| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3493758 = | NA (NA) | 4 (0.080) | 4/246 | NT | NA | intergenic (+9/‑253) | tsgA/nirB | putative transporter TsgA/nitrite reductase catalytic subunit NirB |
| ? | NC_000913 | 3493784 = | NA (NA) | noncoding (26/26 nt) | other | REPt248 | |||||
GCGGCACTGCTTACAGCAAACGGTCTGTACGCTGTCGTCTTTGTGATGTGCTTCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCTATTTTTTGCACAAACATGAAATATCAGACAATTCCGTGACTTAAGAAAATTTATACAAATCAGCAATATACCCATTAAGGAGTA > NC_000913/3493642‑3493925 | gcggcACTGCTTACAGCAAACGGTCTGTACGCTGTCGTCTTTGTGATGTGCTTCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGcc > 1:983115/1‑143 (MQ=255) ggcACTGCTTACAGCAAACGGTCTGTACGCTGTCGTCTTTGTGATGTGCTTCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCAGTGATTGCTCATGCCGGACAGCACTAGCGACGTCCGGCCtt > 2:263022/1‑143 (MQ=255) gcACTGCTTACAGCAAACGGTCTGTACGCGGTCGTCTTTGTGATGTGCTTCCTGTTCGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCttt < 2:79717/143‑1 (MQ=255) gcggCTTACAGCAACCGGTCTGTACGCTGTCGTCTTGGTGATGTGCTTCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTc < 1:199387/140‑1 (MQ=255) tGCCTACAGCAAACGGTCTGTACGCTGTCGTCTTTGTGATGTGCTGCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCct < 1:940401/143‑1 (MQ=255) gCTTACAGCAAACGGTCTGTACGCTGTCGTCTTTGTGATGTGCTTCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCctc < 2:626976/143‑1 (MQ=255) aCAGCAAACGGTCTGTACGCTGTCGTCTTTGTGATGTGCTTCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCtt < 1:375060/143‑1 (MQ=255) aCAGCAAACGGTCTGTACGCTGTCGTCTTTGTGATGTGCTTCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCtt > 2:790849/1‑143 (MQ=255) cAGCAAACGGTCTGTACGCTGTCGTCTTTGTGATGTGCTTCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTc < 1:704002/143‑1 (MQ=255) aGCAAACGGTCTGTACGCTGTCGTCTTTGTGATGTGCTTCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTcc > 2:519067/1‑143 (MQ=255) aGCAAACGGTCTGTACGCTGTCGTCTTTGTGATGTGATTCGTGTTAGGTTTCGGCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGACGAGCGGAACGAACGTCTTCCGATCTTTACctctctaca > 2:312561/1‑140 (MQ=255) aaaCGGTCTGTACGCTGTCGTCTTTGTGATGTGCTTCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTccccc > 1:353708/1‑143 (MQ=255) tGTACGCTGTCGTCTTTGTGATGTGCTTCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTATCTTGCCCCGCTTCGTg > 1:371612/1‑143 (MQ=255) aCGCTGTCGTCTTTGGGATGTGCTTCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCAt < 1:838552/143‑1 (MQ=255) cGCTGTCGTCTTTGTGATGTGCTTCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTACTTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATc < 1:589843/143‑1 (MQ=255) tctgatatttcatgtttgtgcaaaaaatagacaaaatgagcgggtttatagaaatagatgcacgtagcgggggaagagaggaaaagGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCct > 1:99496‑M1/87‑120 (MQ=255) tctgatatttcatgtttgtgcaaaaaatagacaaaatgagcgggtttatagaaatagatgcacgtagcgggggaagagaggaaaagGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCct < 2:99496‑M1/34‑1 (MQ=255) tGTCGTCTTTGTGATGTGCTTCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAt < 1:264844/143‑1 (MQ=255) tGTCGTCTTTCTCATGTGCTTCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAt < 1:403398/143‑1 (MQ=255) tcgtcTTTGTGATGTGCTACCAGTCATGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAttt < 2:657761/143‑1 (MQ=255) gtcTTTGTGATGTGCTTCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 2:643653/143‑1 (MQ=255) gtgATGTGCTGCCCGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAAc < 1:292904/143‑1 (MQ=255) aTGTGCGGCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCCGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCg < 1:180023/143‑1 (MQ=255) gtgCTTCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTCCGTGCATCTATTTCTATAAATCCGca > 2:426671/1‑142 (MQ=255) cTTCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCAt > 1:914329/1‑143 (MQ=255) ccTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTCATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCAtttt < 1:921447/143‑1 (MQ=255) ccTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCAtttt < 2:914941/143‑1 (MQ=255) ccTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCC‑TTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTCTTTCTATAAACCCGCTCATTTTg > 2:133530/1‑143 (MQ=255) gTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTCCGTGCATCTATTCCTACACACCCGCCCACTCTGTc > 1:846200/1‑143 (MQ=255) ttAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCt > 1:393256/1‑143 (MQ=255) gTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCAGTTTGTCTAttt > 1:57935/1‑143 (MQ=255) ttCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCTAttttt < 1:929021/143‑1 (MQ=255) cGTCCGCGGTCGCCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCACTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCGCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCTATTTTTTg < 2:799240/143‑1 (MQ=255) gtcaccgtcaGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCTCTTTTTTGCACCAACa > 2:147050/1‑143 (MQ=255) accgtcaGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCTGTTTGTTGCACCGACATGa > 1:782481/1‑143 (MQ=255) cgtcaGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCTATTTTTTGCACAAACATGaaa < 1:570528/143‑1 (MQ=255) gtcaGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCTGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTCCGTGCATCTCTTTCTTTATACCCGCTCATTTTGTCTATTATTTTAACAAACATAAAat > 1:174346/1‑143 (MQ=255) gtcaGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCTATTTTTTGCACAAACATGAAat > 1:940043/1‑143 (MQ=255) gtcaGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCTATTTTTTGCACAAACATAAAat > 1:673519/1‑143 (MQ=255) aGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCTATTTTTTGCACAAACATGAAATATc < 1:790849/143‑1 (MQ=255) gCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCTATTTTTTGCACAAACATGAAATATCa < 1:92527/143‑1 (MQ=255) ccTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCTATTTTTTGCACAAACATGAAATATCAGACAATTCCGTGAc > 2:288148/1‑143 (MQ=255) cgcgctttAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTCGTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCCATTTCTTGCACACACCTGAAATATCCAACACTTCCGTGACt > 2:677842/7‑143 (MQ=255) aTTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTCCGTGCGTCTATTTCTATAAACCCGCCCACTTTGTCTATTTTTTGCACAAACATGAAATATCAGACAATTCCGCGACTTAAgc > 2:524322/1‑142 (MQ=255) ttGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCTATTTTTTGCACAAACATGAAATATCAGACAATTCCGTGACTTAAGAAAAtt < 2:228967/143‑1 (MQ=255) aggaaaaggccggacgacgatagtgccgtccggcCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCTATTTTTTGCACAAACATGAAATATCAGa > 1:99496‑M2/35‑120 (MQ=255) aggaaaaggccggacgacgatagtgccgtccggcCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCTATTTTTTGCACAAACATGAAATATCAGa < 2:99496‑M2/86‑1 (MQ=255) cTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCTATTTTTTGCACAAACATGAAATATCAGACAATTCCGTGACTTAAGAAAATTtat < 1:259727/143‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTATGTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCCACAAACCCGCTCATTTTGCCTATTTTTTCAACAAACATGATATATCAGACAAGTCCCTCACTCACGAAAACAtata > 2:309972/1‑143 (MQ=255) cATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCTATTTTTTGCACAAACATGAAATATCAGACAATTCCGTGACTTAAGAAAATTTATAc > 1:775410/1‑143 (MQ=255) gccggacgacgatagtgccgtccggcCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAGACCCGCTCATTTTGTCTATTTTTTGCACAAACCTGAAATCTCAGACAATTCCGTGACTTAAGAAAATTTATACaaa > 2:130892‑M2/27‑143 (MQ=255) cggacgacgatagtgccgtccggcCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTCTAAACCCGCCCATTTTCTCTATTTTTTGCACAAACATGAACTCTCAAACCATTCCGTGACTTCAGCAAATTTCTACAAATc > 2:902748‑M2/25‑143 (MQ=255) CGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCTATTTTTTGCACAAACATGAAATATCAGACAATTCCGTGACTTAAGAAAATTTATACAAATc < 1:404980‑M1/143‑1 (MQ=255) GGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTGTATAAACCCGCTCATTTTGTCTATTTTTTGCACAAACATGAAATATCAGACAATACCGTGCCTTAAGAAAATTTATACAAATCa < 2:504821‑M1/143‑1 (MQ=255) ACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCTATGTTTTGCACAAACATAAAATATCAGACAATTCCGTGACTTAAGAAAATTTATACAAATCAGc > 1:147050‑M1/1‑143 (MQ=255) cACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAACCCCGCTCATTTTGTCTATTTTTTGCACAAACATGAAATATCAGACCATTCCGTGACTTAAGAAAATTTATACAAACTAGCCata > 2:526294/1‑143 (MQ=255) gtcgtcCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCACGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACACGCTCATTTTGTCTATTTTTTGCACAAACAAGAAATATCAGACAATTCCGTGACTTAACAAAATTTATACAAATCAGCAATATACCCAt > 2:93958/1‑143 (MQ=255) tccggcCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCTATTTGTTGCCCCAGCAAGATATAGCAGACAATTCCGGGACTTAAGAAAATTTATACAAATCAGCAATATACGCACTAAg > 1:469087‑M2/7‑143 (MQ=255) tccggcCGTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCTATTTTTTGCACAAACATGAAATATCAGACAATTCCGTGACTTAAGAAAATTTATACAAATCAGCAATATACCCATTAAg < 1:29981‑M2/137‑1 (MQ=255) cggcCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGACTATTTTTTGCACAAACATGAAATATCAGACAATTCCGTGACTTAAGAACATTTATACAAATCAGCAATATACCCATTAAGGa < 2:498903‑M2/139‑1 (MQ=255) cggcCTTTTCCCCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCTATTTTTTGCACAAACATGAAATATCAGACAATTCCGTGACTTAAGAAAATTTATACAAATCAGCAATATACCCATTAAGGa < 1:569983‑M2/139‑1 (MQ=255) cCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCTATTTTTTGCACAAACATGAAATATCAGACAATTCCGTGACTTAAGAAAATTTATACAAATCAGCAATATACCCATTAAGGAGTa > 1:42911‑M2/2‑143 (MQ=255) cCTTTTCCTCTCGTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCTATTTTTTGCACAAACATGAAATATCAGACAATTCCGTGACTTAAGAAAATTTATACAAATCAGCAATATACCCATTAAGGAGTa < 1:596823‑M2/142‑1 (MQ=255) cCTTTTCCTCCCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAACCCCGCTCATTTTGTCTATTTTTTGCACAAACATGAAAGATCAGACAATTCCGTGACTTAAGAAAATTTATACAAATCAGCAATATACCCATTAAGGAGTa < 2:284044‑M2/142‑1 (MQ=255) | GCGGCACTGCTTACAGCAAACGGTCTGTACGCTGTCGTCTTTGTGATGTGCTTCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTCATTTTGTCTATTTTTTGCACAAACATGAAATATCAGACAATTCCGTGACTTAAGAAAATTTATACAAATCAGCAATATACCCATTAAGGAGTA > NC_000913/3493642‑3493925 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |