New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 4100553 = | 31 (0.930) | 6 (0.180) | 6/264 | NT | 17.4% | intergenic (‑28/‑257) | rhaT/sodA | rhamnose/lyxose:H(+) symporter/superoxide dismutase (Mn) |
? | NC_000913 | = 4102459 | 26 (0.780) | coding (770/984 nt) | kdgT | 2‑dehydro‑3‑deoxy‑D‑gluconate:H(+) symporter |
GGCAATACCATTGATTTGACTGTGATTGCCCAGACTGGTTTGCTGGGGATCCTGTTGGGTGTGGCAGTAATTATCGTGACCGGTATTCCGTTGATTATCGCCGATAAATTGATTGGCGGTGGCGATGGCACTGCCGGAATTGCCGCTTCCAGTTCCGCAGGGGCCGCGGTAGCGACACCTGTGCTGATTGCAGAAATGGTGCCTGCGTTTAAACCGATGGCTCCGGCAGCAACTTCGCTGGTAGCGACGGCGGTCATTGTGACTTCGATTCTGGTGCCA > NC_000913/4102320‑4102598 | ggCAATACCATTGATTTGACTGTGATTGCCCAGACTGGTTTGCTGGGGATCCTGTTGGGTGTGGCAGTAATTATCGTGACCGGTATTCCGTTGATTATCGCCGATAAATTGATTGGCGGTGGCGATGGCACTGCCGGAATgtc < 1:174072‑M2/143‑4 (MQ=255) cAATACCATTGATTTGACTGTGATTGCCCAGACTGGTTTGCTGGGGATCCTGTTGGGTGTGGCAGTAATTATCGTGACCGGTATTCCGTTGATTATCGCCGATAAATTGATTGGCGGTGGCGATGGCACTGCCGGGATgtcac < 1:643664‑M2/143‑6 (MQ=255) cAATACCATTGATTTGACTGTGATTGCCCAGACTGGTTTGCTGGGGATCCTGTTGGGTGTGGCAGTAATTATCGTGACCGGTATTCCGTTGATTATCGCCGATAAATTGATTGGCGGTGGCGATGGCACTGCCGGAATgtcac < 1:358304‑M2/143‑6 (MQ=255) aCCATTGATTTGACTGTGATTGCCCAGACTGGTTTGCTGGGGATCCTGTTGGGTGTGGCAGTAATTATCGTGACCGGTATTCCGTTGATTATCGCCGATAAATTGATTGGCGGTGGCGATGGCACTGCCGGAATTGCCGCTTc > 1:112777/1‑143 (MQ=255) cATTGATTTGACTGTGATTGCCCAGACTGGTTTGCTGGGGATCCTGTTGGGTGTGGCAGTAATTATCGTGACCGCTATTCCGCTGATTATCGCCGATAGATTGATTGGCGGCGGCGATGGCCCTGCCCGAATTGCCGCTTCCa > 2:258744/1‑143 (MQ=255) aCTGTGATTGCCCAGACTGGTTTGCTGGGGATCCTGTTGGGTGTGGCAGTAATTATCGTGACCGGTATTCCGTTGATTATCGCCGATAAATTGATTGGCGGTGGCGATGGCACTGCCGGAATgtcccatctccgacgagatga < 1:462036‑M2/143‑22 (MQ=255) tgtgATTGCCCAGACTGGTTTGCTGGGGATCCTGTTGGGTGTGGCAGTAATTATCGTGACCGGTATTCCGTTGATTATCGCCGATAAATTGATTGGCGGTGGCGATGGCACTGCCGGAATgtcacatctccgacgaggtgagt < 1:23171‑M2/143‑24 (MQ=255) gATTGCCCAGACTGGTTTGCTGGGGATCCTGTTGGGTGTGGCAGTAATTATCGTGACCGGTATTCCGTTGATTATCGCCGATAAATTGATTGGCGGTGGCGATGGCACTGCCGGAATTGCCGCTTCCAGTTCCGCAGGGGCcg > 2:379112/1‑143 (MQ=255) actGCCCAGACTGGTTTGGTGGGGGTCCTGTTGCGTGGGGCAGTAATTATCGTGACCGGTATTCCGTTGATTATCGCCGATAAATTGATTGGCGGTGGCGATGGCACTGCCGGAATTGCCGCTTCCAGTTCCGCAGGGGCcgc < 2:594756/141‑1 (MQ=255) aTTGCCCAGACTGGTTTGCTGGGGATCCTGTTGGGTGTGGCAGTAATTATCGTGACCGGTATTCCGTTGATTATCGCCGATAAATTGAGTGGCGGTGGCGATGGCACTGCCGGAATTGCCGCTTGCCGTTCGGCCGGGGCcgc > 2:418230/1‑143 (MQ=255) ccAGACTGGTTTGCTGGGGATCCTGTTGGGTGTGGCAGTAATTATCGTGACCGGTATTCCGTTGATTATCGCCGATAAATTGATTGGCGGTGGCGATGGCACTGCCGGAATTGCCGCTTCCAGTTCCGCAGGGGCCGCGGTAg > 2:87538/1‑143 (MQ=255) ccAGACTGGTTTGCTGGGGATCCTGTTGGGTGTGGCAGTAATTATCGTGACCGGTATTCCGTTGATTATCGCCGATAAATTGATTGGCGGTGGCGATGGCACTGCCGGAATTGCCGCTTCCAGTTCCGCAGGGGCCGCGGTAg < 2:210695/143‑1 (MQ=255) ttGCTGGGGATCCTGTTGGGTGTGGCAGTAATTATCGTGACCGGTATTCCGTTGATTATCGCCGATAAATTGATTGGCGGTGGCGATGGCACTGCCGGAATgtcacatctccgacgagatgagtgtaaaaatcgtgctgtcga > 2:174072‑M2/1‑101 (MQ=255) ttGCTGGGGATCCTGTTGGGTGTGGCAGTAATTATCGTGACCGGTATTCCGTTGATTATCGCCGATAAATTGATTGGCGGTGGCGATGGCACTGCCGGAATTGCCGCTTCCAGTTCCGCAGGGGCCGCGGTAGCGACACCtgt < 2:118674/143‑1 (MQ=255) ggATCCTGTTGGGTGTGGCAGTAATTATCGTGACCGGTATTCCGTTGATTATCGCCGATAAATTGATTGGCGGTGGCGATGGCACTGCCGGAATTGCCGCTTCCAGTTCCGCAGGGGCCGCGGTAGCGACACCTGTGccgctt > 2:444030/1‑138 (MQ=255) gCAGTAATTATCGTGACCGGTATTCCGTTGATTATCGCCGATAAATTGATTGGCGGTGGCGATGGCGCTGCCGGAATTGCCGCTTCCAGTTCCGCAGGGGCCGCGGCAGCGACACCTGTGCTGCTCGCAGAAATGGTGCCTGc > 2:278596/1‑143 (MQ=255) cAGTAATTATCGTGACCGGTATTCCGTTGATTATCGCCGATAAATTGATTGGCGGTGGCGATGGCACTGCCGGAATTGCCGCTTCCAGTTCCGCAGGGGCCGCGGTAGCGACACCTGTGCGGATTGCAGAAATGGTGCCTGCg > 1:628477/1‑143 (MQ=255) tAATTATCGTGACCGGTATTCCGTTGAGTATCGCCGATAAATTGATTGGCGGTGGCGATGGCACTGCCGGAATgtcacatctccgacgagatgagtgtaaaaatcgtgctgtcgattaacctttcgcctgttgccgccgttgt > 2:394452‑M2/1‑73 (MQ=255) tATCGTGACCGGTATTCCGTTGATTATCGCCGATAAATTGATGGGCGGTGGCGATGGCACTGCCGGAATTGCCGCTTGCAGTTCCGCAGGGGCCGCGGTAGCGGCACCTGCGCTGATTGCAGAAACGGTGCCTGCGCTTCAAc > 2:127597/1‑143 (MQ=255) tATCGGGACCGGTATTCCGTGGATTATCGCCGATAAATTGATTGGCGGTGGCGATGGCACTGCCGGAATTGCCGCTTCCAGTTCCCCAGGGGCCGCGGTAGCGACACCTGTGCTGATTGCAGAAATGGTGCCTGCGTTTAAAc < 1:377839/143‑1 (MQ=255) tctgggccGGTATGCCGTTGATTATCGCCGGTAAGTGGATTGGCGGTGGCGATGGCACTGCCGGAATTGCCGCTTCCAGTTCCGCAGGGGCCGCGGTAGCGACACCTGTGCTGATTGCAGAAATGGTGCCTGCGTTTAAACCg < 2:620796/137‑1 (MQ=255) cGTGGCCGGTACTCCGTTGTCGTTCGCCGATAGTTTGATTGGCGGTGGCGATGGCCCTGTCGGAACTGCCGCTTCCAGTTCCGCCGTGGCCGCGGTAGCGACCCCTGTGCTTATTGCAGAAATGGTGCCTGCGTTTAAACCgc < 2:145346/143‑2 (MQ=255) gTGACCGGTATTCCGTTGATTATCGCCCATAAATTGATTTGCGGTGGCGATGGCACTGCCGGAATTGACGCTTCCAGTTCCGCAGGGGCCGCGGTAGCGACACCTGTGCTGATTGCACACATGATGCCTGCGGTACAACCGaa > 2:452288/1‑142 (MQ=255) gTGACCGCGACTCCGTTGAGTATCGCCGATAAATTGATTGGCGGCGGCGCTGGCACTGCCGGAATTGCCGCTTCCAGTTCCGCAGGGGCCGCGGTAGCGACACCTGTGCTGATTGCAGAAATGGTGCCTGCGTTTAAACCGAt < 1:142493/143‑1 (MQ=255) tGACCGGTATTCCGTTGATTATCGCCGATAAATTGATTGGCGGTGGCGATGGCACTGCCGGAATgtcacatctccgacgagatgagtgtaaaaatcgtgctgtcgattaacctttcgcctgttgccgccggtgtcgagttact < 2:207912‑M2/143‑80 (MQ=255) tATTCCGTTGATTATCGCCGATAAATTGATTGGCGGGGGCGAGGGCACTGCCGGAATTGCCGCTTCCAGTTCCGCAGGGGCCGCGGTAGCGACACCTGTGCTGATTGCAGAAATGGTGCCTGCGTTTAAACCGATGGCTCCgg > 1:126129/1‑143 (MQ=255) ttCTGTTGATTATCGCTGATAATTTTATTGGCGTTGGCGATGGCACTGCCTGAATTGCCGCTTCCAGTTTCGCAGGGGCCGCGGTAGCGACACCTGTGCTGATTGCAGAAATGGTGCCTGCGTTTAAACCGATGGCTCCGgca < 2:608770/143‑1 (MQ=255) ttATCGCCGATAAATTGATTGGCGGTGGCGATGGCACTGCCGGAATTGCCGCTTCCAGTTCCGCAGGGGCCGCGGTAGCGACACCTGTGCTGATTGCAGAAATGGTGCCTGCGTTTAAACCGATGGCTCCGGCAGCGACTTCg > 1:337030/1‑143 (MQ=255) aacTTGATGGGCGTTGGCGATGGCACTGCCGGAATgtcacatctccggcgagatgagggtaaaaatcgtgctgtcgattaacctttcgcctgttgccgccgttgtcgatttactggcaatcacggcattaagtgggtgatttg > 2:358304‑M2/1‑35 (MQ=255) attgattgGCGGTGGCGATGGCACTGCCGGAATTGCCGCTTCCAGTTCCGCAGGGGCCGCGGTAGCGACACCTGTGCTGATTGCAGAAATGGTGCCTGCGTTTAAACCGATGGCTCCGGCAGCAACTTCGCTGGTAGCGAcgg > 2:222479/1‑143 (MQ=255) attgattgGCGGTGGCGATGGCACTGCCGGAATTGCCGCTTCCAGTTCCGCAGGGGCCGCGGTAGCGACACCTGTGCTGATTGCAGAAATGGTGCCTGCGTTTAAACCGATGGCTCCGGCAGCAACTTCGCTGGTAGCGAcgg > 1:558518/1‑143 (MQ=255) tgattgGCGGTGGCGATGGCACTGCCCGAATTGCCGCTTCCAGTTCCGCAGGGGCCGCGGTAGCGACACCTGTGCTGATTGCAGAAATGGTGCCTGCGTTTAAACCGATGGCTCCGGCAGCAACTTCGCTGGTAGCGAcggcg < 2:421155/143‑1 (MQ=255) cGATGGCACTGCCGGAATTGCCGCTTCCAGTTCCGCAGGGGCCGCGGTAGCGACACCTGTGCTGATTGCAGAAATGGTGCCTGCGTTTAAACCGATGGCTCCGGCAGCAACTTCGCTGGTAGCGACGGCGGTCATTGTGACtt < 2:112777/143‑1 (MQ=255) tGGCACTGCCTGAATTGCCGCTTCCAGTGCCGCAGGGGCCGCGGTAGCGACACCTGTGCTGATTGCAGAAATGGTGCCTGCGTTTAAACCGATGGCTCCGGCAGCAACTTCGCTGGTAGCGACGGCGGTCATTGTGACTTCGa < 2:53339/143‑1 (MQ=255) ccGGAATTGCCGCTTCCAGTTCCGCAGGGGCCGCGGTAGCGACACCTGTGCTGATTGCAGAAATGGTGCCTGCGTTTAAACCGATGGCTCCGGCAGCAACTTCGCTGGTAGCGACGGCGGTCATTGTGACTTCGATTCTGGTg < 2:545539/143‑1 (MQ=255) gAATTGCCGCTTCCAGTTCCGCAGGGGCCGCGGTAGCGACACCTGTGCTGATTGCAGAAATGGTGCCTGCGTTTGAACCGATGGCTCCGGCAGCAACTTCGCTGGTAGCGACGGCGGTCCTTGGGCCTTCGATTCTGGTGGCa > 1:229171/1‑143 (MQ=255) gAATTGCCGCTTCCAGTTCCGCAGGGGCCGCGGTAGCGACACCTGTGCTGATTGCAGAAATGGTGCCTGCGTTTAAACCGATGGCTCCGGCAGCAACTTCGCTGGTAGCGACGGCGGTCATTGTGACTTCGATTCTGGTGCCa > 1:359061/1‑143 (MQ=255) | GGCAATACCATTGATTTGACTGTGATTGCCCAGACTGGTTTGCTGGGGATCCTGTTGGGTGTGGCAGTAATTATCGTGACCGGTATTCCGTTGATTATCGCCGATAAATTGATTGGCGGTGGCGATGGCACTGCCGGAATTGCCGCTTCCAGTTCCGCAGGGGCCGCGGTAGCGACACCTGTGCTGATTGCAGAAATGGTGCCTGCGTTTAAACCGATGGCTCCGGCAGCAACTTCGCTGGTAGCGACGGCGGTCATTGTGACTTCGATTCTGGTGCCA > NC_000913/4102320‑4102598 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |