New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 3657430 = | 45 (0.680) | 3 (0.050) | 3/256 | NT | 6.3% | coding (436/573 nt) | hdeD | acid‑resistance membrane protein |
? | NC_000913 | 3657468 = | 45 (0.700) | coding (474/573 nt) | hdeD | acid‑resistance membrane protein |
TCTGTGTTGCAGGGGTTATTCGCCTGATGAGTTGGTATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGT‑TCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTA > NC_000913/3657338‑3657610 | tCTGTGTTGCAGGGGTTATTCGCCTGATGAGGTGGTATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACg > 1:1219058/1‑143 (MQ=255) tgtgTTGCAGGGGTTATTCGCCTGATGAGTTGGTATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATCGTGTCTGTaagtct > 2:1280897/1‑139 (MQ=255) gCAGGGGTTATTCGCCTGATGAGTTGGTATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTc < 1:881094/143‑1 (MQ=255) aGGGGTTATTCGCCTGATGAGTTGGTATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTAGTTAGTGGTGTGCTGGATATCGTCAGTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGGGTCTGTACCGCTGGTTTCca > 2:356242/1‑143 (MQ=255) aGGGGTGATTCGCCTGATGGTGTGGTATCGTCAGCGTCCAATGATTGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCca < 1:650445/143‑1 (MQ=255) gggTTATTCGCCTGATGAGTGCGTTTCGTCAGTGTGCATTGAAAGGCAGCGGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCGGGTGATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCcaca < 2:454630/143‑1 (MQ=255) gTTATTCGCCTGATGAGTTGGTATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACt > 1:312559/1‑143 (MQ=255) tCGCCGGATGAGTTGGGATCGTCAGCGTGCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATGGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAGCGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACtggtgg < 1:877550/143‑1 (MQ=255) gcggcTGATGAGTGGGTGTCGGCGGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCGCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATAGTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACtggtgg < 1:265515/139‑1 (MQ=255) ccgtggtgaGTGGGTATGGTGCGCGTTCAATGAAAGCCAGCTGGCTACAGCTCGTTAGTGGTGTGCTGGATATCGGCATTGCCTGGATAGTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGa < 2:70826/137‑1 (MQ=255) ccTGATGAGTTGGTATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATGGTCATTGCCTGGATGTTCCTTGGTGCAACGCCGCTGGTGTCTGTAAGGCTGGTGTCGCAACTGGTGAGaa > 2:1012620/1‑143 (MQ=255) ccTGATGAGTTGGTATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCCGCGCCCGAATAATCATATGAGCAGCGCCGATGGTGTCTGCACCTCTGGTGTCCACACGGCTgggca > 2:1244428/1‑141 (MQ=255) ccTGATGAGTTGGTATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGaa > 1:26581/1‑143 (MQ=255) gTTGGTATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCAGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTg > 1:721459/1‑143 (MQ=255) ttGGTATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTGCACACTGGTGGGAATTGAACTGa > 1:341636/1‑143 (MQ=255) ttGGTATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGa > 1:153093/1‑143 (MQ=255) ttGGTATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCATGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGGATTGAACTGa > 1:578961/1‑143 (MQ=255) tATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCCGTAACGCAGGCCTCCACACTGGTGGGAGTTGAACTggtcag > 2:822021/1‑138 (MQ=255) cGTCAGCGTTCAATGGATGGCACCTGGCTACAGCTCGTTCTTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAg < 1:355955/143‑1 (MQ=255) tCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAgcg > 2:397002/1‑143 (MQ=255) tCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATGGTCGTTGCCTGGATGTTGCGAGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTGCCGCTGGGGTCCACACTGGTGGGGATGCAACTGGTATCTGGCCACGCCAg > 2:929590/1‑143 (MQ=255) gaaTGGAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTACGTCGCTGCCGTATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAAGGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGc < 2:262228/142‑1 (MQ=255) aGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGT‑TCa > 1:1085839/1‑143 (MQ=255) cTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCCAGCTGCGCCAGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGATTCAGTGACTCACTGATCCAGACTGGGGGCGATTGAACTTATAGTTAGCGCCGCCAGCCGGG‑TCAGCTTCGCCAg > 2:627961/1‑143 (MQ=255) tctgtATTGTTTTGCTGTATATCGTCGTGGCCTGGATATTCCTTTGTGCTACGCCGATGTTGTCTGTAACTCTGGTTTCCACACTGGTGGCAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCATCCTGT‑TCAGCTTCGCCAGTTTGTTc < 2:350348/139‑1 (MQ=255) tCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGT‑TCAGCTTCGCCAGTTTGTTc < 1:893442/143‑1 (MQ=255) ttATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATCCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGT‑TCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGtt < 2:1140191/143‑1 (MQ=255) ttATTGGTGTGCTGGATATCGTCAGTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACCAGTGGAAAAGGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGT‑GCAGCTTCCCCAGTTTGTTCggt > 2:1244246/1‑141 (MQ=255) ttGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTTGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCTCACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGT‑TCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAag < 1:699882/143‑1 (MQ=255) ggggtgCTGGATATTGTCATTGCCTGGATATTCCGTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGT‑TCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAagca < 2:424893/140‑1 (MQ=255) gtgCTGGGTTTTGTGTTTTCCGGGATGTGCCTTGGGGGAGCGCCGATGGTGTCTGTAGCGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATGTGGCGCGGCCAGCCTGT‑TCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAgcagca < 2:308977/143‑1 (MQ=255) gggATAGCGTCGTCGCTTGGATATTCCTGGGTGCATCGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGT‑TCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCaataa < 2:172534/142‑1 (MQ=255) atcggcgttgcaccaaggaatatccaggcaatgacgatGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGT‑TCAGCTTCACCAGATTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTAcc > 1:1252812‑M2/39‑143 (MQ=255) agCGTCATTGTCTGGCTATTCCTCGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTTGCGCCGC‑AGCCTGT‑TCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTAccc > 2:339412‑M1/3‑143 (MQ=255) ggcgttgcaccaaggaatatccaggcaatgacgatGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGT‑TCAGCTTCGCCAGTTTGTTc > 2:611454‑M2/36‑120 (MQ=255) ggcgttgcaccaaggaatatccaggcaatgacgatGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGT‑TCAGCTTCGCCAGTTTGTTc < 1:611454‑M2/85‑1 (MQ=255) GTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGT‑TCAGCTTCGCCGGTTTGTTCGTTAAGCAGCCATCATTCCCCCg < 1:741893‑M1/143‑1 (MQ=255) tCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGT‑TCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCgg > 1:981738/1‑143 (MQ=255) aTTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGT‑TCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGtt < 1:704085/143‑1 (MQ=255) aTTGCCTGGATATTCCTTGCTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGT‑TCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGtt < 1:79251/143‑1 (MQ=255) cTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGT‑TCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAGGCGGCAATAATTACCCCGGTTGTcgc > 2:1268551/1‑141 (MQ=255) cTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGT‑TCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCACTAATTACCCCGGTTGTCAc > 2:594736/1‑143 (MQ=255) tGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCG‑GGGAATTCGGTGTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCAcc > 1:1270471/1‑143 (MQ=255) ggATATTCCTTGCTGCGACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGT‑TCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCAccc < 2:589863/143‑1 (MQ=255) tatTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGT‑TCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGa < 1:969236/143‑1 (MQ=255) cttCCTTGGTGGAACGGCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCACCAGCCTGT‑TCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGAt < 2:1110504/142‑1 (MQ=255) tGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGT‑TCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTCTCCCCCGGACCATaat > 2:619788/1‑141 (MQ=255) tGCAACGGCGATGCTGTCTGAAGCGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGT‑TCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCAc < 1:201465/143‑1 (MQ=255) gCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGT‑TCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACt > 1:194063/1‑143 (MQ=255) cAACGCCGATGGTGTCGGTAACGCTTGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACCGATATTTAGCGCCGCCAGCCTTT‑TCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACtt < 1:960006/143‑1 (MQ=255) cgatGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCTCACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGT‑TCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGAtgtg > 1:1178255‑M2/5‑143 (MQ=255) ggtGGTGTCTTTGACTCTGGTTTCCGCTTTGCTGGGAATTTAACTGATATTTTGCGCCGCCAGCCTGT‑GCAGCTTCGCCCGTGTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGa < 2:622269‑M2/140‑1 (MQ=255) gatGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGT‑TCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGa < 2:981738‑M2/140‑1 (MQ=255) atGGTGGCTGTATCGCTGGTTGCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTGGCGCCGCCAGCCTTT‑TCAGCGTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGAc < 2:806962‑M2/141‑1 (MQ=255) ggTTTCTGTAACGCTGGTTCCCACCCTGGTGGGAATTGAGCTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGT‑TCGGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACATCAAGTGACTa < 2:125148/143‑1 (MQ=255) | TCTGTGTTGCAGGGGTTATTCGCCTGATGAGTTGGTATCGTCAGCGTTCAATGAAAGGCAGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGT‑TCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTA > NC_000913/3657338‑3657610 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |