New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | = 4625452 | 40 (1.450) | 7 (0.260) | 4/264 | NT | 16.4% | coding (115/474 nt) | creA | putative periplasmic protein |
? | CP009273 | = 4625504 | 33 (1.240) | coding (167/474 nt) | creA | putative periplasmic protein |
CAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTATTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCGGAAGATACCTCCGATGCGGCCATTTCTTGTCAGCAAGTCGGGCCGATTGAACTGTCGGATCGTATTAAAAACGGCAAAGCTCAGGGCGAGGTAGTATTCAAAAAACGCACGTCCCTGGTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTC > CP009273/4625206‑4625724 | cAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTATTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATNCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAtaaaaggtgacatttttcacatcgg > 1:473589‑M1/1‑247 (MQ=255) ttattaGTGTATGTTTTAGGGCTTGACTGAATTAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTATTTACTGTTACGAACTAATTGCNCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGTTCCTGTCTTTACGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAtaacaggtgacatttttcacatcgggatcatcaaaggcttc < 1:435705‑M1/275‑42 (MQ=255) taattagagtaTTTTTTAGGTCTTGACTGAAATAAAAGTATTGAGATTTTTTTCTTAATCAATATGTTATTTACCGTGACGAACTAATTGCTCTTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAtaacaggtgacatttttcacatcgggatcatcaaaggcttc < 2:473582‑M1/271‑42 (MQ=255) tttAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTATGTTCTTAATCAATATGTTATTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAGGAGATTGGTTCGNTCGACACCNTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGACACCTGTTAtg < 1:375314‑M2/274‑3 (MQ=255) ttGTTTTTAATCAATATTTTATTTACCTTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGa < 1:271137/275‑1 (MQ=255) ttttCTTTATCATTATTTTATTTACCGTGACGAACTAATTGTTTGTTTAATAGATAAAAATGGTAACAAGATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGCGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATGGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGAt < 1:250764/273‑1 (MQ=255) atatGTTATTTACCTTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCTGGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGTGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCgg < 1:226826/275‑1 (MQ=255) aTTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGaaaa > 2:199932/1‑205 (MQ=255) tttACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAAttgttg > 2:230199/1‑174 (MQ=255) aCCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGt < 1:199934/205‑1 (MQ=255) aCCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGGCGACAACGTATTTAAAATGATCGGCCAGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATACCTAGTAGAAAAATGGCACCTGTTATGTGAGCCGGGCAAAAACCGGTGGAATTAAAGGGGGGTGGTGTCTGGTGGGATATAACTcg > 2:11683/1‑274 (MQ=255) 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gATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGTTCCTGTCTTTAAGCCGGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGTCCGGAGCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCGGAAGATACCTCCGATGCGGCCATTTCTTGTCAGCAAGTCgg < 1:501090/275‑1 (MQ=255) gTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGGGGTATTAAAGGGGGCTTGGGTCTGGCGGAAGATACCTCCGATGCGGCCATTTCTTTTCAGCAAGTCGGGcccctggaa > 2:66994/1‑268 (MQ=255) aaTATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGANACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCGGAAGATACCTCCGATGCGGCCACTTCTCGTCAGCACGTCGGGCCGATTGaa < 1:405395/270‑1 (MQ=255) aaGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGGGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCGGAAGATACCTCCGATGGGGCCATTGCTTGGCAGCAAGTCGGGCCGATAGAACAGTCGGAACGTATTaa > 1:350352/1‑275 (MQ=255) gCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCGGAAGATACCTCCGATGCGGCCATTTCTTGTCAGCAAGTCGGGCCGATTGAACTGTCGGATCGTATTaaaa > 1:175202/1‑275 (MQ=255) tCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAtaacaggtgacatttttcacatcgggatcatcaaagg > 1:279889‑M1/1‑96 (MQ=255) gTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAtaacaggtgacatttttcacatcgggatcatcaaaggcttc < 2:279886‑M1/133‑42 (MQ=255) ttAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCGGAAGATACCTCCGATGCGGCCATTTCTTGTCAGCAAGTCGGGCCGATTGAACTGTCGGATCGTATTAAAAACGGCAAAGCTCAggg < 2:175201/275‑1 (MQ=255) gCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAAttgttg > 1:565116/1‑93 (MQ=255) cTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAtaacaggtgacatttttcacatcgggatcatcaaagg > 1:141916‑M1/1‑82 (MQ=255) tGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCg > 1:299208/1‑142 (MQ=255) gATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGa < 2:565108/93‑1 (MQ=255) tAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAtaacaggtgacatttttcacatcgggatcatcaaaggcttc < 2:141915‑M1/119‑42 (MQ=255) aaTGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCg < 2:299204/142‑1 (MQ=255) cTGGGGCCATTGGCTAATGCACAAGAGAGTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGc > 1:396044/1‑173 (MQ=255) gggCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTgatgat > 2:494856/1‑96 (MQ=255) ggCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGTGTCGGTAGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGGTGTGAAAAATGGCATATGTTATGTGAGTCGGGCGAAAGCCGGTGGTACTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCGGaa < 2:396038/173‑1 (MQ=255) cATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCg < 1:494863/96‑1 (MQ=255) cATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCGGAAGATACCTCCGATGCGGCCATTTCTTGTCAGCAAGTCGGGCCGATTGAACTGTCCGAGCGCATTAAAAACGGCAAAGCCCAGGGCGCAGTAGTACTCAAAAAAcaa > 1:172899/1‑273 (MQ=255) aTTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATTATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCGGAAGATACCTCCGATGCGGCCATTTCTTGTCAGCAAGTCGGGCCGATTGAACTGTCGGAt < 1:300064/226‑1 (MQ=255) ttGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCGGAAGATACCTCCGATGCGGCCATTTCTTGTCAGCAAGTCGGGCCGATTGAACTGTCGGATCGTATTAAAAACGGCAAAGATCAGGGCGAGGTAGTATTCAAAAAACGCAc > 1:233091/1‑275 (MQ=255) aagaGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCGGAAGATACCTCCGATGCGGCCATTTCTTGTCAGCAAGTCGGGCCGCTTGAACTGTCGGAGCGTATTAAAAACGGCAAAGCCCAGGGGGGGGGAGTATTCAAAAAACGGACGTCCCCGGTCtta > 2:8664/1‑274 (MQ=255) gaTTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCGGAAGATACCTCCGATGCGGCCATTTCTTGTCAGCAAGTCGGGCCGATTGAACTGTCGGATCGTATTAAAAACGGCAAAGCTCAGGGCGAGGTAGTATTCAAAAAACGCACGTCCCTGGTCTTTAAg < 1:8664/274‑1 (MQ=255) aTTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGaa > 2:261929/1‑83 (MQ=255) gTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAAt < 1:261931/83‑1 (MQ=255) ttCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTg > 2:493201/1‑139 (MQ=255) ttCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCGGAAGATACCTCCGATGCGGCCATTTCTTGTCAGCAAGTCGGGCCGATTGAACTGTCGGATCGTATTAAAAACGGCAAAGc > 1:344149/1‑222 (MQ=255) gTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCgg < 1:493208/139‑1 (MQ=255) tAAAATGATCGTCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCCCCTGTTATGTGAGCCGGGCTAAAACCTGTGGTATTAAAGGGGGTTTGGGTCTGGCGGAAGATACCGCCGATGCTGCCAGTTCTTGGCAGCAAGTCGGGCTGATTGAACTGTCGGATCGTATTAAAAACGGCAAAGCTCAGGGCGAGGTAGTATTCAAAAAACGCACGTCCCTGGTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTg < 1:317118/265‑1 (MQ=255) tCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGAtgtg > 2:156949/1‑50 (MQ=255) tCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTAtt > 1:82304/1‑95 (MQ=255) cccGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGaaaa < 1:156950/50‑1 (MQ=255) cccGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAg < 2:82304/95‑1 (MQ=255) cataacaggtgtcatttttcacatcgggatcatcaaaggcttccacaacaattttgtgatccgggccgatcattttaaatanggtgtcgancgaaccaatctcctctgcatgagccaatggccccagcattatcaggcttaaagacaggatcaaatgcttgtatttcatattgttaccatttttatctattacacgagcaattagttcgtcacggtaaataacatattgattaagaacataatctcaatacttttatttccgtcaagccctaaa < 1:375314‑M1/274‑273 (MQ=255) aaaaTTGTTGTGGAAGGCTTTGATGATCACGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCgg > 1:428036/1‑103 (MQ=255) aaaaTTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTAtt > 2:516806/1‑81 (MQ=255) | CAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTATTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCGGAAGATACCTCCGATGCGGCCATTTCTTGTCAGCAAGTCGGGCCGATTGAACTGTCGGATCGTATTAAAAACGGCAAAGCTCAGGGCGAGGTAGTATTCAAAAAACGCACGTCCCTGGTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTC > CP009273/4625206‑4625724 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |