| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1463439 = | 235 (1.640) | 17 (0.130) | 5/262 | NT | 6.8% | intergenic (+1/‑100) | paaK/paaX | phenylacetate‑CoA ligase/DNA‑binding transcriptional repressor PaaX |
| ? | NC_000913 | 1463490 = | 242 (1.780) | intergenic (+52/‑49) | paaK/paaX | phenylacetate‑CoA ligase/DNA‑binding transcriptional repressor PaaX | |||||
Only 100 of 325 total aligned reads displayed.
GTTGCCAGGTATGCCACCAGCTGCGCCATCGGATTAAGTCGATGGTGGGGATCTCTACCGATGTGATGATCGTTAACTGTGGCAGTATCCCGCGTTCAGAAGGCAAGGCGTGTCGGGTGTTTGATCTGCGCAATATTGTTGGTGCCTGACGTATCG‑‑‑TCTGGCCCTGGTGGGGTAAAGCGCCAGGGCCAGAAGTCGATACGACCTGTGCTATGATTCATAAATCACAACAATAACAACAGACTGAAGCGAATGAGTAAACTTGATACTTTTATCCAACATGCTGTAAACGCTGTTCCGGT > NC_000913/1463290‑1463588 | gTTGCCAGGTATGCCACCAGCTGCGCCATCGGATTAAGTCGATGGTGGGGATCTCTACCGATGTGATGATCGTTAACTGTGGCAGTATCCCGCGTTCAGAAGGCAAGGCGTGTCGGGTGTTTGATCTGCGCAATATTGTTGGTGCCTGAC < 1:225288‑M1/150‑1 (MQ=255) attggtaagcgaatcaccatacagagaggagatgaaagatgtgccactgaccggaacagcttttagatgatgttggatataagtatcaagtttactgattcgcttcagtctgttgttattgttgtgatttatgaatcatagcacaggtCg > 1:653804‑M1/149‑150 (MQ=255) gCCAGGTATGCCACCAGCTGCGCCATCGGATTAAGTCGATGGTGGGGATCTCTACCGATGTGATGATCGTTAACTGTGGCAGTATCCCGCGTTCAGAAGGCAAGGCGTGTCGGGTGTTTGATCTGCGCAATATTGTTGGTGCCTGACGTA > 2:837266‑M1/1‑150 (MQ=255) ggaaagcgaatcaccatacagagaggagatcaaagatgtgccactgaccggaacagcgtttacagcatgttggataaaagtatcaagtttactcattcgcttcagtctgttgttattgttgtgatttatgaatcatagcacaggtCGTAt < 2:1972656‑M1/5‑1 (MQ=255) gaaagcgaatcaccatacagagaggagatcaaagatgtgccactgaccggaacagcgtttacagcatgttggataaaagtatcaagtttactcattcgcttcagtctgttgttattgttgtgatttatgaatcatagcacaggtCGTATc > 1:1881137‑M1/145‑150 (MQ=255) cAGGTATGCCACCAGCTGCGCCATCGGATTAAGTCGATGGTGGGGATCTCTACCGATGTGATGATCGTTAACTGTGGCAGTATCCCGCGTTCAGAAGGCAAGGCGTGTCGGGTGTTTGATCTGCGCAATATTGTTGGTGCCTGACGTATC > 1:1721097‑M1/1‑150 (MQ=255) gTATGCCACCAGCTGCGCCATCGGATTAAGTCGATGGTGGGGATCTCTACCGATGTGATGATCGTTAACTGTGGCAGTATCCCGCGTTCAGAAGGCAAGGCGTGTCGGGTGTTTGATCTGCGCAATATTGTTGGTGCCTGACGTATCG‑‑‑Tc < 1:2302254/150‑1 (MQ=255) agcgaatcaccatacagagaggagatcaaagatgtgccactgaccggaacagcgtttacagcatgttggataaaagtatcaagtttactcattcgcttcagtctgttgttattgttgtgatttatgaatcatagcacaggtcgtatagac < 1:1965286‑M1/9‑5 (MQ=255) aTGCCACCAGCTGCGCCATCGGATTAAGTCGATGGTGGGGATCTCTACCGATGTGATGATCGTTAACTGTGGCAGTATCCCGCGTTCAGAAGGCAAGGCGTGTCGGGTGTTTGATCTGCGCAATATTGTTGGTGCCTGACGTATCG‑‑‑TCTg < 2:1012704/150‑1 (MQ=255) aTGCCACCAGCTGCGCCATCGGATTAAGTCGATGGTGGGGATCTCTACCGATGTGATGATCGTTAACTGTGGCAGTATCCCGCGTTCAGAAGGCAAGGCGTGTCGGGTGTTTGATCTGCGCAATATTGTTGGTGCCTGACGTATCG‑‑‑TCTg < 1:1175157/150‑1 (MQ=255) tGCCACCAGCTGCGCCATCGGATTAAGTCGATGGTGGGGATCTCTACCGATGTGATGATCGTTAACTGTGGCAGTATCCCGCGTTCAGAAGGCAAGGCGTGTCGGGTGTTTGATCTGCGCAATATTGTTGGTGCCTGACGTATCG‑‑‑TCTgg > 1:462165/1‑150 (MQ=255) tGCCACCAGCTGCGCCATCGGATTAAGTCGATGGTGGGGATCTCTACCGATGTGATGATCGTTAACTGTGGCAGTATCCCGCGTTCAGAAGGCAAGGCGTGTCGGGTGTTTGATCTGCGCAATATTGTTGGTGCCTGACGTATCG‑‑‑TCTgg < 1:279703/150‑1 (MQ=255) gCCACCAGCTGCGCCATCGGATTAAGTCGATGGTGGGGATCTCTACCGATGTGATGATCGTTAACTGTGGCAGTATCCCGCGTTCAGAAGGCAAGGCGTGTCGGGTGTTTGATCTGCGCAATATTGTTGGTGCCTGACGTATCG‑‑‑TCTGGc < 1:421435/150‑1 (MQ=255) ccaccaGCTGCGCCATCGGATTAAGTCGATGGTGGGGATCTCTACCGATGTGATGATCGTTAACTGTGGCAGTATCCCGCGTTCAGAAGGCAAGGCGTGTCGGGTGTTTGATCTGCGCAATATTGTTGGTGCCTGACGTATCG‑‑‑TCTGGcc < 1:1301091/150‑1 (MQ=255) ccaccaGCTGCGCCATCGGATTAAGTCGATGGTGGGGATCTCTACCGATGTGATGATCGTTAACTGTGGCAGTATCCCGCGTTCAGAAGGCAAGGCGTGTCGGGTGTTTGATCTGCGCAATATTGTTGGTGCCTGACGTATCG‑‑‑TCTGGcc > 1:975961/1‑150 (MQ=255) ccaccaGCTGCGCCATCGGATTAAGTCGATGGTGGGGATCTCTACCGATGTGATGATCGTTAACTGTGGCAGTATCCCGCGTTCAGAAGGCAAGGCGTGTCGGGTGTTTGATCTGCGCAATATTGTTGGTGCCTGACGTATCG‑‑‑TCTGGcc < 1:2089605/150‑1 (MQ=255) accaGCTGCGCCATCGGATTAAGTCGATGGTGGGGATCTCTACCGATGTGATGATCGTTAACTGTGGCAGTATCCCGCGTTCAGAAGGCAAGGCGTGTCGGGTGTTTGATCTGCGCAATATTGTTGGTGCCTGACGTATCG‑‑‑TCTGGCCCt > 2:1904048/1‑150 (MQ=255) caGCTGCGCCATCGGATTAAGTCGATGGTGGGGATCTCTACCGATGTGATGATCGTTAACTGTGGCAGTATCCCGCGTTCAGAAGGCAAGGCGTGTCGGGTGTTTGATCTGCGCAATATTGTTGGTGCCTGACGTATCG‑‑‑TCTGGCCCtgg < 2:506831/150‑1 (MQ=255) aGCTGCGCCATCGGATTAAGTCGATGGTGGGGATCTCTACCGATGTGATGATCGTTAACTGTGGCAGTATCCCGCGTTCAGAAGGCAAGGCGTGTCGGGTGTTTGATCTGCGCAATATTGTTGGTGCCTGACGTATCG‑‑‑TCTGGCCCtggt > 2:107361/1‑150 (MQ=255) gcCATCGGATTAAGTCGATGGTGGGGATCTCTACCGATGTGATGATCGTTAACTGTGGCAGTATCCCGCGTTCAGAAGGCAAGGCGTGTCGGGTGTTTGATCTGCGCAATATTGTTGGTGCCTGACGTATCG‑‑‑TCTGGCCCTGGTGGGGTa > 1:961025/1‑150 (MQ=255) aTCGGATTAAGTCGATGGTGGGGATCTCTACCGATGTGATGATCGTTAACTGTGGCAGTATCCCGCGTTCAGAAGGCAAGGCGTGTCGGGTGTTTGATCTGCGCAATATTGTTGGTGCCTGACGTATCG‑‑‑TCTGGCCCTGGTGGGGTAAAg < 2:440657/150‑1 (MQ=255) aTCGGATTAAGTCGATGGTGGGGATCTCTACCGATGTGATGATCGTTAACTGTGGCAGTATCCCGCGTTCAGAAGGCAAGGCGTGTCGGGTGTTTGATCTGCGCAATATTGTTGGTGCCTGACGTATCG‑‑‑TCTGGCCCTGGTGGGGTAAAg > 2:1456140/1‑150 (MQ=255) gATTAAGTCGATGGTGGGGATCTCTACCGATGTGATGATCGTTAACTGTGGCAGTATCCCGCGTTCAGAAGGCAAGGCGTGTCGGGTGTTTGATCTGCGCAATATTGTTGGTGCCTGACGTATCG‑‑‑TCTGGCCCTGGTGGGGTAAAGCGcc < 2:1562052/150‑1 (MQ=255) 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tggtggGGATCTCTACCGATGTGATGATCGTTAACTGTGGCAGTATCCCGCGTTCAGAAGGCAAGGCGTGTCGGGTGTTTTATCTGCGCAATATTGTTGGTGCCTGACGTATCGtctggccctggcgctttaccccaccagggccagacg < 2:2482490‑M1/150‑37 (MQ=255) gTGGGGATCTCTACCGATGTGATGATCGTTAACTGTGGCAGTATCCCGCGTTCAGAAGGCAAGGCGTGTCGGGTGTTTGATCTGCGCAATATTGTTGGTGCCTGACGTATCG‑‑‑TCTGGCCCTGGTGGGGTAAAGCGCCAGGGCCAGAAGTc > 2:1773841‑M2/1‑149 (MQ=255) tGGGGATCTCTACCGATGTGATGATCGTTAACTGTGGCAGTATCCCGCGTTCAGAAGGCAAGGCGTGTCGGGTGTTTGATCTGCGCAATATTGTTGGTGCCTGACGTATCG‑‑‑TCTGGCCCTGGTGGGGTAAAGCGCCAGGGCCAGAAGTcg > 1:2225036‑M2/1‑148 (MQ=255) cactgaccggaacagcgtttacagcatgttggataaaagtatcaagtttactcattcgcttcagtctgttgttattgttgtgatttatgaatcatagcacaggtCGTATCGACTTCTGGCCCTGGTGGGGTAAAGCGCCAGGGCCAGAAg > 1:1389973‑M1/105‑150 (MQ=255) ggggATCTCTACCGATGTGATGATCGTTAACTGTGGCAGTATCCCGCGTTCAGAAGGCAAGGCGTGTCGGGTGTTTGATCTGCGCAATATTGTTGGTGCCTGACGTATCG‑‑‑TCTGGCCCTGGTGGGGTAAAGCGCCAGGGCCAGAAGTcga < 2:1789357‑M2/150‑4 (MQ=255) 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caaggcGTGTCGGGTGTTTGATCTGCGCAATATTGTTGGTGCCTGACGTATCG‑‑‑TCTGGCCCTGGTGGGGTAAAGCGCCAGGGCCAGAAGTCGATACGACCTGTGCTATGATTCATAAATCACAACAATAACAACAGACTGAAGCGAATGa > 2:1119493/1‑150 (MQ=255) gtCGGGTGTTTGATCTGCGCAATATTGTTGGTGCCTGACGTATCG‑‑‑TCTGGCCCTGGTGGGGTAAAGCGCCAGGGCCAGAAGTCGATACGACCTGTGCTATGATTCATAAATCACAACAATAACAACAGACTGAAGCGAATGAGTAAACtt > 1:579203/1‑150 (MQ=255) ggTGTTTGATCTGCGCAATATTGTTGGTGCCTGACGTATCG‑‑‑TCTGGCCCTGGTGGGGTAATGCGCCAGGGCCAGAAGTCGATTTGACCTGTGCTATGATTCATAAATCACAACAATAAGAACAGACTGAAGCGAATGAGTAAACTTGATa < 2:975961/150‑1 (MQ=255) tttGATCTGCGCAATATTGTTGGTGCCTGACGTATCG‑‑‑TCTGGCCCTGGTGGGGTAAAGCGCCAGGGCCAGAAGTCGATACGACCTGTGCTATGATTCATAAATCACAACAATAACAACAGACTGAAGCGAATGAGTAAACTTGATACttt < 1:1940968/150‑1 (MQ=255) tttGATCTGCGCAATATTGTTGGTGCCTGACGTATCG‑‑‑TCTGGCCCTGGTGGGGTAAAGCGCCAGGGCCAGAAGTCGATACGACCTGTGCTATGATTCATAAATCACAACAATAACAACAGACTGAAGCGAATGAGTAAACTTGATACttt > 2:718071/1‑150 (MQ=255) gATCTGCGCAATATTGTTGGTGCCTGACGTATCG‑‑‑TCTGGCCCTGGTGGGGTAAAGCGCCAGGGCCAGAAGTCGATACGACCTGTGCTATGATTCATAAATCACAACAATAACAACAGACTGAAGCGAATGAGTAAACTTGATACTTTTAt > 2:1169313/1‑150 (MQ=255) gcgcAATATTGTTGGTGCCTGACGTATCG‑‑‑TCTGGCCCTGGTGGGGTAAAGCGCCAGGGCCAGAAGTCGATACGACCTGTGCTATGATTCATAAATCACAACAATAACAACAGACTGAAGCGAATGAGTAAACTTGATACTTTTATCCAAc > 1:1024995/1‑150 (MQ=255) gcgcAATATTGTTGGTGCCTGACGTATCG‑‑‑TCTGGCCCTGGTGGGGTAAAGCGCCAGGGCCAGAAGTCGATACGACCTGTGCTATGATTCATAAATCACAACAATAACAACAGACTGAAGCGAATGAGTAAACTTGATACTTTTATCCAAc > 2:1306261/1‑150 (MQ=255) gcAATATTGTTGGTGCCTGACGTATCG‑‑‑TCTGGCCCTGGTGGGGTAAAGCGCCAGGGCCAGAAGTCGATACGACCTGTGCTATGATTCATAAATCACAACAATAACAACAGACTGAAGCGAATGAGTAAACTTGATACTTTTATCCAACAt > 2:2140226/1‑150 (MQ=255) cAATATTGTTGGTGCCTGACGTATCG‑‑‑TCTGGCCCTGGTGGGGTAAAGCGCCAGGGCCAGAAGTCGATACGACCTGTGCTATGATTCATAAATCACAACAATAACAACAGACTGAAGCGAATGAGTAAACTTGATACTTTTATCCAACATg > 1:67905/1‑150 (MQ=255) aaTATTGTTGGTGCCTGACGTATCG‑‑‑TCTGGCCCTGGTGGGGTAAAGCGCCAGGGCCAGAAGTCGATACGACCTGTGCTATGATTCATAAATCACAACAATAACAACAGACTGAAGCGAATGAGTAAACTTGATACTTTTATCCAACATGc < 1:2281864/150‑1 (MQ=255) ttgGTGCCTGACGTATCG‑‑‑TCTGGCCCTGGTGGGGTAAAGCGCCAGGGCCAGAAGTCGATACGACCTGTGCTATGATTCATAAATCACAACAATAACAACAGACTGAAGCGAATGAGTAAACTTGATACTTTTATCCAACATGCTGTAAAc < 1:773614/150‑1 (MQ=255) ttgGTGCCTGACGTATCG‑‑‑TCTGGCCCTGGTGGGGTAAAGCGCCAGGGCCAGAAGTCGATACGACCTGTGCTATGATTCATAAATCACAACAATAACAACAGACTGAAGCGAATGAGTAAACTTGATACTTTTATCCAACATGCTGTAAAc < 2:858325/150‑1 (MQ=255) tgGTGCCTGACGTATCG‑‑‑TCTGGCCCTGGTGGGGTAAAGCGCCAGGGCCAGAAGTCGATACGACCTGTGCTATGATTCATAAATCACAACAATAACAACAGACTGAAGCGAATGAGTAAACTTGATACTTTTATCCAACATGCTGTAAACg > 2:700856/1‑150 (MQ=255) gTGCCTGACGTATCG‑‑‑TCTGGCCCGGGTGGGGTAAAGCGCCAGGGCCAGAAGTCGATACGACCTGTGCTATGATTCATAAATCACAACAATAACAACAGACTGAAGCGAATGAGTAAACTTGATACTTTTATCCAACATGCTGTAAACGCt < 2:2231672/150‑1 (MQ=255) tGCCTGACGTATCG‑‑‑TCTGGCCCTGGTGGGGTAAAGCGCCAGGGCCAGAAGTCGATACGACCTGTGCTATGATTCATAAATCACAACAATAACAACAGACTGAAGCGAATGAGTAAACTTGATACTTTTATCCAACATGCTGTAAACGCTg < 2:1579918/150‑1 (MQ=255) gCCTGACGTATCG‑‑‑TCTGGCCCTGGTGGGGTAAAGCGCCAGGGCCAGAAGTCGATACGACCTGTGCTATGATTCATGAATCACAACAATAACAACAGACTGAAGCGAATGAGTAAACTTGATACTTTTATCCAACATGCTGTAAACGCTGt > 2:1536936/1‑150 (MQ=255) tGACGTATCG‑‑‑TCTGGCCCTGGTGGGGTAAAGCGCCAGGGCCAGAAGTCGATACGACCTGTGCTATGATTCATAAATCACAACAATAACAACAGACTGAAGCGAATGAGTAAACTTGATACTTTTATCCAACATGCTGTAAACGCTGTTcc > 1:992675/1‑150 (MQ=255) CGTATCG‑‑‑TCTGGCCCTGGTGGGGTAAAGCGCCAGGGCCAGAAGTCGATACGACCTGTGCTATGATTCATAAATCACAACAATAACAACAGACTGAAGCGAATGAGTAAACTTGATACTTTTATCCAACATGCTGTAAACGCTGTTCCGGt < 2:2267647‑M1/150‑1 (MQ=255) CGTATCG‑‑‑TCTGGCCCTGGTGGGGTAAAGCGCCAGGGCCAGAAGTCGATACGACCTGTGCTATGATTCATAAATCACAACAATAACAACAGACTGAAGCGAATGAGTAAACTTGATACTTTTATCCAACATGCTGTAAACGCTGTTCCGGt < 2:2161766‑M1/150‑1 (MQ=255) CGTATCG‑‑‑TCTGGCCCTGGTGGGGTAAAGCGCCAGGGCCAGAAGTCGATACGACCTGTGCTATGATTCATAAATCACAACAATAACAACAGACTGAAGCGAATGAGTAAACTTGATACTTTTATCCAACATGCTGTAAACGCTGTTCCGGt < 1:1053485‑M1/150‑1 (MQ=255) | GTTGCCAGGTATGCCACCAGCTGCGCCATCGGATTAAGTCGATGGTGGGGATCTCTACCGATGTGATGATCGTTAACTGTGGCAGTATCCCGCGTTCAGAAGGCAAGGCGTGTCGGGTGTTTGATCTGCGCAATATTGTTGGTGCCTGACGTATCG‑‑‑TCTGGCCCTGGTGGGGTAAAGCGCCAGGGCCAGAAGTCGATACGACCTGTGCTATGATTCATAAATCACAACAATAACAACAGACTGAAGCGAATGAGTAAACTTGATACTTTTATCCAACATGCTGTAAACGCTGTTCCGGT > NC_000913/1463290‑1463588 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |