New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 4143640 = | 20 (1.160) | 4 (0.240) | 4/290 | NT | 19.5% | coding (1136/1152 nt) | argE | acetylornithine deacetylase |
? | CP009273 | 4143797 = | 14 (0.850) | coding (979/1152 nt) | argE | acetylornithine deacetylase |
CTACAGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTCGGTCGGATAAGATGCGCAAGTATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGTCGGGCATAACGTTTGAATAAACGGCGC > CP009273/4143371‑4143776 | cTATAGTTGGGCATCGTTTGATGAACTGTCGGTCGGATAAGATGCGCAAGTATCGCATGCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTg < 1:149636/274‑1 (MQ=255) tagtttGGGCATTGTTTGAGTTACTTTCGGTGGTATAATATGCGCAAGTATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTNGGCAACAGNGCCGGATGCGGCTCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACAGTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATTCGGCCTATGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGaa < 1:216637/270‑1 (MQ=17) atttgcgcttgctgtgagttgcatatggatattcgtccgctgcctggcatgacactcaatgaacttaatggtttgctcaacgatgcattggctccggtgagcgaacgctggccgggtcgtctgacggtcgacgagctgcatccgccgatccctggctatgaatgcccaccgaatcatcaactggttgaagtggttgagaaattgctcggagcaaaaaccgaagTGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCGTGATAAAGCGTGttt < 1:133479‑M1/52‑1 (MQ=255) gTAGCGCATCGGACTTTATTGCGGGACTGTAGTTTGGCAACAGTGCCGGAGGCGGCGCTAGCGCCTTATCCGGCCTACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGGATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTcc < 1:271615/274‑1 (MQ=255) acggTGCTGGTTGCTGAGCGCGCGCCTTATCCGGCCTACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATTCGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTAGTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCCTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCa < 1:51072/271‑1 (MQ=25) gtggcaggcaactcaatcaagttaatgggtggcgcaacgatgcattggctccggtgagcgaccgctggccgggtcgtctgacggtcgacgagctgcatccgccgatccctggctatgaatgcccaccgaatcatcaactggttgaagtggttgagaaattgctcggagcaaaaaccgaagTGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAg > 2:133477‑M1/181‑274 (MQ=255) ttATCCGGCCTACGGTTGAGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACCTTATTGCGGCACTGGAGGTTGGCAACAGCGCCGGAAGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATCACCTGGGTTATCAGTTCGCNGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTcc > 1:261100/1‑209 (MQ=255) tttGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCg > 2:76428/1‑177 (MQ=255) aGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGtt < 1:76430/177‑1 (MQ=255) aCTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGAt > 2:158820/1‑163 (MQ=255) tAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAAc < 1:158824/163‑1 (MQ=255) aTAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTcgc > 2:284414/1‑138 (MQ=255) aTAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAgg > 1:62838/1‑178 (MQ=255) aTAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGcc > 1:286570/1‑202 (MQ=255) gATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGt < 1:284425/138‑1 (MQ=255) gATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTtga < 2:62836/178‑1 (MQ=255) gATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGc < 2:286559/202‑1 (MQ=255) gATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGTCGGGCATAACGTTTGAATAAACGgcgc < 1:30943/243‑1 (MQ=255) cggtcgacgagctgcatccgccgatcccgggctatgaatgcccaccgaatcatcaactggttgaagtggttgagaaattgctcggagcaaaaaccgaagTGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGc < 1:227563‑M1/77‑1 (MQ=255) cgacgagctgcatccgccgatcccttgctatgaatgcccaccgaatcatcaactggttgaagtggttgagaaattgctcggagcaaaaaccgaagTGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGa > 2:227557‑M1/96‑176 (MQ=255) cgcatcCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGTCGGGCATAACGTTTGAATAAACg > 1:62291/1‑226 (MQ=255) tcCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGTCGGGCATAACGTTTGAATAAACGgcgc < 2:62289/226‑1 (MQ=255) cTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGa > 1:149293/1‑112 (MQ=255) gTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCa < 2:149290/112‑1 (MQ=255) gCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCgtgt > 1:108790/1‑57 (MQ=255) aaaTGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTcc < 2:108788/57‑1 (MQ=255) | CTACAGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTCGGTCGGATAAGATGCGCAAGTATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGTCGGGCATAACGTTTGAATAAACGGCGC > CP009273/4143371‑4143776 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |