New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 3657430 = | 45 (0.680) | 3 (0.050) | 3/256 | NT | 6.3% | coding (436/573 nt) | hdeD | acid‑resistance membrane protein |
? | NC_000913 | 3657468 = | 45 (0.700) | coding (474/573 nt) | hdeD | acid‑resistance membrane protein |
CACCGGAGCTGGGCATTTTTGCCATTGCGGCA‑TTTATTGCCGGTTTGTTCTGTGTTGCAGGGGTTATTCGCCTGATGAGTTGGTATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAA > NC_000913/3657290‑3657567 | gtcacatcaagtgactatgatccgggtgacaaccggggtaattattgctgcttaacgaacaaactggcgacgctgaaaaggctggcggcgccaaatatcagttcaattcccaccagtgtggcaaccagcgatacagccaccAt < 2:806962‑M1/2‑1 (MQ=255) gactgcaGCTGGGTATTTTTGTCATTGCGGAA‑TGTATTGCCGGTTTGTTCTGTGTTGCAGGGGTTATTCGCCTGATGGGTTGGTCTCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGGTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATc < 2:868657/137‑1 (MQ=255) ccccGGAGCTGGGCATTTTGGCCATTGCGGCA‑TTTTTTGCCGTTGTGTTCTGTGTTGCCGGTGTTATTCGCATGATGAGTTGGTATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTTGTTATTGGTGTGCTGGATATc < 2:487499/141‑1 (MQ=255) tcacatcaagtgactatgatccgggtgacaaccggggtaattattgctgcttaacgaacacacgggcgaagctgcacaggctggcggcgcaaaatatcagttaaattcccagcaaagcggaaaccagagtcaaagacaccacc < 2:622269‑M1/3‑3 (MQ=255) tcacatcaagtgactatgatccgggtgacaaccggggtaattattgctgcttaacgaacaaactggcgaagctgaacaggctggcggcgctaaatatcagttcaattcccaccagtgtggaaaccagcgttacagacaccATc < 2:981738‑M1/3‑1 (MQ=255) cacatcaagtgactatgatccgggtgacaaccggggtaattattgctgcttaacgaacaaactggcgaagctgaacaggctggcggcgctaaatatcagttcaattcccaccagtgaggaaaccagcgttacagacaccATCg > 1:1178255‑M1/140‑143 (MQ=255) cGGAGCTGGGCATTTTTGCCATTGCGGCA‑TTTATTGCCGGTTTGTTCTGTGTTGCAGGGGTTATTCGCCTGATGCGTTGGTATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGATGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTc > 2:459516/1‑143 (MQ=255) ggAGCTGGGCATTTTTGCCATTGCGGCA‑TTTATTGCCGGTTTGTTCTGTGTTGCAGGGGTTATTCGCCTGATGAGTTGGTATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCa < 1:996081/143‑1 (MQ=255) gCTGGGCATTTTTGCCATTGCGGCA‑TTTATTGCCGGTTTGTTCTGTGTTGCAGGGGTTATTCGCCTGATGAGTTGGTATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTg < 2:29636/143‑1 (MQ=255) gCTGGGCATTTTTGCCATTGCGGCA‑TTTATTGCCGGTTTGTTCTGTGTTGCAGGGGTTATTCGCCTGATGAGTTGGTATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTg < 1:1073577/143‑1 (MQ=255) cTGGGCATTTTTGCCATTGCGGCA‑TTTATTGCCGGTTTGTTCTGTGTTGCAGGGGTTATTCGCCTGATGAGTTGGTATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGc < 1:914988/143‑1 (MQ=255) tGGGCATTTTTGCCATTGCGGCA‑TTTATTGCCGGTTTGTTCTGTGTTGCAGGGGTTATTCGCCTGATGAGTTGGTATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGcc > 2:541030/1‑143 (MQ=255) gtcATTTTTGCGATTGCGGCA‑TTTATTGCCGGTTTGTGCTGTGTTGCAGGGGTTATTCGCCTGATGAGTTGGTGTCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTg < 2:347196/141‑1 (MQ=255) cATTTTTGCCATTGCGGCA‑TTTATTGCCGGTTTGTTCTGTGTTGCAGGGGTTATTCGCCTGATGAGTTGGTATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGa < 2:1144937/143‑1 (MQ=255) cATTTTTGCCATTGCGGCA‑TTTATTGCAGGCTTGTTCTGTGTTGCAGGGGTTATTCGCCTGATGAGTTGGTATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCCggc > 2:1225475/1‑142 (MQ=255) ttttGCCATTGCGGCA‑TTTATTGCCGGTTTGTTCTGTGTTGCAGGGGTTATTCGCCTGATGAGTTGGTATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGatat > 2:963007/1‑143 (MQ=255) aTTGCGGCATTTTATTGCCGGTTTGTTCTGTGTTGCAGGGGTTATTCGCCTGATGAGTTGGTATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTg < 1:175838/143‑1 (MQ=255) aTTGCGGCA‑TTTATTGCCGGTTTGTTCTGTGTTGCAGGGGTTATTCGCCTGATGAGTTGGTATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTgg < 1:854378/143‑1 (MQ=255) gCGGCA‑TTTATTGCCGGTTTGTTCTGTGTTGCAGGGGTTATTCGCCTGATGAGTTGGTATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATCTCGGCATTGGCTCGCTATTCCTTGGTGc > 2:203214/1‑143 (MQ=255) gCA‑TTTATTGCCGGTTTGTTCTGTGTTGCAGGGGTTATTCGCCTGATGAGTTGGTATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGGGCAAc > 1:65372/1‑143 (MQ=255) ggtaattattgctgcttaacgaacaatctggtgaagctgaacaggctggcggcgctaaatatcagttcaattcccaccagtgtggaaaccagcgttacagacaccATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGAt > 1:1252812‑M1/106‑143 (MQ=255) tCTGTGTTGCAGGGGTTATTCGCCTGATGAGGTGGTATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACg > 1:1219058/1‑143 (MQ=255) tgtgTTGCAGGGGTTATTCGCCTGATGAGTTGGTATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATCGTGTCTGTaagtct > 2:1280897/1‑139 (MQ=255) gaacaaactggcgaagctgaacaggctggcggcgctaaatatcagttcaattcccaccagtgtggaaaccagcgttacagacaccATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGcc < 1:611454‑M1/35‑1 (MQ=255) gaacaaactggcgaagctgaacaggctggcggcgctaaatatcagttcaattcccaccagtgtggaaaccagcgttacagacaccATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGcc > 2:611454‑M1/86‑120 (MQ=255) gCAGGGGTTATTCGCCTGATGAGTTGGTATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTc < 1:881094/143‑1 (MQ=255) aGGGGTTATTCGCCTGATGAGTTGGTATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTAGTTAGTGGTGTGCTGGATATCGTCAGTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGGGTCTGTACCGCTGGTTTCca > 2:356242/1‑143 (MQ=255) aGGGGTGATTCGCCTGATGGTGTGGTATCGTCAGCGTCCAATGATTGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCca < 1:650445/143‑1 (MQ=255) gggTTATTCGCCTGATGAGTGCGTTTCGTCAGTGTGCATTGAAAGGCAGCGGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCGGGTGATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCcaca < 2:454630/143‑1 (MQ=255) gTTATTCGCCTGATGAGTTGGTATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACt > 1:312559/1‑143 (MQ=255) tCGCCGGATGAGTTGGGATCGTCAGCGTGCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATGGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAGCGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACtggtgg < 1:877550/143‑1 (MQ=255) gcggcTGATGAGTGGGTGTCGGCGGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCGCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATAGTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACtggtgg < 1:265515/139‑1 (MQ=255) ccgtggtgaGTGGGTATGGTGCGCGTTCAATGAAAGCCAGCTGGCTACAGCTCGTTAGTGGTGTGCTGGATATCGGCATTGCCTGGATAGTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGa < 2:70826/137‑1 (MQ=255) ccTGATGAGTTGGTATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATGGTCATTGCCTGGATGTTCCTTGGTGCAACGCCGCTGGTGTCTGTAAGGCTGGTGTCGCAACTGGTGAGaa > 2:1012620/1‑143 (MQ=255) ccTGATGAGTTGGTATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCCGCGCCCGAATAATCATATGAGCAGCGCCGATGGTGTCTGCACCTCTGGTGTCCACACGGCTgggca > 2:1244428/1‑141 (MQ=255) ccTGATGAGTTGGTATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGaa > 1:26581/1‑143 (MQ=255) gTTGGTATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCAGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTg > 1:721459/1‑143 (MQ=255) ttGGTATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTGCACACTGGTGGGAATTGAACTGa > 1:341636/1‑143 (MQ=255) ttGGTATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGa > 1:153093/1‑143 (MQ=255) ttGGTATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCATGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGGATTGAACTGa > 1:578961/1‑143 (MQ=255) tATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCCGTAACGCAGGCCTCCACACTGGTGGGAGTTGAACTggtcag > 2:822021/1‑138 (MQ=255) cGTCAGCGTTCAATGGATGGCACCTGGCTACAGCTCGTTCTTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAg < 1:355955/143‑1 (MQ=255) tCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAgcg > 2:397002/1‑143 (MQ=255) tCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATGGTCGTTGCCTGGATGTTGCGAGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTGCCGCTGGGGTCCACACTGGTGGGGATGCAACTGGTATCTGGCCACGCCAg > 2:929590/1‑143 (MQ=255) gaaTGGAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTACGTCGCTGCCGTATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAAGGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGc < 2:262228/142‑1 (MQ=255) aGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCa > 1:1085839/1‑143 (MQ=255) cTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCCAGCTGCGCCAGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGATTCAGTGACTCACTGATCCAGACTGGGGGCGATTGAACTTATAGTTAGCGCCGCCAGCCGGGTCAGCTTCGCCAg > 2:627961/1‑143 (MQ=255) tctgtATTGTTTTGCTGTATATCGTCGTGGCCTGGATATTCCTTTGTGCTACGCCGATGTTGTCTGTAACTCTGGTTTCCACACTGGTGGCAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCATCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTc < 2:350348/139‑1 (MQ=255) tCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTc < 1:893442/143‑1 (MQ=255) ttATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATCCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGtt < 2:1140191/143‑1 (MQ=255) ttATTGGTGTGCTGGATATCGTCAGTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACCAGTGGAAAAGGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTGCAGCTTCCCCAGTTTGTTCggt > 2:1244246/1‑141 (MQ=255) ttGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTTGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCTCACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAag < 1:699882/143‑1 (MQ=255) ggggtgCTGGATATTGTCATTGCCTGGATATTCCGTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAagca < 2:424893/140‑1 (MQ=255) gtgCTGGGTTTTGTGTTTTCCGGGATGTGCCTTGGGGGAGCGCCGATGGTGTCTGTAGCGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATGTGGCGCGGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAgcagca < 2:308977/143‑1 (MQ=255) gggATAGCGTCGTCGCTTGGATATTCCTGGGTGCATCGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCaataa < 2:172534/142‑1 (MQ=255) | CACCGGAGCTGGGCATTTTTGCCATTGCGGCA‑TTTATTGCCGGTTTGTTCTGTGTTGCAGGGGTTATTCGCCTGATGAGTTGGTATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAA > NC_000913/3657290‑3657567 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |