| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | CP009273 | 4,581,222 | Δ3 bp | intergenic (‑126/‑250) | yjiY ← / → tsr | putative transporter/methyl‑accepting chemotaxis protein I, serine sensor receptor |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | CP009273 | 4581222 | 4581224 | 3 | 206 [0] | [0] 207 | yjiY/tsr | putative transporter/methyl‑accepting chemotaxis protein I, serine sensor receptor |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 4581221 | 0 (0.000) | 205 (1.240) | 128/200 | 0.0 | 100% | intergenic (‑125/‑253) | yjiY/tsr | putative transporter/methyl‑accepting chemotaxis protein I, serine sensor receptor |
| ? | CP009273 | 4581225 = | 0 (0.000) | intergenic (‑129/‑249) | yjiY/tsr | putative transporter/methyl‑accepting chemotaxis protein I, serine sensor receptor | |||||
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
ATAGTTGGCCGAAGCCGTTCTAGGTTTGCGTTGCGTTTGAGGAGGTAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/4581122‑4581221‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGGATGTAAGCGGTCAGTTTTGCGGTTGAGCGGCAAAGGCGTCGTTTAAGTGACGATAAATATGTGATTCATATCACA > CP009273/4581225‑4581324 ATAGTTGGCCGAAGCCGTTCTAGGTTTGCGTTGCGTTTGAGGAGGTAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAA > 1:1465273/1‑101 TAGTTGGCCGAAGCCGTTCTAGGTTTGCGTTGCGTTTGAGGAGGTAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAA < 1:2848541/101‑1 TAGTTGGCCGAAGCCGTTCTAGGTTTGCGTTGCGTTTGAGGAGGTAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAA < 2:2570068/101‑1 AGTTGGCCGAAGCCGTTCTAGGTTTGCGTTGCGTTTGAGGAGGTAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAA < 2:167703/101‑1 TTGGCCGAAGCCGTTCTAGGTTTGCGTTGCGTTTGAGGAGGTAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATA < 2:3896657/101‑1 TGGCCGAAGCCGTTCTAGGTTTGCGTTGCGTTTGAGGAGGTAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAA > 2:2735699/1‑101 GCCGAAGCCGTTCTAGGTTTGCGTTGCGTTTGAGGAGGTAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACT > 2:14635/1‑101 CCGAAGCCGTTCTAGGTTTGCGTTGCGTTTGAGGAGGTAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTG < 1:723966/101‑1 CCGAAGCCGTTCTAGGTTTGCGTTGCGTTTGAGGAGGTAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTG < 2:3100554/101‑1 GAAGCCGTTCTAGGTTTGCGTTGCGTTTGAGGAGGTAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAG > 2:1038914/1‑101 GAAGCCGTTCTAGGTTTGCGTTGCGTTTGAGGAGGTAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAG < 1:2369558/101‑1 AAGCCGTTCTAGGTTTGCGTTGCGTTTGAGGAGGTAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGT < 1:3602094/101‑1 AGCCGTTCTAGGTTTGCGTTGCGTTTGAGGAGGTAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTG < 2:1757374/101‑1 AGCCGTTCTAGGTTTGCGTTGCGTTTGAGGAGGTAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTG > 1:3533912/1‑101 AGCCGTTCTAGGTTTGCGTTGCGTTTGAGGAGGTAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTG > 1:2747412/1‑101 CGTTCTAGGTTTGCGTTGCGTTTGAGGAGGTGAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTT < 2:1443810/101‑1 CGTTCTAGGTTTGCGTTGCGTTTGAGGAGGTAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTT > 2:3621430/1‑101 CGTTCTAGGTTTGCGTTGCGTTTGAGGAGGTAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTT > 1:481692/1‑101 GTTCTAGGTTTGCGTTGCGTTTGAGGAGGTAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTA < 1:1704315/101‑1 GTTCTAGGTTTGCGTTGCGTTTGAGGAGGTAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTA < 2:1139317/101‑1 TTCTAGGTTTGCGTTGCGTTTGAGGAGGTAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTAT > 2:2645797/1‑101 AGGTTTGCGTTGCGTTTGAGGAGGTAAATTGACCGCTATCCTGCAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTA > 2:314987/1‑101 GGTTTGCGTTGCGTTTGAGGAGGTAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTAG < 1:2571627/101‑1 TTTGCGTTGCGTTTGAGGAGGTAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGG > 2:1377194/1‑101 TTTGCGTTGCGTTTGAGGAGGTAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGG < 1:1779379/101‑1 TGCGTTGCGTTTGAGGAGGTAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGGAT > 2:1338928/1‑101 TGCGTTGCGTTTGAGGAGGTAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGGAT < 2:3800246/101‑1 CGTTGCGTTTGAGGAGGTAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGGATGT > 2:3120029/1‑101 TTGCGTTTGAGGAGGTAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGGATGTAA > 2:2114082/1‑101 TTGCGTTTGAGGAGGTAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGGATGTAA < 1:3702030/101‑1 TGCGTTTGAGGAGGTAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGGATGTAAG > 2:332876/1‑101 GCGTTTGAGGAGGTAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGGATGTAAGC > 1:3441910/1‑101 GCGTTTGAGGAGGTAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGGATGTAAGC < 1:1674854/101‑1 CGTTTGAGGAGGTAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGGATGTAAGCG < 2:471975/101‑1 CGTTTGAGGAGGTAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGGATGTAAGCG < 2:794117/101‑1 CGTTTGAGGAGGTAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGGATGTAAGCG < 1:418139/101‑1 GTTTGAGGAGGTAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGGATGTAAGCGG > 2:2040109/1‑101 TTTGAGGAGGTAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGGATGTAAGCGGT > 1:2010831/1‑101 TGAGGAGGTAAATTGACTGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGGATGTAAGCGGTCA > 2:465000/1‑101 AGGAGGTAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGGATGTAAGCGGTCAGT > 2:141108/1‑101 GGAGGTAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGGATGTAAGCGGTCAGTT < 1:2880470/101‑1 GAGGTAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGGATGTAAGCGGTCAGTTT < 1:1144735/101‑1 GAGGTAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGGATGTAAGCGGTCAGTTT > 1:1118707/1‑101 AGGTAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGGATGTAAGCGGTCAGTTTT < 1:74283/101‑1 AGGTAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGGATGTAAGCGGTCAGTTTT < 1:2383418/101‑1 TAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTCGGGATGTAAGCGGTCAGTTTTGCG > 2:1810361/1‑101 TAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGGATGTAAGCGGTCAGTTTTGCG < 2:35952/101‑1 AAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGGATGTAAGCGGTCAGTTTTGCGG > 2:3357614/1‑101 TTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGGATGTAAGCGGTCAGTTTTGCGGTTG < 1:3942800/101‑1 TTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGGATGTAAGCGGTCAGTTTTGCGGTTG > 2:279527/1‑101 TGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGGATGTAAGCGGTCAGTTTTGCGGTTGA < 1:1869149/101‑1 CCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGGATGTAAGCGGTCAGTTTTGCGGTTGAGCG > 1:3748887/1‑101 CCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGGATGTAAGCGGTCAGTTTTGCGGTTGAGCG < 2:3531148/101‑1 CCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGAGGTTATTTTAGGGATGTAAGCGGTCAGTTTTGCGGTTGAGCG > 1:3873523/1‑101 CGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGGATGTAAGCGGTCAGTTTTGCGGTTGAGCGG < 1:2072666/101‑1 TATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGGATGTAAGCGGTCAGTTTTGCGGTTGAGCGGCAA > 1:1343844/1‑101 ATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGGATGTAAGCGGTCAGTTTTGCGGTTGAGCGGCAAA > 2:3439269/1‑101 TCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGGATGTAAGCGGTCAGTTTTGCGGTTGAGCGGCAAAG < 1:3915874/101‑1 TCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGGATGTAAGCGGTCAGTTTTGCGGTTGAGCGGCAAAG < 2:2505285/101‑1 CTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGGATGTAAGCGGTCAGTTTTGCGGTTGAGCGGCAAAGGC < 1:545105/101‑1 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CAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGGATGTAAGCGGTCAGTTTTGCGGTTGAGCGGCAAAGGCGTCGTTTAAGTGACG < 1:952074/101‑1 AGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGGATGTAAGCGGTCAGTTTTGCGGTTGAGCGGCAAAGGCGTCGTTTAAGTGACGA > 2:150680/1‑101 AGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGGATGTAAGCGGTCAGTTTTGCGGTTGAGCGGCAAAGGCGTCGTTTAAGTGACGATA < 1:2040109/101‑1 AGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGGATGTAAGCGGTCAGTTTTGCGGTTGAGCGGCAAAGGCGTCGTTTAAGTGACGATA < 2:3192975/101‑1 AGTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGGATGTAAGCGGTCAGTTTTGCGGTTGAGCGGCAAAGGCGTCGTTTAAGTGACGATA < 1:1304244/101‑1 GTTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGGATGTAAGCGGTCAGTTTTGCGGTTGAGCGGCAAAGGCGTCGTTTAAGTGACGATAA > 2:3501081/1‑101 TTACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGGATGTAAGCGGTCAGTTTTGCGGTTGAGCGGCAAAGGCGTCGTTTAAGTGACGATAAA < 2:692809/101‑1 TACGCGCGCGTAAAGTAAAAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGGATGTAAGCGGTCAGTTTTGCGGTTGAGCGGCAAAGGCGTCGTTTAAGTGACGATAAAT < 2:296057/101‑1 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ATAGTTGGCCGAAGCCGTTCTAGGTTTGCGTTGCGTTTGAGGAGGTAAATTGACCGCTATCCTGTAGTGATGTTGCCAGAGTTACGCGCGCGTAAAGTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/4581122‑4581221‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAATAACTGAGTGGTTATTTTAGGGATGTAAGCGGTCAGTTTTGCGGTTGAGCGGCAAAGGCGTCGTTTAAGTGACGATAAATATGTGATTCATATCACA > CP009273/4581225‑4581324 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |