New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | = 1046753 | 15 (0.870) | 6 (0.370) | 5/288 | NT | 31.4% | intergenic (‑122/‑164) | cspH/cspG | stress protein, member of the CspA‑family/cold shock protein homolog, cold‑inducible |
? | CP009273 | = 1046950 | 12 (0.730) | coding (34/213 nt) | cspG | cold shock protein homolog, cold‑inducible |
AATGCGGAAATATGGACCTGAACTTCTTTACGACCGTCGGAGGGGATAATGAATCCTTTGCCGCTTTTGCGATCAAAGGTTTTGACAATTCCTGTCATTTTACGGGACAAACAAATTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGACGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAAGACAGACAGCATACAAAGTAGTTTACTAAAGCAGTTCTCATTATCAGGCATTATCCCCTTCTTTTGAGTCTCTCTCCTGAACACTAAGTAGTTTCTGTATTAAAGCCCTGTTTGCCGAAAGGCCCAAAATGAAGGAAGTAAAATATGTCTAATAAAATGACTGGTTTAGTAAAATGGTTTAACGCAGATAAAGGTTTTGGCTTTATCACTCCTGATGATGGCAGCAAAGACGTTTTCGTCCATTTCACC > CP009273/1046522‑1047021 | aaTTCGGAAATCTGGACCTAAACTTCTTTACGACCGTCGGAGGGTATTATGAATCCTTTGCCGCTTTTGCGATCAAAGGTTTTGACAATTCCTGTCATTTTACGGGACAAACAAATTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGACGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAAGACAGACAGCATACAAAGTAGtt < 2:66200/274‑1 (MQ=255) ttCCTGTCATTTTACGGGACAAACAAATTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTGATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGACGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAAaccattttactaa > 2:291226‑M1/1‑144 (MQ=255) ttCCTGTCATTTTACGGGACAAACAAATTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGACGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAAaccattttactaaaccagtcattttattagacatattttacttccttcattttgggcctttcggcaaacagggctttaatacagaaactacttagtgttcaggagagagactcaaaagaaggggataatg > 2:72207‑M1/1‑144 (MQ=255) tGTCATTTTACGGGACAAACAAATTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGACGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAAaccattttactaaaccagtcattttattagacatattttacttccttcattttgggcctttcggcaaacagggctttaatacagaaactacttagtgttcaggagagagactcaaaagaaggggataatgcctg < 1:72209‑M1/274‑135 (MQ=255) tGTCATTTTACGGGACAAACAAATTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGACGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAAaccattttactaaacca < 1:291237‑M1/157‑18 (MQ=255) tGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGACGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAAGACAGACAGCATACAAAGTAGTTTACTAAAGCAGTTCTCATTATCAGGCATTATCCCCTTCTTTTGAGTCTCTCTCCTGaa > 2:76915/1‑200 (MQ=255) cTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGACGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAAGACAGACAGCATACAAAGTAGTTTACTAAAGCAGTTCTCATTATCAGGCATTATCCCCTTCTTTTGAGTCTCTCTCCTGAACACt < 1:76917/200‑1 (MQ=255) ggTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGACGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAag > 1:138172/1‑103 (MQ=255) ggTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGACGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAAGACAGACAGCATACAAAGTAGTTTACTAAAGCAGTTCTCATTATCAGGCATTATCCCCTTCTTTTGAGTCTCTCTCCTGAANACTAAGTAGTTTCTGTATTAAAGCCCTGTTTGCCGAAAGGCCCAAAATGAAGGAAGTAAAATATGTCTAATAAAATGACTGGATTAGTaaa > 1:265025/1‑275 (MQ=255) aataaaataaAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGACGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAagacag < 2:138169/103‑1 (MQ=255) tatatgagactgatttaagaccgccgAACGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAAGACAGACAGCATACAAAGTAGTTTACTAAAGAAGTTCTCATTATCAGTCACTATCCCCTTCTTTTGAGTCTCTCTCCTGAACACTAAGTAGTTTCTGTATTAAAGCCCTGTTTGCCGAAAGGCCCAAAATGAAGGAAGTAAAATATGTCTAATAAAATGACTGGTTTAGTAAAATGGTttaacg > 1:294617‑M2/13‑268 (MQ=255) aGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGACGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAAGACAGACAGCATACAAAGTAGTTTACTAAAGCAGTTCTCATTATCAGGCATTATCCCCTTCTTTTGAGTCTCTCTCCTGAACACTAAGTAGTTTCTGTATTAAAGCCCTGTTTGCCGAAAGGCCCAAAATGAAGGAAGTAAAATATGTCTAATaaaa > 1:37687/1‑245 (MQ=255) aGCGATATTTAAGACCGCCGGACGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAAGACAGACAGCATACAAAGTAGTTTACTAAAGCAGTTCTCATTATCAGGCATTATCCCCTTCTTTTGAGTCTCTCTCCTGAACACTAAGTAGTTTCTGTATTAAAGCCCTGTTTGCCGAAAGGCCCAAAATGAAGGAAGTAAAATATGTCTAATAAAATGAc < 2:37687/245‑1 (MQ=255) gCGATATTTAAGACCGCCGGACGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAAGACAGACAGCATACAAAGTAGTTTACTAAAGCAGTTCTCATTATCAGGCATTATCCCCTTCTTTTGAGTCTCTCTCCTGAACACTAAGTAGTTTCTGTATTAAAGCCCTGTTTGCCGAAAGGCCCAAAATGAAGGAAGTAAAatat > 1:38208/1‑229 (MQ=255) taattAAGAACGCCGGAAGGCTAAAATAAAATTTGATTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAAGACAGACAGCATACAAAGTAGTTTACTAAAGCAGTTCTAATTATCAGGCATTATCCCCTTCTTTTGAGTCTCTCTCCTGAACAATAAGTAGTTTCTGTATTAAAGCCCTGTTTGCCGAAAGGCCCAAAATGAAGGAAGTAAAATATGTCt < 2:38208/226‑1 (MQ=255) ttAAGACCGCCGGACGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAAaccattttacta > 1:162629‑M1/1‑57 (MQ=255) gACCGCCGGACGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAAaccattttactaaacc < 2:162625‑M1/69‑17 (MQ=255) ccgGACGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAAGACAGACAGCATACAAAGTAGTTTACTAAAGCAGTTCTCATTATCAGGCATTATCCCCTTCTTTTGAGTCTCTCTCCTGAACACTACGTAGTTTCTGTATTAAAGCCTGTTTTGCCGAAAGGCCAAAAATGAAGGAAGTAAAATATGTCAACTAAAATAACTGATTTAGTAAAAGGGTTTAACACAGATAAAGNTTTTTGATTTAtaa > 2:249554/1‑273 (MQ=255) ccgGACGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAAGACAGACAGCATACAAAGTAGTTTACTAAAGCAGTTCTCATTATCAGGCATTATCCCCTTCTTTTGAGTCTCTCTCCTGAACACTAAGTAGTTTCTGTATTAAAGCCCTGTTTGCCGAAAGGCCCAAAAt > 1:150350/1‑197 (MQ=255) aCGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAAGACAGACAGCATACAAAGTAGTTTACTAAAGCAGTTCTCATTATCAGGCATTATCCCCTTCTTTTGAGTCTCTCTCCTGAACACTAAGTAGTTTCTGTATTAAAGCCCTGTTTGCCGAAAGGCCCAAAATgaag < 2:150346/197‑1 (MQ=255) cATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAAGACAGACAGCATACaaa > 2:157804/1‑46 (MQ=255) cGTTAAaccattttactaaaccagtcattttattagacatattttacttccttcattttgggcctttcggcaaacagggctttaatacagaaactacttagtgttcaggagagagactcaaaagaaggggatagtgactgataatgagaacttctttagtaaactactttgtatgctgtctgtctttcaaaccgacgcagctattaacgcatgataattgagattaagcaaattttattttagccgttcggcggtcttaaatcagtctcatata > 1:294617‑M1/1‑6 (MQ=255) cGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAAGACAGACAGCATACAAagtag < 1:157808/46‑1 (MQ=255) | AATGCGGAAATATGGACCTGAACTTCTTTACGACCGTCGGAGGGGATAATGAATCCTTTGCCGCTTTTGCGATCAAAGGTTTTGACAATTCCTGTCATTTTACGGGACAAACAAATTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGACGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAAGACAGACAGCATACAAAGTAGTTTACTAAAGCAGTTCTCATTATCAGGCATTATCCCCTTCTTTTGAGTCTCTCTCCTGAACACTAAGTAGTTTCTGTATTAAAGCCCTGTTTGCCGAAAGGCCCAAAATGAAGGAAGTAAAATATGTCTAATAAAATGACTGGTTTAGTAAAATGGTTTAACGCAGATAAAGGTTTTGGCTTTATCACTCCTGATGATGGCAGCAAAGACGTTTTCGTCCATTTCACC > CP009273/1046522‑1047021 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |