| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3774236 = | NA (NA) | 3 (0.060) | 3/250 | NT | NA | intergenic (+42/‑188) | mtlA/mtlD | mannitol‑specific PTS enzyme IICBA component/mannitol‑1‑phosphate 5‑dehydrogenase |
| ? | NC_000913 | 3774261 = | NA (NA) | noncoding (25/29 nt) | other | REPv271a | |||||
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
CCAGCCTGACCAATGCACTGGATGATGAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAGGGAAAAGC > NC_000913/3774094‑3774377 | ccAGCCTGACCAATGCACTGGATGATGAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGCAGGGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACAGGGAGAAGGTGGGGGTAATTg > 1:860288/1‑143 (MQ=255) tttacccgagagggctggagtgaggcttttccctcacccaaaccctctccgtgaggagaggggcagcgccggatgcggcgtaagcgccttatccggcctacaagaacgtgcaaattcaacaaattgtgatgcatcctgtagGc > 2:521381‑M1/142‑143 (MQ=255) gCCTGACCAATGCAGTGGATGAGGAGTCCGGCATCGAGCGTCGGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCt < 1:393740/143‑1 (MQ=255) gCCTGACCAATGCACTGGATGATGAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCt < 1:481611/143‑1 (MQ=255) cccgagtgggctggggtgaggagtgtacgtcgcccacaccctatccgtgaggagaggggcagcgccggatgcggcgtaagcgccttatccggcctacaagaacgtgcaaattcaacaaattgtgatgcatcctgtagGCCTGa > 1:615385‑M1/138‑143 (MQ=255) gcgagagggcaggggtgaggcgtgtccctcacgcaaaccctctccgtgaggagaggggcagcgccggatgcggcgtaagcgccttatccggcctacaagaacgtgcaaattcaacaaattgtgatgcatcctgtagGCCTGAt > 1:794884‑M1/137‑143 (MQ=255) gACCAATGCACTGGATGATGAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGGTGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCctgctg > 1:645835/1‑143 (MQ=255) aCCAATGCACTGGATGATGAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATgc > 2:887493/1‑143 (MQ=255) cAATGCACTGGATGATGAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGCGGGGATAATTGCCTGATgcgc > 2:431188/1‑143 (MQ=255) aTGCACTGGATGATGAGTCCGTCATGGAGAGGATGCCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGCCAGGTCGTAAGTAATCAAATCCCACCCTCTACAAATGGAGACGGGGGGGTTAATTGCCTGAGGCGCtc > 2:304949/1‑142 (MQ=255) aTGCACTGGATGATGAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGCTTGTAAGTAATCCAATACCACCCTCGCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGACGCGCTa > 2:795745/1‑143 (MQ=255) gCACTGGATGATGAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACg < 1:13327/143‑1 (MQ=255) aCTGGATGATGAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCt > 1:394773/1‑143 (MQ=255) aCTGGATGATGAGTCCGTCACCCACCCTAGGCGATAGGCGACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGGGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCt > 2:966958/1‑143 (MQ=255) cTGGATGATGAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTCAATTGCCTGATGCGCTACGcgt > 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atgatgAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCa < 2:789873/143‑1 (MQ=255) atgatgAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCa < 1:920991/143‑1 (MQ=255) tgatgaGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGACGGTGAGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAg > 2:816217/1‑143 (MQ=255) tgacgaGTCCGTCATCCAGCGTCTGGCTCTCAGTACCTGCGAGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGCAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAg < 1:82544/143‑1 (MQ=255) gatgaGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAgg < 1:320381/143‑1 (MQ=255) gaGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAACTGCTGGAACGGCTGGCAGGTCGTACGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGACAAGGTGGGCTTAATTGCCTGCTGCGCTACGCTTATCAGGccg > 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gTCATGGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCATCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGa > 2:818865/1‑143 (MQ=255) aTCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATACCAACCTCTCCACATGGAGAAGTGGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCGTATCAGGCCTACAGGGTga > 1:183915/1‑142 (MQ=255) tCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCa < 1:590426/143‑1 (MQ=255) gAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCCCCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCGACGCTTAGCAGGCCTACACGATGCAta > 2:935979/1‑142 (MQ=255) gAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCAtt > 1:21942/1‑142 (MQ=255) aGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCGACGCTTTTCAGACCTACAGGATtcatca > 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2:379225/1‑143 (MQ=255) cagtccCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGc < 2:334721/140‑1 (MQ=255) caatccCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGCTGCGCTTCCTGCTTCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGc < 1:454680/143‑1 (MQ=38) caatccCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGCTGAATTTGCCCGTTCTTGCATTCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGc < 1:418945/143‑1 (MQ=38) atccCACCCTCTCCTCTTGTAGAAGGTGGTGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGccc < 1:343551/143‑1 (MQ=255) tctcCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCa < 1:377758/143‑1 (MQ=255) tcgccgcaTGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCa < 2:318951/137‑1 (MQ=255) atccggaTGGGGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGGCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCATGTTTTTGTAGGCCGGATGCGGCGGTTGCGCCTCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCAc < 2:808562/137‑1 (MQ=25) ccACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCGTACGCCGCACTCGGCGCCGCGCCCcgcctggcgg > 1:412368/1‑138 (MQ=25) ccACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACgg > 1:577424/1‑143 (MQ=255) cacaTGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGga > 1:446478/1‑143 (MQ=255) cacaTGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGga < 1:887493/143‑1 (MQ=255) gggtggaGGTGGGGTTAATTGCCTGGTGCGCTACGCTTCTCAGGCCTACAGGGTGCATCACGATTTGTTGGATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCCCCCCACGGAGAgg < 2:22742/137‑1 (MQ=25) ggAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTAACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCATCACGGAGAggg > 2:850346/1‑143 (MQ=255) gaAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGttt < 1:286570/143‑1 (MQ=255) aGGTGGGGCTAATTGCCTGGTGCGATACGCTTATCAGGCCTACAGGGTGCGTCACAATTTGTGGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCGTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTgg < 2:945416/143‑1 (MQ=37) aGGGGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTgg < 1:562850/143‑1 (MQ=255) gTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGt > 2:895375/1‑143 (MQ=255) ggggTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGa > 2:904760/1‑143 (MQ=255) ggTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTATGCCGGCTAAGGCGCTTTCGCCGCTTCCGCCGCTGCCCCTCTTCTCACTGCAAGGGTTTGGGTGTgg > 1:317545/1‑143 (MQ=25) ggTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCCCTCCTCCCGGCGAGGGTTTGGGTGAgg > 2:939589/1‑143 (MQ=255) aaTTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGAGAAGGCGCTTACGCCGCAGCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAGGGaaa < 2:394212/143‑1 (MQ=255) ttGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAGGGACAAg > 2:161322/1‑143 (MQ=255) ttGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAGGGAAAAg > 2:867124/1‑143 (MQ=255) tGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCATACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATGTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCACTCTCCTGACGGAGAGGGTTTGGGGGAGGGAAAAGc > 1:728346/1‑143 (MQ=37) | CCAGCCTGACCAATGCACTGGATGATGAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTTGGGTGAGGGAAAAGC > NC_000913/3774094‑3774377 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |