New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | = 4572049 | 52 (1.880) | 4 (0.150) | 3/260 | NT | 7.9% | coding (817/1590 nt) | hsdM | DNA methyltransferase M |
? | CP009273 | = 4572174 | 44 (1.680) | coding (692/1590 nt) | hsdM | DNA methyltransferase M |
TTTGCCGCCTTCAAACAGCACGTTATCCGGCACCACCACCGCCGCACGACCGCCGGGATGCAGCGTTTCGATAATATGCTGCATAAAGCACAACTGTTTGTTGCTGGTCGGGTGAACAAAGGTGCGGGTAATGTTGGTGCCTGCGGCGCTGCCAAACGGCGGGTTAGTGGCGACAATATGCGCCTTCGGCAGGTTTTCACCGTCGCTACCCAGAGTGTTGCCCAGACGGATTGCGCCGCCGTGGTCGAGGTTGCCTTCAATATCGTGCAGCAGGCAGTTCATCAGTGCCAGACGACGGGTGCCGGGCACCAGTTCGAGGCCGATAAACGCGCGGTGGATCTGGAAATCCTGCGTGTCGCCATCAAGGTCGTCCAGATCATTGGTTTGCGACTTAACATAGCGGTCGGCTTCAATCAAAAAGCCCGCCGTACCTGCCGCCGGGTCCTGCACCACTTCACGCGGCTGCGGTTTCAGCAGATGAATAATGGTTTTAATCAGCGGACGCGGGGTGAAGTACTGGCCTGCACCAGACTTGGT > CP009273/4571906‑4572442 | tttGCCGCCTTCAAACCGCACTTTACCCGGCACCACCACCGCCGCACGACCGCCGGGATGCAGCGTTTCGAGAATATGCTGCATAAAGCACAACTGTTGGTTGCTGGTCGGGTGAACAAAGGTGCGGGTAATGTTGGTGCCTGCGGCGCTGCCAAACGGCGGGTTAGTGGCGACAATATGCGCCTTCGGCAGGTTTTCACCGTCGCTACCCAGAGTGTTGCCCAGACGGATTGCGCCGCCGTGGTCGAGGTTGCCTTCAATATCGTGCAgca > 2:507080‑M2/1‑269 (MQ=255) tAAAGCACAACTGTTTGTTGCTGGTCGGGTGAACAAAGGTGCGGGTAATGTTGGTGCCTGCGGCGCTGCCAAACGGCGGGTTAGTGGCGACAATATGCGCCTTCGGCAGGTTTTCACCGTCGCTACCCAGAGTGTTGCCCAGACGGATTGCGCCGCCGTGGTCGAGGTTGCCTTCAATATCGTGCAGCAGGCAGTTCATCAGTGCCAGACGACGGGTGCCGGGCACCAGTTCGAGGCCGATAAACGCGCGGTGGATCTGGACATCCTGCGTGTc > 1:31812/1‑274 (MQ=255) aaCTGTTTGTTGCTGGTCGGGTGAACAAAGGTGCGGGTAATGTTGGTGCCTGCGGCGCTGCCAAACGGCGGGTTAGTGGCGACAATATGCGCCTTCGGCAGGTTTTCACCGTCGCTACCCAGAGTGTTGCCCAGACGGATTGCGCCGCCGTGGTCGAGGTTGCCTTCAATATCGTGCAGCAGGCAGTTCATCAGTGCCAGACGACGGGTGCCGGGCACCAGTTCGAGGCCGATAAACGCGCGGTGGATCTGGAAATCCTGCGTGTCGCCATCAAg > 1:210644/1‑275 (MQ=255) tttgttGCTGGTCGGGTGAACAAAGGTGCGGGTAATGTTGGTGCCTGCGGCGCTGCCAAACGGCGGGTTAGTGGCGACAATATGCGCCTTCGGCAGGTTTTCACCGTCGCTACCCAGAGTGTTGCCCAGACGGATTGCGCCGCCGTGGTCGAGGTTGCCTTCAATATCGTGCAGCAGGCAGTTCATCAGTGCCAGACGACGGGTGCCGGGCACCAGTTCGAGGCCGATAAACGCGCGGTGGATCTGGAAATCCTGCGTGTCGCCATCAAGgtagt > 1:58192/1‑275 (MQ=255) gTCGGGTGAACAAAGGTGCGGGTAATGTTGGTGCCTGCGGCGCTGCCAAACGGCGGGTTAGTGGCGACAATATGCGCCTTCGGCAGGTTTTCACCGTCGCTACCCAGAGTGTTGCCCAGACGGATTGCGCC‑CCGTGGTCGAGGTTGCCTTCAATATCGTGCAGCAGTCAGTTCATCAGTGCCAGACGACGGGTGCCGGGCCACAGTTCGAGGCCGATAAACGCGCGGTGGATCGGGAAATCCTGCGTGTCGCGATCCAGgtgcgcccgactat > 2:117986/1‑261 (MQ=255) ggAACAAAGGTGCGGGTAATGTTGGTGCCTGCGGCGCTGCCAAACGGCGGGTTAGTGGCGACAATATGCGCCTTCGGCAGGTTTTCACCGTCGCTACCCAGAGTGTTGCCCAGACGGATTGCGCCGCCGTGGTCGAGGTTGCCTTCAATATCGTGCAGCAGGCAGTTCATCAGTGCCAGACGACGGGTGCCGGGCACCAGTTCGAGGCCGATAAACGCGCGGTGGATCTGGAAATCCTGCGTGTCGCCATCAAGGTCGTCCAGATCATTGGTTTg < 1:309692/274‑1 (MQ=255) gTGCGGGTAATGTTGTTGCCTGCCCCGCGTCCAAACGGCGGGTTAGTGGCGACAATATGCGCCTTCGGCAGGTTTTCACCGTCGCTACCCAGAGTGTTGCCCAGACGGATTGCGCCGCCGTGGTCGAGGTTGCCTTCAATATCGTGCAGCAGGCAGTTCATCAGTGCCAGCCGACGGGTGCCGNGCACCAGTTCGAGGACGATAAACGCGCGGTGGATCTGGAAATCCTGCGTGTCGCCATCAAGGCCGTCCAGATCAATGGTTTGCGACTTaa > 1:401261/1‑274 (MQ=255) gTGCGGGTAATGTTGGTGCCTGCGGCGCTGCCAAACGGCGGGTTAGTGGCGACAATATGCGCCTTCGGCAGGTTTTCACCGTCGCTACCCAGAGTGTTGCCCAGACGGATTGCGCCGCCGTGGTCGAGGTTGCCTTCAATATCGTGCAGCAGGCAGTTCATCAGTGCCAGACGACAGGTGCCGGGCACCAGTTCGAGGCCGATa > 2:485906/1‑204 (MQ=255) gggTAATGTTGGTGCCTGCGGCGCTGCCAAACGGCGGGTTAGTGGCGACAATATGCGCCTTCGGCAGGTTTTCACCGTCGCTACCCAGAGTGTTGCCCAGACGGATTGCGCCGCCGTGGTCGAGGTTGCCTTCAATATCGTGCAGCAGGCAGTTCATCAGTGCCAGACGACAGGTGCCGGGCACCAGTTCGAGGCCGATAAAcg < 1:485913/204‑1 (MQ=255) tAATGTTGGTGCCTGCGGCGCTGCCAAACGGCGGGTTAGTGGCGACAATATNCGCCTTCGGCACGTTTTCACCGTCGCTACCCAGAGTGTTGCCCAGACGGATTGCGCCGCCGTGGTCGAGGTTGCCTTCAATATCGTGCAGCAGGCAGTTCATCAGTGCCAGACGACGGGTGCCGGGCACCAGTTCGAGGCCGATAAACGCGCGGTGGa < 1:518699/210‑1 (MQ=255) tGCGGCGCTGCCAAACGGCGGGTTAGTGGCGACAATATGCGCCTTCGGCAGGTTTTCACCGTCGCTACCCAGAGTGTTGCCCAGACGGATTGCGC‑GCCGTGGTCGAGGTTGCCTTCAATATCGTGCAgcag < 2:77840‑M2/131‑5 (MQ=255) gcggcgCTGCCAAACGGCGGGTTAGTGGCGACAATATGCGCCTTCGGCAGGTTTTCACCGTCGCTACCCAGAGTGTTGCCCAGACGGATTGCGCCGCCGTGGTCGAGGTTGCCTTCAATATCGTGCAGCAGGCAGTTCATCAGTg > 2:270292/1‑145 (MQ=255) cggcgCTGCCAAACGGCGGGTTAGTGGCGACAATATGCGCCTTCGGCAGGTTTTCACCGTCGCTACCCAGAGTGTTGCCCAGACGGATTGCGCCGCCGTGGTCGAGGTTGCCTTCAATATCGTGCAGCAGGCAGTTCATCAGTGCCAGACGACGGGTGCCGGGCCCCAGTTCGAGGCCGATAAACGCGCGGTGGATCTGGAAATCCTGCGTGTCGCCATCAAGGTCGTCCAGATCATTGGTTTGCGACTTAACATAGCGGTCGGCTtcaatcaa > 1:208121/1‑274 (MQ=255) gcgcTGCCAAACGGCGGGTTAGTGGCGACAATATGCGCCTTCGGCAGGTTTTCACCGTCGCTACCCAGAGTGTTGCCCAGACGGATTGCG‑CGCCGTGGTCGAGGTTGCCTTCAATATCGTGCAgcaggcag < 1:77840/131‑1 (MQ=255) cgcTGCCAAACGGCGGGTTAGTGGCGACAATATGCGCCTTCGGCAGGTTTTCACCGTCGCTACCCAGAGTGTTGCCCAGACGGATTGCGCCGCCGTGGTCGAGGTTGCCTTCAATATCGTGCAGCAGGCAGTTCATCAGTGCCAg < 1:270294/145‑1 (MQ=255) cggcggGTTAGTGGCGACAATATGCGCCTTCGGCAGGTTTTCACCGTCGCTACCCAGAGTGTTGCCCAGACGGATTGCGCCGCCGTGGTCGAGGTTGCCTTCAATATCGTGCAGCAGGCAGTTCATCAGTGCCAg > 2:402106/1‑135 (MQ=255) gtgggTTAGTNACGACAATATGCCGCTTCGGCAGGTTTTCACCGTCGCTACCCCGAGTGTTGCCCAGACGGATTGCGCCGCCGTGGTCGAGGTTGCCTTCAATATCGTGCAGCAGGCAGGTCATCAGTGCCAGACGACGGGTGCCGGGCACCAGTTCGAGGCCGATAAACGCGCGGTGGATCTGGAAATCCTGCGTGTCGCCATCAAGGTCGTCCAGATCATTGGTTTGCGACTTAACATAGCGGTCGGCTTCAATCAAAAAGCCCGCCGTAcc < 2:58192/272‑1 (MQ=255) gtgcttAGGNGCGCCCATATGCTCCTTCGGCCGGGTTTCCCCGTCGCTACCCAGAGTGTTGCCCAGCCGGATTGCGCCGCCGTGGTCGAGGTTGCCTTCAATATCGTGCCGCAGGTAGTTCATCAGTGCCAGACGACGGGTGCCGGGCACCAGTTCGAGGCCGATAAACGCGCGGTGGATCTGGAAATCCTGCGGGTCGCCATCAAGGTCGTCCAGATCATTGGTTTGCGACTTAACATGGCGGTCGGCTTCAATCAAAAAGCCCGCCGTACCTg < 2:210642/271‑1 (MQ=255) gggTTAGTGGCGACAATATGCGCCTTCGGCAGGTTTTCACCGTCGCTACCCAGAGTGTTGCCCAGACGGATTGCGCCGCCGTGGTCGAGGTTGCCTTCAATATCGCCCAGAGGGCAGTTCATCAGTGCCAgacga < 1:402112/135‑1 (MQ=255) gagcggCGANAGTATGCGTCTTCGGCAGGTGTTCACCGTCGCTACCCGGAGTGTTGCCCAGACGGGTTGCGCCGCCGTGGTCGAGGTTGCCTTCAATATCGTGCAGCAGGCAGTTCATCAGTGCCAGACGACGGGTGCCGGGCACCAGTTCGAGGCCGATAAACGCGCGGTGGATCTGGAAATCCTGCGTGTCGCCATCAAGGTCGTCCAGATCATTGGTTTGCGACTTAACATAGCGGTCGGCTTCAATCAAAAAGCCCGCCGTACCTgccgcc < 2:208119/271‑1 (MQ=255) tgTGGCGACAATATGGGCCTTCGGCAGTTTTTCACCGTGTCTACCCAGAGTGTTGCCCAGACGGATTGCGCCGCCGTGGTCGAGGTTGCCTTCAATATCGTGCAGCAGGCAGTTCAGCAGTGCCAGACGACGGGTGCCGGGCCCCAGTTCGAGGCCGATAAACGCGCGGTGGATCTGGAAATCCTGCGTGTCGCCATCAAGGTCGTCCAGATCATTGGTTTGCGACTTAACATAGCGGTCGGCTTCAATCAAAAAGCCCGCCGTACCTgccgcc < 1:322315/273‑1 (MQ=255) aGTGGCGACAATATGCGCCTTCGGCGGGTTTTCACCGTCGCTACCCAGAGTTTTGCCCAGACGGATTGCGCC‑CCGTGGTCGAGGTTGCCTTCAATATCGGGCAGCAGGCAGTTCATCAGTGCCAGACGAAGGGTGCCGGGCACCAGTTCGAGGCCGATAAACGCGCGGTGGATCTGGAAATCCTGCGTGTCGCCATCAAGGTCGTCCAGATCATTGGTTTGCGACTTAACATAGCGGTCGGCTTCAATCAAAAAGCCCGCCGTACCTGccgccg < 1:117986/274‑1 (MQ=255) aCAATATGCGCCTTCGGCAGGTTTTCACCGTCGCTACCCAGAGTGTTGCCCAGACGGATTGCGCCGCCGTGGTCGAGGTTGCCTTCAATATCGTGCAgcaggcaccaacattacccgcacctttgttcacccgaccagcaacaaac < 1:365484‑M2/146‑50 (MQ=255) tatGCGCCTTCGGCAGGTTTTCACCGTCGCTACCCAGAGTGTTGCCCAGACGGATTGCGCCGCCGTGGTCGAGGTTGCCTTCAATATCGTGCAgcaggcaccaacattacccgcacctttgttcacccgaccagcaacaaacagtt > 2:365479‑M2/1‑93 (MQ=255) cGGCAGGTTTTCACCGTCGCTACCCAGAGTGTTGCCCAGACGGATTGCGCCGCCGTGGTCGAGGTTGCCTTCAATATCGTGCAGCAGGCAGt > 1:479772/1‑92 (MQ=255) aGGTTTTCACCGTCGCTACCCAGAGTGTTGCCCAGACGGATTGCGCCGCCGTGGTCGAGGTTGCCTTCAATATCGTGCAGCAGGCAGTtcat < 2:479765/92‑1 (MQ=255) gggacaggtgcAGGGTGTTGCCCAGCAGGATTGCGCCGCCGTGGTCGGTGTTGCCTTCAATATCGTGCAGCAGGCAGTGCATCAGTGCCAGACGACGGGGGCCGGGCACCAGTTCGAGGCCGATAAACGCGCGGTGGATCTGGAAATCCTGCGTGTCGCCATCAAGGTCGTCCAGATCATTGGTTTGCGACTTAACATAGCGGTCGGCTTCAATCAAAAAGCCCGCCGTACCTGCCGCCGGGTCCTGCACCACTTCACGCGGCTGCGGTTTcag < 1:227320/264‑1 (MQ=255) tCGCTACCCAGAGTGTTGCCCAGACGGATTGCGCCGCCGTGGTCGAGGTTGCCTTCAATATCGTGCAGCAGGCAGTTCATCAGTGCCAga > 2:256330/1‑90 (MQ=255) tACCCAGAGTGTTGCCCAGACGGATTGCGCCGCCGTGGTCGAGGTTGCCTTCAATATCGTGCAGCAGGCAGTTCATCAGTGCCAgacgac < 1:256332/90‑1 (MQ=255) ctgtgtgtTGCCCAGACGTGTTTCGCCGCTGTGGTCTAGGTTGCCTTCAATATCGTGCATCAGGCAGTTCAGCAGTGCCAGACGACGGGTGNCGGGCACCAGGTCGAGGCTCATAAACGCGCGGTGGATCTGGAAATCCTGCGTGTCGCCATCAAGGTCGTCCAGATCAGTGGTTTGCGACTTAACATAGCGGTCGGCTTCAATCAAAAAGCCCGCCGTACCTGCCGCCGGGTCCTGCACCACTTCACGCGGCTGCGGTTTCAGCAGATGaataa < 1:443000/271‑1 (MQ=255) agTGTTGCCCAGACGGATTGCGCCGCCGTGGTCGAGGTTGCCTTCAATATCGTGCAGCAGGCAGTTCATCAGTGCCAGACGACGGGTGCCGGGCACCAGTTCGAGGCCGATCAACGCGCGGTGGATCTGGAAATCCTGCGTGGCGCCATCAAGgt > 2:332570/1‑155 (MQ=255) tgtTGCCCAGACGGATTGCGCCGCCGTGGTCGAGGTTGCCTTCAATATCGTGCAGCAGGCAGTTCATCAGTGCCAGACGACGGGTGCCGGGCACCAGTTCGAGGCCGATAAAcg > 1:433786/1‑114 (MQ=255) ttGCCCAGACGGATTGCGCCGCCGTGGTCGAGGTTGCCTTCAATATCGTGCAGCAGGCAGTTCATCAGTGCCAGACGACGGGTGCCGGGCACCAGTTCGAGGCCGATAAACGCGCGGTGGATCTGGAGATCCTGCGTGTCGCCATCAAGgtcgtc < 1:332575/155‑1 (MQ=255) gCCCAGACGGATTGCGCCGCCGTGGTCGAGGTTGCCGTCAATATCGTGCAGCAGGCAGTTCATCAGTGCCAGACGACGGGTGCCGGGCACCAGTTCGAGGCCGATAAAcgcgcg < 2:433779/114‑1 (MQ=255) aGACGGATTGCGCCGCCGTGGTCGAGGTTGCCTTCAATATCGTGCAGCAGGCAGTTCATCAGTGCCAGACGACGGGTGCCGGGCACCAGTTCGAGGCCGATAAACGCGCGGTGGATCTGGAAATCCTGCGTGTCGCCATCAAGGTCGTCCAGATCATTGGTTTGCGACTTAACATAGCGGTCGGCTTCAATCAAAAAGCCCGCCGTACATGCCGCCGGGTCCTGCACCACTGCACGCGGCTGCGGGTTCCGGAGATGAATAATggggattaaaag > 2:76484/1‑265 (MQ=255) ggATTGCGCCGCCGTGGTCGAGGTTGCCTTCAATATCGTGCAGCAGGCAGTTCATCAGTGCCAGACGACGGGTGCCGGGCACCAGTTCGAGGCCGATAAACGCGCGGTGGATCTGGAAATCCTGCGTGTCGCCATCAAGGTCGTCCAGATCATTGGTTTGCGACTTAACATAGCGGTCGGCTTCAATCaaaa > 2:542870/1‑192 (MQ=255) aTTGCGCCGCCGTGGTCGAGGTTGCCTTCAATATCGTGCAGCAGGCAGTTCATCAGTGCCAGACGACGGGTGCCGGGCACCAGTTCGAGGCCGATAAACGCGCGGTGGATCTGGAAATCCTGCg > 1:448319/1‑124 (MQ=255) ttGCGCCGCCGTGGTCGAGGTTGCCTTCAATATCGTGCAgcaggcaccaacattacccgcacctttgttcacccgaccagcaacaaac < 2:436527‑M2/88‑50 (MQ=255) 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atttCGTGCAGCAGGCAGTTCATCAGTGCCAGACGACGGGTGCCGGGCACCAGTTCGAGGCCGATAAACGCGCGGTGGATCTGGAAATCCTGCGTGTCGCCATCAAGGTCGTCCAGATCATTGGTTTGCGACTTAACATAGCGGTCGGCTTCAATCAAAAAGCCCGCCGTACCTGCCGCCGGGTCCTGCACCACTTCACGCGGCTGCGGTTTCAGCAGATGAATAATGGTTTTAATCAGCGGACGCGGGGTGAAGTACTGGCCTGCACCAGACt < 1:76484/271‑1 (MQ=255) tatCGTGCAGCAGGCAGTTCATCAGTGCCAGACGACGGGTGCCGGGCACCAGTTCGAGGCCGATa > 1:237093/1‑65 (MQ=255) tCGTGCAGCAGGCAGTTCATCAGTGCCAGACGACggg < 1:113846/37‑1 (MQ=255) cGTGCAGCAGGCAGTTCATCAGTGCCAGACGACGGGTGCCGGGCACCAGTTCGAGGCCGATAAACGCGCGGTGGATCTGGAAATCCTGCGTGTCGCCATCAAGGTCGTCCAGATCATTGGTTTGCGACTTAACATAGCGGTCGGCTTCAATCAAAAAGCCCGCCGTACCTGCCGCCGGGTCCTGCACCACTTCACGCGGCTGCGGTTTCAGCAGATGAATAATGGTTTTAATCAGCGGACGCGGGGTGAAGTACTGGCCTGCACCAGACTTGGt > 1:363706/1‑274 (MQ=255) gTGCAGCAGGCAGTTCATCAGTGCCAGACGACGGGTGCCGGGCACCAGTTCGAGGCCGATAAAcg < 2:237091/65‑1 (MQ=255) agcagGCAGTTCATCAGTGCCAGACGACGGGTGCCGGGCACCAGTTCGAGGCCGATAAACGCGCGGTGGATCTGGAAATCCTGCGTGTCGCCATc > 1:437728/1‑95 (MQ=255) | TTTGCCGCCTTCAAACAGCACGTTATCCGGCACCACCACCGCCGCACGACCGCCGGGATGCAGCGTTTCGATAATATGCTGCATAAAGCACAACTGTTTGTTGCTGGTCGGGTGAACAAAGGTGCGGGTAATGTTGGTGCCTGCGGCGCTGCCAAACGGCGGGTTAGTGGCGACAATATGCGCCTTCGGCAGGTTTTCACCGTCGCTACCCAGAGTGTTGCCCAGACGGATTGCGCCGCCGTGGTCGAGGTTGCCTTCAATATCGTGCAGCAGGCAGTTCATCAGTGCCAGACGACGGGTGCCGGGCACCAGTTCGAGGCCGATAAACGCGCGGTGGATCTGGAAATCCTGCGTGTCGCCATCAAGGTCGTCCAGATCATTGGTTTGCGACTTAACATAGCGGTCGGCTTCAATCAAAAAGCCCGCCGTACCTGCCGCCGGGTCCTGCACCACTTCACGCGGCTGCGGTTTCAGCAGATGAATAATGGTTTTAATCAGCGGACGCGGGGTGAAGTACTGGCCTGCACCAGACTTGGT > CP009273/4571906‑4572442 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |