| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1069909 | 55 (1.380) | 4 (0.110) | 3/250 | NT | 7.2% | coding (446/495 nt) | rutF | flavin reductase |
| ? | NC_000913 | = 1069921 | 51 (1.350) | coding (434/495 nt) | rutF | flavin reductase | |||||
CGCGACCACGCCGCTCTCTGTAGAGGTCGATTTTAACTGCCAGTGAGGAAAACCGAACATTGCCATCAGCTGTCTCCTTAAGGAGGTTAACAAGCAGGGCGCATCAGCGCGTGATAACTGCGATCGAACCACACCAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGACGATGAATCGCTTCGATGGCGCAAAACAGAATGTCGTGGGTGCCGACGCTCACCACCTGGCTGATACGGCAGTCAAACGAAACCAGAGCCTCTTCCAGTTGCGGGCATCCGGTCACCCCC > NC_000913/1069774‑1070049 | cgcgACCACGCCGCTCTCTGTAGAGGTCGATTTTAACTGCCAGCGAGGAAAACCGAACATTGCCATCAGCTGTCTCCTTAAGGAGGTTAACAAGCAGGGCGCATCAACGCGTGATAACTGCGATCGAACCACACCAGCCCGTa < 1:511187/143‑1 (MQ=255) gcgACCACGCCGCCCTCTGTAGAGGTCGATTTTAACTGCCAGTGAGGAAAACCGAACATTGCCATCAGCTGTCGCCTTAAGGAGGTTAACAAGCAGGGCGCATCAGCGCGTGATAACTGCGATCGAACCACACCAGCCCGTAg < 1:161527/143‑1 (MQ=255) cgACCACGCCGCTCTCTGTAGAGGTCGATTTTAACTGCCAGTGAGGAAAACCGAACATTGCCATCAGCTGTCTCCTTAAGGAGGTTAACAAGCAGGGCGCATCAGCGCGTGATAACTGCGATCGAACCACACCAGCCCGTAgg < 1:728733/143‑1 (MQ=255) gACCACGCCGCTCTCTGTAGAGGTCGATTTTAACTGCCAGTGAGGAAAACCGAACATTGCCATCAGCTGTCTCCTTAAGGAGGTTAACAAGCAGGGCGCATCAGCGCGTGATAACTGCGATCGACCCACACCAGCCCGTAggg > 1:279563/1‑143 (MQ=255) gcTCTCTGTAGAGGTCGATTTTAACTGCCAGTGAGGAAAACCGAACATTGCCATCAGCTGTCTCCTTAAGGAGGTTAACAAGCAGGGCGCATCAGCGCGTGATAACTGCGATCGAACCACACCAcaccctacgggctggtgtg < 2:483273‑M1/143‑20 (MQ=255) gctctgTAGAGGTCGATTTTAACTGCCAGTGAGGAAAACCGAACATTGCCATCAGCTGTCTCCTTAAGGAGGTTAACAAGCAGGGCGCATCAGCGCGTGATAACTGCGATCGAACCACACCAcaccctacgggctggtgtggt < 2:614183‑M1/142‑22 (MQ=255) ctGTAGAGGTGGGTGTCAACTGCCAGTGAGGAAAACCGAACATTGCCATCAGCTGTCTCCTTAAGGAGGTTAACAAGCAGGGCGCATCAGCGCGTGATAACTGCGATCGAACCACACCAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGACGAt < 2:629597/143‑1 (MQ=255) ctGTAGAGGTCGATTTTAACTGCCAGTGAGGAAAACCGAACATTGCCATCAGCTGTCTCCTTAAGGAGGTTAACAAGCAGGGCGCATCAGCGCGTGATAACTGCGATCGAACCACACCAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGACGAt < 2:290173/143‑1 (MQ=255) agTAGAGGACGATTGTAACGGCCAGTGAGGAAAACCGGACAGTGCCACCCGCTGTCTCCTGAAGGAGGATAACAAGCAGGGCGCATCAGCGCGTGATAACTGCGATCGAACCACACCAGCCCGAAGGGTGTGGTGTGACGATg > 2:524108/2‑143 (MQ=255) gagGTCGTTTTTTATTGCCAGTGAGGAATACCTAACATTGCTATCAGCTATCTCCTTAAGGAGGTTAACAAGCAGGGCGCATCAGTGCGTGATAACTGCGATCGAACCACATTAGCCTGTATGGTGTGGTGTGACGATGAATc < 2:206963/143‑1 (MQ=255) tCGATTTTAACTGCCAGTGAGGAAAACCGAACATTGCCATCAGCTGTCTCCTTAAGGAGGTTAACAAGCAGGGCGCATCAGCGCGTGATAACTGCGATCGAACCACACCAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGACGATGAATCGCtt > 1:787270/1‑143 (MQ=255) tCGATGTTAACTGCCAGTGAGGAAAACCGAACATTGCCATCAGCTGTCTCCTTAAGGAGGTTAACAAGCAGGCCGCCTCAGCGCGTGATAACTGCGATCGAACCACACCAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGACGATGAATCGCtt < 2:593913/143‑1 (MQ=255) gATTTTAACTGCCAGTGAGGAAAACCGAACATTGCCATCAGCTGTCTCCTTAAGGAGGTTAACAAGCAGGGCGCATCAGCGCGTGATAACGGCGATCGAACCACCCCAGCCCGTAGGGTGTGAGGTGACGCTGAATCGCTTcc > 2:125039/1‑142 (MQ=255) ttttAACTGCCAGTGAGGAAAACCGAACATTGCCATCAGCTGTCTCCTTAAGGAGGTTAACAAGCAGGGCGCATCAGCGCGTGATAACTGCGATCGAACCACACCAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGACGATGAATCGCTGCGAt > 2:23471/1‑143 (MQ=255) aaaaCCGAACATTGCCATCAGCTGTCTCCTTAAGGAGGTTAACAAGCAGGGCGCATCAGCGCGTGATAACTGCGATCGAACCACACCAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGACGATGAATCGCTTCGATGGCGCAAAACAGAATGTc > 2:266504/1‑143 (MQ=255) aaaCCGAACATTGCCATCAGCTGTCTCCTTAAGGAGGTTAACAAGCAGGGCGCATCAGCGCGTGATAACTGCGATCGAACCACACCAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGACGATGAATCGCTTCGATGGCGCAAAACAGAATGTCg > 1:442322/1‑143 (MQ=255) aaaCCGAACATTGCCATCAGCTGTCTCCTTAAGGAGGTTAACAAGCAGGGCGCATCAGCGCGTGATAACTGCGATCGAACCACACCAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGACGATGAATCGCTTCGATGGCGCAAAACAGAATGTCg > 1:475080/1‑143 (MQ=255) aCCGAACATTGACATCAGCTGGCTCCTTAAGGGGGTTAACAAGCAGGGCGCATCAGCGCGTGATAACTGCGATCGAACCACACCAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGACGATGAATCGCTTCGATGGCGCAAAACAGACTGTCGTg < 2:18549/143‑1 (MQ=255) ccGAACATTGCCATCAGCTGTCTCCTTAAGGAGGTTAACAAGCAGGGCGCATCAGCGCGTGATAACTGCGATCGAACCACACCAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGACGATGAATCGCTTCGATGGCGCAAAACAGAATGTCGTgg < 2:487857/143‑1 (MQ=255) ccGAACATTGCCATCAGCTGTCTCCTTAAGGAGGTTAACAAGCAGGGCGCATCAGCGCGTGATAACTGCGATCGAACCACACCAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGACGATGAATCGCTTCGATGGCGCAAAACAGAATGTCATgg > 1:231467/1‑143 (MQ=255) ccGAACATTGCCATCAGCTGTCTCCTTAAGGAGGTTAACAAGCAGGGCGCATCAGCGCGAGATAACTGCGATCGAACCACACCAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGACGATGAATCGCTTCGATGGCGCAAAACAGAATGTCGTgg < 1:214957/143‑1 (MQ=255) cGAACATTGCCATCAGCTGTCTCCTTAAGGAGGTTAACAAGCAGGGCGCATCAGCGCGTGATAACTGCGATCGAACCACACCAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGACGATGAATCGCTTCGATGGCTCAAAACAGCATGTCGTggg > 2:636491/1‑143 (MQ=255) gAACATTGCCATCAGCTGTCTCCTTAAGGAGGTTAACAAGCAGGGCGCATCAGCGCGTGATAACTGCGATCGAACCACACCAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGACGATGAATCGCTTCGATGGCGCAAAACAGAATGTCGTGGGt > 2:151098/1‑143 (MQ=255) aCATTGCCACCAGCTGTCTCCTTAAGGAGGTTATCAAGCAGGGCGCATCAGCGCGTGTTAACTGTGATCGAACCAGACCAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGACGATGAATCGCTTCGATGGCGCAAAACAGAATGTCGTGGGTGc < 1:195530/143‑1 (MQ=255) tGCCATCAGCTGTCTCCTTAAGGAGGTTAACAAGCAGGGCGCATCAGCGCGTGATAACTGCGATCGAACCACACCAcaccctacgggctggtgtg < 2:598978‑M1/95‑20 (MQ=255) tGCCATCAGCTGTCTCCTTAAGGAGGTTAACAAGCAGGGCGCATCAGCGCGTGATAACTGCGATCGAACCACACCAcaccctacgggctggtgtg > 1:598978‑M1/1‑76 (MQ=255) gCCACCACCTGTCCCCTGAAGGAGGTCAACAAGCCGGGCGCATCAGCGCGTGATAACTGCGATCGAACCACACCAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGACGATGAATCGCTTCGATGGCGCAAAACAGAATGTCGTGGGTGCCGACg < 1:196352/143‑1 (MQ=255) cATCAGCTGGCGCCTTAAGGCGGTTACCAAGCAGGTAGCTAGTGCGTGTGATAACTGCGATCGAACCACACCAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGACGATGAATCGCTTCGATGGCGCAAAACAGAATGTCGTGGGTGCCGACGCt < 1:65460/143‑1 (MQ=255) agcAGCTGTCTCCTTAAGGAGGTTAACAAGCAGGGCGCATCAGCGCGTGATAACTGCGATCGAACCACACCAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGACGATGAATCGCTTCGATGGCGCAAAACAGAATGTCGTGGGTGCCGACGCTc < 2:593869/141‑1 (MQ=255) aGCTGTCTCCTTAAGGAGGTTAACAAGCAGGGCGCATCAGCGCGTGATAACTGCGATCGAACCACACCAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGACGATGAATCGCTTCGATGGCGCACAACAGAATGTCGTGGGGGCCGAGGCTcacc > 2:367208/1‑143 (MQ=255) gTCTCCTTAAGGAGGTTAACAAGCAGGGCGCATCAGCGCGTGATAACTGCGATCGAACCACACCAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGACGATGAATCGCTTCGATGGCGCAAAACAGAATGTCGTGGGTGCCGACGCTCACCACCt > 2:483042/1‑143 (MQ=255) tctcCTTAAGGAGGTTAACAAGCAGGGCGCATCAGCGCGTGATAACTGCGATCGAACCACACCAGCCCGTAGGGCGTGGTGTGACGATGAATCGCTTCGACGGCGCACAACAGAATGTCGTGGGTGCCGACCCCCACCCCCTg > 2:575765/1‑143 (MQ=255) ttAAGGAGGTTAACAAGCAGGGCGCATCAGCGCGTGATAACTGCGATCGAACCACACCAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGACGATGAATCGCTTCGATGGCGCAGAACAGAATGGCGTGGGTGCCGACGCTCCCCCCCTGGCTgg > 1:171378/1‑142 (MQ=255) aaGGAGGTTAACAAGCAGGGCGCATCAGCGCGTGATAACTGCGATCGAACCACACCAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGACGATGAATCGCTTCGATGGCGCAAACCAGAATGTCGTGGGTGCCGCCGCTCACCACCTGACTGATa > 2:694630/1‑143 (MQ=255) ggaggTGAACAAGCAGGGCGCATCAGGCCGTGATAACTGCGATCGAACCACGCCAGCGCGTATGGTGTGGTGCGACGATCACGCGCTTCGATGGCGCAAAACAGAATGTCGTGGGTGCCGACGCTCACCACCTGGCTGATACg < 2:131125/143‑1 (MQ=255) aggTTAACAAGCAGGGCGCATCAGCGCGTGATAACTGCGATCGAACCACACCAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGACGATGAATCGCTTCGATGGCGCAAAACAGAATGTCGTGGGTGCCGACGCTCACCACCTGGCTGATACGGc < 1:251634/143‑1 (MQ=255) gTTAACAAGCAGGGCGCATCAGCGCGTGATAACTGCGATCGAACCACACCAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGACGATGAATCGCTTCGATGGCGCAAAACAGAATGTCGTGGGTGCCGACGCTCACCCCCTGGCTCATCCCGCAg > 2:783345/1‑143 (MQ=255) gTTAACAAGCAGGGCGCATCAGCGCGTGATAACTGCGATCGAACCACACCAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGACGATGAATCGCTTCGATGGCGCAAAACAGAACGTCGTGCGTGCCGACCCTCACCACCTGGCTGAAAcagcag > 1:646187/1‑143 (MQ=255) gTTAACAAGCAGGGCGCATCAGCGCGTGATAACTGCGATCGAACCACACCAGCCCGTAGGGGGTGGTGTGACGATGAATCGCTTCGATGGCGCAAAACAGCATGTCGTGGGTGCCGACGCTCACCACCTGGCTGGGACGGGAg > 1:12260/1‑143 (MQ=255) gaGCGGGGCGCATCAGCGCGTGATATCTGCGATCGAAGTACGCCAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGACGATGAATCGCTTCGATGGCGCAATACAGAATGTCGTGGGTGCCGACGCTCACCACCTGGCTGATACGGCAGTCAAAc < 2:641048/142‑1 (MQ=255) aggCAGGTCGGAGCAGCGCGTGCTAACTGCGATCGAACCACACCAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGACGATGAATCGCTTCGATGGCGCAAAACAGAATGTCGTGGGTGCCGACGCTCACCACCTGGCTGATACGGCAGTCAAAc < 2:671977/141‑1 (MQ=255) aGCAGGGCGCATCAGCGCGTGATAACTGCGATCGAACCACACCAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGACGATGACTCGCAACGAGGGCGCCAAACAGAAAGGCGTGGGTGCCGGCGCTCACCACCTGGCGGATACGGCAGTccgacg > 2:638747/1‑138 (MQ=255) aGGGCGCATCAGCGCGTGATAACTGCGATCGAACCACACCAGCCCGTGGGGTGTGGTGTGACGATGAAGCGCTTCGATGGCGCAAAACAGAATGTCGTGTGTGCCGACGCTCACCACCTGGCTGATACGGCAGTCAAACGaaa < 1:236924/143‑1 (MQ=255) ggCGCATCAGCGCGTGATAACTGCGGTCGAACCACACCAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGACGATGAAt < 2:400464/67‑1 (MQ=255) ggCGCATCAGCGCGTGATAACTGCGGTCGAACCACACCAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGACGATGAAt > 1:400464/1‑67 (MQ=255) cgcATCAGCGCGTGATAACTGCGATCGAACCACACCAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGGCGATGAATCGCTTCGATGGCGCAAAACAGAATGTCGTGGGTGCCGACGCTCGCCACCTGGCTGCAACGGCCGTCAAACGAAGCCag > 2:696041/1‑143 (MQ=255) tcATCAGCGCGTGTTACCTGCCATCTAACTCCACTCGCTCATACAGTTCGGCGCGACGATGAATCGCTTCGATGCCGCAAAGCACAATGTCGTGGCTGCCGACGCTCACCACCTGGCTGATACGGCAGTCAAACGAAACCaga < 2:491090/142‑1 (MQ=255) gTGATAACTGCGATCGAACCACACCAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGACGATGAATCGCTTCGATGGCGCAAAACAGAATGTCGTGGGTGCCGACGCTCACCACCTGGCTGATACGGCAGTCAAACGAAACCAGAGCCTCTTCCa < 1:269955/143‑1 (MQ=255) gaCTGCGATCGAACCACACCAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGACGATGAATCGCTTCGATGGCGCAAAACAGGATGTCGTGGGTGCCGACGCTCACCACCTGGCTGATACGGCAGTCAAACGAAACCAGAGCCTCTTCCAGTTGc < 2:476539/142‑1 (MQ=255) aCTGCGATCGAACCACTCCAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGACGATGAATCGCTTCGATGGCGCAAAACAGAATGTCGTGGGTGCCGACGCTCACCACCTGGCTGATACGGCAGTCAAACGAAACCAGAGCCTCTTCCAGTTGCg < 2:714711/143‑1 (MQ=255) aCTGCGATCGAACCACACCAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGACGATGAATCGCTTCGATGGCGCAAAACAGGATGTCGTGGGTGCCGACGCTCACCACCTGGCTGATACGGCAGTCAAACGAAACCAGAGCCTCTTCCAGTTGCg < 2:475080/143‑1 (MQ=255) cTGCGATCGAACCACACCAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGACGATGAATCGCTTCGATGGCGCAAAACAGAATGTCGTGGGTGCCGACGCTCACCACCTGGCTGATACGGCAGTCAAACGAAACCAGAGCCTCTTCCAGTTGCgg < 1:226510/143‑1 (MQ=255) cTGCGATCGAACCACACCAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGACGATGAATCGCTTCGATGGCGCAAAACAGAATGTCGTGGGTGCCGACGCTCACCACCTGGCTGATACGGCAGTCAAACGAAACCAGAGCCTCTTCCAGTTGCgg < 2:787270/143‑1 (MQ=255) cTGCGAGCGACCCACCCCAGCCCGCAGGGGGTGGTGTGACGATGAATCGCTTCGATGGCGCAAAACAGAATGTCGTGGGTGCCGACGCGCACCACCTGGCTGATACGGCAGTCAAACGAAACCAGAGCCTCTTCCAGTTGCgg < 2:670788/143‑1 (MQ=255) tGCGATCGAACCACACCAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGACGATGAATCGCTTCGATGGCGCAAAACAGAATGTCGTGGGTGCCGACGCTCACCACCTGGCTGATACGGCAGTCAAACGAAACCAGAGCCGCTTCCAGTTGCggg > 1:59460/1‑143 (MQ=255) cGATCGAACCACACCAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGACGATGAATCGCTTCGATGGCGCAAAACAGAATGTCGTGGGTGCCGACGCTCACCACCTGGCTGATACGGCAGTCAAACGAAACCAGAGCCTCTTCCAGTTGCGGGCa > 1:489593/1‑143 (MQ=255) cGATCGAACCACACCAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGACGATGAATCGCTTCGATGGCGCAAAACAGAATGTCGTGGGTGCCGACGCTCACCACCTGGCTGATACGGCAGTCAAACGAAACCAGAGCCTCTTCCAGTTGCGGGCa > 1:431305/1‑143 (MQ=255) gAACCACACCAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGAGGATAAATCGCAACGATGGCGCAAAACAGCATGTCGTGGGTGCCGGCGCTCACCACCTGGCGGACACGGCAGCCAAACGAAACCACAGCCCCTCCCAGTTCCGGCCACCCgg > 2:94562/1‑143 (MQ=255) aCCACACCAGCCCGTAGGGTGtggtgtggttcgatcgcagttatcacgcgctgatgcgccctgcttgttaacctccttaaggagacagctgatggcaatgttcggttttcctcactggcagttaaaatcgacctctacagagc < 2:614183‑M2/143‑123 (MQ=255) aCCACACCAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGACGATGAATCGCTTCGATGGCGCAAAACAGAATGTCGTGGGTGCCGACGCTCACCACCTGGCTGATACGGCAGTCAAACGAAACCAGAGCCTCTTCCAGTTGCGGGCATCCGGTc < 1:266504/143‑1 (MQ=255) cacaCCAGCCCGTAGGGTGtggtgtggttcgatcgcagttatcacgcgctgatgcgccctgcttgttaacctccttaaggagacagctgatggcaatgttcggttttcctcactggcagttaaaatcgacctctacagagagc < 2:483273‑M2/143‑125 (MQ=255) cacaCCAGCCCGTAGGGTGtggtgtggttcgatcgcagttatcacgcgctgatgcgccctgcttgttaacctccttaaggagacagctgatggca < 2:598978‑M2/95‑77 (MQ=255) cacaCCAGCCCGTAGGGTGtggtgtggttcgatcgcagttatcacgcgctgatgcgccctgcttgttaacctccttaaggagacagctgatggca > 1:598978‑M2/1‑19 (MQ=255) ccAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGACGATGAATCGCTTCGATGGCGCAAAACAGAATGTCGTGGGTGCCGACGCTCACCACCTGGCTGATACGGCAGTCAAACGAAACCAGAGCCTCTGCCAGTTGCGGGCATCCGGGCAccccc > 2:200427/1‑143 (MQ=255) | CGCGACCACGCCGCTCTCTGTAGAGGTCGATTTTAACTGCCAGTGAGGAAAACCGAACATTGCCATCAGCTGTCTCCTTAAGGAGGTTAACAAGCAGGGCGCATCAGCGCGTGATAACTGCGATCGAACCACACCAGCCCGTAGGGTGTGGTGTGACGATGAATCGCTTCGATGGCGCAAAACAGAATGTCGTGGGTGCCGACGCTCACCACCTGGCTGATACGGCAGTCAAACGAAACCAGAGCCTCTTCCAGTTGCGGGCATCCGGTCACCCCC > NC_000913/1069774‑1070049 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |