| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 189030 = | 23 (0.140) | 171 (1.030) | 110/200 | 0.2 | 88.1% | coding (689/726 nt) | pyrH | uridylate kinase |
| ? | CP009273 | = 189041 | NA (NA) | coding (700/726 nt) | pyrH | uridylate kinase | |||||
Only 100 of 200 total aligned reads displayed.
CTGAAAGTCATGGACCTGGCGGCCTTCACGCTGGCTCGTGACCATAAATTACCGATTCGTGTTTTCAATATGAACAAACCGGGTGCGCTGCGCCGTGTGGTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCCGCGTAAGTATCGCGGGGGCGTAAGTCTGGTT > CP009273/188930‑189130 | cTGAAAGTCATGGACCTGGCGGCCTTCACGCTGGCTCGTGACCATAAATTACCGATTCGTGTTTTCAATATGAACAAACCGGGTGCGCTGCGCCGTGTGGt > 2:3703638/1‑101 (MQ=255) acctggcggccttcacgctggctcgtgaccataaattaccgattcgtgttttcaatatgaacaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaata < 2:3878137‑M1/2‑1 (MQ=255) cctggcggccttcacgctggctcgtgaccataaattaccgattcgtgttttcaatatgaacaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaataa < 1:69329‑M1/3‑1 (MQ=255) cctggcggccttcacgctggctcgtgaccataaattaccgattcgtgttttcaatatgaacaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaataa > 1:297744‑M1/99‑101 (MQ=255) aaaGTCATGGACCTGGCGGCCTTCACGCTGGCTCGTGACCATAAATTACCGATTCGTGTTTTCAATATGAACAAACCGGGTGCGCTGCGCCGTGTGGTAAt > 2:2633013/1‑101 (MQ=255) tggcggccttcacgctggctcgtgaccataaattaccgattcgtgttttcaatatgaacaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaataatg < 2:660076‑M1/5‑1 (MQ=255) tggcggccttcacgctggctcgtgaccataaattaccgattcgtgttttcaatatgaacaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaataatg > 2:1384019‑M1/97‑101 (MQ=255) aGTCATGGACCTGGCGGCCTTCACGCTGGCTCGTGACCATAAATTACCGATTCGTGTTTTCAATATGAACAAACCGGGTGCGCTGCGCCGTGTGGTAATgg > 2:1469698/1‑101 (MQ=255) gTCATGGACCTGGCGGCCTTCACGCTGGCTCGTGACCATAAATTACCGATTCGTGTTTTCAATATGAACAAACCGGGTGCGCTGCGCCGTGTGGTAATggg > 1:1231037/1‑101 (MQ=255) tCATGGACCTGGCGGCCTTCACGCTGGCTCGTGACCATAAATTACCGATTCGTGTTTTCAATATGAACAAACCGGGTGCGCTGCGCCGTGTGGTAATGGGt > 1:1413036/1‑101 (MQ=255) cggccttcacgctggctcgtgaccataaattaccgattcgtgttttcaatatgaacaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaataatgggt > 1:1170012‑M1/94‑101 (MQ=255) ggccttcacgctggctcgtgaccataaattaccgattcgtgttttcaatatgaacaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaataatgggtg > 1:3944488‑M1/93‑101 (MQ=255) gccttcacgctggctcgtgaccataaattaccgattcgtgttttcaatatgaacaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaataatgggtga > 1:2327057‑M1/92‑101 (MQ=255) aTGGACCTGGCGGCCTTCACGCTGGCTCGTGACCATAAATTACCGATTCGTGTTTTCAATATGAACAAACCGGGTGCGCTGCGCCGTGTGGTAATGGGTGa > 2:128610/1‑101 (MQ=255) aTGGACCTGGCGGCCTTCACGCTGGCTCGTGACCATAAATTACCGATTCGTGTTTTCAATATGAACAAACCGGGTGCGCTGCGCCGTGTGGTAATGGGTGa > 2:573024/1‑101 (MQ=255) ggACCTGGCGGCCTTCACGCTGGCTCGTGACCATAAATTACCGATTCGTGTTTTCAATATGAACAAACCGGGTGCGCTGCGCCGTGTGGTAATGGGTGaaa < 1:2903110/101‑1 (MQ=255) ggACCTGGCGGCCTTCACGCTGGCTCGTGACCATAAATTACCGATTCGTGTTTTCAATATGAACAAACCGGGTGCGCTGCGCCGTGTGGTAATGGGTGaaa > 2:2441447/1‑101 (MQ=255) ttcacgctggctcgtgaccataaattaccgattcgtgttttcaatatgaacaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaaTAATGGGTGaaaa < 1:2131076‑M1/13‑1 (MQ=255) ttcacgctggctcgtgaccataaattaccgattcgtgttttcaatatgaacaaaccgggtgcgctgcgccgggtggtaatgggtgaaaTAATGGGTGaaaa < 2:1023620‑M1/13‑1 (MQ=255) ctcgtgaccataaattaccgattcgtgttttcaatatgaacaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACt < 1:1946572‑M1/23‑1 (MQ=255) tcgtgaccataaattaccgattcgtgttttcaatatgaacaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACtt > 2:529100‑M1/78‑101 (MQ=255) cgtgaccataaattaccgattcgtgttttcaatatgaacaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACttt > 2:921275‑M1/77‑101 (MQ=255) tgaccataaattaccgattcgtgttttcaatatgaacaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTaa > 1:3435305‑M1/75‑101 (MQ=255) gaccataaattaccgattcgtgttttcaatatgaacaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAAt > 2:2479852‑M1/74‑101 (MQ=255) gaccataaattaccgattcgtgttttcaatatgaacaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAAt > 2:3518891‑M1/74‑101 (MQ=255) accataaattaccgattcgtgttttcaatatgaacaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATc < 2:2129374‑M1/29‑1 (MQ=255) ccataaattaccgattcgtgttttcaatatgaacaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCa > 1:595903‑M1/72‑101 (MQ=255) cataaattaccgattcgtgttttcaatatgaacaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCAc > 1:3399653‑M1/71‑101 (MQ=255) cataaattaccgattcgtgttttcaatatgaacaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCAc < 2:2400517‑M1/31‑1 (MQ=255) ataaattaccgattcgtgttttaaatatgaacaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACg > 1:2776112‑M1/70‑101 (MQ=255) aaattaccgattcgtgttttcaatatgaacaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaaTAATGGGCGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGa < 2:3103779‑M1/34‑1 (MQ=255) aattaccgattcgtgttttcaatatgaacaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGaa > 2:331660‑M1/67‑101 (MQ=255) aattaccgattcgtgttttcaatatgaacaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGaa < 2:3154470‑M1/35‑1 (MQ=255) aattaccgattcgtgttttcaatatgaacaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGaa > 1:3205517‑M1/67‑101 (MQ=255) attaccgattcgtgttttcaatatgaacaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGaat < 1:1088010‑M1/36‑1 (MQ=255) taccgattcgtgttttcaatatgaacaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGaataa > 1:143887‑M1/64‑101 (MQ=255) taccgattcgtgttttcaatatgaacaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGaataa > 1:1293432‑M1/64‑101 (MQ=255) accgattcgtgttttcaatatgaacaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGaataat < 1:3394334‑M1/39‑1 (MQ=255) ttcgtgttttcaatatgaacaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGAATAATTCCCg > 1:1841509‑M1/58‑101 (MQ=255) tcgtgttttcaatatgaacaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGAATAATTCCCGt < 1:1716788‑M1/45‑1 (MQ=255) tgtgttttcaatatgaacaaaccgggtgcggtgcgccgggggggaatgggtgaaaTAAAGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGAATAATTCCCGTg > 1:970819‑M1/56‑101 (MQ=255) gtgttttcaatatgaacaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGAATAATTCCCGTGa > 2:3269356‑M1/55‑101 (MQ=255) gttttcaatatgaacaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGAATAATTCCCGTGATg > 1:464464‑M1/53‑101 (MQ=255) ttttcaatatgaacaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGAATAATTCCCGTGATgg < 2:3410271‑M1/50‑1 (MQ=255) ttcaatatgaacaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGAATAATTCCCGTGATGGat > 1:3691631‑M1/50‑101 (MQ=255) ttcaatatgaacaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGAATAATTCCCGTGATGGat < 1:3725109‑M1/52‑1 (MQ=255) caatatgaacaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGAATAATTCCCGTGATGGataa < 2:2433517‑M1/54‑1 (MQ=255) aatatgaacaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGAATAATTCCCGTGATGGataaa < 1:1024506‑M1/55‑1 (MQ=255) atatgaacaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGAATAATTCCCGTGATGGataaat > 1:709466‑M1/46‑101 (MQ=255) atatgaacaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGAATAATTCCCGTGATGGataaat < 1:1599102‑M1/56‑1 (MQ=255) atatgaacaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGAATAATTCCCGTGATGGataaat < 2:759860‑M1/56‑1 (MQ=255) atatgaacaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGAATAATTCCCGTGATGGataaat < 1:509129‑M1/56‑1 (MQ=255) tatgaacaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGAATAATTCCCGTGATGGataaata < 1:3922444‑M1/57‑1 (MQ=255) atgaacaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGAATAATTCCCGTGATGGataaataa > 1:1396806‑M1/44‑101 (MQ=255) tgaacaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAg < 2:753297‑M1/59‑1 (MQ=255) acaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGt > 2:2856091‑M1/40‑101 (MQ=255) acaaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGt < 2:462964‑M1/62‑1 (MQ=255) caaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTa > 1:660076‑M1/39‑101 (MQ=255) caaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTa > 1:1469698‑M1/39‑101 (MQ=255) caaaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTa > 1:145383‑M1/39‑101 (MQ=255) aaccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAg < 2:1275020‑M1/65‑1 (MQ=255) ccgggtgcgctgcgccgtgtggtaatgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGAt < 1:3564044‑M1/67‑1 (MQ=255) 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taatgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCCGCGTAAGTATCGCGGGGGc < 1:825650‑M1/89‑1 (MQ=255) taatgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCCGCGTAAGTATCGCGGGGGc > 1:3154470‑M1/13‑101 (MQ=255) taatgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCCGCGTAAGTATCGCGGGGGc < 2:420426‑M1/89‑1 (MQ=255) tgggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCCGCGTAAGTATCGCGGGGGCGTa < 1:3543191‑M1/92‑1 (MQ=255) gggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCCGCGTAAGTATCGCGGGGGCGTaa > 2:1875948‑M1/9‑101 (MQ=255) ggtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCCGCGTAAGTATCGCGGGGGCGTAAg < 1:3834395‑M1/94‑1 (MQ=255) gtgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCCGCGTAAGTATCGCGGGGGCGTAAGt < 2:1489236‑M1/95‑1 (MQ=255) tgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCCGCGTAAGTATCGCGGGGGCGTAAGTc < 2:1205037‑M1/96‑1 (MQ=255) tgaaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCCGCGTAAGTATCGCGGGGGCGTAAGTc < 2:1654642‑M1/96‑1 (MQ=255) aaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCCGCGTAAGTATCGCGGGGGCGTAAGTCTg > 2:1307144‑M1/4‑101 (MQ=255) aaaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCCGCGTAAGTATCGCGGGGGCGTAAGTCTg < 1:2200101‑M1/98‑1 (MQ=255) aaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCCGCGTAAGTATCGCGGGGGCGTAAGTCTgg < 2:3598886‑M1/99‑1 (MQ=255) aaTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCCGCGTAAGTATCGCGGGGGCGTAAGTCTgg < 2:3574513‑M1/99‑1 (MQ=255) tAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCCGCGTAAGTATCGCGGGGGCGTAAGTCTGGtt < 1:1347826/101‑1 (MQ=255) tAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCCGCGTAAGTATCGCGGGGGCGTAAGTCTGGtt < 1:3500736/101‑1 (MQ=255) tAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCCGCGTAAGTATCGCGGGGGCGTAAGTCTGGtt > 1:541702/1‑101 (MQ=255) tAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCCGCGTAAGTATCGCGGGGGCGTAAGTCTGGtt < 1:3572158/101‑1 (MQ=255) | CTGAAAGTCATGGACCTGGCGGCCTTCACGCTGGCTCGTGACCATAAATTACCGATTCGTGTTTTCAATATGAACAAACCGGGTGCGCTGCGCCGTGTGGTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCACGGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCCGCGTAAGTATCGCGGGGGCGTAAGTCTGGTT > CP009273/188930‑189130 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |