New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 1299498 | 0 (0.000) | 49 (1.010) | 44/276 | 0.1 | 100% | intergenic (+253/‑33) | ychE/insH21 | putative inner membrane protein/IS5 transposase and trans‑activator |
? | NC_000913 | 1300698 = | 0 (0.000) | intergenic (+151/‑484) | insH21/oppA | IS5 transposase and trans‑activator/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
GATAACGCCTTAAATGGCGAAGAAACGGTCTAAATAGGCTGATTCAAGGCATTTACGGGAGAAAAAATCGGCTCAAACATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTG‑TGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATACGGT > NC_000913/1300556‑1300840 | aattacagttagttataaggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaa < 1:225657‑M2/1‑1 (MQ=255) aattacagttagttataaggacttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaa < 1:410402‑M2/1‑1 (MQ=255) ttacagttagttataaggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataactgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaata < 2:475109‑M2/3‑1 (MQ=255) ttacaggtagttataaggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaata < 2:798716‑M2/3‑1 (MQ=255) gttagttataaggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataataat > 1:575015‑M2/136‑143 (MQ=255) taaggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtataggaaagtgctaaATAATAATCAATTGtt > 2:83741‑M2/128‑143 (MQ=255) aaggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTa > 2:714466‑M2/127‑143 (MQ=255) ggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTaaa > 1:606830‑M2/125‑143 (MQ=255) tccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctgaATAATAATCAATTGTTAGattatt > 1:303696‑M2/120‑143 (MQ=255) gcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTG‑TGCATTTc > 2:119506‑M2/111‑143 (MQ=255) ttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATGATGG‑TGCATTCCac > 1:805325‑M2/109‑143 (MQ=255) ctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTG‑TGCATTTCACTACTg < 1:773788‑M2/40‑1 (MQ=255) gccatcatgtgattttagccaaatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTG‑TGCATTTCACTACTGGaa < 2:829572‑M2/43‑1 (MQ=255) accattatgcttcttccgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTG‑TGCATTTCACTACTGGaa < 2:182325‑M2/43‑1 (MQ=255) ccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTG‑TGCATTTCACTACTGGAAc < 1:525138‑M2/44‑1 (MQ=255) ccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagagcaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTG‑TGCATTTCACTACTGGAAc < 1:472464‑M2/44‑1 (MQ=255) catgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTG‑TGCATTTCACTACTGGAACTGTa < 1:8559‑M2/48‑1 (MQ=255) tgttcttttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTG‑TGCATTTCACTACTGGAACTGTAAt < 1:194494‑M2/50‑1 (MQ=255) tgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTG‑TGCATTTCACTACTGAAAATGTAAt > 2:661200‑M2/94‑143 (MQ=255) ttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTG‑TGCATTTCACTACTGGCACTGTAATCa > 1:37960‑M2/92‑143 (MQ=255) tattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAGTTGTTG‑TGCATTTCACTACTGGAACTGGAATCAg > 1:408495‑M2/91‑143 (MQ=255) tattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTG‑TGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAg < 1:668065‑M2/53‑1 (MQ=255) attttcaccacatcatcatcctgagcttgctgaagaagaattgacatgatattatgaagtccacggccgttggtagaggaaagcgctaaATAATGATCAATTGTTAAATTATTG‑TGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGa < 2:686840‑M2/54‑1 (MQ=255) ttttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTG‑TGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaa > 1:150113‑M2/89‑143 (MQ=255) cgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTG‑TGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGa > 1:52133‑M2/85‑143 (MQ=255) accacatgataatccttggcttgttgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTG‑TGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGAt < 2:231018‑M2/60‑1 (MQ=255) ccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTG‑TGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATa < 1:596328‑M2/61‑1 (MQ=255) tcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTG‑TGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAACAGATAGACATGATTAg > 2:477156‑M2/72‑143 (MQ=255) cctgggcttgctgaagaataattcaaatgatattattaattccactgtctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTG‑TGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGc < 2:11533‑M2/73‑1 (MQ=255) gggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTG‑TGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGCCATGCTTACCCaa > 2:327658‑M2/68‑143 (MQ=255) gcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTG‑TGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAAtc > 2:407913‑M2/66‑143 (MQ=255) cttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTG‑TGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAAtct < 1:119506‑M2/79‑1 (MQ=255) tgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTG‑TGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATctct < 1:866216‑M2/81‑1 (MQ=255) gctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTG‑TGCATTCCACTACTGGTACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCATACTCTa > 2:500433‑M2/62‑143 (MQ=255) tgaagaataattgcaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTG‑TGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGCTAGACATGCTTAGCCAATCTCTata > 2:154314‑M2/60‑142 (MQ=255) gaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTCAATTATTT‑TGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATTGCTATttgat > 2:791112‑M2/56‑143 (MQ=255) aattgatatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTG‑TGCATTTCACTACTGTAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGattgaa < 2:390364‑M2/92‑1 (MQ=255) attgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTAGTGATTTACTT‑ACTCCTCCAACATTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGattgaat > 2:642659‑M2/51‑143 (MQ=255) ttgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTG‑TGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGattgaatt < 2:575015‑M2/94‑1 (MQ=255) aaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTG‑TGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGAttgaattgaa < 2:767838‑M2/97‑1 (MQ=255) aatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATGATAATCAATTGTTAAATTATTG‑TGCATTTCACTACTGGAACTATAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGaaa < 2:92043‑M2/98‑1 (MQ=255) aatgatattattaataccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATACAAAAATGTTTAGTTATTG‑TGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGaaa < 2:787283‑M2/98‑1 (MQ=255) gatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTG‑TGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGAt < 1:89642‑M2/101‑1 (MQ=255) attaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTG‑TGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGAtgtttgt > 1:241539‑M2/37‑143 (MQ=255) aattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTCAATTATTG‑TGCATTTCACTACTCGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGACTTGAAAGATGTTCGTtac > 2:309572‑M2/34‑142 (MQ=255) actgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTG‑TGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATg < 2:52133‑M2/116‑1 (MQ=255) tgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTG‑TGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGa < 1:355982‑M2/118‑1 (MQ=255) aggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTG‑TGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAg < 1:217090‑M2/130‑1 (MQ=255) aagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTG‑TGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTc < 2:118673‑M2/134‑1 (MQ=255) ctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTG‑TGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGACTTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGCGGCAAGCTAAAGATTCTCATa > 1:282647‑M2/5‑143 (MQ=255) taaATAATAATCAATTGTTAAATTATTG‑TGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGAGATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTgatcc > 1:351926‑M2/4‑141 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTG‑TGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATACGGt < 1:581336/143‑1 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTG‑TGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATACGGt < 1:15697/143‑1 (MQ=255) | GATAACGCCTTAAATGGCGAAGAAACGGTCTAAATAGGCTGATTCAAGGCATTTACGGGAGAAAAAATCGGCTCAAACATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTG‑TGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATACGGT > NC_000913/1300556‑1300840 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |