New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 2204247 = | 30 (0.780) | 6 (0.170) | 4/294 | NT | 17.1% | pseudogene (1669/2001 nt) | yehQ | pseudogene |
? | CP009273 | 2204513 = | 30 (0.830) | pseudogene (1935/2001 nt) | yehQ | pseudogene |
AACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATG‑CCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCAGAAACTACGCCTGTGGCACCGCTACCTTCTGCCAGCGTTTTGCCTGTGCCGTCTACTGCTCATCAGTTGCTGATACGCTGCCAGGCGTTACTTATTCAACTGCTCCATAACGGCTGGCGCTATCAGGAACAGAGTGCTATTGGTCAGGCATAGTTGCTGGCGAATGACCTCACCGCGGTGGGTTTTTATCGGCTGGCACATGTGTTGGGACAATTTCGTAATACAGAAAGCGAGGC > CP009273/2203983‑2204506 | aaattatttgtTGGGCCGGTGGTTGCGTGTGTTTCGCTTGGTGGGGACGTCGGCCGCCGTGCGCTGTATGCGAGTGTCATGATCGGCGAAGGGGAAGATAATGGTCTGACGTTAGCATTACCAGCCTCAGCCATCGCACCTTATG‑CCGGTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCGTGCCt < 2:601724/271‑1 (MQ=255) atttattCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATG‑CCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGGTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGCAGGGCAATTGATACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCATACCTGGgcgc > 1:137241/1‑275 (MQ=255) tGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATG‑CCGTTGAACGCATGGCGGCGNTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCGt > 1:601733/1‑257 (MQ=255) tGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATG‑CCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCGTGCTTGGGCGCTGGACGCa > 1:315682/1‑275 (MQ=255) ccGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGGTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATG‑CCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGCGATGATGACAACATCCCGTTCCTGGGCGCTGGACgaacc > 2:325273/1‑271 (MQ=255) tCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATG‑CCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTTACACTGGAACCACGGGTGATCATGCAAAAAAACCGTGCCGGGGCGCGGGAGTCAGAAACAACGCCtctttcacccctt > 2:592433/1‑263 (MQ=255) gACGCTGGTTGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGTGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCTCACCTTATG‑CCGTTGAACGCATGGCGGCGCTGTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCAGAAACTACGCCTGTGGCACCGCTACCTTCTGCCAGCGTTTTGCCt < 1:592442/274‑1 (MQ=255) cgcAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGAAGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCCGTTGGACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCAGAAACTACGCCTGTgg < 1:693463/235‑1 (MQ=255) gcgAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATG‑CCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCAGAAACTACGCCTGTGGCACCGCTACCTTCTGCCAGCGTTTTGCCTGTGCCGTCACCTGCTCAGCCGttcgct > 2:79311/1‑271 (MQ=255) tgCTTACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATG‑CCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCAGAAACTACGCCTGTGGCACCGCTACCTTCTGCCAGCGTTTTGCCTGTGCCGTCTACTGCTCATCAGTTGCTGATACGCTGCCAGGCGtt < 1:325279/274‑1 (MQ=255) tgCTTACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATG‑CCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCAGAAACTACGCCTGTGGCACCGCTACCTTCTGCCAGCGTTTTGCCTGTGCCGTCTACTGCTCATCAGTTGCTGATACGCTGCCAGGCGtt < 1:79312/274‑1 (MQ=255) cTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATG‑CCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGTGGTGATGACAAANACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCAGAAACTACGCCTGTGGCACCGCTACCTTCTGCCAGCGTTTTGCCTGTGCCGTCTACTGCCCATCAGTTGCTGATACGCTGCCAAGCGTTACt > 1:669413/1‑275 (MQ=255) tGACGTTATCATTACCCGCCTCAGCCAGAGCACCTTATG‑CCGTGAAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCAGNAACTACGCCTGTGGCACCGCTACCTTc > 1:524293/1‑211 (MQ=255) gTTATCATTACCATCCTCAGCCAGCGCACCGTATG‑CCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAACCGGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGTAATGATGACAAAAACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCAGAAACTACGCCTGTGGCACCGCTACCTTCTGcc < 2:524286/211‑1 (MQ=255) aGCCTCAGCCAGCGCACCTGATG‑CCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCAGAAACTACGCCTGTGGCACCGCTACCTTCTGCCAGCGTTTTGCCTGTGCCGTCTACTGCTCATCAGTTGCTg < 1:355357/238‑1 (MQ=255) ccTCAGCCAGCGCACCTTATG‑CCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGAAACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCGTGCCTGGGAGCTGGACGCAGAAACTACGCCTGTGGCACCGCTACCTTCTGCCAGCGTTTTGCCTGTGCCGTCTCCTGCTCATCAGTTGCTGATACGGTGCCAGGCGGTACTTATTCACCtcacatctat > 2:102783/1‑265 (MQ=255) ccTCAGCCAGCGCACCTTATG‑CCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAG‑TTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAACACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCAGAAACTACGCCTGTGGCACCGCTCCCTTCTGCCAGCGTTTTGCCTGTGCCGTCTACTGCTCATCAGTTGCTGATACGATGCCAGGCGGTCCTTATACAAATGCTCCacacag > 1:458661/1‑270 (MQ=255) agcGCACCGTATG‑CCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGGTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCGGGCCTGGGCGCTGGACGCAGAAACTACGCCTGTGGCACCGCTACCTTCTGCCAGCGTTTTGCCTGTGCCGTCTACTGCTCATCAGTTGCTGATACGCTGCCAGGCGTTACTTATTCAACTGCTCCATAACGGCTGgcg < 1:591804/275‑1 (MQ=255) ccGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGAAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCGTGCTTGGGCGCTGGACGCAGAAACTACGCCTGTGGCACCGCTACCTTCTGCCAGCGTTTTGCCTGTGCCGTCTACTGCTCATCAGTTGCTGATACGCTGCCAGGCGTTACTTATTCAACTGCTCCATAACGGCTGGCGCTATCAGGaa < 2:315676/272‑1 (MQ=255) gTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCAGAAACTACGCCTGTGGCACCGCTACCTTCTGCCAGCGTTTTGCCTGTGCCGTCTAc > 2:167728/1‑197 (MQ=255) aaCGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCAGAAACTACGCCTGTGGCACCGCTACCTTCTGCCAGCGTTTTGCCTGTGCCGTCTACTGCt < 1:167731/197‑1 (MQ=255) aTGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCAGAAACTACGCCTGTGGCACCGCTACCTTCTGCCAGCGTTTTGCCTGTGCCGTCTACTGCTCATCAGTTGCTGATACGCTGCCAGGCGTTACTTATTCAACTGCTCCATAACGGCt > 2:587325/1‑247 (MQ=255) cggcgCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCAGAAACTACGCCTGTGGCACCGCTACCTTCTGCCAGCGTTTTGCCTGTGCCGTCTACTGCTCATCAGTTGCTGATACGCTGCCAGGCGTTACTTATTCAACTGCTCCATAACGGCTGgcg < 1:587334/247‑1 (MQ=255) ggcgCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCAGAAACTACGCCTGTGGCACCGCTACCTTCTGCCAGCGTTTTGCCTGTGCCGTCTACTGCTCATCAGTTGCTGATACGCTGCCAGGCGTTACTTATTCCACTGCTCCATAACGGCTGGCGCTATCAGGAACAGAGTGCTATTGGTCAgg > 1:31777/1‑275 (MQ=255) atccttgttgctgaagcatggggaataattgttcgcaaagcaaaacaccgttattcattgcttctACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCAGAAACTACGCCTGTGGCACCGCTACCTTCTGCCAGCGTTTTGCCTGTGCCGTCTACTGCTCATCAGTTGCTGATACGCTGCCAGGCGTTACTTATTCAACTGCTCCATAACGGCTGGCGCTATCAGGAACAGAGTGCTATTg < 2:605400‑M1/166‑1 (MQ=255) tccttgttgctgaagcatggggaataattgttcgcaaagcaaaacaccgttattcattgcttctACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCAGAAACTACGCCTGTGGCACCGCTACCtt < 2:132032‑M1/52‑1 (MQ=255) tccttgttgctgaagcatggggaataattgttcgcaaagcaaaacaccgttattcattgcttctACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCAGAAACTACGCCTGTGGCACCGCTACCtt < 2:232759‑M1/52‑1 (MQ=255) ttgttgctgaagcatggggaataattgttcgcaaagcaaaacaccgttattcattgcttctACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCAGAAACTACGCCTGTGGCACCGCTACCTTCTGCCAGCGTTTTGCCTGTGCCGTCTACTGCTCATCAGTTGCTGATACGCTGCCAGGCGTTACTTATTCAACTGCTCCATAACGGCTGGCGCTATCAGGAACAGAGTGCTATTGGTCa > 1:605409‑M1/62‑231 (MQ=255) tgttgctgaagcatggggaataattgttcgcaaagcaaaacaccgttattcattgcttctACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCAGAAACTACGCCTGTGGCACCGCTACCTTCTGc > 1:232764‑M1/61‑116 (MQ=255) tgttgctgaagcatggggaataattgttcgcaaagcaaaacaccgttattcattgcttctACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCAGAAACTACGCCTGTGGCACCGCTACCTTCTGc > 1:132033‑M1/61‑116 (MQ=255) ggCAATTGACAATGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCAGAAACTACGCCTGTGGCACCGCTACCTGCTGCCAGTGTTTTGCCTGTGCCGTCTACTGCTCATCAGTTGCTGATACGCTGCCAGGCGTTACTTATTCAACTGCTCCATAACGGCTGGCGCTATCAGGAACAGAGTGCTATTGGTCAGGCATAGTTGCTGGCGAATGACCTCACCGCGGTGGGTTTTTATCGGCTGGCACATGTGTTGGGACaa < 1:358916/275‑1 (MQ=255) aTTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCAGAAACTACGCCTGTGGCACCGCTACCTTCTGCCAGCGTTTTGCCTGTGCCGTCTACTGCTCATCAGTTGCTGATACGCTGCCAGGCGTTACTTATTCAACTGCTCCATAACGGCt > 1:459989/1‑173 (MQ=255) acacTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCAGAAACTACGCCTGTGGCACCGCTACCTTCTGCCAGCGTTTTGCCTGTGCCGTCTACTGCTCATCAGTTGCTGATACGCTGCCAGGCGTTACTTATTCAACTGCTCCATAACGGCTGgcg < 2:459982/173‑1 (MQ=255) cGGGTGATGATGACAAAAACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCAGAAACTACGCCTGTGGCACCGCTACCTTCTGCCAGCGTTTTGCCTGTGCCg > 2:110682/1‑93 (MQ=255) gTGATGATGACAAAAACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCAGAAACTACGCCTGTGGCACCGCTACCTTCTGCCAGCGTTTTGCCTGTGCCGTCTACTGCTCATCAGTTGCTGATACGCTGCCAGGCGTTACTTATTCAACTGCTCCATAACGGCTGGCGCTATCAGGAACAGAGTGCTATTGGTCAGGCATAGTTGCTGGCGAATGACCTCACCGCGGTGGGTTTTTATCGGCTGGCACATGTGTTGGGACAATTTCGTAATACAGAAAGCGAGGc < 1:102784/275‑1 (MQ=255) tgatgatgaCAAAAACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCAGAAACTACGCCTGTGGCACCGCTACCTTCTGCCAGCGTTTTGCCTGTGCCGTCTa < 1:110683/93‑1 (MQ=255) aaaCCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCAGAAACTACGCCTGTGGCACCGCTACCTTCTGCCAGCGTTTTGc > 1:203426/1‑69 (MQ=255) | AACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATG‑CCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCAGAAACTACGCCTGTGGCACCGCTACCTTCTGCCAGCGTTTTGCCTGTGCCGTCTACTGCTCATCAGTTGCTGATACGCTGCCAGGCGTTACTTATTCAACTGCTCCATAACGGCTGGCGCTATCAGGAACAGAGTGCTATTGGTCAGGCATAGTTGCTGGCGAATGACCTCACCGCGGTGGGTTTTTATCGGCTGGCACATGTGTTGGGACAATTTCGTAATACAGAAAGCGAGGC > CP009273/2203983‑2204506 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |