New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 3621905 | NA (NA) | 3 (0.040) | 3/264 | NT | 100% | coding (2714/4236 nt) | rhsB | rhs element protein RhsB |
? | NC_000913 | = 3621923 | 0 (0.000) | coding (2732/4236 nt) | rhsB | rhs element protein RhsB |
CAACGGCGAACTCATCCGCATCAGCAGCCCGCGCCAGACCCGGAGTTACAGCTACAGCACCACCGGCAGGCTGACCGGCGTTCACACCACCGCAGCGAATCTGGATATCCGCATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGCAGGCTGACAGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGA > NC_000913/3621774‑3622070 | cAACGGCGACCTCAACCGCATCAGCAGCCCGCGCCAGACCCGGAGATACAGCTACAGCACCACCGGCAGGCTGACCGGCGATCACACCACCGCACCGAATCTGGATATCCGCATCCCGTATGACACAGACCCGGCACGTAACCGCCTGCC < 2:891784‑M2/150‑1 (MQ=255) cAACGGCGAACTCCTCCGCATCAGCAGCCCGCGCCAGACCCGGAGTTACAGCTACAGCACCACCGGCAGGCTGACCGGCGTTCACACCACCGCAGCGAATCTGGATATCCGCATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCC > 1:1161747‑M2/1‑150 (MQ=255) gACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCgggtctgtggcatacgggatgcggatatccagattcgctgcggtggtgtgaacgccggtcagcctgccggtggtgctgtagctgtaactccgggtctggcgcgggctgctgatgcggatgagttcga < 1:31016‑M2/150‑128 (MQ=255) cccGGCAGGTAACCGCCTGCCgggtctgtggcatacgggatgcggatatccagattcgctgcggtggtgtgaacgccggtcagcctgccggtggtgctgtagctgtaactccgggtctggcgcgggctgctgatgcggatgagttcgccg < 1:388522‑M2/150‑130 (MQ=255) ccGGCAGGTAACCGCCTGCCgggtctgtggcatacgggatgcggatatccagattcgctgcggtggtgtgaacgccggtcagcctgccggtggtgctgtagctgtaactccgggtctggcgcgggctgctgatgcggatgagttcgccgt < 2:148333‑M2/150‑131 (MQ=255) ccTTCCgggtctgtggcatacgggatgcggatatccagattcgctgcggtggtgtgaacgccggtcagcctgccggtggtgctgtagctgtaactccgggtctggcgcgggctgctg > 2:156944‑M2/1‑6 (MQ=255) ccTGCCgggtctgtggcatacgggatgcggatatccagattcgctgcggtggtgtgaacgccggtcagcctgccggtggtgctgtagctgtaactccgggtctggcgcgggctgctgatgcggatgagttcgccgttgtcgttccaggtg < 1:655483‑M2/150‑145 (MQ=255) ccTGCCgggtctgtggcatacgggatgcggatatccagattcgctgcggtggtgtgaacgccggtcagcctgccggtggtgctgtagctgtaactccggctctggcgcgggctgctg < 1:156944‑M2/117‑112 (MQ=255) cTGCCgggtctgtggcatacgggatgcggatatccagattcgctgcggtggtgtgaacgccggtcagcctgccggtggtgctgtagctgtaactccgggtctggcgcgggctgctgatgcggatgagttcgccgttgtcgttccaggtgt < 1:1467339‑M2/150‑146 (MQ=255) gCCgggtctgtggcatacgggatgcggatatccagattcgctgcggtgtgtgaacgccggtcagcctgccggtggtgctgtagctgtaactccgggtctggcgcgggctgctgatgcggatgagttcgccgttgtcgttccaggtgtaat < 2:34298‑M2/150‑148 (MQ=255) cgggtctgtggcatacgggatgcggatatccagattcgctgcggtggtgtgaacgccggtcagcctgccggtggtgctgtagctgtaactccgggtctggcgcgggctgctgatgcggatgagttcgccgttgtcgttccagg < 1:1420227‑M2/143‑143 (MQ=255) cgggtctgtggcatacgggatgcggatatccagattcgctgcggtggtgtgaacgccggtcagcctgccggtggtgctgtagctgtaactccgggtctggcgcgggctgctgatgcggatgagttcgccgttgtcgttccagg > 2:1420227‑M2/1‑1 (MQ=255) | CAACGGCGAACTCATCCGCATCAGCAGCCCGCGCCAGACCCGGAGTTACAGCTACAGCACCACCGGCAGGCTGACCGGCGTTCACACCACCGCAGCGAATCTGGATATCCGCATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGCAGGCTGACAGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGA > NC_000913/3621774‑3622070 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |