGACTTCAGGTACCTCAAAGAGTGTCTTTTTAC > NC_000913/1229219‑1229517 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |