| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1436950 = | 48 (0.840) | 7 (0.120) | 7/262 | NT | 10.6% | intergenic (‑57/‑171) | ompN/micC | outer membrane porin N/small regulatory RNA MicC |
| ? | NC_000913 | = 1458936 | 70 (1.230) | coding (673/789 nt) | paaG | putative ring 1,2‑epoxyphenylacetyl‑CoA isomerase (oxepin‑CoA forming) | |||||
CCGTCTTTATTATAAACTTCGGCTGCATGTGC‑AGCACCTGCGGCGAGCAGGGCAGGAATTAAAAGTGCCAGTACTTTGCTTTTCATTGAATAAATCCTTTAGTTATTTTATTTGCCTTTTATCCCCATTTCGGGGAGTGAAAACATCCTAAAGGAGAAGTTCAGTTAGCCGATAAATATCATTTGTTACGCCTTAAGTAAAACCTTAATCAAATAATTCCTCTGAAATGATAATAAGTCTGGTGAATGTATCGAAGATAATACATACAAAATAAAAATTATA > NC_000913/1436808‑1437089 | ccGTCTTTATCATAAACTCCGGCTGCATGTGC‑AGCACCTGCGGCGAGCAGGGCAGGAATTAAAAGTGCCAGTACTTTGCTTTTCATTGAATAAATCCTTTAGTTATTTTATTTGCCTTTTATCCCCATTTCGGGGAGTGaaaa < 1:936113/143‑1 (MQ=255) ggatgatctggcaggttgttgatgatgaaacgctggcagataccgcgcaacagctggcacggcatctggcgacacaaccgacatttggtcttggacttatcaagcaagcgataaatagcgctgaaaccaatacgctcgACATc > 1:35932‑M1/139‑143 (MQ=255) attatACACTTCGGCTGCATGTGC‑AGCACCTGCTGCTAGCAGGGCAGACATTAACAGTGCCAGTACTTTGCTTTTCATTGAATAAATCCTTTAGTTATTTTATTTGCCTTTTATCCCCATTTCGTTGAGTGAAAACATCCTaa < 2:1027863/143‑1 (MQ=255) ttatAAACTGCGGCTGTATGTGC‑AGCACCTGCGGCGAGCAGGGCAGGAATTAAAAGTGCCAGTACTTTGCTTTTCATTGAATAAATCCTTTAGTTATTTTATTTGCCTTTTATCCCCATTTCGGGGAGTGAAAACATCCTaaa < 2:531671/143‑1 (MQ=255) tataAACTTCGGCTGCATGTGC‑AGCACCTGCGGCGAGCAGGGCAGGAATTAAAAGTGCCAGTACTTTGCTTTTCATTGAATAAATCCTTTAGTTATTTTATTTGCCTTTTATCCCCATTTCGGGGAGTGAAAACATCCTAAAg > 1:266185/1‑143 (MQ=255) taAACTTCGGCTGCATGTGC‑AGCACCTGCGGCGAGCAGGGCAGGAATTAAAAGTGCCGGTACTTTGCTTTTCATGGAATAAATCCTTTAGTTATCACCACCGTCTGTTGTGCGCTTTTCGGGGAGTGAAAACATCCTaggcga > 1:1067896/1‑138 (MQ=255) aaCTTCGGCTGCATGTGC‑AGCACCTGCGGCGAGCAGGGCAGGAATTAAAAGTGCCAGTACTTTGCTTTTCATTGAATAAATCCTTTAGTTATTTTATTTGCCTTTTATCCCCATTTCGGGGAGTGAAAACATCCTAAAGgaga > 1:911938/1‑143 (MQ=255) aCTGCGGCTGGATGTGCGAGC‑CCTGCGTCGAGCAGGGCAGGAATTAAAACTGCCAGTACTTTGCTTTTCAGTGAATAAATCCTTTAGTTATTTTATTTGCCTTTTATCCCCATTTCGGGGAGTGAAAACATCCTAAAGGAGaa < 1:201169/143‑1 (MQ=255) aggggtgttgagtatgaaacgctggcagctaccgcgcaacagctggcacggcatctggcgacacaaccgacatttggtcttggacttagcaagcaagcgataaatagcgctgaaaccaatacgctcgACATCCTAAAGGAGaa > 2:85434‑M1/128‑143 (MQ=255) gCTGCATGTGC‑AGCACCTGCGGCGAGCAGGGCAGGAATTAAAAGTGCCAGTACTTTGCTTTTCATTGAATAAATCCTTTAGTTATTTTATTTGCCTTTTATCCCCATTTCGGGGAGTGAAAACATCCTAAAGGAGAAGTTCAg < 1:1028353/143‑1 (MQ=255) cTGCATGTGC‑AGCACCTGCGGCGAGCAGGGCAGGAATTAAAAGTGCCAGTACTTTGCTTTTCATTGAATAAATCCTTTAGTTATTTTATTTGCCTTTTATCCCCATTTCGGGGAGTGAAAACATCCTAAAGGAGAAGTTCAGt < 1:339224/143‑1 (MQ=255) gCATGTGC‑AGCACCTGCGGCGAGCAGAGCAGGAATTAAAAGTGCCAGTACTTTGCTTTTCATTGAATAAATCCTTTAGTTATTTTATTTGCCTTTTATCCCCATTTCGGGGAGTGAAAACATCCTAAAGGAGAAGTTCAGTTa < 1:27990/143‑1 (MQ=255) aTGTGC‑AGCACCTGCGGCGAGCAGGGCAGGAATTAAAAGTGCCAGTACTTTGCTTTTCATTGAATAAATCCTTTAGTTATTTTATTTGCCTTTTATCCCCATTTCGGGGAGTGAAAACATCCTAAAGGAGAAGTTCAGTTAGc > 2:840655/1‑143 (MQ=255) tgtgC‑AGCACCTGCGGCGAGCAGGGCAGGAATTAAAAGTGCCAGTACTTTGCTTTTCATTGAATAAATCCTTTAGTTATTTTATTTGCCTTTTATCCCCATTTCGGGGCGTGAAAACATCCTAAAGGAGAAGTTCAGTTAGcc > 2:788201/1‑143 (MQ=255) gtgC‑AGCACCTGCGGCGAGCAGGGCAGGAATTAAAAGTGCCAGTACTTTGCTTTTCATTGAATAAATCCTTTAGTTATTTTATTTGCCTTTTATCCCCATTTCGGGGAGTGAAAACATCCTAAAGGAGAAGTTCAGTTAGCCg > 1:393778/1‑143 (MQ=255) gcaCCTGCGGCGAGCAGGGCAGGAATTAAATGTGTCAATACTACGCGTTTCATTGCATAAATCCTTTAGTTATTTTATTTGCCTTTTATCCCCATTTCGGGGAGTGAAAAAATCCTAAAGGAGAAGTTCAGTTAGCCGATaaa > 2:507287/1‑143 (MQ=255) caCCTGCGGCGAGCAGGGCAGGAATTAAAAGTGCCAGTACTTTGCTTTTCATTGAATAAATCCTTTAGTTATTTTATTTGCCTTTTATCCCCATTTCGGGGAGTGAAAACATCCTAAAGGAGAAGTTCAGTTAGCCGATAAat < 1:480252/143‑1 (MQ=255) tggcagataccgcgcaacagctggcacggcatctggcgacacaaccgacatttggtcttggacttatcaagcaagcgataaatagcgctgaaaccaatacgctcgACATCCTAAAGGAGAAGTTCAGTTAGCCGATAGATATc < 2:36605‑M1/38‑1 (MQ=255) gcggcgAGCAGGGCAGGAATTAAAAGTGCCAGTACTTTGCTTTTCATTGAATAAATCCTTTAGTTATTTTATTTGCCTTTTATCCCCATTTCGGGGAGTGAAAACATCCTAAAGGAGAAGTTCAGTTAGCCGATAAATATCAt < 1:389562/143‑1 (MQ=255) ggcaAGCAGGGCAGGAATTAAAACTGCCAGTACTTTGCTTTTCATTGAATAAATCCTTTAGTTATTTTATTTGCCTTTGATCCCCATTTCGGGGAGTGAAAACATCCTAAAGGAGAAGTTCAGTTAGCCGATAAATATCAttt < 1:166691/143‑1 (MQ=255) caggAATTAAAAGTGCCAGTACTTTGCTTTTCATTGAATAAATCCTTTAGTTATTTTATTTGCCTTTTATCCCCATTTCGGGGAGTGAAAACATCCTAAAGGAGAAGTTCAGTTAGCCGATAAATATCATTTGTTACGCCTTa > 1:138941/1‑143 (MQ=255) gAATTAAAAGTGCCAGTACTTTGCTTTTCATTGAATAAATCCTTTAGTTATTTTATTTGCCTTTTATCCCCATTTCGGGGAGTGAAAACATCCTAAAGGAGAAGTTCAGTTAGCCGATAAATATCATTTGTTACGCCTTAAGt > 2:713557/1‑143 (MQ=255) gAATTAAAAGTGCCAGTACTTTGCTTTTCATTGAATAAATCCTTTAGTTATTTTATTTGCCTTTTATCCCCATTTCGGGGAGTGAAAACATCCTAAAGGAGAAGTTCAGTTAGCCGATAAATATCATTTGTTACGCCTTAAGt > 1:1108353/1‑143 (MQ=255) ctggcacggcatctggcgacacaaccgacatttggtcttggacttatcaagcaagcgataaatagcgctgaaaccaatacgctcgACATCCTAAAGGCGACGCTAACGTCACCGATAAAGATCATTTGTTACGCCTTAAGTaa < 1:765210‑M1/58‑1 (MQ=255) tAAAAGTGCCAGTACTTTGCTGTTCATTGAATAAATCCTTTAGTTATTTTATTTGCCTTTTATCCCCATTGCGGGGAGTGAAAACATCCTAAAGGAGAAGTTCAGTTAGCCGATAAATATCATTTGTTACGCCTTAAGTaaaa < 2:324457/143‑1 (MQ=255) aaaaGTGCCAGTACTTTGCTTTTCATTGAATAAATCCTTTAGTTATTTTATTTGCCTTTTATCCCCATTTCGGGGAGTGAAAACATCCTAAAGGAGAAGTTCAGTTAGCCGATAAATATCATTTGTTACGCCTTAAGTAAAAc < 1:29813/143‑1 (MQ=255) cacggcatctggcgacacaaccgacatttggtcttggacttatcaagcaagcgataagtagcgctggaaccaatacgctcgACATCCTAAAGGAGAAGTTCAGTTAGCCGGTAAATATCATTTGTTACGCCTTAAGTAAAAcc < 1:349494‑M1/62‑1 (MQ=255) ggcatctggcgacacaaccgacatttggtcttggacttatcaagcaagcgataaatagcgctgaaaccaatacgctcgACATCCTAACGGAGAAGTTCAGTTAGCCGATAAATATCATTTGTTCCGCCTTAAGTAAAACCTTa < 1:360961‑M1/65‑1 (MQ=255) gcatctggcgacacaaccgacatttggtcttggacttatcaagcaagcgataaatagcgctgaaaccaatacgctcgACATCCTAAAGGAGAAGTTCAGTTAGCCGATAAATATCATTTGTTACGCCTTAAGTAAAACCTTaa > 1:449216‑M1/78‑143 (MQ=255) ccAGTACTTTGCTTTTCATTGAATAAATCCTTTAGTTATTTTATTTGCCTTTTATCCCCATTTCGGGGAGTGAAAACATCCTAAAGGAGAAGTTCAGTTAGCCGATAAATATCATTTGTTACGCCTTAAGTAAAACCTTAATc < 1:859130/143‑1 (MQ=255) cAGTACTTTGCTTTTCATTGAATAAATCCTTTAGTTATTTTATTTGCCTTTTATCCCCATTTCGGGGAGTGAAAACATCCTAAAGGAGAAGTTCAGTTAGCCGATAAATATCATTTGTTACGCCTTAAGTAAAACCTTAATCa > 2:71056/1‑143 (MQ=255) gtGCTTTTCACTGAATAAATCCTTTGGTTATTTTATTTGCCTTTTATCCCCATGTCGGGGAGTGAAAACATCCTAAAGGAGAAGTTCAGTTAGCCGATAAATATCATTTGTTACGCCTTAAGTAAAACCTTAATCAAATAAtt < 2:579404/142‑1 (MQ=255) ttttCATTGAATAAATCCTTTAGTTATTTTATTTGCCTTTTATCCCCATTTCGGGGAGTGAAAACATCCTAAAGGAGAAGTTCAGTTAGCCGATAAATATCATTTGTTACGCCTTAAGTAAAACCTTAATCAAATAATTCctc > 1:691476/1‑143 (MQ=255) tttCATTGAATAAGTCCTTTAGTTATTTTATTTGCCTTTTATCCCCATTTCGGGGAGTGAAAACATCCTAAAGGAGAAGTTCAGTTAGCCGATAAATATCATTTGTTACGCCTTAAGTAAAACCTTAATCAAATAATTCctct < 2:642728/143‑1 (MQ=255) cATTGAATAAATCCTTTAGTTATTTTATTTGCCTTTTATCCCCATTTCGGGGAGTGAAAACATCCTAAAGGAGAAGTTCAGTTAGCCGATAAATATCATTTGTTACGCCTTAAGTAAAACCTTAATCAAATAATTCCTCTGaa < 2:266185/143‑1 (MQ=255) cATTGAATAAATCCTTTAGTTATTTTATTTGCCTTTTATCCCCATTTCGGGGAGTGAAAACATCCTAAAGGAGAAGTTCAGTTAGCCGATAAATATCATTTGTTACGCCTTAAGTAAAACCTTAATCAAATAATTCCTCTGaa < 1:443101/143‑1 (MQ=255) aTTGAATAAATCTTTTAGTTATTTTATTTGTCTTGTATCCCCATTTCGGGGAGTGAAAACATCCTAAAGGAGAAGTTCAGTTAGCCGATAAATATCATTTGTTACGCCTTAAGTAAAACCTTAATCAAATAATTCCTCTGaaa < 2:584420/143‑1 (MQ=255) aTTGAATAAATCCTTTAGTTATTTTATTTGCCTTTTATCCCCATTTCGGGGAGTGAAAACATCCTAAAGGGGAAGTTCAGTTAGCCGATAAATATCATTTGTTACGCCTTAAGTAATACCTTAATAAAAAAATTCctctcaga > 2:482809/1‑139 (MQ=255) ttGAATAAATCCTTTAGTTATTTTATTTGACTTTTATTCCCATAGCGGGGAGTGAAAACATCCTAAAGGAGAGGGTCATGGAGCCGATAAATATCATTTGTTACTCCGTAAGTAAAACCTTAATCAAATAATTCCTCTGACAt > 2:748261/1‑143 (MQ=255) tGAATAAATCCTTTAGTTATTTTATTTGCCTTTTATCCCCATTTCGGGGAGTGTAAACATTCTAAAGGAGAAGTTCAGTTAGCCGATAAATATCATTTATTACGCCTTAAGTAAAACCTTAATCAAATAATTCCTCTGAAATg > 2:223594/1‑143 (MQ=255) tGAATAAATCCTTTAGTTATTTTATTTGCCTTTTATCCCCATTTCGGGGAGTGAAAACATCCTAAAGGAGAAGTTCAGTTAGCCGATAAATATCATTTGTTACGCCTTAAGTAAAACCTTAATCAAATAATTCCTCTGaaaat > 2:66770/1‑141 (MQ=255) aaTAAATCCTTTAGTTATTTTATTTGCCTTTTATCCCCATTTCGGGGAGTGAAAACATCCTAAAGGAGAAGTTCAGTTAGCCGATAAATATCATTTGTTACGCCTTAAGTAAAACCTTAATCAAATAATTCCTCTGAAATGat > 1:827743/1‑143 (MQ=255) aaTAAATCCTTTAGTTATTTTATTTGCCTTTTATCCCCATTTCGGGGAGTGAAAACATCCTAAAGGAGAAGTTCAGTTAGCCGATAAATATCATTTGTTACGCCTTAAGTAAAACCTTAATCAAATAATTCCTCTGAAATGat > 1:261259/1‑143 (MQ=255) aaTAAATCCTTTAGTTATTTTATTTGCCTTTTATCCCCATTTCGGGGAGTGAAAACATCCTAAAGGAGAAGTTCAGTTAGCCGATAAATATCATTTGTTACGCCTTAAGTAAAACCTTAATCAAATAATTCCTCTGAAATGat > 1:1102694/1‑143 (MQ=255) aTAAATCCTTTAGTTATTTTATTTGCCTTTTATCCCCATTTCGGTGAGTGAAAACATCCTAAAGGAGAAGTTCAGTTAGCAGATAAATATCATTTGTTACGCCTTACGTAACACCTTAATCAAATAATTACTCTGAAATGata > 2:834875/1‑143 (MQ=255) tttAGTTATTTTATTTGCCTTTTATCCCCATTTCGGGGAGTGAAAACATCCTAAAGGAGAAGTTCAGTTAGCCGATAAATATCATTTGTTACGCCTTAAGTAAAACCTTAATCAAATAATTCTTCGGCAACGAGAACAAGtat > 2:974136/1‑141 (MQ=255) aGTTATTTTATTTGCCTTTTATCCCCATTTCGGGGAGTGAAAACATCCTAAAGGAGAAGTTCAGTTAGCCGATAAATATCATTTGTTACGCCTTAAGTAAAACCTTAATCAAATAATTCCTCTGAAATGATAATAAGTCTGGt > 1:959323/1‑143 (MQ=255) aGTTATTTTATTTGCCTTTTATCCCCATTTCGGGGAGTGAAAACATCCTAAAGGAGAAGTTCAGTTAGCCGATAAATATCATTTGTTACGCCTTAAGTAAAACCTTAATCAAATAATTCCTCTGAAATGATAATAAGTCTGGt > 1:1019948/1‑143 (MQ=255) tattttatttGCCTTTTATCCCCATTTCGGGGAGTGAAAACATCCTAAAGGAGAAGTTCAGTTAGCCGATAAATATCATTTGTTACGCCTTAAGTAAAACCTTAATCAAATAATTCCTCTGAAATGATAATAAGTCTGGTGaa < 1:71056/143‑1 (MQ=255) tttGCCTTTTATCCCCATTTCGGGGAGTGAAAACATACTAAATGATGAGGTCAGTTAGCCGATAAATATCATTTGTTACGCCTTAAGTAAAACCTTAATCAAATAATTCCTCTGAAATGATAATAAGTCTGGTGAATGTATCg > 1:776113/1‑143 (MQ=255) tcgtcTTTTATGCCCATTTCGGGGAGTGAAAACATCCTAAAGGAGAAGTTCAGATAGCCGATAAATATCATTTGTTACGCCTTAAGTAAAACCTTAATCAAATAATTCCTATGAAATGATAATAAGTCTGGTGAATGTATCGa < 2:483422/139‑1 (MQ=255) ccTTTTATCCCCATTTCGGGGAGTGAAAACATCCTAAAGGAGAAGTTCAGTTAGCCGATAAATATCATTTGTTACGCCTTAAGTAAAACCTTAATCAAATAATTCCTCTGAAATGATAATAAGTCTGGTGAATGTATCGAAGa > 1:1046091/1‑143 (MQ=255) tATCCCCATTTCGGGGAGTGAAAACATCCTAAAGGAGAAGTTCAGTTAGCCGATAAATATCATTTGTTACGCCTTAAGTAAAACCTTAATCAAATAATTCCTCTGAAATGATAATAAGTCTGGTGAATGTATCGAAGataata < 1:507287/143‑1 (MQ=255) caatacgctcgACATCCTAAAGGAGAAGTTCAGTTAGCCGATAAATATCATTTGTTACGCCTTAAGTAAAACCTTAATCAAATAATTCCTCTGAAATGATAATAAGTCTGGTGAATGTATCGAAGATACTACATACAAAATaa < 1:687324‑M1/132‑1 (MQ=255) ggAGTGAAAACATCCTAAGGGAGAAGTTCAGTTAGCCGATAAATATCATTTGTTACGCCTTAAGTAAAACCTTAATCAAATAATTCCTCTGAAATGATAATAAGTCTGGTGAATGTATCGAAGATAATACATACAAAATaaaa < 1:176915/143‑1 (MQ=255) ggAGTGAAAACATCCTAAAGGAGAAGTTCAGTTAGCCGATAAATATCATTTGTTACGCCTTAAGTAAAACCTTAATCAAATAATTCCTCTGAAATGATAATAAGTCTGGTGAATGTATCGAAGATAAGACATACAAAATaaaa > 2:820103/1‑143 (MQ=255) gTGAAAACATCCTAAAGGAGAAGTTCAGTTAGCCGATAAATATCATTTGTTACGCCTTAAGTAAAACCTTAATCAAATAATTCCTCTGAAATGATAATAAGTCTGGTGAATGTATCGAAGATAATACATACAAAATAAAAAtt < 1:43125/143‑1 (MQ=255) tGAAAACATCCTAAAGGAGAAGTTCAGTTAGCCTATAAATATCATTTGTTACGCCTTAAGTAAAACCTTAATCAAATAATTCCTCTGAAATGATAATAAGTCTGGTGAATGTATCGAAGATAATACATACAAAATAAAAATta < 2:724271/143‑1 (MQ=255) tGAAAACATCCTAAAGGAGAAGTTCAGTTAGCCGATAAATATCATTTGTTACGCCTTAAGTAAAACCTTAATCAAATAATTCCTCTGAAATGATAATAAGTCTGGTGAATGTATCGACGATAATACATCCAAAATACAAATta > 1:959394/1‑143 (MQ=255) aaaaCATCCTAAAGGAGAAGTTCAGTTAGCCGATAAATATCATTTGTTACGCCTTAAGTAAAACCTTAATCAAATAATTCCTCTGAAATGATAATAAGTCTGGTGAATGTATCGAAGATAATACATACAAAATAAAAATtata < 2:911938/143‑1 (MQ=255) | CCGTCTTTATTATAAACTTCGGCTGCATGTGC‑AGCACCTGCGGCGAGCAGGGCAGGAATTAAAAGTGCCAGTACTTTGCTTTTCATTGAATAAATCCTTTAGTTATTTTATTTGCCTTTTATCCCCATTTCGGGGAGTGAAAACATCCTAAAGGAGAAGTTCAGTTAGCCGATAAATATCATTTGTTACGCCTTAAGTAAAACCTTAATCAAATAATTCCTCTGAAATGATAATAAGTCTGGTGAATGTATCGAAGATAATACATACAAAATAAAAATTATA > NC_000913/1436808‑1437089 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |