New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 2607606 = | 26 (0.680) | 4 (0.110) | 4/298 | NT | 15.8% | coding (314/849 nt) | focB | putative formate transporter |
? | CP009273 | 2608243 = | 18 (0.490) | coding (998/1062 nt) | yfgO | putative UPF0118 family inner membrane permease |
CGCCCATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCTGGCGTGTTTATGGCGATCGGATTTACTTTTTACCTTTCCGTTATCGCCGATGCCCCGTCTTCACAGGCATTAACCCATCTGGTGGGCGGCCTTTGCTTTACACTCGGCTTTATTTTGCTGGCGGTTTGCGGCACCAGCCTGTTCACCTCGTCGGTAATGACGGTGATGGCAAAAAGTCGGGGCGTTATTAGTTGGCGAACTTGGCTGATTAACGCACTTCTGGTGGCCTGCGGTAATCTGGCAGGTATTGCCTGTTTCAGTTTGTTAATCTGGTTTTCCGGGCTGGTGATGAGTGAAAACGCGATGTGGGGAGTCGCGGTTTTACACTGCGCCGAGGGCAAAATGCATCATACATTTACTGAATCTGTCAGCCTCGGCATTATGTGCAATCTGATGGTTTGCCTGGCGCTGTGGATGAGTTATTGCGGGCGTTCGTTATGCGACAAAA > CP009273/2607361‑2607863 | cgccCATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCTGGCGTGTTTATGGCGATCGGATTTACTTTTTACCTTTCCGTTATCGCCGATGCCCCGTCTTCACAGGCATTAACCCATCTGGTGGGCGGCCTTTGCTTTACACTCGGCTTTATTTTGCTGGCGGTTTGCGGCACCAGCCTGTTCACCTCGTCGGTAATGACGGTGATGGCAAAAAGTCTGGGCGTTATTATTTGGCGAACTTGGCTGCTTCACGCACTTc > 1:53241/1‑275 (MQ=255) gTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCTGGCGTGTTTATGGCGATCGGATTTACTTTTTACATTTCCGTTATCGCCGATGCCCCGTCTTCACAGGCATTAAACCATCTGGTGGGCGCCCTTTGCTTTACACTCGGCTTTATTTTGCTGGCGGTTTGCGGCCCCAGCCTGTTACCCTCGTCGGTAATGACGGTGATGGCAAAAAGTTGGGGCGTTATTAGTTGGCGAACTTGGCTGATTACAGCACTTCTGGTGGCCGTGGGTGAGCTTGCATGTAtttc > 2:499431/1‑273 (MQ=255) tttAATGGCGATGTCCGCTGGCGTGTTTATGGCGATCGGATTTACTTTTTACCTTTCCGTTATCGCCGATGCCCCGTCTTCACAGGCATTAACCCATCTGGTGGGCGGCCTTTGCTTTACACTCGGCTTTATTTTGCTGGCGGTTTGCGGCACCAGCCTGTTCACCTCGTCGGTAATGACGGTGATGGCAAAAAGTCGGGGCGTTATTAGTTGGCGAACTTGGCTGATTAACGCACTTCTGGTGGCCTGCGGTAATCTGGCAGGTATTGCCTg > 1:269561/1‑273 (MQ=255) tgtTTATGGCGATCGGATTTACTTTTTACCTTTCCGTTATCGCCGATGCCCCGTCTTCACAGGCATTAACCCATCTGGTGGGCGGCCTTTGCTTTACACTCGGCTTTATTTTGCTGGCGGTTTGCGGCACCAGCCTGTTCACCTCGTCGGTAATGACAGTGATGGCAAAAAGTCGGGGCGTTATTAGTTGGCGAACTTGGCTGATTAACGCACTTCTGGTGGCCTGCGGTAATCTGGCAGGTATTGCCTGTTTCAGTTTGTTAATCTGGTTTTcc > 1:158980/1‑275 (MQ=255) tttATGGCGATCGGATTTACTTTTTACCTTTCCGTTATCGCCGATGCCCCGTCTTCACAGGCATTAACCCATCTGGTGGGCGGCCTTTGCTTTACACTCGGCTTTATTTTGCTGGCGGTTTGCGGCACCAGCCTGTTCACCTCGTCGGTAATGACGGTGATGGCAAAAAGTCGGGGCGTTATTAGTTGGCGAACTTGGCTGATTAACGCACTTCTGGTGGCCTGCGGTAATCTGGCAGGTATTGCCTGTTTCAGTTTGTTAATCTGGTTTTCCg < 1:289391/274‑1 (MQ=255) ttttGGCGATCGGATTTACTTTTTTCCTTTCCGTTATCGCCGATGCCCCGTCTTCACAGGCATTAACCCATCTGGTGGGAGGCCTTTGCTTTACACTCGGCTTTATTTTGCTGGCGGTTTGCGGCACCAGCCTGTTCACCTCGTCGGTAATGACGGTGATGGCAAAAAGTCGGGGCGTTATTAGTTGGCGAACTTGGCTGATTAACGCACTTCTGGTGGCCTGCGGTAATCTGGCAGGTATTGCCTGTTTCAGTTTGTTAATCTCGTTTTCCggg < 1:708406/272‑1 (MQ=255) tATGGCGATCGGATTTACTTTTTACCTTTCCGTTATCGCCGATGCCCCGTCTTCACAGGCATTAACCCATCTGGTGGGCGGCCTTTGCTTTACACTCGGCTGTATTTTGCTGGCGGTTTGCGGCACCAGCCTTTTCACCGTGTCGGTAATGACGGTGATGGCAAAAAGTCGGGGCGTAAGTAGTTGGCGAACATGGCTGATTAACGCACTTCAGGTGGCATGCGGGTAGCGGGCAGGTATTGGCTGGTTCAGTTGGGTAGTCTGGGTTTCCggtc > 2:708396/1‑273 (MQ=255) ttttACCTTTCCGTTATCGCCGATGCCCCGTCTTCACAGGCATTAACCCATCTGGTGGGCGGCCTTTGCTTTACACTTGGCTTTATTTTGCTGGCGGTTTGCGGCACCAGGCTGTTCACCTCGTCGGTAATGACGGTGATGGCAAAAAGTCGGGGCGTTATTAGTTGGCGAACTTGGCTGATTAACGCACTTCTGGTGGCCTGCGGTAATCTGGCAGGTATTGCCTGTTTCAGTTTGTTAATCTGGTTTTCCGGGCTGGTGATGAGTGAAAAcg < 2:602261/274‑1 (MQ=255) tACCTTTCCGTTATCGCCGATGCCCCGTCTTCACAGGCATTAACCCATCTGGTGGGCGGCCTTTGCTTTGCACTCGGCTTTATTTTGCTGGCGGTTTGCGGCACCAGACTGTTCAACTCGTCGGTGATGACGGAGATTGCAAAAAGTCGGGGTGTTTGTCGTTGCCGAACTTGGTTGATTAACGCATGTCTTGTGGCTTGCGTTAATCTAGCAGTGTTTGCCGGTTTCGGTTAGTTAAGCTGGTTTTCATGGATGGTGGTTAGTGatagtgacct > 2:611654/1‑266 (MQ=255) ttttgCCGTTGCCCTGTCTTCACGGGCATTAATCCATTTGGTGGGCGGCCTTTGCTTTACACTCGGCTTTATTTTGCTGGCGGTTTGCTGCACCAGCCTGTTCACCTCGTCGGTAATGACGGTGATGGCAAAAAGTCGGGGCGTTAGTAGTTGGCGAACGTGGCTGATTAACGCACTTCTGGTGGCCTGCGGTAATCTGGCAGGTATTGCCTGTTTCAGTTTGTTAATCTGGTTTTCCGGGCTGGTGATGAGTGAAAACGCGATCTGGGGAGTcg < 1:699132/271‑1 (MQ=255) tttCGCCGTTTCCTCGTTTTCACATGCATTTTACCATCTGGTGGGCGGCCTTTGCTTTTCACTCGGCTTTATTTTGCTGGCGGTTTGCGTATCCAGCCTGTTCACCTCGTCGGTAATGACGGNGATGGCAAAAAGTGGGGGCGTTATTAGTTGGCGAACTTGGCTGATTAACGCATTTCTGGTGGCCTGCGGTAATCTGGCAGGTATTGCCTGTTTCAGTTTGTTAATCTGGTTTTCCGGGCTGGTGATGAGTGAAAACGCGATGTGGGGAGTcg < 1:611663/273‑1 (MQ=255) tgtCGCCGATTNACCGTCTTCACAGGCATTACCCCGTCTGGGGGGCTGCTTTTGCTTTACTCTCGGGTTTATTTTGCTGGCGGTTGGCGGCACCAGCCTGTTCACCGCGTCGGTAATGACGGTGATGGCAAAAAGTCGGGGCGTTATTAGTTGGCGAACTTGGCTGATTAACGCACTTCTGGTGGCCTGCGGTAATCTGGCAGGTATTGCCTGTTTCAGTTTGTTAATCTGGTTTTCCGGGCTGGTGATGAGTGAAAACGCGATGTGGGGAGTcg < 2:53241/273‑1 (MQ=255) gctctccatgCATTACCCCTTCTGGTGGGCGTCTTTTTCTTTGCTCTCGGTTTTTTTTTGGTGGCGTTTTGCGGCACCGGCCTGTTCACCTCGTCGGTAATGACAGTGATGGCAAAAAGTCGGGGCGTTATTAGTTGGCGAACTTGGCTGATTAACGCATTTCTGGTGGCCTGCGGTAATCTGGCAGGTATTGCCTGTTTCAGTTTGTTAATCTGGTTTTCCGGGCTGGTGATGAGTGAAAACGCGATGTGGGGAGTCGCGGTTTTACACTgcgc < 2:158977/266‑1 (MQ=255) cATTAACCCATCTGGTTGGCGGCCTTTGCTTTACACGTGGCTTTATTTTGCTGGCGGTTTGCGGCACCAGCCTGTTCACCTCGTCGGTAATNACGGTGATGGCAAAAAGTCGGGGCGTTATTAGTTGGCGAACTTGGCTGATTAACGCACTTCTGGTGGCCTGCGGTAATCTGGCAGGTATTGCCTGTTTCAGTGTGTTAATCTGGTTTTCCGGGCTGGTGATGAGTGAAAACGCGATGTGGGGACCCGCAGTTTTACATTGCGCCGAGGGCaaa < 1:499438/275‑1 (MQ=255) aTCTGGTGGGCGGCCTTTGCTTTACACTCGGCTTTATTTTGCTGGCGGTTTGCGGCACCAGCCTGTTCACCTCGTCGGTAATGACGGTGATGGCAAAAAGTCGGGGCGTTATTAGTTGGCGAACTTGGCTGATTAACGCACTTCTGGTGGCCTGCGGTAATCTTGCAGGTATTGCCTGTTTCAGTTTGTTAATCTGGTTTTCCGGGCTGGTGATGAGTGAAAACGCGATGTGGGGAGGCGCGGTTTTACACTGCGCCGAGGGAAAAATGcatcat > 1:226718/1‑275 (MQ=255) tttGCTTTACACTCGGCTTTATTTTGCTGGCGGTTTGCGGCACCAGCCTGTTCACCTCGTCGGTAATGACGGTGATGGCAAAAAGTCGGGGCGTTATTAGTTGGCGAAc > 1:695298/1‑109 (MQ=255) cTTTACACGCGGCTTTATTTTGCTGGCGGTTTGCGGCACCAGCCTGTTCACCTCGTCGGTAATGACGGTGATGGCAAAAAGTCGGGGCGTTATTAGTTGGCGAACTTgg < 2:695289/109‑1 (MQ=255) tCGGCTTTATTTTGCTGGCGGTTTGCGGCACCAGCCTGTTCACCTCGTCGGTAATGACGGTGATGGCAAAAAGTCGGGGCGTTATTAGTTGGCGAACTTGGCTGATTAACGCACTTCTGGTGGCCTGCGGTAAt > 1:68035/1‑134 (MQ=255) tCGGCTTTATTTTGCTGGCGGTTTGCGGCACCAGCCTGTTCACCTCGTCGGTAATGACGGTGATGGCAAAAAGTCGGGGCGTTATTAGTTGGCGAACTTGGCTGATTAACGCACTTCTGGTGGCCTGCGGTAATCTGGCAGGTATTGCCTGTTTCAGTTTGTTAATCt > 1:653081/1‑168 (MQ=255) cTTTATTTTGCTGGCGGTTTGCGGCACCAGCCTGTTCACCTCGTCGGTAATGACGGTGATGGCAAAAAGTCGGGGCGTTATTAGTTGGCGAACTTGGCTGATTAACGCACTTCTGGTGGCCTGCGGTAATCTgg < 2:68034/134‑1 (MQ=255) cTTTATTTTGCTGGCGGTTTGCGGCACCAGCCTGTTCACCTCGTCGGTAATGACGGTGATGGCAAAAAGTCGGGGCGTTATTAGTTGGCGAACTTGGCTGATTAACGCACTTCTGGTGGCCTGCGGTAATCTGGCAGGTATTGCCTGTTTCAGTTTGTTAATCTGGtt < 2:653072/168‑1 (MQ=255) ttcgttccgggtggCGGCACCGGCCTGTTTACCTCGTCGGTAATGGAGGTGTTTGCAAAAAGTCGGGGCGTTTTTAGTTGGCGAACTTGGCTGATTAACGCACGTCTGGGGGCCTGCGGTAATCTGGCAGGTATTGCCTGTTTCAGTTTGTTAATCTGGTTTTCCGGGATGGTGATGAGTGAAAACGCGATGTGGGGAGTCGCGGTTTTACACTGCGCCGAGGGCAAAATGCATCATACATTTACTGAATCTGTCAGCCTCGGCATTATGTGCa < 2:119025/261‑1 (MQ=255) tGCTGGCGGTTTGCGGCACCAGCCTGTTCACCTCGTCGGTAATGACGGTGATGGCAAAAAGTCGGGGCGTTATTAGTTGGCGAACTTGGCTGATTAACGCACTTCTGGTGGCCTGCGGTAATCTGGCAGGTa > 1:43796/1‑132 (MQ=255) ggCGGTTTGCGGCACCAGCCTGTTCACCTCGTCGGTAATGACGGTGATGGCAAAAAGTCGGGGCGTTATTAGTTGGCGAACTTGGCTGATTAACGCACTTCTGGTGGCCTGCGGTAATCTGGCAGGTATTGc < 2:43796/132‑1 (MQ=255) ttttttgtacgtggtcgGTAATGACGTTGTTGGCTAAAATTCGGGTCTTTATTTGTTGGCGATCTTGTCTGATTAACGCACTTCTGGTGGCCTGCGGTAATCTGGCAGGTATTTCCTGTTTCAGTTTGTGAATCTGTTGTTCCGGGCTGGTGATGAGTGAAAACGCGATGTGGTGAGTCGCGGTTTTACTCTGTGCCGAGGTCAAAATGCATCATACATTTACTGAATCTGTCAGCCTCGGCATTATGTGCAATCTGATGGTTTGCCTGGCGCt < 2:226713/261‑1 (MQ=255) gtttgtggggattctggggcgtattcttcgccattccGTTGGCGAACTTGGCTGATTAACGCACTTCTGGTGGCCTGCGGTAATCTGGCAGGTATTGCCTGTTTCAGTTTGTTAATCTGGTTTTCCGGGCt < 1:283356‑M1/94‑1 (MQ=255) tgtggggattctggggcgtattcttcgccattccGTTGGCGAACTTGGCTGATTAACGCACTTCTGGTGGCCTGCGGTAATCTGGCAGGTATTGCCTGTTTc < 2:254337‑M1/68‑1 (MQ=255) gtggggattctggggcgtattcttcgccattccGTTGGCGAACTTGGCTGATTAACGCACTTCTGGTGGCCTGCGGTAATCTGGCAGGTATTGCCTGTTTCAGTTTGTTAATCTGGTTTTCCGGGCTGGtg > 2:283351‑M1/34‑131 (MQ=255) gggattctggggcgtattcttcgccattccGTTGGCGAACTTGGCTGATTAACGCACTTCTGGTGGCCTGCGGTAATCTGGCAGGTATTGCCTGTTTCAGtt > 1:254342‑M1/31‑102 (MQ=255) gaGTCGTGGGGTTCTTAGTTGGCGCTCTTGGCTGATTATCGCTCTTTTGGTCGGCTGGGGTAATCTGGCAGTTATTGCCTGTTTCAGGTTGTTAATCTGGGTTTCCGGGCTGGTGATGAGTGAAAACGCGATGTGGGGAGTCGCGGTTTTACACTGCGCCGAGGGGAAAATGCATCATACATTTACTGACTCTTTCAGCCTCGGCATTATGTGCAATCTGATGGTTTGCCTGGCGCTGTGGATGAGTTATTGCGGGCGTTCGTTATGCTACaaaa < 2:36867/274‑1 (MQ=255) | CGCCCATAAAATTGCCCGCAGTAAAGTGTCGGTCTTTTTAATGGCGATGTCCGCTGGCGTGTTTATGGCGATCGGATTTACTTTTTACCTTTCCGTTATCGCCGATGCCCCGTCTTCACAGGCATTAACCCATCTGGTGGGCGGCCTTTGCTTTACACTCGGCTTTATTTTGCTGGCGGTTTGCGGCACCAGCCTGTTCACCTCGTCGGTAATGACGGTGATGGCAAAAAGTCGGGGCGTTATTAGTTGGCGAACTTGGCTGATTAACGCACTTCTGGTGGCCTGCGGTAATCTGGCAGGTATTGCCTGTTTCAGTTTGTTAATCTGGTTTTCCGGGCTGGTGATGAGTGAAAACGCGATGTGGGGAGTCGCGGTTTTACACTGCGCCGAGGGCAAAATGCATCATACATTTACTGAATCTGTCAGCCTCGGCATTATGTGCAATCTGATGGTTTGCCTGGCGCTGTGGATGAGTTATTGCGGGCGTTCGTTATGCGACAAAA > CP009273/2607361‑2607863 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |