New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 3109143 = | 51 (1.330) | 9 (0.250) | 8/292 | NT | 18.7% | coding (3329/4563 nt) | yghJ | DUF4092 family putative lipoprotein peptidase |
? | CP009273 | 3109444 = | 31 (0.870) | coding (3028/4563 nt) | yghJ | DUF4092 family putative lipoprotein peptidase |
TTCCAGCTCACCCAGCGGAGCCGGTGAGTTCAGATCGTTTTTCCATGCGCCGTCTTTATAGAACGGTGCTTTTACCACGCCAGTAAAGGTGAAGCTGGCAGATTCATTGGTAGAGCTATTGCCCTTGATATAAATCAGGCCACCGTAAGGCACCTTGAACTTCACCGTACCGCTAGCGTCCAGAGAGTACGTTTTAGTCACTCTTGGCGGACGGTTCAGCGCAACTTCATGCTTCTCACGTCCGGTCAGGTCGTCAGCCAGCGCCACGGTGACGGTCACAGGAACGTTCGCATTGGACTTAATGGTGACCTCTTTCTGAGCCGGTGCCCACAGGCCAGTTGACTGCATGTTACCTGCAAACCATTTGGTCGGATTCGAGTACAGGCTGATGGTTTCAGTAACGTTCTGTCCCTCTTCCGATACTGCTCCCGGATACTTCTCGACATCAACTTTGATGTTCAGATCCCACCAGGAACGGCCCAGCATCAGGCGTGTCAGCGGTTTTTCCATATAGTTGAG > CP009273/3108878‑3109396 | cgtctgtatcagcatgagctctacttccggaccaatggtcgcaaaggtgagcgtctgagcagcgtcgatctggaacgtctgtaccagaacatgtcggtctggctgtggaacgatacgagctatcgttatgaagaaggcaaaaatgacgagctgggctttaaaacgttcaccgagttcctgaactgctacgccaatgatgcctatgcaggcggcaccaagtgttctgcagatctgagaaaatcgctggtcgataacaccaagatctNCGGTgaccg < 2:263267‑M1/10‑3 (MQ=255) ctgtatcagcatgagctctacttccggaccaatggtcgcaaaggtgagcgtctgagcagcgtcgctctggaacgtctgtaccagaacatgtcggtctggctgtggaacgatacgagctatcgttatgaagaaggcaaaaatgacgagctgggntttaaaacgttcaccgagttcctgaactgctacgccaatgatgcctatgcatgcggcaccaagtgttctgcagaactgaaaaaatcgctggttgataacaacatgatatACGGTGACgg < 1:618284‑M1/10‑1 (MQ=255) aCCCAGCGGAGCCGGTGAGTTCAGATCGTTTTTCCATGCGCCGTCTTTATAGAACGGTGCTTTTACCACGCCAGTAAAGGTGAAGCTGGCAGATTCATTGGTAGAGCTATTGCCCTTGATATAAATCAGGCCACCGTAAGGCACCTTGAACTTCACCGTACCGCTAGCGTCCAGAGAGTACGATTTAGTCACCCTTGGCGGACGGTTCAGCGCAACTTCATGCTTCTCACGTCGGGTCAGGTCGTCCGCCAGCGCCACGGTTACGGTAACAgg > 2:187332/1‑273 (MQ=255) gCGGAGCCGGTGAGTTCAGATCGTTTTTCCATGCGCCGTCTTTATAGAACGGTGCTTTTACCACGCCAGTAAAGGTGAAGCTGGCAGATTCATTGGTAGAGCTATTGCCCTTGATATAAATCAGGCCACCGTAAGGCACCTTGAACTTCACCGTACCGCTAGCGTCCAGAGAGTACGTTTTAGTCACTCTTGGCGGACGGTTCATCGCAACTCCATGCTTCTCACGTCCTGTCAGTGCGTCAGCCAGCGCCACGGTGACGGTCACAGGAACGTTc > 2:686851/1‑275 (MQ=255) tgtttttATAGTACGGTTCTTTTACCACGCCAGTAAAGGTGAAGCTGGCAGATTCATTGGTAGAGCTATTGCCCTTGATCTAAATCAGGCCACCGTAAGGCACCTTGAACTTCACCGTACCGCTAGCGTCCAGATAGTACGTTTTAGTCACTCTTGGCGGACGGTTCAGCGCAACTTCATGCTTCTCACGTCCGGTCAGGTCGTCAGCCAGCGCCACGGTGACGGTCACAGGAACGTTCGCATTGGACTTAATGGTGACCTCTTCCTGAGCCGGt < 1:717127/271‑1 (MQ=255) ggTCTTTCTAGAACGGTTCTTTTACCACGCCAGTAAAGGTGAAGCTGGCAGATTCATTGTTAGAGCTATTGCCCTTGATATAAACCAGGCCACCGTAACGCACCTTGAACTTCTCCGTTCCGCTAGCGTCCAGAGAGTACGTTTTAGTCACTCTTGGCGGACGGTTCAGCACAACTTCATGCTTCTCACGTCCGGTCAGGTCGTCAGCCAGCGCCACGGTGACGGTCACAGGAACGTTCGCATTGGACTTAATGGTGACCTCTTTCTGAGCCGGt < 1:266871/274‑1 (MQ=255) tCTTTATAGAACGGTGCTTTTACCACGCCAGTAAAGGTGAAGCTGGCAGATTCATTGGTAGAGCTATTGCCCTTGATATAAATCAGGCCACCGTAAGGCACCTTGAACTTCACCGTACCGCTAGCGTCCAGAGAGTACGTTTTAGTCACTCTTGGCGGACGGTTCAGCGCAACTTCATGCTTCTCACGTCCGGTCAGGTCGTCAGCCAGCGCCACGGTGACGGTCACAGGAACGTTCGCATTGGACTTAATGGTGACCTCTTTc > 2:84649/1‑264 (MQ=255) tataGAACGGTGCTTTTACCACGCCAGTAAAGGTGAAGCTGGCAGATTCATTGGTAGAGCTATTGCCCTTGATATAAATCAGGCCACCGTAAGGCACCTTGAACTTCACCGTACCGCTAGCGTCCAGAGAGTACGTTTTAGTCACTCTTGGCGGACGGTTCAGCGCAACTTCATGCTTCTCACGTCCGGTCAGGTCGTCAGCCAGCGCCACGGTGACGGTCACAGGAACGTTCGCATTGGACTTAATGGTGACCTCTTTCTGAg < 1:84650/264‑1 (MQ=255) aCGGTGCTTTTACCACGCCAGTAAAGGTGAAGCTGGCAGATTCATTGGTAGAGCTATTGCCCTTGATATAAATCAGGCCACCGTAAGGCACCTTGAACTTCACCGTACCGCTAGCGTCCAGAGAGTACGTTTTAGTCACTCTTGGCGGACGGTTCAGCGCACCTTCATGCTTCTCACGTCCGGTCAGGTCGTCAGCCAGCGCCACGGTGACGGCCACAGGAACGTTCGCATTGGACTTAATGGTGACCTCTTTCTGAGCCggcttcttaaccaca > 1:334273/1‑262 (MQ=255) aCGGTGCTTTTACCACGCCAGTAAAGGTGAAGCTGGCAGATGCATTGGTAGAGCTATTGCCCTTTATATAAATCAGGCCACCGTAAGGCACCTTGAACTTCACCGTACCGCTAGCGTCCAGAGAGTACGTTTTAGTCACTCTTGGCGGACGGTTCAGCGCAACTTCATGCTTCTCACGTCCGGTCAGGTCGTCAGCCAGCGCCACGGTGACGGTCACAGGAACGTTCGCATTGGACTTAATGGTGACATCTTTCTGCGACGGTGCCCCCAgggc > 2:717117/1‑272 (MQ=255) 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cgttatgaagaaggcaaaaatgacgagctgggctttaaaacgttcaccgagttcctgaactgctacgccaatgatgcctatgcacgcgccaccaagtgttctgcagatctgaaaaaatcgctggtcgataacaacatgatctACGGTGACGGTCACAGGAACGTTCGCATTGGACTTAATGGTGACCTCTTTCTGAGCCGGTGCCCACAGGCCAGTTGACTGCATGTTAcc < 1:414585‑M1/89‑1 (MQ=255) tGATATAAATCAGGCCACCGTAAGGCACCTTGAACTTCACCGTACCGCTAGCGTCCAGAGAGTACGTTTTAGTCACTCTTGGCGGACGGTTCAGCGCAACTTCATGCTTCTCACGTCCGGTCAGGTCGTCAGCCAGCGCCACGGTGACGGTCACAGGAACGTTCGCATTGGACTTAATGGTGACCTCTTTCTGAGCCGGTGCCCACAGGCCAGTTGACTGCATGTTACCTGCACACCATTTGGTCGGATTCGAGTACAGGCTGATGGTTTCAGt > 1:332241/1‑274 (MQ=255) ggCCACCGTAAGGCACCTTGAACTTCACCGTACCGCTAGCGTCCAGAGAGTTCGTTTTAGTCACTCTTGGCGGACGGTTCAGNGCAACTTCNTGCTTCTCACGTCCGGTCAGGTCGTCAGCCAGCGCCACGGTGACGGTCACAGGAACGTTCGCATTGGACTTAATGGTGACCTCTTTCTGAGCCGGTGCCCACAGGCCAGTTGACTGCATGTTACCTGCAAACCATTTGGTCGGATTCGTGTACAGGATGATGGTTTCAGTAACGTTCTGTccc < 1:462292/275‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |