New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 1570641 = | 59 (0.890) | 5 (0.080) +ATAACGTTGTAAA |
3/238 | NT | 8.1% | intergenic (‑152/+4) | gadC/gadB | L‑glutamate:4‑aminobutyrate antiporter/glutamate decarboxylase B |
? | NC_000913 | 3666120 = | 67 (1.010) | intergenic (‑310/+60) | gadX/gadA | DNA‑binding transcriptional dual regulator GadX/glutamate decarboxylase A |
GAACACAGGGAAATTAATAGTAAGCAAATAATCCCTTTTCGTGACATTAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTA > NC_000913/3665979‑3666260 | gAATACAGGGAAATTAATAGCAAGCACATAATCCCTTTCCGTTAGCTTCTACTGAACCACAACACTATATAATGATGCATATAACATAAATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCaa < 2:906573/143‑1 (MQ=255) gAACACAGGGAAATTAATAGTAAGCAAATAATCCCTTTTCGTGACATTAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATTATCaa > 2:754034/1‑143 (MQ=255) aaCACAGGGAAATTAATAGTAAGCAAATAATCCCTTTTCGTGACATTAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAAc < 1:903537/143‑1 (MQ=255) aGGGACCTTAATAGTAAGCAAATAATCCCTTTTCGTAACACCAAAGGTAATCGCTACACTTAATAACCATTCATATCACATATATCTCATCAACACGATGAATAGACAGCCACTACATTACTGCGCTCACTAACCAACCGaac > 2:32281/1‑142 (MQ=255) aGGGAAATTAATAGTAAGCAAATAATCCCTTTTCGTGACATTAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAAt > 2:652940/1‑143 (MQ=255) gggAAATTAATAGTAAGCAAATAATCCCTTTTCGTGACATTAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAAtt > 1:241010/1‑142 (MQ=255) gAAATTAATAGTAAGCAAATAATCCCTTTTCGTGACATTAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGcc > 2:1132903/1‑143 (MQ=255) aTTAATAGTAAGCAAATAATCCCTTTTCGTGACATTAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATAAATAAGCAACCGAATGCCCAg < 1:841759/143‑1 (MQ=255) ttAATAGTAAGCAAATAATCCCTTTTCGTGACATTAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGc < 2:1259821/143‑1 (MQ=255) aGCAAATAATCCCTTTTCGTGACATTAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGttttttt > 2:280643/1‑143 (MQ=255) gCAAATAATCCCTTTTCGTGACATTAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGtttttttg > 2:751173/1‑142 (MQ=255) gCAAATAATCCCTTTTCGTGACATTAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTa > 2:599358/1‑143 (MQ=255) gCAAATAATCCCTTTTCGTGACATTAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTa > 1:149728/1‑143 (MQ=255) tgaactgttgctggaagactacaaagcctccctgaaatatctcagcgatcacccgaaactgcagggtattgcccagcagaacagctttaaacacacctgataacataacgttgtaaaAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTaa > 1:169504‑M2/118‑143 (MQ=255) tgaactgttgctggaagactacaaagcctccctgaaatatctcagcgatcacccgaaactgcagggtattgcccagcagaacagctttaaacacacctgataacataacgttgtaaaAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTaa > 1:796724‑M2/118‑143 (MQ=255) aaaTAATCCCTTTTCGTGACATTAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTaaa < 2:1118222/143‑1 (MQ=255) aaaTAATCCCTCTTCGTGACATGAAAGGTAATCGCTACATTTAACAAACATTCATATAACATATATCTGATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTaaa < 1:182713/143‑1 (MQ=255) taatCCCTTTTCGTGACATTAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGc < 1:1219982/143‑1 (MQ=255) atCCCTTTTCGTGACATTAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTg < 1:521938/143‑1 (MQ=255) tCCCTTTTCGTGACATTAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTgg < 2:256398/143‑1 (MQ=255) tCCCTTTTCGTCACATTAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTgg < 2:478055/143‑1 (MQ=255) tgctggaagactacaaagcctccctgaaatacctcagcgatcacccgaaactgcagggtattgcccagcagaacagctttaaacacacctgataacataacgttgtaaaAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTggg < 1:647089‑M2/34‑1 (MQ=255) tttCGTGACATTAAAGGTAATCGCTACATTTACTAAACATTCATATAACATATCTCTTCTCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCACACGACTGCCCAGCTGTTCTTTTACAGGCTCGGCAtt > 1:429516/1‑143 (MQ=255) tCGTGACATTAAAGGTGATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCCGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCg < 2:779167/143‑1 (MQ=255) tGACATTAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGtt < 2:497882/143‑1 (MQ=255) gACATTAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGttt < 2:236323/143‑1 (MQ=255) gACATTAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGttt < 1:1007196/143‑1 (MQ=255) gACATTAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAACAGACAGAAAATATATCATTACGATTAATAAGCAAACGAATGCCCGGCTGTTTTCTTAACGGCTGGAGATTCAGtat > 2:362810/1‑141 (MQ=255) gACATTAAACGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGttt < 2:673095/143‑1 (MQ=255) aaaGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTCCGATTAATAAGCAACGGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGATTTTACaa > 1:642069/1‑143 (MQ=255) ggTAATCGCTACATTTAATAAAGATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACCGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCACCCGAATGCCCAGCTGTTTGTTTAAAGGCGGGGGATTCGGTTTTTCCAACgg > 2:1019059/1‑142 (MQ=255) ggTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACgt > 2:1271024/1‑143 (MQ=255) aaTCGCTACATGTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACgttat < 1:357862/143‑1 (MQ=255) gaaatatctcagcgatcacccgaaactgcagggtattgcccagcagaacagctttaaacacacctgataacataacgttgtaaaAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACgttatgtt < 2:796724‑M2/59‑1 (MQ=255) gaaatatctcagcgatcacccgaaactgcagggtattgcccagcagaacagctttaaacacacctgataacataacgttgtaaaAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACgttatgtt < 2:169504‑M2/59‑1 (MQ=255) gCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACgttatgtta > 1:1083024/1‑143 (MQ=255) tACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATc < 1:167817/143‑1 (MQ=255) 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1:1046639/143‑1 (MQ=255) tCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCt > 1:623454/1‑143 (MQ=255) atatAACATATATCTTATCAACACGATGAATCGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTAGATTATCAGGAGTGTTTAAGGCTGt > 2:1197678/1‑143 (MQ=255) tataACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGtt < 1:751363/143‑1 (MQ=255) taACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTct > 1:1015017/1‑143 (MQ=255) aaCATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTctg < 2:122324/143‑1 (MQ=255) atatatCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTctgctg > 2:367795/1‑143 (MQ=255) atatCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTggg < 2:674873/143‑1 (MQ=255) tatCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGc > 1:762470/1‑143 (MQ=255) atCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATCTTATCAGGTGTATCTAAAGCTGTTCTGCTCGGCa > 2:1074163/1‑143 (MQ=255) ttATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATa < 1:515954/143‑1 (MQ=255) ttATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGATTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTCTTACAACGTTGTGTTATCAGGAGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATa > 2:178898/1‑143 (MQ=255) aTCAAGTCGATGAATAGACTGCCAAGTTATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATAcc < 2:534486/143‑1 (MQ=255) cAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCt < 1:1127325/143‑1 (MQ=255) cAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCt > 1:331223/1‑143 (MQ=255) cAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCt < 1:624607/143‑1 (MQ=255) aaCACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTg < 1:280643/143‑1 (MQ=255) 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1:708455/143‑1 (MQ=255) aCAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGAt < 2:1199707/143‑1 (MQ=255) aGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCg < 1:425341/143‑1 (MQ=255) aaTATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTga < 1:1067905/143‑1 (MQ=255) tatatTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTgaga > 1:697023/1‑143 (MQ=255) atatTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGat > 1:319929/1‑143 (MQ=255) tGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGTGCAATACCCTGCCGTCTCGGGTGATCGCTGAGATACTTccg > 2:1123652/1‑141 (MQ=255) gCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTGATCAGGTGTGTTCAATGCGGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAgg < 2:270645/143‑1 (MQ=255) cGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAggg > 2:707428/1‑143 (MQ=255) cGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAggg > 2:709949/1‑143 (MQ=255) ataaGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCtt > 1:715389/1‑143 (MQ=255) gCAACCAAATGCCCATCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTa < 1:1132903/143‑1 (MQ=255) | GAACACAGGGAAATTAATAGTAAGCAAATAATCCCTTTTCGTGACATTAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTA > NC_000913/3665979‑3666260 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |