| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 4542690 | 23 (0.820) | 12 (0.460) | 12/246 | NT | 37.8% | intergenic (+57/‑425) | fimE/fimA | regulator for fimA/type 1 fimbriae major subunit |
| ? | NC_000913 | = 4542986 | 18 (0.690) | intergenic (+353/‑129) | fimE/fimA | regulator for fimA/type 1 fimbriae major subunit | |||||
CTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCT > NC_000913/4542563‑4542832 | cagctCGTGTTGTCGGATGACGGGAAAGAAATAATCGCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCat < 2:414504/141‑1 (MQ=255) tgctCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCata > 1:381239/1‑143 (MQ=255) ctCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGCAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTCATTTAACTTCTTGATAATAACGTTAAACCAACAAATATATATAAGACAATTTGTGCAAatatgactcatacaggaa > 1:85864‑M1/1‑125 (MQ=255) ttttGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAAGATTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAttttgagtcatagaggaaagaa > 2:211732‑M1/1‑121 (MQ=255) 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1:280733/1‑143 (MQ=255) aaCTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGt > 1:311717/1‑143 (MQ=255) gATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAttttgactcatagaggaaagcatcgcggacaaactttttcagtttatttgttggcttaaaaatatattgtaatctttatttatagatgtttatattg > 1:1365‑M1/1‑46 (MQ=255) tgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACACTTTGATATGTAATTTATTTCTATTg < 2:85864‑M1/113‑1 (MQ=255) aaGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACACTTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTAATTTTTCTCAAGCATACAAATAGTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATCTGTAAATCATTTACATTg > 2:131851/1‑143 (MQ=255) ttAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTaa > 2:278661/1‑143 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |