New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | = 3771260 | 27 (1.560) | 4 (0.250) | 4/284 | NT | 13.3% | coding (502/1656 nt) | lldP | L‑lactate permease |
? | CP009273 | = 3771405 | 27 (1.670) | coding (647/1656 nt) | lldP | L‑lactate permease |
TGGATCATTATTGCAGCGGTGTTCGTCTATAAGATCTCGGTGAAAACCGGGCAGTTTGACATCATTCGCTCGTCTATTCTTTCGATAACCCCTGACCAGCGTCTGCAAATGCTGATCGTCGGTTTCTGTTTCGGCGCGTTCCTTGAAGGAGCCGCAGGCTTTGGCGCACCGGTAGCAATTACCGCCGCATTGCTGGTCGGCCTGGGTTTTAAACCGCTGTACGCCGCCGGGCTGTGCCTGATTGTTAACACCGCGCCAGTGGCATTTGGTGCGATGGGCATTCCAATCCTGGTTGCCGGACAGGTAACAGGTATCGACAGCTTTGAGATTGGTCAGATGGTGGGGCGGCAGCTACCGTTTATGACCATTATCGTGCTGTTCTGGATCATGGCGATTATGGACGGCTGGCGCGGTATCAAAGAGACGTGGCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACATTATCTCTTCGCTGGTA > CP009273/3771002‑3771529 | tGGATCATTATTGCAGCGGTGTTCGTCTATAAGATCTCGGTGAAAACCGGGCAGTTTGACATCATTCGCTCGTCTATTCTTTCGATAACCCCTGACCAGCGTCTGCAAATGCTGATCGTCGGTTTCTGTTTCGGCGCGTTCCTTGAAGGAGCCGCAGGCTTTGGCGCACCGGTAGCAATTACCGCCGCATTGCTGGTCGGCCTGGGTTTTAAACCGCTGTACGCCGCCGGGCTGTGCCTGATTGTTAACACCGCGCCAGTGGCATTTgggtcga > 1:21748/1‑269 (MQ=255) cAGCGGTGTTCGTCTATAAGATCTCGGTGAAAACCGGGCAGTTTGACATCATTCGCTCGTCTATTCTTTCGATAACCCCTGACCAGCGTCTGCAAATGCTGATCGTCGGTTTCTGTTTCGGCGCGTTCCTTGAAGGAGCCGCAGGCTTTGGCGCACCGGTAGCAATTACCGCCGCCTTGCTGGTCGGCCTGGGTTTTAAACCGCTGTACGCCGCCGGGCTGTGCCTGATTGTTAACACCGCGCCAGTGGCATTTGGTGCGATGGGCATTCCAATc > 1:57354/1‑275 (MQ=255) tcGGTGAAAACCGGGCAGTTTGACATCATTCGCTCGTCTATTCTTTCGATAACCCCTGACCAGCGTCTGCAAATGCTGATCGTCGGTTTCTGTTTCGGCGCGTTCCTTGAAGGAGCCGCAGGCTTTGGCGCACCGGTAGCAATTACCGCCGCATTGCTGGTCGGCCTGGGTTTTAAATCGCTGTACGCCGCCGGGCTGTGCCTGATTGTTAACACCGCGCCAGTGGCATTTGGTGCGATGGGCATTCCAATCCTGGTTGCCGGccaggtaacctg > 1:177161/1‑272 (MQ=255) aaCCGGGCAGTTTGACATCATTCGCTCGTCTATTCTTTCAATAACCCCTGACCAGCGTCTGCAAATGCTGATCGTCGGTTTCTGTTTCGGCGCGTTCCTTGAAGGAGCCGCAGGCTTTGGCGCACCGGTAGCAATTACCGCCGCATTGCTGGTCGGCCTGGGTTTTAAACCGCTGTAGGCCGCCGGGCTGTGCCTGATTGTTAACACCGCGCCAGTGGCATTTGGTGCGATGGGCATTCCAATCCTGGTTGCCGGACAGGTAACAGGTATCGAc > 1:168416/1‑274 (MQ=255) actcgttCCCTCGTCTATTCTTTCGCTCACCCCGGTCCAGCGGCTGCAAATGCTGATCGTCTGTGTCTGTTTCGGCGCGTTCCTTGAAGGAGCCGCAGGCTTTGGCGCACCGGTGGCAATTACCGCCGCATTGCTGGTCGGCCTGGGTTTTAAACCTCTGTACGCCGCCTGGCTGTGCCTGATTGTTAACACCGCGCCAGTGGCATTTGGTGCGATGGGCATTCCAATCCTGGTTGCCGGACAGGTAACAGGTATCGACAGCTTTGAGATTGGTc < 2:57352/270‑1 (MQ=255) ttCGCTCGTCTATTCTTTCGATAACCCCTGACCAGCGTCTGCAAATGCTGATCGTCGGTTTCTGTTTCGGCGCGTTCCTTGAAGGAGCCGCAGGCTTTGGCGCACCGGTAGCAATTACCGCCGCATTTCTGGTCGGCCTGGGTTTTAAACCGCTGTACGCCGCCGGGCTGTGCCTGATTGTTAACACCGCGCCAGTGGCATTTGGTGCGATGGGCATTCCAATCCTGGTTGCCGGACAGGTAACAGGTATCGACAGCTTTGAGCTTGGTCAGAtg > 1:130510/1‑275 (MQ=255) gtgatggtctngtgTTTCTGTTTCGGCGCGGCCCTTGAAGTGGCCGCCGGCTTTGGCGCACCGGTAGCCATTACCGCCGCATTGCTGGTCGGCCTGGGTTTTAACCCGCTGTACGCCGCCGGGCTGTGCCTGATTGTTAACACCGCGCCAGTGGCATTTGGTGCGATGGGCATTCCAATCCTGGTTGCCGGACAGGTAACAGGTATCGACAGCTTTGAGATTGGTCAGATGGTGGGGCGGCAGCTACCGTTTATGACCATTATCGTGCTGTTCt < 2:27292/261‑1 (MQ=255) cgTTCCTTGAAGGAGCCGCAGGCTTTGGTGCACCGGTAGCAATTACCGCCGCATTGCTGGTCGGCCTGGGTTTTAAACCGCTGTACGCCGCCGGGCTGTGCCTGATTGTTAACACCGCGCCAGTGGCATTTGGTGCGATGGGCATTCCAATCCTGGTTGCCGGACAGGTAACAGGTATCGACAGCTTTGAGATTGGTCAGATGGTGGGGCGGCAGCTACCGTTTATGACCATTATCGTGCTGTTCTGGATCATGGCGATTATGGACGGctggcg > 1:51700‑M2/1‑268 (MQ=255) ccGCAGGCTTTGGCGCACCGGTAGCAATTACCGCCGCATTGCTGCTCGGCCTGGGCTGTAAATCGCTGTCCGCTGCCGGTCTGTGCCTGCGTGTTAACATCGCGCCAGTGGCACTCGGTGCCATGGGCATTCCAATCCTGGTTGCCGGacaggtaacaggta > 2:206023/1‑162 (MQ=255) cagCAGGCTTGGGTCCCCCGGTCGCAATTACCGCCGAATTGCTGATCGGACTGGGTTGTAAACCGCTGTACGCCGCCGGGATGTGCCTGATTGTTAACACCGCGCCAGTGGCATTTGGTGCgg > 2:226375/3‑122 (MQ=255) aGGCTTTGGCGCACCGGTAGCAATTACCGCCGCATTGCTGGTCGGCCTGGGTTTTAAACCGCTGTACGCCGCCGGGCTGTGCCTGATTGTTAACACCGCGCCAGTGGCATTTGGTGCGATGGGCATTCCAATCCTGGTTGCCGGACAGGTAACAGGTATCGa < 1:206029/162‑1 (MQ=255) aGGCTTTGGCGCACCGGTAGCAATTACCGCCGCATTGCTGGTCGGCCTGGGTTTTAAACCGCTGTACGCCGCCGGGCTGTGCCTGATTCTTAACACCGCGCCAGTGGCATTTGGTGCGATggg < 1:226381/123‑1 (MQ=255) cgcACCGGTAGCAATTACCGCCGCATTGCTGGTCGGCCTGGGTTTTAAACCGCTGTACGCCGCCGGGCTGTGCCTGATTGTTAACACCGCGCCAGTGGCATTTGGTGCGATGGGCATTCCAATCCTGGTTGCCGGACAGGTAACAGGTATCGACAGCTTTGAGATTGGTCAGATGGTGGGGCGGCAGCTACCGTTTATGACCATTATCGTGCTGTTCTGGATCATGGCGATTATGGACGGCTGGCGCGGTATCAAAGAGACGTGGCCTGCGGTc < 1:99135/274‑1 (MQ=255) cACCGGTAGCAATTACCGCCGCATTGCTGGTCGGCCTGGGTTTTAAACCGCTGTACGCCGCCGGGCTGTGCCTGATTGTTAACACCGCGCCAGccgtccataatcgccatgatccagaacagcacg > 1:130366‑M1/1‑93 (MQ=255) ggTAGCAATTACCGCCGCATTGCTGGTCGGCCTGGGTTTTAAACCGCTGTACGCCGCCGGGCTGTGCCTGATTGTTAACACCGCGCCAGccgtccataatcgccatgatccagaacagcacgataa < 2:130364‑M1/126‑38 (MQ=255) tACCGCCGCATTGCTGGTCGGCCTGGGTTTTAAACCGCTGTACGCCGCCGGGCTGTGCCTGATTGTTAACACCGCGCCAGccgtccataatcgccatgatccagaacagcacgataatggtcataaacggtagctgccgccccaccttct > 1:297329‑M1/1‑80 (MQ=255) gccgcATTGCTGGTCGGCCTGGGTTTTAAACCGCTGTACGCCGCCGGGCTGTGCCTGATTGTTAACACCGCGCCAGccgtccataatcgccatgatccagaacagcacgataatggtcataaacggtagctgccgccccaccatctgacc < 2:297318‑M1/150‑75 (MQ=255) ccgcATTGCTGGTCGGCCTGGGTTTTAAACCGCTGTACGCCGCCGGGCTGTGCCTGATTGTTAACACCGCGCCAGTGGCATTTgg > 2:7174/1‑85 (MQ=255) cgcATTGCTGGTCGGCCTGGGTTTTAAACCGCTGTACGCCGCCGGGCTGTGCCTGATTGTTAACACCGCGCCAGTGGCATTTGGTGCGATGGGCATTCCAATCCTGGTTGCCGGACAGGTAACAGGTATCGACAGCTTTGAGATTGGTCAGATGGTGGGGCGGCAGCTACCGTTTATGACCATTAt > 1:140854/1‑186 (MQ=255) aTTGCTGGTCGGCCTGGGTTTTAAACCGCTGTACGCCGCCGGGCTGTGCCTGATTGTTAACACCGCGCCAGTGGCATTTGGTGCg < 1:7174/85‑1 (MQ=255) ttGCTGGTCGGCCTGGGTTTTAAACCGCTGTACGCCGCCGGGCTGTGCCTGATTGTTAACACCGCGCCAGTGGCATTTGGTGCGATGGGCATTCCAATCCTGGTTGCCGGACAGGTAACAGGTATCGACAGCTTTGAGATTGGTCAGATGGTGGGGCGGCAGCTACCGTTTATGACCATTATCGTg < 2:140851/186‑1 (MQ=255) tAAACCGCTGTACGCCGCCGGGCTGTGCCTGATTGTTAACACCGCGCCAGTGGCATTTGGTGCGATGGGCATTCCAATCCTGGTTGCCGGACAGGTAACAGGTATCGACAGCTTTGAGATTGGTCAGATGGTGGGGCGGCAGCTACCGTTTANGACCATTATCGTGCTGTTCTGGATCATGGCGATTATGGACGGCTGGCGCGGTATCAAAGAGACGTGGCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGtctgtctcttata > 1:289716/1‑263 (MQ=255) tggcgcgggtcgccgcGGGGCTTGGCCTGTGTTTTTACACCGCTCCTGTGGCATTTGGTTCGATGGGCATTCCAATCCTGGTTGCCGGACAGGTAACCGGTATCGACAGCTTGGAGGTTGGTCAGATGGTGGGGCGGCAGCTACCGGTTATGACCATTATTGTGCTGTTCTGGATCATGGCGATTATTGACGGCTGGCGCGGTATCAACGAGACGTGGCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTaa < 2:99994/264‑1 (MQ=255) tACGCCGCCGGGCTGTGCCTGATTGTTAACACCGCGCCAGTGGCATTTGGTGCGATGGGCATTCCAATCCTGGTTGCCGGACAGGTAACAGGTATCGACGGCTTTGAGATTGGTCAGATGGTGGGGCGGCAGCTACCGTTTATGACCATTAt > 1:93075/1‑152 (MQ=255) ccgcggGGCTGTGCCTGGTTGTTAACACCGCGGCAGTGGCATTTGGTGCGATGGGCATTCCATTCCTGGTTGCCGGACAGGTAACAGGTATCGACAGCTTTGAGATTGGTCAGATGGTGGGGCGGCAGCTACCGTTTATGACCATTATCGTg < 2:93073/152‑1 (MQ=255) cgGGCTGTGCCTGATTGTTAACACCGCGCCAGTGGCATTTgg > 2:181121/1‑42 (MQ=255) cTGTGCCTGATTGTTAACACCGCGCCAGTGGCATTTGGTGCg < 1:181125/42‑1 (MQ=255) tgCCTGATTGTTAACACCGCGCCAGTGGCATTTGGTGCGATGGGCATTCCAATCCTGGTTGCCGGacag > 2:276440/1‑69 (MQ=255) tGATTGTTAACACCGCGCCAGTGGCATTTGGTGCGATGGGCATTCCAATCCTGGTTGCCGGacaggtaa < 1:276451/69‑1 (MQ=255) ccGCGCCAGTGGCATTTGGTGCGATGGGCATTCCAATCCTGGTTGCCGGACAGGTAACAGGTATCGACAGCTTTGAGATTGGTCAGATGGTGGGGCGGCAGCTACCGTTTATGACCATTAt > 1:74870/1‑121 (MQ=255) cgcgCCAGTGGCATTTGGTGCGATGGGCATTCCAATCCTGGTTGCCGGACAGGTAACAGGTATCGACAGCTTTGAGATTGGTCAGATGGTGGGGCGGCAGCTACCGTTTATGACCATTAt > 1:244373/1‑120 (MQ=255) cgcCAGccgtccataatcgccatgatccagaacagcacgataatggtcataaacggtagctgccgccccaccatctgaccaatctcaaagctgtcgatacctgttacctgtccggcaaccaggattggaatgcccatcgcaccaaatgccactggcgcggtgttaacaatcaggcacagcccggcggcgtacagcggtttaaaacccaggccgaccagcaatgcggcggtaattgctaccggtgcaccaaagcctgcggctccttcaaggaacg > 1:51700‑M1/1‑6 (MQ=255) cgcCAGTGGCATTTGGTGCGATGGGCATTCCAATCCTGGTTGCCGGACAGGTAACAGGTATCGACAGCTTTGAGATTGGTCAGATGGTGGGGCGGCAGCTACCGTTTATGACCATTATCGTGCTGTTCTGGATCATGGCGATTACGGACGGCTGGCGCGGTATCAAAGAGACGTGGCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTACCTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACATTATCTCTTCGCTGGTa > 1:271244/1‑275 (MQ=255) gcCAGTGGCATTTGGTGCGATGGGCATTCCATTCCTGGTTGCCGGATCTGTAACAGGTATCGACAGCTTTGATATTGGTCAGATGGTGGGTCGGCAGCTACCGTTTATGACCATTATCGTGCTGTTCTGGATCAGGGCGATTATGGACGGCTGGCGCGGTATCAAAGAGACGTGGCCTGCGGt < 1:71107/183‑1 (MQ=255) gcCAGTGGCATTTGGTGCGATGGGCATTCCAATCCTGGTTGCCGGACAGGTAACAGGTATCGACAGCTTTGAGATTGGTCAGATGGTGGGGCGGCAGCTACCGTTTATGACCATTATCGTg < 2:74868/121‑1 (MQ=255) ccAGTGGCATTTGGTGCGATGGGCATTCCAATCCTGGTTGCCGGACAGGTAACAGGTATCGACAGCTTTGAGATTGGTCAGATGGTGGGGCGGCAGCTACCGTTTATGACCATTATCGTg < 2:244365/120‑1 (MQ=255) gTGGCATTTGGTGCGATGGGCATTCCAATCCTGGTTGc > 2:27115/1‑38 (MQ=255) | TGGATCATTATTGCAGCGGTGTTCGTCTATAAGATCTCGGTGAAAACCGGGCAGTTTGACATCATTCGCTCGTCTATTCTTTCGATAACCCCTGACCAGCGTCTGCAAATGCTGATCGTCGGTTTCTGTTTCGGCGCGTTCCTTGAAGGAGCCGCAGGCTTTGGCGCACCGGTAGCAATTACCGCCGCATTGCTGGTCGGCCTGGGTTTTAAACCGCTGTACGCCGCCGGGCTGTGCCTGATTGTTAACACCGCGCCAGTGGCATTTGGTGCGATGGGCATTCCAATCCTGGTTGCCGGACAGGTAACAGGTATCGACAGCTTTGAGATTGGTCAGATGGTGGGGCGGCAGCTACCGTTTATGACCATTATCGTGCTGTTCTGGATCATGGCGATTATGGACGGCTGGCGCGGTATCAAAGAGACGTGGCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACATTATCTCTTCGCTGGTA > CP009273/3771002‑3771529 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |