New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | = 3771260 | 27 (1.560) | 4 (0.250) | 4/284 | NT | 13.3% | coding (502/1656 nt) | lldP | L‑lactate permease |
? | CP009273 | = 3771405 | 27 (1.670) | coding (647/1656 nt) | lldP | L‑lactate permease |
CGTTCCTTGAAGGAGCCGCAGGCTTTGGCGCACCGGTAGCAATTACCGCCGCATTGCTGGTCGGCCTGGGTTTTAAACCGCTGTACGCCGCCGGGCTGTGCCTGATTGTTAACACCGCGCCAGTGGCATTTGGTGCGATGGGCATTCCAATCCTGGTTGCCGGACAGGTAACAGGTATCGACAGCTTTGAGATTGGTCAGATGGTGGGGCGGCAGCTACCGTTTATGACCATTATCGTGCTGTTCTGGATCATGGCGATTATGGACGGCTGGCGCGGTATCAAAGAGACGTGGCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACATTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGGCCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCC > CP009273/3771138‑3771664 | cgTTCCTTGAAGGAGCCGCAGGCTTTGGTGCACCGGTAGCAATTACCGCCGCATTGCTGGTCGGCCTGGGTTTTAAACCGCTGTACGCCGCCGGGCTGTGCCTGATTGTTAACACCGCGCCAGTGGCATTTGGTGCGATGGGCATTCCAATCCTGGTTGCCGGACAGGTAACAGGTATCGACAGCTTTGAGATTGGTCAGATGGTGGGGCGGCAGCTACCGTTTATGACCATTATCGTGCTGTTCTGGATCATGGCGATTATGGACGGctggcg > 1:51700‑M2/1‑268 (MQ=255) cgcACCGGTAGCAATTACCGCCGCATTGCTGGTCGGCCTGGGTTTTAAACCGCTGTACGCCGCCGGGCTGTGCCTGATTGTTAACACCGCGCCAGTGGCATTTGGTGCGATGGGCATTCCAATCCTGGTTGCCGGACAGGTAACAGGTATCGACAGCTTTGAGATTGGTCAGATGGTGGGGCGGCAGCTACCGTTTATGACCATTATCGTGCTGTTCTGGATCATGGCGATTATGGACGGCTGGCGCGGTATCAAAGAGACGTGGCCTGCGGTc < 1:99135/274‑1 (MQ=255) tAAACCGCTGTACGCCGCCGGGCTGTGCCTGATTGTTAACACCGCGCCAGTGGCATTTGGTGCGATGGGCATTCCAATCCTGGTTGCCGGACAGGTAACAGGTATCGACAGCTTTGAGATTGGTCAGATGGTGGGGCGGCAGCTACCGTTTANGACCATTATCGTGCTGTTCTGGATCATGGCGATTATGGACGGCTGGCGCGGTATCAAAGAGACGTGGCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGtctgtctcttata > 1:289716/1‑263 (MQ=255) tggcgcgggtcgccgcGGGGCTTGGCCTGTGTTTTTACACCGCTCCTGTGGCATTTGGTTCGATGGGCATTCCAATCCTGGTTGCCGGACAGGTAACCGGTATCGACAGCTTGGAGGTTGGTCAGATGGTGGGGCGGCAGCTACCGGTTATGACCATTATTGTGCTGTTCTGGATCATGGCGATTATTGACGGCTGGCGCGGTATCAACGAGACGTGGCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTaa < 2:99994/264‑1 (MQ=255) cgcCAGTGGCATTTGGTGCGATGGGCATTCCAATCCTGGTTGCCGGACAGGTAACAGGTATCGACAGCTTTGAGATTGGTCAGATGGTGGGGCGGCAGCTACCGTTTATGACCATTATCGTGCTGTTCTGGATCATGGCGATTACGGACGGCTGGCGCGGTATCAAAGAGACGTGGCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTACCTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACATTATCTCTTCGCTGGTa > 1:271244/1‑275 (MQ=255) gcCAGTGGCATTTGGTGCGATGGGCATTCCATTCCTGGTTGCCGGATCTGTAACAGGTATCGACAGCTTTGATATTGGTCAGATGGTGGGTCGGCAGCTACCGTTTATGACCATTATCGTGCTGTTCTGGATCAGGGCGATTATGGACGGCTGGCGCGGTATCAAAGAGACGTGGCCTGCGGt < 1:71107/183‑1 (MQ=255) cagggatgtgcggCTTTGGGTTTGGTCGCGTGGCGGGGGGTCCGCTACGGTTTGTGGCCGTTTTCGTTCTGTTCTGGTTCCGGGGGGGTATGGGCGGCTGGCGCGGTATCAAAGAGACGTGGCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACATTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAATCGCTGGCAGCCAGTGCGTGTAtt < 2:305612/262‑1 (MQ=255) tCGACAGCTTTGAGATTGGTCAGATGGTGGGGCGGCAGCTACCGTTTATGACCATTATCGTGCTGTTCTGGATCATGGCGATTATGGACGGCTGGCGCGGTATCAAaga > 1:181623/1‑109 (MQ=255) cAGCTTTGAGATTGGTCAGATGGTGGGGCGGCAGCTACCGTTTATGACCATTATCGTGCTGTTCTGGATCATGGCGATTATGGACGGCTGGCGCGGTATCAAAGAGACg < 2:181619/109‑1 (MQ=255) aGCTTTGAGATTGGTCAGATGGTGGGGCGGCAGCTACCGTTTATGACCATTATCGTGCTGTTCTGGATCATGGCGATTATGGACGGCTGGCGCGGTATCAAAGAGACGTGGCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGttt > 1:284627/1‑141 (MQ=255) ttGAGATTGGTCAGATGGTGGGGCGGCAGCTACCGTTTATGACCATTATCGTGCTGTTCTGGATCATGGCGATTATGGACGGCTGGCGCGGTATCAAAGAGACGTGGCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCa < 2:284616/141‑1 (MQ=255) ggTCAGATGGTGGGGCGGCAGCTACCGTTTATGACCATTATCGTGCTGTTCTGGATCATGGCGATTATGGACGGctggcgcggtgttaacaatcaggcacagcccggcggcgtacagcggtttaaaacccaggccgaccagcaatgcggc < 2:297318‑M2/150‑77 (MQ=255) gTCAGATGGTGGGGCGGCAGCTACCGTTTATGACCATTATCGTGCTGTTCTGGATCATGGCGATTATGGACGGCTGGCGCGGTATCAAAGAGACGTGGCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACATTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTca < 1:17702/275‑1 (MQ=255) gTCAGATGGTGGGGCGGCAGCTACCGTTTATGACCATTATCGTGCTGTTCTGGATCATGGCGATTATGGACGGCTGGCGCGGTATCAAAGAGACGTGGCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACATTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTca > 1:34287/1‑275 (MQ=255) aGAAGGTGGGGCGGCAGCTACCGTTTATGACCATTATCGTGCTGTTCTGGATCATGGCGATTATGGACGGctggcgcggtgttaacaatcaggcacagcccggcggcgtacagcggtttaaaacccaggccgaccagcaatgcggcggta > 1:297329‑M2/1‑70 (MQ=255) gggCGGCAGCTACCGTTTATGACCATTATCGTGCTGTTCTGGATCATGGCGATTATGGACGGCTGGCGCGGTATCAAAGAGACGTGGCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACATTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTgg > 1:265347/1‑222 (MQ=255) ggcAGCTACCGTTTATGACCATTATCGTGCTGTTCTGGATCATGGCGATTATGGACGGCTGGCGCGGTATCAAAGAGACGTGGCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACATTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGc < 2:265339/222‑1 (MQ=255) aTGACCATTATCGTGCTGTTCTGGATCATGGCGATTATGGACGGCTGGCGCGGTATCAAAGAGACGTGGCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACATTATCTCTTCGCGGGTATCACTGCTCTGCCTGNCGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCAAGTGCgtg > 1:263749/1‑217 (MQ=255) ttATCGTGCTGTTCTGGATCATGGCGATTATGGACGGctggcgcggtgttaacaatcaggcacagcccggcggcgtacagcggtttaaaacccaggccgaccagcaatgcggcggtaattgctacc < 2:130364‑M2/126‑90 (MQ=255) ttATCGTGCTGTTCTGGATCATGGCGATTATGGACGGCTGGCGCGGTATCAAaga > 1:251602/1‑55 (MQ=255) cGTGCTGTTCTGGATCATGGCGATTATGGACGGctggcgcggtgttaacaatcaggcacagcccggcggcgtacagcggtttaaaacccaggccgaccagcaatgcggcggtaattgctaccggtg > 1:130366‑M2/1‑33 (MQ=255) cGTGCTGTTCTGGATCATGGCGATTATGGACGGCTGGCGCGGTATCAAAGAGACg < 2:251594/55‑1 (MQ=255) cTGTTCTGGATCATGGCGATTATGGACGGCTGGCGCGGTATCAAAGAGACGTGGCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACATTATCTCTTCGCTGGTATCAc > 2:275562/1‑157 (MQ=255) ttCTGGATCATGGCGATTATGGACGGCTGGCGCGATATCAAAGAGACGTGGCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAg > 1:221503/1‑93 (MQ=255) tCTGGATCATGGCGATTATGGACGGCTGGCGCGGTATCAAAGAGACGTGGCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACATTATCTCTTCGCTGGTATCACTGct < 1:275573/157‑1 (MQ=255) ggATCATGGCGATTATGGACGGCTGGCGCGGTATCAAAGAGACGTGGCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTAcc < 2:221497/93‑1 (MQ=255) cATGGCGATTATGGACGGCTGGCGCGGTATCAAAGAGACGTGGCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATc > 2:231380/1‑79 (MQ=255) tGGCGATTATGGACGGCTGGCGCGGTATCAAAGCGACGTTGCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGATTGCCATCACTCAGTACCCTAGCTCTGACATCATTGCGCCGGTTCTGCCGGTCTTTATCTCTTCCCCGCTCTCACTTCTCTCCCTGACGCTGTTCCGCACACGCTTCCAACCCCTGCTTGTATTACGTTTCTTTGTTTTTTGGGGGCCACGAGTGTACATTAGGCTGGCCGACCCAGGTTAGATTGTGCGTCAGgtggcttgcgc > 2:43637/1‑266 (MQ=255) tGGCGATTATGGACGGCTGGCGCGGTATCAAAGAGACGt > 1:64315/1‑39 (MQ=255) tGGCGATTATGGACGGCTGGCGCGGTATCAAAGAGACGTGGCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACCTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCCCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTCTTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTCGATATGACCCTGGCCCACCCCGGTTACACTTCTGGTCAgggtggtgttgcc > 2:326528/1‑264 (MQ=255) gCGATTATGGACGGCTGGCGCGGTATCAAAGAGACGTGGCCTGCGGTCGTGGTTCAGAGCGGCTCGTTTGCCATCGCTc < 1:231387/79‑1 (MQ=255) gATTATGGACGGCTGGCGCGGTATCAAAGAGACGTGGcc < 2:64313/39‑1 (MQ=255) | CGTTCCTTGAAGGAGCCGCAGGCTTTGGCGCACCGGTAGCAATTACCGCCGCATTGCTGGTCGGCCTGGGTTTTAAACCGCTGTACGCCGCCGGGCTGTGCCTGATTGTTAACACCGCGCCAGTGGCATTTGGTGCGATGGGCATTCCAATCCTGGTTGCCGGACAGGTAACAGGTATCGACAGCTTTGAGATTGGTCAGATGGTGGGGCGGCAGCTACCGTTTATGACCATTATCGTGCTGTTCTGGATCATGGCGATTATGGACGGCTGGCGCGGTATCAAAGAGACGTGGCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACATTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGGCCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCC > CP009273/3771138‑3771664 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |