New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 4545723 | 48 (0.930) | 3 (0.060) | 3/246 | NT | 6.1% | coding (628/2637 nt) | fimD | type I fimbriae usher protein |
? | NC_000913 | = 4545737 | 47 (0.970) | coding (642/2637 nt) | fimD | type I fimbriae usher protein |
GCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTAGCAAAAATAAATGGCAGCATATCAATACCTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGA > NC_000913/4545598‑4545879 | gcgcgcgTGTTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGtta > 2:150741‑M2/1‑140 (MQ=255) gctcgTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGTATTGCTCAATTATTATTTCTGCGTATATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGTTTaaa < 1:217330/140‑1 (MQ=255) gcgcgTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGTCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTAGAGAATAGGATTGGGGGTAACAGACATTATGCATATTTAAAGATACAGAGGGGGtgaaa < 2:546349‑M2/143‑6 (MQ=255) gTGGTTATATGCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGGATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATAtt < 2:225863/143‑1 (MQ=255) tGGTTATATTCCTACTGAGTTATGAGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATATCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTg < 1:419805/143‑1 (MQ=255) ttCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGGGGGTTAAATATTGGTGCGTgg > 2:284155/1‑143 (MQ=255) tcctccTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTAGGTTAAATATTGGTGCGTGGc > 2:590974/1‑143 (MQ=255) tcctccTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCAATATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGATAGACATTGGAGTGTGGc > 2:963494/1‑143 (MQ=255) tcctccTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGGGGACAGAATCGGATTGGGGGTGACAGCCATCATGGCTATTTTTACCTATAGAGTGGGTCAAATAGTGGTCCGTGGc > 1:423283/1‑143 (MQ=255) tcctGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGACATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTAAAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGtt > 1:702983/1‑143 (MQ=255) tcctGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATGTTGGTGCGTGGCggt > 1:224548/1‑141 (MQ=255) tcctGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGtt > 2:334355/1‑143 (MQ=255) tcctGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCGCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGtt < 1:913436/143‑1 (MQ=255) aGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTAcgc < 2:506401/143‑1 (MQ=255) ttATTGGATCCCGGTATTAACGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGCATTGGGGGTAACAGCCATTATACATATTTAACCCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGa < 1:64091/143‑1 (MQ=255) ttATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGATCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGa < 1:667294/143‑1 (MQ=255) ttATGGGATCACGGTATTCATGCCGGATTGCTCAATTATAGTTTCTGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGTGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGa < 1:861324/143‑1 (MQ=255) aTCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTAGAAGTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATacc < 2:504164/143‑1 (MQ=255) tCCCTGTATTAAGTCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCTGAATTATTCTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCCACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATacca < 2:49139/143‑1 (MQ=255) tCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTGCAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATacca < 1:450150/143‑1 (MQ=255) tCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATacca > 1:731069/1‑143 (MQ=255) ccGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATaccacc > 2:528405/1‑143 (MQ=255) ccggaTTAATGCCGTATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCt < 1:574568/139‑1 (MQ=255) aaTGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGGTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTta > 1:248932/1‑143 (MQ=255) tGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCAATATGAATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTtata > 1:604607/1‑143 (MQ=255) gCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATaa < 1:404864/143‑1 (MQ=255) gCCGGAGTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAGTCTGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAACCCCACAGCGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACCCGACAATACCACCTGGAGTTATaa < 1:331009/143‑1 (MQ=255) tCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACCTCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGAc < 2:987214/143‑1 (MQ=255) tCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGAc > 1:987214/1‑143 (MQ=255) tCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGAc < 2:616103/143‑1 (MQ=255) cAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACa < 1:856391/143‑1 (MQ=255) aTTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTTGGGGTAACAGCCGTTATGCATATTTAAACCAACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGAAACTACCGCGTGGAGTTATAAGAGTAGCGACaac > 2:710922/1‑141 (MQ=255) tataATGTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGatc < 1:149552/143‑1 (MQ=255) cAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCCTACTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTa < 1:326903/143‑1 (MQ=255) gAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTAGCaaa < 1:307609/143‑1 (MQ=255) gAAATAGTGTACAGAATCGGACTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTAGCaaa < 1:308524/143‑1 (MQ=255) aTAGTGTACAGAAGCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTAGCAAaaat < 1:397479/143‑1 (MQ=255) gtgtACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATATAAACCTACAGAGTCGGTTAAATATTGTTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTAGCAAaaataaa < 1:38099/143‑1 (MQ=255) tgtACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTAGCAAaaataaat < 2:527097/143‑1 (MQ=255) aGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCCGGTAGCAAAAACAAATGgcag > 2:893922/1‑143 (MQ=255) gcagcGGATTGGGGGTAACAGCCACTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTAGCAAAAATAAATGgcagc < 2:569013/139‑1 (MQ=255) ggATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTAGCAAAAATAAATGGCAGCATATc < 1:446613/143‑1 (MQ=255) gTAACAGCCATTATGCAGATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTAGCAAAAATAAATGGCAGCATATCAATACCTgg < 2:69931/143‑1 (MQ=255) tAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGTCAATACCAACTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTAGCAAAAATAAATGGCAGCACAACAATACCTGGc > 2:691644/1‑143 (MQ=255) ttATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTAGCAAAAATAAATGGCAGCATAGCAATCCCTGGCTTGAGCgag > 2:289885/1‑143 (MQ=255) tttgttAATCCTAAAGAGCGGGTTAAATATTGCGGCGTGCCGATGACGCAAGAATACCACCTGGCATTATAACAGTAGCGACACAGAAGATGGTAGAAAAAATAAATGGCAGCATATCAATTCCTGGCGTGATCGAGACataa < 2:81242/139‑1 (MQ=255) atatTTAAACCTACAGAGTGGGttaaatatgcataatggctgttacccccaatccgattctgtacactatttccgctgaaattataattgagcaatccggcattaa < 1:875076‑M2/106‑85 (MQ=255) atatTTAAACCTACAGAGTGGGttaaatatgcataatggctgttacccccaatccgattctgtacactatttccgctgaaattataattgagcaatccggcattaa > 2:875076‑M2/1‑22 (MQ=255) atatTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTAGCAAAAATAAATGGCAGCATATCAATACCTGGCTTGAGCGAGACataa > 1:307810/1‑143 (MQ=255) tttAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTAGCAAAAATAAATGGCAGCATAGCAATACCTGGCTTGAGCGAGACATAATAc > 2:150206/1‑143 (MQ=255) ttcAAACCTACAGAGTGGGttaaatatgcataatggctgttacccccaatccgattctgtacactatttccgctgaaattataattgagcaatccggcattaataccgggatcccataactcaggaggaatataaccacgcgc < 2:971866‑M2/143‑125 (MQ=255) aCCGACGGAGTGGGGGAAATATTGGTGCGTGGGGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTAGCAAAAATAAATGGCAGCATATCAATACCTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTa < 1:393330/143‑1 (MQ=255) ccTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGTGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTAGCAAAAATAAATGGCAGCATATCAATACCTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTAc < 2:604607/143‑1 (MQ=255) cTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTAGCAAAAATAAATGGCAGCATATCAATACCTGGCTTGCGCGAGACATAATACCGTTACg > 1:424826/1‑143 (MQ=255) gagTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTAGCAAAAATAAATGGCAGCATATCAATACCTGGCTTGAGCGAGACCTAATACCGTTACGTGccc > 2:653619/1‑143 (MQ=255) tGGGTCAAAGATTGGTGCGGTGCGTTTAGGTGACAATACAACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCAGCTGGTAGCAAAAATAAATGGCAGCATATCAATACCTGGCTTGAGCGATACATAATACCGTTACGTTCCCGGc < 2:651502/143‑1 (MQ=255) gTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTAGCAAAAATAAATGGCAGCATATCAATACCTGGCTTGAGCTCGACATAATACCGTTACGTACCCGGCTGa > 1:901493/1‑143 (MQ=255) | GCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTAGCAAAAATAAATGGCAGCATATCAATACCTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGA > NC_000913/4545598‑4545879 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |