| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 119144 = | 21 (0.130) | 156 (0.940) | 112/200 | 0.2 | 88.1% | coding (566/765 nt) | pdhR | pyruvate dehydrogenase complex repressor; autorepressor |
| ? | CP009273 | = 119152 | NA (NA) | coding (574/765 nt) | pdhR | pyruvate dehydrogenase complex repressor; autorepressor | |||||
Only 100 of 164 total aligned reads displayed.
CGAAGCGGCCCACAATGTGGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCCCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGCTCTATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGAGTAGTCACCGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAGCATCGCATCGCCATCT > CP009273/119052‑119252 | ccacaatgtggttctgcttcatctgctaaggtgtatggagccgatgttggcccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcattcgcgtc < 2:663558‑M1/9‑1 (MQ=255)ccacaatgtggttctgcttcatctgctaaggtgtatggagccgatgttggcccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcattcgcgtc > 1:100117‑M1/93‑101 (MQ=255)cGAAGCGGCCCACAATGTGGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCCCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGCTCTATtcgcgtc > 1:2908193/1‑101 (MQ=255)cGAAGCGGCCCACAATGTGGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCCCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGCTCTATtcgcgtc < 1:3480233/101‑1 (MQ=255)cGAAGCGGCCCACAATGTGGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCCCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGCTCTATtcgcgtc < 2:3404940/101‑1 (MQ=255)cGAAGCGGCCCACAATGTGGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGGGTATGGAGCCGATGTTGGCCCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGCTCTATtcgcgtc > 1:747391/1‑101 (MQ=255) cacaatgtggttctgcttcatctgctaaggtgtatggagccgatgttggcccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATtcgcgtcg > 1:16127‑M1/92‑101 (MQ=255) aatgtggttctgcttcatctgctaaggtgtatggagccgatgttggcccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCga < 1:121461‑M1/13‑1 (MQ=255) aatgtggttctgcttcatctgctaaggtgtatggagccgatgttggcccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCga < 2:327734‑M1/13‑1 (MQ=255) tgtggttctgcttcatctgctaaggtgtatggagccgatgttggcccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCgaga > 2:1551102‑M1/87‑101 (MQ=255) ggttctgcttcatctgctaaggtgtatggagccgatgttggcccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGAtgc < 1:27403‑M1/18‑1 (MQ=255) tctgcttcatctgctaaggtgtatggagccgatgttggcccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGAtgctgc < 2:1242790‑M1/21‑1 (MQ=255) cttcatctgctaaggtgtatggagccgatgttggcccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCt < 1:2001299‑M1/25‑1 (MQ=255) cttcatctgctaaggtgtatggagccgatgttggcccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCt < 1:2047276‑M1/25‑1 (MQ=255) ttcatctgctaaggtgtatggagccgatgttggcccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTg > 2:1973186‑M1/76‑101 (MQ=255) ttcatctgctaaggtgtatggagccgatgttggcccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTg < 2:1183033‑M1/26‑1 (MQ=255) tcatctgctaaggtgtatggagccgatgttggcccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTgg > 1:2245773‑M1/75‑101 (MQ=255) tcatctgctaaggtgtatggagccgatgttggcccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTgg > 2:1174782‑M1/75‑101 (MQ=255) catctgctaaggtgtatggagccgttgttggcccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGt > 2:915421‑M1/74‑101 (MQ=255) catctgctaaggtgtatggagccgatgttggcccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGt < 2:1187005‑M1/28‑1 (MQ=255) atctgctaaggtgtatggagccgatgttggcccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTg < 2:1653276‑M1/29‑1 (MQ=255) atctgctaaggtgtatggagccgatgttggcccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTg > 2:3070902‑M1/73‑101 (MQ=255) atctgctaaggtgtatggagccgatgttggcccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTg < 2:3871229‑M1/29‑1 (MQ=255) tctgctaaggtgtatggagccgatgttggcccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGa > 1:3767496‑M1/72‑101 (MQ=255) gctaaggtgtatggagccgatgttggcccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGagta < 1:3370448‑M1/33‑1 (MQ=255) taaggtgtatggagccgatgttggcccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGagtagt > 1:3655366‑M1/67‑101 (MQ=255) taaggtgtatggagccgatgttggcccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGagtagt < 1:1459188‑M1/35‑1 (MQ=255) aaggtgtatggagccgatgttggcccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGAGTAGTc > 1:46304‑M1/66‑101 (MQ=255) aaggtgtatggagccgatgttggcccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGAGTAGTc < 2:638615‑M1/36‑1 (MQ=255) atggagccgatgttggcccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGAGTAGTCACCGCAc < 2:2131811‑M1/43‑1 (MQ=255) atggagccgatgttggcccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGAGTAGTCACCGCAc > 2:2817815‑M1/59‑101 (MQ=255) tggagccgatgttggcccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGAGTAGTCACCGCAcc < 1:2296067‑M1/44‑1 (MQ=255) ggagccgatgttggcccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGAGTAGTCACCGCAccc < 1:955635‑M1/45‑1 (MQ=255) ggagccgatgttggcccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGAGTAGTCACCGCAccc > 1:83617‑M1/57‑101 (MQ=255) agccgatgttggcccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGAGTAGTCACCGCACCCGc < 1:3828965‑M1/47‑1 (MQ=255) agccgatgttggcccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGAGTAGTCACCGCACCCGc < 1:869301‑M1/47‑1 (MQ=255) agccgatgttggcccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGAGTAGTCACCGCACCCGc < 1:2016992‑M1/47‑1 (MQ=255) gccgatgttggcccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGAGTAGTCACCGCACCCGCa > 1:2772910‑M1/54‑101 (MQ=255) gccgatgttggcccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGAGTAGTCACCGCACCCGCa > 2:3632549‑M1/54‑101 (MQ=255) ccgatgttggcccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGAGTAGTCACCGCACCCGCat > 1:1566478‑M1/53‑101 (MQ=255) gatgttggcccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGAGTAGTCACCGCACCCGCatat < 1:1118666‑M1/51‑1 (MQ=255) gatgttggcccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGAGTAGTCACCGCACCCGCatat < 1:1758184‑M1/51‑1 (MQ=255) atgttggcccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGAGTAGTCACCGCACCCGCATAtt < 2:170131‑M1/52‑1 (MQ=255) atgttggcccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGAGTAGTCACCGCACCCGCATAtt < 1:703579‑M1/52‑1 (MQ=255) tgttggcccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGAGTAGTCACCGCACCCGCATAttt < 1:2382163‑M1/53‑1 (MQ=255) gttggcccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGAGTAGTCACCGCACCCGCATATTTg > 2:3650810‑M1/48‑101 (MQ=255) cccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGAGTAGTCACCGCACCCGCATATTTGAAGCg > 1:535133‑M1/43‑101 (MQ=255) ccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGAGTAGTCACCGCACCCGCATATTTGAAGCGa > 1:3960852‑M1/42‑101 (MQ=255) ccagaatgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGAGTAGTCACCGCACCCGCATATTTGAAGCGa < 2:2534691‑M1/60‑1 (MQ=255) atgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGAGTATTCACCGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATg < 2:3162669‑M1/65‑1 (MQ=255) atgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGAGTAGTCACCGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATg < 1:1233011‑M1/65‑1 (MQ=255) atgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGAGTAGTCACCGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATg < 2:2330007‑M1/65‑1 (MQ=255) tgtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGAGTAGTCACCGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATgg < 1:3082834‑M1/66‑1 (MQ=255) gtccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGAGTAGTCACCGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGc > 1:3226821‑M1/35‑101 (MQ=255) tccgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGAGTAGTCACCGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGcc < 2:607472‑M1/68‑1 (MQ=255) cgccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGAGTAGTCACCGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCgg > 2:2788257‑M1/32‑101 (MQ=255) gccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGAGTAGTCACTGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGt < 1:2886708‑M1/71‑1 (MQ=255) ccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGAGTAGTCACCGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTa < 2:1455794‑M1/72‑1 (MQ=255) ccagaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGAGTAGTCACCGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTa < 1:447655‑M1/72‑1 (MQ=255) agaacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGAGTAGTCACCGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAg > 2:3521067‑M1/28‑101 (MQ=255) aacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGAGTAGTCACCGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGcc > 2:2749709‑M1/26‑101 (MQ=255) aacttcgaattgctctattcgcgtcATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGAGTAGTCACCGCACCCACATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGcc > 1:555257‑M1/26‑101 (MQ=255) 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cgtcgcgAGATGCTGCCGCTGGTGAGTAGTCACCGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAGCATCGCATCGCCa > 1:977766/1‑101 (MQ=255) gtcgcgAGATGCTGCCGCTGGTGAGTAGTCACCGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAGCATCGCATCGCCAt > 2:2017518/1‑101 (MQ=255) cgcgAGATGCTGCCGCTGGTGAGTAGTCACCGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAGCATCGCATCGCCATCt > 2:1062376/1‑101 (MQ=255) | CGAAGCGGCCCACAATGTGGTTCTGCTTCATCTGCTAAGGTGTATGGAGCCGATGTTGGCCCAGAATGTCCGCCAGAACTTCGAATTGCTCTATTCGCGTCGCGAGATGCTGCCGCTGGTGAGTAGTCACCGCACCCGCATATTTGAAGCGATTATGGCCGGTAAGCCGGAAGAAGCGCGCGAAGCATCGCATCGCCATCT > CP009273/119052‑119252 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |