New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | = 2893788 | 37 (0.960) | 5 (0.140) | 4/300 | NT | 14.6% | intergenic (‑156/‑163) | ygcW/yqcE | putative dehydrogenase/MFS transporter family protein |
? | CP009273 | = 2893942 | 23 (0.630) | intergenic (‑310/‑9) | ygcW/yqcE | putative dehydrogenase/MFS transporter family protein |
GGCAAATGCCTGGCCTAAACCGCTATTCCCACCGGTAACAATTGCGGTTTTACCTTTCAGGGAGAAAAAATCCATTGAGAACGCATTGAGAGATTCGATTGACATAGTTAGCTCCAATTTCCGTAAGGCAAAAAAAAAGAAAGGTAACTTCCCCCGCGAGAGGGAAGTTACCTTTCTCATTATCTCTGGTAACTGGAGATAATTTTTAGCATAAGGGCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTACTCTCACACAACACCTCTGCTTTCCATGTTATTTATTATTTCAATTACTAGAGACCTGAGAAAAGTAATCCACCTGAAAGGGCGGCTTACTTTTCTCTTTTTTTTGTCTATTACAAATGGGAATACGATATGCAACACAACTCATATCGCCGTTGGATAACCCTCGCGATAATTAGTTTTAGCGGCGGCGTTAGTTTCGACCTGGCTTATTTACGTTATATTTATCAAATTCCCATGGCGA > CP009273/2893528‑2894062 | gtccaaTGCCTGTCCTAAACCGCTATTCCCCACGGTAACAATTTCGGTTTTACCTTTCAGGGAGAAAAAATCCAGTGAGAACGCATTTAGAGATTCGATTGACATATTTAGCTCCAATTTCCGTAAGGCAAAAAAAAAGAAAGGTAACTTCCCCCGCGAGAGTGAAGTTACCTTTCTCATTATCTCTGGTAACTGGAGATAATTTTTAGCATAAGGGCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTa < 2:181515/271‑1 (MQ=255) aTGCCTGGCCTAAACCGCTATTCCCACCGGTAACAATTGCGGTTTTACCTTTCAGGGAGAAAAAATCCATTGAGAACGCATTGAGAGATTCGATTGACATAGTTAGCTCCAATTTCCGTAAGGCAAAAAAAAAGAAAGGTAACTTCCCCCGCGAGAGGGAAGTTACCTTTCTCATTATCTCTGGTAACTGGAGATAATTTTTAGCATAAGGGCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAaataat > 1:181518/1‑266 (MQ=255) aaCCGCTATTCCCACCGGTAACAATTGCGGTTTTACCTTTCAGGGAGAAAAAATCCATTGAGAACGCATTGAGAGATTCGATTGACATAGTTAGCTCCAATTTCCGTAAGGCAAAAAAAAAGAAAGGTAACTTCCCCCGCGAGAGGGAAGTTACCTTTCTCATTATCTCTGGTAACTGGAGATAATTTTTAGCATAAGGGCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGAt < 1:241651/275‑1 (MQ=255) tGCGGTTTTACCTTTCAGGGAGAAAAAATCCATTGAGAACGCATTGAGAGATTCGATTGACATAGTTAGCTCCAATTTCCGTAAGGCAAAAAAAAAGAAAGGTAACTTCCCCCGCGAGAGGGAAGTTACCTTTCTCATTATCTCTGGTAACTGGAGATAATTTTTAGCATAAGGGCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAAGAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGAGNAATGTCACACAAAACCTCGTCttt > 2:423013/1‑275 (MQ=255) ttttACCTTTCAGGGAGAAAAAATCCATTGAGAACGCATTGAGAGATTCGATTGACATAGTTAGCTCCAATTTCCGTAAGGCAAAAAAAAAGAAAGGTAACTTCCCCCGCGAGAGGGAAGTTACCTTTCTCATTATCTCTGGTAACTGGAGATAATTTTTAGCATAAGGGCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTACTCTCACACAACACCTCTGCTTTCCATg < 1:423020/275‑1 (MQ=255) cAGGGAGAAAAAATCCATTGAGAACGCATTGAGAGATTCGATTGACATAGTTAGCTCCAATTTCCGTAAGGCAAAAAAAAAGAAAGGTAACTTCCCCCGCGAGAGGGAAGTTACCTTTCTCATTATCTCTGGTAACTGGAGATAATTTTTAGCATAAGGGCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTcccatttgtaatagacaaaaaaaagagaaaagtaagccgcccttacaggtggattacgtttctcatgtcac > 2:507048‑M1/1‑204 (MQ=255) aTTCGATTGACATAGTTAGCTCCAATTTCCGTAAGGCAAAAAAAAAGAAAGGTAACTTCCCCCGCGAGAGGGAAGTTACCTTTCTCATTATCTCTGGTAACTGGAGATAATTTTTAGCATAAGGGCATAACTGCTAATGTAATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCg > 1:222057/1‑196 (MQ=255) gATTGACATAGTTAGCTCCAATTTCCGTAAGGCAAAAAAAAAGAAAGGTAACTTCCCCCGCGAGAGGGAAGTTACCTTTCTCATTATCTCTGGTAACTGGAGATAATTTTTAGCATAAGGGCATAACTGCTAATGTAATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGAt < 2:222052/196‑1 (MQ=255) cTCCAATTTCCGTAAGGCAAAAAAAAAGAAAGGTAACTTCCCCCGCGAGAGGGAAGTTACCTTTCTCATTATCTCTGGTAACTGGAGATAATTTTTAGCATAAGGGCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCa > 2:421292/1‑171 (MQ=255) aaTTTCCGTAAGGCAAAAAAAAAGAAAGGTAACTTCCCCCGCGAGAGGGAAGTTACCTTTCTCATTATCTCTGGTAACTGGAGATAATTTTTAGCATAAGGGCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGagg < 1:421299/171‑3 (MQ=255) ccGTTAGGCAAAAAAAAAGAAAGGTAACTTCCCCCGCGAGAGGGAAGTTACCTTTCTCATTATCTCTGGTAACTGGAGATAATTTTTAGCANAAGGGCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTcccatttgtaatagacaaaaaaaagagaaaagtaagccgccctttcaggtgtattacttttctcaggtctctagtaattgaaataataaataacatggaaagcagaggtgttgtgtgagagtaatcacgcttct < 1:507055‑M1/275‑135 (MQ=255) gTAAGGCAAAAAAAAAGAAAGGTAACTTCCCCCGCGTGAGGGAAGTTACCTTTCTCATTATCTCTGGTAACTGGAGATAATTTTTAGCATAAGGGCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTcccatttgtaatagacaaaaaaaagagaaaagtaagccgccctttcaggtggattacttttctcaggtctctagtaatttaaataataaataacatggaaagcagaggtgttgtgtgagagtaatcacgcttct < 1:30447‑M1/273‑135 (MQ=255) cggatacatcanacgcgagagggaagttacCTTTCTCATTATCTCTGGTAACTGGAGTTAATTTTTAGCATAAGGGCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTACTCTCACACAACACCTCTGCTTTCCATGTTATTTATTATTTCAATTACTAGGGACCTGAGAAAAGTAATCCACCTGAAAGGGCGGCTTACTTTTCTCTTTTTTTTGTCTATTACAAATGGGa > 2:65391‑M2/14‑274 (MQ=255) aGTTTCTTTTCTCATGTTCTCTGGTATCTGGAGATAATTTTTAGCATAAGGGCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTACTCTCACACAACACCTCTGCTTTCCATGTTATTTATTATTTCAATTACTAGAGACCTGAGAAAAGTAATCCACCTGAAAGGGCGGCTTACTTTTCTCTTTTTTTTGTCTATTACAAATGGGAATACGATATGCAACACAACTCata < 1:56739/275‑1 (MQ=255) aCCTTTCTCATTATCTCTGGTAACTGGAGATAATTTTTAGCATAAGGGCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTACTCTCACACAACACCTCTGATTTCCATGTTATTTATTATTTCAATTACTag > 1:49941/1‑176 (MQ=255) ttCTCATTATCTCTGGTAACTGGAGATAATTTTTAGCATAAGGGCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTACTCTCACACAACACCTCTGCttt > 1:623541/1‑144 (MQ=255) tctcATTATCTCTGGTAACTGGAGATAATTTTTAGCATAAGGGCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGc > 1:349478/1‑107 (MQ=255) cATTATCTCTGGTAACTGGAGATAATTTTTAGCATAAGGGCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTACTCTCACACAACACCTCTGCTTTCCAt < 2:623532/144‑1 (MQ=255) aTTATCTCTGGTAACTGGAGATAATTTTTAGCATAAGGGCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGaa < 2:349472/107‑1 (MQ=255) gTAACTGGAGATAATTTTTAGCATAAGGGCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTACTCTCACACAACACCTCTGCtt > 2:409755/1‑128 (MQ=255) cTGGAGATAATTTTTAGCATAAGGGCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTACTCTCACACAACACCTCTGCTTTCCa < 1:409762/128‑1 (MQ=255) ttAGCATAAGGGCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTACTCTCACACAACACCTCTGCTTTc > 1:16543/1‑113 (MQ=255) cATAAGGGCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTACTCTCACACAACACCTCTGCTTTCCATg < 2:16543/113‑1 (MQ=255) aaGGGCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTcccatttgtaatagacaaaaaaaagagaaaagtaagccgccctttcaggtggattacttttctcaggtctctagtaattgaaataataaataacatggaaagcagaggtgttgtgtgagagtaatcacgctt > 2:190998‑M1/1‑49 (MQ=255) gCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTcccatttgtaatagacaaaaaaaagagaaaagtaagccgccctttcaggtggattacttttctcaggtctctagtaattgaaataataaataacatggaaagcagaggtgttgtgtgagagtaatcacgcttctgc < 1:191001‑M1/181‑137 (MQ=255) tAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTACTCTCACACAACACCTCTGCTTTCCATGTTATTTATTATTTCAATTACTAGAGACCTGAGAAAAGTAATCCACCTGAAAGGGCGGCTTACTTTTCTCTTTTTTTTGTCTATTACAAATGGGAATACGATATGCAACACAACTCATATc > 2:690256/1‑223 (MQ=255) attacgaTGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTACTCTCACACAACACCTCTGCTTTCCATGTTATTTATTATTTCAATTAc > 1:589943/7‑120 (MQ=255) tGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTACTCTCACACAACACCTCTGCTTTCCATGTTATTTATTATTTCAATTACTAGAGACCTGAGAAAAGTAATCCACCTGAAAGGGCGGCTTACTTTTCTCTTTTTTTTGTCTATTACAAATGGGAATACGATATGCAACACAACTCATATCGCCg < 1:690265/223‑1 (MQ=255) cgaTGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTACTCTCACACAACACCTCTGCTTTCCATGTTATTTATTATTTCAATTACTaga < 2:589934/118‑1 (MQ=255) gtgATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTACTCTCACACAACACCTCTGCTTTCCATGTTATTTATTATTTCAATTACTAGAGACCTGAGAAAAGTAATCCACCTGAAAGGGCGGCTTACTTTTCTCTTTTTTTTGTCTATTACAAATGGGAATACGATATGCAACACAACTCATATc > 1:723662/1‑212 (MQ=255) aTCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCa > 1:360944/1‑49 (MQ=255) aTCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTACTCTCACACAACACCTCTGCTTTCCATGTTATTTattatt > 1:168363/1‑101 (MQ=255) aTCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTACTCTCACACAACACCTCTGCTTTCCATGTTATTTATTATTTCAATTACTag > 2:408467/1‑112 (MQ=255) tCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTACTCTCACACAACACCTCTGCTTTCCATGTTATTTATTATTTCAATTACTAGAGACCTGAGAAAAGTAATCCACCTGAAAGGGCGGCTTACTTTTCTCTTTTTTTTGTCTATTACAAATGGGAATACGATATGCAACACAACTCATATCGCCg < 2:723652/212‑1 (MQ=255) tAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAg < 2:360938/49‑1 (MQ=255) tAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTACTCTCACACAACACCTCTGCTTTCCATGTTATTTATTATTTCaa < 2:168360/101‑1 (MQ=255) tAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTACTCTCACACAACACCTCTGCTTTCCATGTTATTTATTATTTCAATTACTAGAGAc < 1:408474/112‑1 (MQ=255) tCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAg > 2:78424/1‑40 (MQ=255) acaGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTGTAAAAAGCAGAAGTGTGATTACTCTCATACAACACCTCTGCTTTCCATGTTATTTATTATTTCAATTACTAGAGACCTGAGAAAAGTAATCCACCTGAAAGGGCGGCTTACGTTTCTCTTTTTGTTGTCGATTACAAATGGGAATACGATATGCAACACAACTCATATCGCCGTTGGATAACCCTCGCGATAATTAGTTTTAGCGGCGGCGTTAGTTTCGACCTGGCTTATTTACGTTATAttt < 1:334602/275‑1 (MQ=255) aGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGa < 1:78425/40‑1 (MQ=255) atatTCGTATTGTCAAATAATTGTAAAAAGCAGAAGCGTGATTACTCTCACACAACACCTCTGCTTTCCATGTTATTTATTATTTCAATTACTAGAGACCTGAGAAAAGTAATCCACCTGAAAGGGCGGCTTACTTTTCTCTTTTTTTTGTCTATTACAAATGGGAATACGATATGCAACACAACTCATATCGCCGTTGGAt < 2:172638/202‑1 (MQ=255) agatTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAAAAGCGTTTTTACTCTCACACAACACCTCTGCTTTCCATGTTATTTATTATTTCAATTACTAAAGACCTGAAAAAAGTAATCCACCTGAAAGGGCGGCTTACTTTTCTCTTTTTTTTg < 1:349995/148‑1 (MQ=255) tCGTATTcccatttgtaatagacaaaaaaaagagaaaagtaagccgccct < 1:637792‑M1/50‑44 (MQ=255) tCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTACTCTCACACAACACCTCTg > 1:138729/1‑59 (MQ=255) gTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTACTCTCACACAACACCTCTGCTTTCCa > 2:298387/1‑64 (MQ=255) gTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTACTCTCACACAACACCTCTGCTTTCCATGTTATTTATTATTTCAATTACTAGAGAcc > 2:180832/1‑94 (MQ=255) aTTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTACTCTCACACAACACCTCTGCttt < 2:138728/59‑1 (MQ=255) aTTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTACTCTCACACAACACCTCTGCTTTCCATGttatttat > 1:652652/1‑72 (MQ=255) tcccatttgtaatagacaaaaaaaagagaaaagtaagccgccctttcaggtggattacttttctcaggtctctagtaattgaaataataaataacatggaaagcagaggtgttgtgtgagagtaatcacgcttctgctttttaaaattatt > 2:372253‑M1/1‑1 (MQ=255) tcccatttgtaatagacaaaaaaaagagaaaagtaagccgccctttcaggtggattacttttctcaggtccctagtaattgaaataataaataacatggaaagcagaggtgttgtgtgagagtaatcacgcttctgctttttaaaattatttgacaatacgaatatcacactgtgattacgatcacattagcagttatgcccttatgctaaaaattaactccagttaccagagataatgagaaaggtaacttccctctcgcgtntgatgtatccg > 2:65391‑M1/1‑1 (MQ=255) tGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTACTCTCACACAACACCTCTGCTTTCCATGtt < 1:298393/64‑1 (MQ=255) tGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTACTCTCACACAACACCTCTGCTTTCCATGTTATTTATTATTTCAATTACTAGAGACCTgag < 1:180835/94‑1 (MQ=255) | GGCAAATGCCTGGCCTAAACCGCTATTCCCACCGGTAACAATTGCGGTTTTACCTTTCAGGGAGAAAAAATCCATTGAGAACGCATTGAGAGATTCGATTGACATAGTTAGCTCCAATTTCCGTAAGGCAAAAAAAAAGAAAGGTAACTTCCCCCGCGAGAGGGAAGTTACCTTTCTCATTATCTCTGGTAACTGGAGATAATTTTTAGCATAAGGGCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTACTCTCACACAACACCTCTGCTTTCCATGTTATTTATTATTTCAATTACTAGAGACCTGAGAAAAGTAATCCACCTGAAAGGGCGGCTTACTTTTCTCTTTTTTTTGTCTATTACAAATGGGAATACGATATGCAACACAACTCATATCGCCGTTGGATAACCCTCGCGATAATTAGTTTTAGCGGCGGCGTTAGTTTCGACCTGGCTTATTTACGTTATATTTATCAAATTCCCATGGCGA > CP009273/2893528‑2894062 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |