New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 127834 = | 61 (1.590) | 4 (0.110) | 4/298 | NT | 7.6% | intergenic (‑87/‑268) | yacH/acnB | uncharacterized protein/bifunctional aconitate hydratase 2/2‑methylisocitrate dehydratase |
? | CP009273 | 127989 = | 40 (1.100) | intergenic (‑242/‑113) | yacH/acnB | uncharacterized protein/bifunctional aconitate hydratase 2/2‑methylisocitrate dehydratase |
AGGTGCGGAAACCGTTGCAGGAAACGTAACCGCGGCAGCGTCAGACACAGCCAGTTGTGTCGATTGCGGTTCCACAGGCGCTTCCACTGTGCGGCTTTTTATATATAGCCCGGTAGAGGCGGCACAAAGCCCGGCACTGCAAATTAGCGCCAGCACATGGGGTTTAAACGGCAAAGTCATTTTCATAATTCGGATCTCAAGGAAATCGCAATGGTCGGCGAACTGCCACCCGCAGGTGCTGTGAATCCGAGTATAAAGAGGCGGTAGTTTAAATTTTGACTAATCTTGGGATTCGTTGAGAAAGGTGATTATCACCATGCGAATTAACGAAGTTTTTACGGAGGGAAACAATCTCTAGACCATCCTTAACGATTCAGCCACTTTTTTATGTTGCTTTTTTGTAAACAGATTAACACCTCGTCAAAATCCTGCTATTCTGCCCGTTGCGGTACTGGGCATTTACCCTACAAACTGCTGTCTCACAGGAGCGTGAAGAGAATCGCCTGCCGCACTATGACAATGAGAGCGAGGAGAACCGTCGTGC > CP009273/127562‑128105 | aacacggtttgttaacagatctaacaggaattcttcgtcgcccgcgggcgggtttttcagcatgtctacaagttcggccatttggtttgcatccaggggtttgggcgcaatcccctcagcggcacgctcagctacgtgcttaaggtattcttctagcacgacggttctcctcgctctcattgtcatagtgcggcaggcgattctcttcacgctcctgtgagacagcagtttgtagggtaaatgcccagtaccgcaacgggcagaatagcaggAtt > 1:287981‑M1/273‑275 (MQ=255) tGCGGAAACCGTTGCAGGAAACGTAACCGCGGCAGCGTCAGACACAGCCAGTTGTGTCGATTGCGGTTCCACAGGCGCTTCCACTGTGCGGCTTTTTATATATAGCCCGGTAGAGGCGGCACAAAGCCCGGCACTGCAAATTAGCGCCAGCACATGGGGTTTAAACGGCAAAGTCATTTTCATAATTCGGATCTCAAGGAAATCGCAATGGTCGGCGAACTGCCACCCGCCGGTGCTGGGAATCCGAGTATAAAAAGGAGGAAATTTAAAttttt > 1:14121/1‑274 (MQ=255) gTTGCAGGAAACGTAACCGCGGCAGCGTCAGACACAGCCAGTTGTGTCGATTGCGGTTCCACAGGCGCTTCCACTGTGCGGCTTTTTATATATAGCCCGGTAGAGGCGGCACAAAGCCCGGCACTGCCAATTAGCGCCAGCACCTGAAGTTTAAACGGNAAAGTCATTTTCATAATTCGGATCTCAAGGAAATAGCAATGGTCGGCGAACTGACACCCGCAGGTGCTGTGAATCCTAGTATAAAGAGGCGGTAGATTAAATTTACACTAAtaatg > 1:669524/1‑271 (MQ=255) gtCGATTGCGGTTCCACAGGCGCTTCCACTGTGCGGCTTTTTATATATAGCCCGGTAGAGGCGGCACAAAGCCCGGCACTGCAAATTAGCGCCAGCACATGGGGTTTAAACGGCAAAGTCATTTTCATAATTCGGATCTCAAGGAAATCGCAATGGTCGGCGAACTGCCACCCGCAGGTGCTGTGAATCCGAGTATAAAGAGGCGGTAGTTTAAATTTTGACTAATCTTGGGATTCGTTGAGAAAGGTGATTATCACCATGCGAATTAACGAAGt > 1:98470/1‑275 (MQ=255) ttcagacggCGCTTCCACTGTGCGGCTTTTTAGATATTGCCCGGTAGAGGCGGCACAAAGCCCGGCACTGCAAATTAGCGCCAGCACATGGGGTTTAAACGGCAAAGTCATTTTCATAATTCGGATCTCAAGGAAATCGCAATGGTCGGCGAACTGCCACCCGCAGGTGCTGTGAATCCGAGTATAAAGAGGCGGTAGTTTAAATTTTGACTAATCTTGGGATTCGTTGAGAAAGGTGATTATCACCATGCGAATTAACGAAGTTTTTACGGa < 2:98469/266‑1 (MQ=255) agcgccTTCCCCTGTGAGGCTTTTTATCTTTGCCCCGTTAGAGGCGGCACAAAGCCCGGAACTGCAAATTAGCGCCAGCACATGGGGTTTAAACGGCAAAGTCATTTTCATAATTCGGATCTCAAGGAAATCGCAATGGTCGGCGAACTGCCACCCGCAGGTGCTGTGAATCCGAGTATAAAGAGGCGGTAGTTTAAATTTTGACTAATCTTGGGATTCGTTGAGAAAGGTGATTATCACCATGCGAATTAACGAAGTTTTTACGGAGGGAAAc < 2:166805/269‑1 (MQ=255) tgCGGCTTTTTATATATAGCCCGGTAGAGGCGGCACAAAGCCCGGCACTGCAAATTAGCGCCAGCACATGGGGTTTAAACGGCAAAGTCATTTTCATAATTCGGATCTCAAGGAAATCGCAATGGTCGGCGAACTGCCACACGCAGGTGCTGTGAATCCGAGTATAAAGAGGCGGTAGTTTAAATTTTGACTAATCTTGGGATTCGTTGAGAAAGGTGATTATCACCATTCGAATTAACGAAGTTTTTACGGAGGGAAACaaaccatagaacaa > 1:692307/1‑262 (MQ=255) tttgggcgcaatcccctcagcggcacgctcagctacgtgcttacggtattcttctagcacgacggttctcctcgctctcattgtcatagtgcggcaggcgattctcttcacgctcctgtgagacagcagtttgtagggtaaatgcccagtaccgcaactggcagaatagcaggATTTTGACTAATCTTGGGATTCGTTGAGAAATGTGATTATCACCATGCGAATTAACGAAGTTTTTACGGAGGGAAAAAACTTATAGACCATCCttaacttta < 2:495959‑M1/102‑5 (MQ=255) tataCCACGGGAGAGGCGGCACAAAGCCCGGCACTGCAAATTAGCGGCAGCACATGGGGTTTAAACGGCAAAGTCATTTTCATAATTCGGATCTCAAGGAAATCGCAATGGTCGGCGAACTGCCACCCGCAGGTGCTGTGAATCCGAGTATAAAGAGGCGGTAGTTTAAATTTTGACTAATCTTGGGATTCGTTGAGAAAGGTGATTATCACCATGCGAATTAACGAAGTTTTTACGGAGGGAAACAATCTCTAGACCATCCTTAACGATTCAGc < 2:14121/275‑1 (MQ=255) aGCCCGGTAGAGGCGGCACAAAGCCCGGCACTGCGAATTAGCGCCAGCACATGGGGTTTAAACGGCAAAGTCATTTTCATAATTCGGATCTCAAGGAAATCGCAATGGTCGGCGAACTGCCACCCGCAGGTGCTGTGAATCCGAGTATAAAGAGGCGGTAGTTTAAATTTAGACTAATCTTGGNATTCGTTGNGAAAGGTGATTATCACCATGCGAATTAACGAAGTTTTTACGGAGGGAAACAATCTCTAGACCATCCTTAACGATTCAGCCAc > 1:462625/1‑275 (MQ=255) 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ttacggtattcttctagcacgacggttctcctcgctctcattgtcatagtgcggcaggcgattctcttcacgctcctgtgagacagcagtttgtagggtaaatgcccagtaccgcaacgggcagaatagcaggAtt < 2:433801‑M1/3‑1 (MQ=255) ggtattcttctagcacgacggttctcctctctctcattgtcatagtgcggcaggcgattctcttcacgctcctgtgagacagcagtttgtagggtaaatgcccagtaccgcaacgggcagaatagcaggATTTTGa > 1:433808‑M1/130‑136 (MQ=255) gCACATGGGGTTTAAACGGCAAAGTCATTTTCATAATTCGGATCTCAAGGAAATCGCAATGGTCGGCGAACTGCCACCCGCAGGTGCTGTGAATCCGAGTATAAAGAGGCGGTAGTTTAAATTTTGACTAATCTTGGGATTCGTTGAGAAAGGTGATTATCACCATGCGAATTAACGAAGTTTTTACGGAGGGAAACAATCTCTAGACCATCCTTAACGATTCAGCCACTTTTTTATGTTGCTTTTTTGTAAACAGATTAACACCTCGTCaaaa > 2:670363/1‑274 (MQ=255) aaaCGGCAAAGTCATTTTCATAATTCGGATCTCAAGGAAATCGCAATGGTCGGCGAACTGCCACCCGCAGGTGCTGTGAATCCGAGTATAAAGAGGCGGTAGTTTAAATTTTGACTAATCTTGGGATTCGt > 1:270511/1‑131 (MQ=255) ggCAAAGTCATTTTCATAATTCGGATCTCAAGGAAATCGCAATGGTCGGCGAACTGCCACCCGCAGGTGCTGTGAATCCGAGTATAAAGAGGCGGTAGTTTAAATTTTGACTAATCTTGGGATTCGTTgag < 2:270506/131‑1 (MQ=255) gCAAAGTCATTTTCATAATTCGGATCTCAAGGAAATCGCAATGGTCGGCGAACTGCCACCCGCAGGTGCTGTGAATCCGAGTATAAAGAGGCGGTAGTTTAAATTTTGACTAATCTTGGGATTCGTTGAGAAAGGTGATTATCACCATGCGAATTAACGAAGTTTTTACGGAGGGAAACAATctct > 1:324580/1‑186 (MQ=255) gCAAAGTCATTTTCATAATTCGGATCTCAAGGAAATCGCAATGGTCGGCGAACTGCCACCCGCAGGTGCTGTGAATCCGAGTATAAAGAGGCGGTAGTTTAAATTTTGACTAATCTTGGGATTCGTTGAGAAAGGTGATAATCACCATGCGAATTAACGAAGTTTTTACGGAGGGa > 1:595907/1‑176 (MQ=255) aGTCATTTTCATAATTCGGATCTCAAGGAAATCGCAATGGTCGGCGAACTGCCACCCGCAGGTGCTGTGAATCCGAGTATAAAGAGGCGGTAGTTTAAATTTTGACTAATCTTGGGATTCGTTGAGAAAGGTGATTATCACCATGCGAATTAACGAAGTTTTTACGGAGGGAAACa < 2:595898/176‑1 (MQ=255) aGTCATTTTCATAATTCGGATCTCAAGGAAATCGCAATGGTCGGCGAACTGCCACCCGCAGGTGCTGTGAATCCGAGTATAAAGAGGCGGTAGTTTAAATTTTGACTAATCTTGGGATTCGTTGAGAAAGGTGATTATCACCATGCGAATTAACGAAGTTTTTACGGAGGGAAACAATCTCTAGAc < 2:324574/186‑1 (MQ=255) atagtgcggcaggcgattctcttcacgctcctgtgagacagcagtttgtagggtaaatgcccagtaccgcaacgggcagaatagcaggAtttt < 2:374502‑M1/5‑1 (MQ=255) agtgcggcaggcgattctcttcacgctcctgtgagacagcagtttgtagggtaaatgcccagtaccgcaacgggcagaatagcaggATTTTGACTAATCTTGGGATTCGTTGAGAAAGGTGATTATCACCATGCGAATTAACGAAGTTTTTACGGAGGGAAACAATCTCTAGACCATCCTTAACGATTCAGCCACTTTTTTATGTTGCTTTTTTGTa < 2:52880‑M1/131‑1 (MQ=255) aaTTCGGATCTCAAGGAAATCGCAATGGTCGGCGAACTGCCACCCGCAGGTGCTGTGAATCCGAGTATAAAGAGGCGGTAGTTTAAATTTTGACTAATCTTGGGATTCGTTGAGAAAg > 2:444347/1‑118 (MQ=255) aTTCGGTGCTCAAGGAAATCGCAATGGTCGGCGAACTGCCACCCGCAGGGGCTGTGAATCCGAGTATAAAGAGGCGGTAGTTNAAATTTTGNCTAATCTTGGGATTCGTTGAGAAAGGTGATTATCACCATGCGAATTAACGAAGTTTTTACGGAGGGAAACAATCTCTAGACCATCCTTAACGATTCAGCCACTTTTTTATGTTGCTTTTTTGTAAACAGATTAACACCTCGTCAAAATCCTGCTATACTGCCCGTTGCGGTACTGGGCATTTa < 1:477124/275‑1 (MQ=255) ttCGGATCTCAAGGAAATCGCAATGGTCGGCGAACTGCCACCCCCAGGTGCTGTGAATCCGAGTATAAAGAGGCGGTAGTTTAAATTTTGACTAATCTTGGGATTCGTTGAGAAAGGTGATTATCACCATGCGAATTAACGAAGTTTTTACGGAGGGAAACAATCTCTAGACCATCCTTAACGATTCAGCCACTTTTTTATGTTGATTTTTTg > 2:487791/1‑213 (MQ=255) tgcggcaggcgattctcttcacgctcctgtgagacagcagtttgtagggtaaatgcccagtaccgcaacgggcagaatagcaggAtttt < 1:475744‑M1/5‑1 (MQ=255) cggcaggcgattctcttcacgctcctgtgagacagcagtttgtagggtaaatgcccagtaccgcaacgggcagaatagcaggATTTTGACTAATCTTGGGATTCGTTGAGAAAGGTGATTATCACCATGCGAATTAACGAAGTTTTTACGGAGGGAAACAATCTCTAGACCATCCTTAACGATTCAGCCACTTTTTTATGTTGCTTTTTTGTAAACa > 1:52880‑M1/83‑217 (MQ=255) cGGATCTCAAGGAAATCGCAATGGTCGGCGAACTGCCACCCGCAGGTGCTGTGAATCCGAGTATAAAGAGGCGGTAGTTTAAATTTTGACTAATCTTGGGATTCGTTGAGAAAGGTGa < 1:444354/118‑1 (MQ=255) gATCTCAAGGAAATCGCAATGGTCGGCGANCTGCCACCCCCAGGTGCTGTGAATCCGAGTATAAAGAGGCGGTAGTTTAAATTTTGACTAATCTTGGGATTCGTTGAGAAAGGTGATTATCACCATGCGAATTAACGAAGTTTTTACGGAGGGAAACAATCTCTAGACCATCCTTAACGATTCGTCCACCTTTTTATTTTGCTTTTTTGTaaa < 1:487798/213‑1 (MQ=255) aTCTCAAGGAAATCGCAATGGTCGGCGAACTGCCACCCGCAGGTGCTGTGAATCCGAGTATAAAGAGGCGGTAGTTTAAATTTTGACTAATCTTGGGATTCGTTGAGaa > 2:610019/1‑109 (MQ=255) 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tAAATTTTTACTAATCTTTGGATTCGTTGAGAAAGGTGATTATCACCATGCGAATTAACGAAGTTTTTACGGAGGGAAACAATCTCTAGACCATCCTTAACGATTCAGCCACTTTTTTATGTTGCTTTTTTGTAAACAGATTAACACCTCGTCAAAATCCTGCTATTCTGCCCGTTGCGGTACTGGGCATTTACCCTACAAACTGCTGTCTCACAGGAGCGTGAAGAGAATCGCCTGCCGCACTATGACAATGAGAGCGAGGAGAACCGTCGTGc < 1:349275/275‑1 (MQ=255) | AGGTGCGGAAACCGTTGCAGGAAACGTAACCGCGGCAGCGTCAGACACAGCCAGTTGTGTCGATTGCGGTTCCACAGGCGCTTCCACTGTGCGGCTTTTTATATATAGCCCGGTAGAGGCGGCACAAAGCCCGGCACTGCAAATTAGCGCCAGCACATGGGGTTTAAACGGCAAAGTCATTTTCATAATTCGGATCTCAAGGAAATCGCAATGGTCGGCGAACTGCCACCCGCAGGTGCTGTGAATCCGAGTATAAAGAGGCGGTAGTTTAAATTTTGACTAATCTTGGGATTCGTTGAGAAAGGTGATTATCACCATGCGAATTAACGAAGTTTTTACGGAGGGAAACAATCTCTAGACCATCCTTAACGATTCAGCCACTTTTTTATGTTGCTTTTTTGTAAACAGATTAACACCTCGTCAAAATCCTGCTATTCTGCCCGTTGCGGTACTGGGCATTTACCCTACAAACTGCTGTCTCACAGGAGCGTGAAGAGAATCGCCTGCCGCACTATGACAATGAGAGCGAGGAGAACCGTCGTGC > CP009273/127562‑128105 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |