New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | = 4625452 | 40 (1.450) | 7 (0.260) | 4/264 | NT | 16.4% | coding (115/474 nt) | creA | putative periplasmic protein |
? | CP009273 | = 4625504 | 33 (1.240) | coding (167/474 nt) | creA | putative periplasmic protein |
TTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTATTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCGGAAGATACCTCCGATGCGGCCATTTCTTGTCAGCAAGTCGGGCCGATTGAACTGTCGGATCGTATTAAAAACGGCAAAGCTCAGGGCGAGGTAGTATTCAAAAAACGCACGTCCCTGGTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGACAAAGTTGT > CP009273/4625233‑4625753 | tttAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTATGTTCTTAATCAATATGTTATTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAGGAGATTGGTTCGNTCGACACCNTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGACACCTGTTAtg < 1:375314‑M2/274‑3 (MQ=255) ttGTTTTTAATCAATATTTTATTTACCTTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGa < 1:271137/275‑1 (MQ=255) ttttCTTTATCATTATTTTATTTACCGTGACGAACTAATTGTTTGTTTAATAGATAAAAATGGTAACAAGATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGCGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATGGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGAt < 1:250764/273‑1 (MQ=255) atatGTTATTTACCTTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCTGGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGTGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCgg < 1:226826/275‑1 (MQ=255) aCCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGGCGACAACGTATTTAAAATGATCGGCCAGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATACCTAGTAGAAAAATGGCACCTGTTATGTGAGCCGGGCAAAAACCGGTGGAATTAAAGGGGGGTGGTGTCTGGTGGGATATAACTcg > 2:11683/1‑274 (MQ=255) tGACGAACTAATTGATCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAACCCGGTGGTATTAAAGGGGGAGTGGGTCTGGCGGAAGATACCTCCGCTg > 2:501083/1‑275 (MQ=255) gATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGTTCCTGTCTTTAAGCCGGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGTCCGGAGCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCGGAAGATACCTCCGATGCGGCCATTTCTTGTCAGCAAGTCgg < 1:501090/275‑1 (MQ=255) gTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGGGGTATTAAAGGGGGCTTGGGTCTGGCGGAAGATACCTCCGATGCGGCCATTTCTTTTCAGCAAGTCGGGcccctggaa > 2:66994/1‑268 (MQ=255) aaTATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGANACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCGGAAGATACCTCCGATGCGGCCACTTCTCGTCAGCACGTCGGGCCGATTGaa < 1:405395/270‑1 (MQ=255) aaGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGGGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCGGAAGATACCTCCGATGGGGCCATTGCTTGGCAGCAAGTCGGGCCGATAGAACAGTCGGAACGTATTaa > 1:350352/1‑275 (MQ=255) gCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCGGAAGATACCTCCGATGCGGCCATTTCTTGTCAGCAAGTCGGGCCGATTGAACTGTCGGATCGTATTaaaa > 1:175202/1‑275 (MQ=255) ttAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCGGAAGATACCTCCGATGCGGCCATTTCTTGTCAGCAAGTCGGGCCGATTGAACTGTCGGATCGTATTAAAAACGGCAAAGCTCAggg < 2:175201/275‑1 (MQ=255) tGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCg > 1:299208/1‑142 (MQ=255) aaTGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCg < 2:299204/142‑1 (MQ=255) cTGGGGCCATTGGCTAATGCACAAGAGAGTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGc > 1:396044/1‑173 (MQ=255) ggCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGTGTCGGTAGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGGTGTGAAAAATGGCATATGTTATGTGAGTCGGGCGAAAGCCGGTGGTACTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCGGaa < 2:396038/173‑1 (MQ=255) cATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCGGAAGATACCTCCGATGCGGCCATTTCTTGTCAGCAAGTCGGGCCGATTGAACTGTCCGAGCGCATTAAAAACGGCAAAGCCCAGGGCGCAGTAGTACTCAAAAAAcaa > 1:172899/1‑273 (MQ=255) aTTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATTATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCGGAAGATACCTCCGATGCGGCCATTTCTTGTCAGCAAGTCGGGCCGATTGAACTGTCGGAt < 1:300064/226‑1 (MQ=255) ttGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCGGAAGATACCTCCGATGCGGCCATTTCTTGTCAGCAAGTCGGGCCGATTGAACTGTCGGATCGTATTAAAAACGGCAAAGATCAGGGCGAGGTAGTATTCAAAAAACGCAc > 1:233091/1‑275 (MQ=255) aagaGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCGGAAGATACCTCCGATGCGGCCATTTCTTGTCAGCAAGTCGGGCCGCTTGAACTGTCGGAGCGTATTAAAAACGGCAAAGCCCAGGGGGGGGGAGTATTCAAAAAACGGACGTCCCCGGTCtta > 2:8664/1‑274 (MQ=255) gaTTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCGGAAGATACCTCCGATGCGGCCATTTCTTGTCAGCAAGTCGGGCCGATTGAACTGTCGGATCGTATTAAAAACGGCAAAGCTCAGGGCGAGGTAGTATTCAAAAAACGCACGTCCCTGGTCTTTAAg < 1:8664/274‑1 (MQ=255) ttCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTg > 2:493201/1‑139 (MQ=255) ttCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCGGAAGATACCTCCGATGCGGCCATTTCTTGTCAGCAAGTCGGGCCGATTGAACTGTCGGATCGTATTAAAAACGGCAAAGc > 1:344149/1‑222 (MQ=255) gTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCgg < 1:493208/139‑1 (MQ=255) tAAAATGATCGTCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCCCCTGTTATGTGAGCCGGGCTAAAACCTGTGGTATTAAAGGGGGTTTGGGTCTGGCGGAAGATACCGCCGATGCTGCCAGTTCTTGGCAGCAAGTCGGGCTGATTGAACTGTCGGATCGTATTAAAAACGGCAAAGCTCAGGGCGAGGTAGTATTCAAAAAACGCACGTCCCTGGTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTg < 1:317118/265‑1 (MQ=255) tCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTAtt > 1:82304/1‑95 (MQ=255) cccGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAg < 2:82304/95‑1 (MQ=255) aaaaTTGTTGTGGAAGGCTTTGATGATCACGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCgg > 1:428036/1‑103 (MQ=255) aaaaTTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTAtt > 2:516806/1‑81 (MQ=255) ttgttgTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAg < 1:516814/81‑1 (MQ=255) ttgttgTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCGGAAGa < 2:428029/103‑1 (MQ=255) gAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTAtgtgatccgggccgatcattttaaatacggtgtcgaccgaaccaatctcttctgcatgagccaatggccccagcattatcaggcttaaagacaggatcaaatgcttgtatttcatattgttaccatttttatctattacaagagcaattagttcgtcacggtaaataacatattgattaagaaaaaaatctcaatacttttatttcagtcaagacctaaaaaatactctaatta < 2:473582‑M2/275‑235 (MQ=255) gAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTAtgtgatccgggccgatcattttaaatacggtgtcgaccgaaccaatctcttctgcatgagccaatggccccagcattatcaggcttaaagac < 2:279886‑M2/133‑93 (MQ=255) gAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTAtgtgatccgggccgatcattttaaatacggtgtcgaccgaaccaatctcttctgcatgagccaatggccccagcattatcaggcgtaaagacaggaacaaatgcttgtatttcatattgttaccatttttatctattacacgngcaattagttcgtaacagtaaataacatattgattaagaacaaaatctcaatacttttaattcagtcaagccctaaaacatacactaataa < 1:435705‑M2/275‑235 (MQ=255) gAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTAtgtgatccgggccgatcattttaaatacggtgtcgaccgaaccaatctcttctgcatgagccaatggccccagcatta < 2:141915‑M2/119‑79 (MQ=255) ccTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTAtgtgatccgggccgatcattttaaatacggtgtcgaccgaaccaatctcttctgcatgagccaatggccccagcattatcaggcttaaagacagga > 1:279889‑M2/1‑37 (MQ=255) ccTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTAtgtgatccgggccgatcattttaaatacggtgtcgaccgaaccaatctcttctgcatgagccaatggccccagcattatcag > 1:141916‑M2/1‑37 (MQ=255) tgctgatCCCGATGTGAAAAATGTTACCTGTTTTGTGGGCTGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCGGAAGATACCTCCGATGCGGCCATTTCTTGTCAGCAAGTCGGGCCGATTGAACTGTCGGATCGTATTAAAAACGGCAAAGCTCAGGGCGAGGTAGTATTCAAAAAACGCACGTCCCTGGTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGACa < 1:11683/272‑1 (MQ=255) cccGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCGGAAGATACCTCCGATGCGGCCATTTCTTGTCAGCAAGTCGGGCCGAGTGAACTGTCGGATCGTATTAAAAACGGCAAAGCTCAGGGCGCGGTAGTATTCAAAAAACGCACGTCCCTGGTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGACAAAGTTGt > 1:83919/1‑275 (MQ=255) cccGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGAGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCGGAAGATACCTCCGATGCGGCCATTTCTTGTCAGCAAGTCGGGCCGATTGAACTGTCGGATCGTATTAAAAACGGCAAAGCTCAGGGCGAGGTAGTATTCAAAAAACGCACGTCCCTGGTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGACAAAGATGt > 1:161751/1‑275 (MQ=255) ccGATGTGAAAAATGTCACCTTTTAtgtgatccgggccgatcattttaaatacggtgtcgaccgaaccaatctcttctgcatgagccaatggccccagcattatcaggcttaaagacagnatcaaatgcttgtatttcatattgttaccatttttatctattacacgagcaattagttcgtcacggtaaataacatattgattaagaacaaaatctcaatacttttatttccgtcaagccctaaaacatactctactaagaaaaaaacactg > 1:473589‑M2/1‑25 (MQ=255) tgtgAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCGGAAGATACCTCCGATGCGGCCATTTCTTGTCAGCAAGTCGGGCCGATTGAACTGTCGGATCGTATTAAAAACGGCAAAGCTCAGGGCGAGGTAGTATTCAAAAAACGCACGTCCCTGGTCtt > 1:40026/1‑192 (MQ=255) | TTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTATTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCGGAAGATACCTCCGATGCGGCCATTTCTTGTCAGCAAGTCGGGCCGATTGAACTGTCGGATCGTATTAAAAACGGCAAAGCTCAGGGCGAGGTAGTATTCAAAAAACGCACGTCCCTGGTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGACAAAGTTGT > CP009273/4625233‑4625753 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |