New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | = 4541074 | 26 (1.500) | 4 (0.240) | 4/292 | NT | 13.3% | coding (40/1344 nt) | gntP | fructuronate transporter |
? | CP009273 | = 4541365 | 27 (1.620) | intergenic (‑252/‑88) | gntP/uxuA | fructuronate transporter/mannonate hydrolase |
GCATAACGTTTTACCTTACCTGGTTGAACCGTTGTTATTTTGGGCGATATGTTATGTAAATTGGTCAACCATTGTTGCGATGAATGTCACATCCTCTGATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAATTCTTGTGATGTGGTTAACCAATTTCAGAATTCGGGTTGACATGTCTTACCAAAAGGTAGAACTTATACGCCATCTCATCCGATGCAACGCCACGGCTGCGGTCTGGTTGTTCATCCGGATACCTAAACAACTCCAGGGTTCCGCGTCTCTTTGCTGTGGAACCCACTATGTGAAAGAGGAAAAATCATGGAACAGACCTGGCGCTGGTACGGCCCAAACGATCCGGTTTCTTTAGCTGATGTCCGTCAGGCGGGCGCAACTGGCGTGGTTACCGCGCTGCACCATATCCCGAACGGCGAAGTATGGTCCGTTGAAGAGATCCTCAAACGCAAGGCGATCATTGAAGACGCAGGCCTGGTGTGGT > CP009273/4541110‑4541630 | gCATAACGTTTTACTTGACCTGGTTGAATCGTTGTTATTTTGGGCGATATGTTATGTAAATTGGTCAACCATTGTTGCGATGAATGTCACATCCTCTGATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAATTCTTTTGATGTGGTTAACCAATTTCANAATTCGGGTTGACATGTCTTACCAAAAGGTAGAACTTATACGCCATCTCATCCGATGCAACGCCACTGCTGCGGTCTGGTTGTTCATCCg > 1:244764/1‑274 (MQ=255) cGATATGTTATGTAAATTGGTCAACCATTGTTGCGATGAATGTCACATCCTCTGATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAATTCTTGTGATGTGGTTAACCAATTTCAGAATTCGGGTTGACATGTCTTACCAAAAGGTAGAACTTATACGCCATCTCATCCGATGAAACGCAACGGCTGCGGTCTGGTTGTTCATCAGGATACCTAAACAACTCCAGGGTTCCGCGTCTCTTTGCTGTGGCAc > 2:73713/1‑275 (MQ=255) gtaatgttatgaAAATTGGTCCACCATTTTTGCGTTGAATGGTCTAGCGTATTATTATTAATCATTGTTTACCTTTTGCTGCAATTTTCATGTACAACCTTGAGAATGAAATTCCTTTGATGTGGTTATCCAATGTCAGAATTCGGGTTGACATGTCTGACCAAAAGGTATAAATTATACGTCATCTCATCCGATGCAACGCTACGGCTGCGGTCTTGTTGTTCATCCGGATACCTAAACAACGCCAGGGTCCCGCTTCTCTTTGCTGTGGAAcc < 2:337286/272‑1 (MQ=255) aaaTTGGTCAACCATTGTTGCGATGAATGTCACATCCTCTGATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAATTCTTGTGATGTGGTTAACCAATTTCAGAATTCGGGTTGACATGTCTTACCAAAAGGTAGAACTTATACGCCATCTCATCCGATGCAACGCCACGGCTGCGGTCTGGTTGTTCATCCGGATa > 1:9135/1‑221 (MQ=255) tGGTCAACCATTGTTGCGATGAATGTCACATCCTCTGATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAATTCTTGTGATGTGGTTAACCAATTTCAGAATTCGGGTTGACATGTCTTACCAAAAGGTAGAACTTATACGCCATCTCATCCGATGCAACGCCACGGCTGCGGTCTGGTTGTTCATCCGGATACCTa < 2:9135/221‑1 (MQ=255) aaTGTCACATCCTCTGATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAATTTGCAGCAACAACAATGAGAGTGAAATTCTTGTGATGTGGTTAACCAATTTCAGAATTCGGGTTGACATGTCTTACCAAAAGGTAGAACTTATACGCCATCTCATCCGATGCAACGCCACGGCTGCggtctgatgctggtactgaatttgaagttcaaaatcaattcaatggtggctttgttggtggcggcgctgtccgtcgggatgctggcgggcatggatttga < 2:114340‑M2/274‑101 (MQ=255) gATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAATTCTTGTGATGTGGTTAACCAATTTCAGAATTCGGGTTGACATGTCTTACCAAAAGGTAGAACTTATACGCCATCTCATCCGATGCAACGCCACGGCTGCggtctgatgctggtactgaatttgaagttcaaaatcaattcaatggtggctttgttggtggcggcgctgtccgtcgggatgctggcgggcatggatttgatgtcgctgctgcaca > 1:114342‑M2/1‑159 (MQ=255) tAACCAGCTATTACCCTTTGCTGCAATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAATTCTTGTGATGTGGTTAACCAATTTCAGAATTCGGGTTGACATGTCTTACCAAAAGGTAGAACTTATACGCCATCTCATCCGATGCAACGCCACGGCTGCGGTCTGGTTGTTCATCCGGATAcc > 2:197073/1‑177 (MQ=255) cATCTATTACCCTTTGCTGCAATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAATTCTTGTGATGTGGTTAACCAATTTCAGAATTCGGGTTGACATGTCTTACCAAAAGGTAGAACTTATACGCCATCTCATCCGATGCAACGCCACGGCTGCGGTCTGGTTGTTCATCCGGATACCTaaa < 1:197078/177‑1 (MQ=255) aTCGATTACCCTTTGCTGCAATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAATTCTTGTGATGTGGTTAACCAATTTCAGAATTCGGGTTGACATGTCTTACCAAAAGGTAGAACTTATACGCCATCTCATCCGATGCAACGCCACGGCTGCGGTCTGGTTGTTCATCCGGATACCTAAACAACTCCAGGGTTCCGCGTCTCTTTGCTGTGGAACCCACTATGTGAAAGAGGAAAAATCATGGAACAGACCTGGCGATGGTACGGCCCAAACGATCCgg > 1:200558/1‑275 (MQ=255) ttGCTGCAATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAAGTCTTGTGATGTGGTTAACCAATTTAAGAATTCGGGTTGACATGTCTTACCAAAAGGTAGAACTTATACGCCATCTCATCCGATGCAACGCCACGGCTGCGGTCTGGTTTTTCATCCTGATACCTAaacaa > 1:162270/1‑167 (MQ=255) caacaaCCATGAGAGTGAAATTCTTGTGATGTGGTTAACCAATTTCATAATTCGGGTTGACATGTCTTACCAAAAGGTAGAACTTATACGCCATCTCATCCGATGCAACGCCACGGCTGCggtctgatgctggtactgaatttgaagttcaatatcaattcaatggtggctttgttggtggcggcgctgtccgtcgggatgatggcgggcatggatttgatgtcgctgctgcacactatgaaagcgggcttcggcaacacgatgggggaactggc < 1:317714‑M2/275‑156 (MQ=255) ttCAGAATTCGGGTTGACATGTCTTATCAAAAGGGAGAACTTATACGCCATCTCATCCGATGCAACGCCACGGCTGCGGTCTGGTTGTTCATCCGGATACCTAAACAACTCCAGGGTTCCGCGTCTCTTTGCTGTGGAACCCACTATGTGAAAGAGGAAAAATCATGGAAGAGACCTGGCGCTNGTACGGCCNAAACGATCCGGTTTCTTTAGCTGATGTCCGTCAGGCGGGCGCAACTGGCGTGGTTACCGCGCTGCACAATATCCCGaaag > 1:219818/1‑271 (MQ=255) gtgggTTGGAATGCNATACCAAAACGTAGAACTGATACGCCATATCATCCGATTCAAAGCCACGGCTGCGGTCTGGTTGTTCATCCGGATACCTAAACAACTCCAGGGTTCCGCGTCTCTTTGCTGTGGAACCCACTATGTGAAAGAGGAAAAATCATGGAACAGACCTGGCGCTGGTACGGCCCAACCGATCCGGTTTCTTTAGCTGATGTCCGTCAGGCGGGCGCAACTGGCGTGGTTACCGCGCTGCACCATATCCCGAACGGCGAAGTATg < 2:244756/273‑1 (MQ=255) 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tctcATCCGATGCAACGCCACGGCTGCGGTCTGGTTGTTCATCCGGATACCTAAACAACTCCAGGGTTCCGCGTCTCTTTGCTGTGGAACCCACTATGTGAAAGAGGAAAAATCATGGAACAGACCTGGCGCTGGTACGGCCCAAACGATCCGGTTTCTTTAGCTGATGTCCGTCAGCCGGGCGCAACTGGCGTGGTTACCGCGCTGCACCATATCCAGAACGGCTAAGGAAGGTCGGTTGAAGAGACCCTCAACCGCAACACAACCATTGac > 2:233388/1‑272 (MQ=255) tctcATCCGATGCAACGCCACGGCCGCGCGCTGGTTGTTCa > 1:236623/1‑41 (MQ=255) ctcATCCGATGCAACGCCACGGCTGCGGTCTGGTTGTTCATCCGGATACCTAAACAACTCCAGGGTTCCGCGTCTCTTTGCTGTGGAAcc < 1:82529/90‑1 (MQ=255) ctcATCCGATGCAACGCCACGGCTGCGGTCTGGTTGTTCATCCGGATACCTAAACAACTCCAGGGTTCAGCGTCTCTTTGCTGTGGAACCCACTATGTGAAAGAGGCAAAATCATGGAACAGACCTGGCGCTGGTACGGCCCAAACGAGCCGGTTTCTTTAGCTGATGTCCGTCAGGCGGGCGCAACTGGCGTGGTTACCGCGCTGCAACATATCCCGAACGGCGAAGGATGGTCCGTTGAAGAGATCCTCAAACGCCAGCCGATCCATGAAgcc > 1:33479/1‑273 (MQ=255) aTCCGATGCAACGCCACGGCTGCGGTCTGGTTGTTCATCCg < 2:236616/41‑1 (MQ=255) gATGCAACGCCACGGCTGCGGTCTGGTTGTTCATCCGGATACCTaa > 2:33596/1‑46 (MQ=255) tGCAACGCCACGGCTGCGGTCTGGTTGTTCATCCGGATACCTAAACAACTCCAGGGt > 2:244358/1‑57 (MQ=255) tGCAACGCCACGGCTGCGGTCTGGTTGTTCATCCGGATACCTAAACAACTCCAGGGTTCCGCGTCTCTTTGCTGTGGAACCCACTATGTGAAagag > 1:180055/1‑96 (MQ=255) cAACGCCACGGCTGCGGTCTGGTTGTTCATCCGGATACCTAaacaa < 1:33596/46‑1 (MQ=255) aCGCCACGGCTGCGGTCTGGTTGTTCATCCGGATACCTAAACAACTCCAGGGTTCcg < 1:244366/57‑1 (MQ=255) aCGCCACGGCTGCGGTCTGGTTGTTCATCCGGATACCTAAACAACTCCAGGGTTCCGCGTCTCTTTGCTGTGGAACCCACTATGTGAAAGAGGaaa < 2:180051/96‑1 (MQ=255) ccACGGCTGCGGTCTGGTTGTTCCTCCGGATACCTAAACAACTCCAGGGTTCCGCGTCTCTTTGCTGTGGAACCCACTATGTGAAAGAGGAAAAATCATGGAACAGACCTGGCGCTGGTACGGCCCAAACGATCCGGTTTCTTTAGCTGATGTCCGTCAGGCGGGCGCAACTGGAGTGGTTACCGCGCTGCACCATATCCCGAACGGCGAAGTATGGTCCGTTGAAGAGATCCTCAAACGCAAGGCGATCATTGAAGACGCAGGCCTGGTGTGGt < 1:73715/275‑1 (MQ=255) | GCATAACGTTTTACCTTACCTGGTTGAACCGTTGTTATTTTGGGCGATATGTTATGTAAATTGGTCAACCATTGTTGCGATGAATGTCACATCCTCTGATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAATTCTTGTGATGTGGTTAACCAATTTCAGAATTCGGGTTGACATGTCTTACCAAAAGGTAGAACTTATACGCCATCTCATCCGATGCAACGCCACGGCTGCGGTCTGGTTGTTCATCCGGATACCTAAACAACTCCAGGGTTCCGCGTCTCTTTGCTGTGGAACCCACTATGTGAAAGAGGAAAAATCATGGAACAGACCTGGCGCTGGTACGGCCCAAACGATCCGGTTTCTTTAGCTGATGTCCGTCAGGCGGGCGCAACTGGCGTGGTTACCGCGCTGCACCATATCCCGAACGGCGAAGTATGGTCCGTTGAAGAGATCCTCAAACGCAAGGCGATCATTGAAGACGCAGGCCTGGTGTGGT > CP009273/4541110‑4541630 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |