| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 4221604 = | 72 (1.870) | 9 (0.240) | 5/304 | NT | 13.0% | intergenic (‑45/+208) | yjbD/lysC | DUF3811 family protein/lysine‑sensitive aspartokinase 3 |
| ? | CP009273 | 4221822 = | 51 (1.370) | coding (1340/1350 nt) | lysC | lysine‑sensitive aspartokinase 3 | |||||
CGCTTCAGGATCCGGTTTATAAGCCTGCTTTTTCTTCAACTGGCGGGCTTTTTTCGCTTCAGCCTCACGCTCAACCATTAATTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCCAGCAGTGTTTTAAGTTCACGCTGCTCGCGTTCAGTCATCTCTTTTTGGGTAATACGGGGGAGTGCCATGATGGTGCCCTCAGTGAGCCAGAGAGTTCAGTGTACGGGAATTCGTTTGCGAGCAGAACTGATAATATTCATTTTGCCTTCTCTTAACTATTTATCTCTTTCGATAATTAATTAGAGATGCAGATAAAAAAATTAAAGGCAATTATTCTCCGATAAAGACGCTGGTTAACAGAGTACAGGCTCGTTTATTGATGAGCATAGTGACAAGAAAATCAATACGGCCCGAAATATAGCTTCCAGGCCATACAGTATTTACTCAAACAAATTACTATGCAGTTTTTGCACCACCTGCTCGGCATCTTCGCCGGG > CP009273/4221332‑4221868 | gtttcaacctccactggcgatacgttgctgacgcaatctctgctgatggagctttccgcactgtgtcgggtggaggtgggagaaggtctggcgctggtcgcgttgattggcaatgacctgtcaaaagcctgcggcgttggcaaagaggtattcggcgtactggaaccgttcaacattcgcatgatttgttatggcgcatccagccataacctgtgcttcctggtgcccggcgaagatgccgagcaggtggtgcaaaaactgcatcgtaatttgtt > 1:706308‑M1/273‑275 (MQ=255)ggttcaaccttcactggcgatacgttgctgacgcaatctctgctgatggagctttccgcactgtgtcgggtggaggtggaagaaggtctggcgctggtcgcgttgattggcaatgacctgtcaaaagcctgcggcgttggcaaagaggtattcggcgtactggaaccgttcaacattcgcatgatttgttatggcgcatccagccataacctgtgcttcctggtgcccggcgaagatgccgagcaggtggtgcaaaaactgcatagtaatttgtt > 1:33201‑M1/273‑275 (MQ=255)ggttcaacctccacttgcgattcgttgctgacgcaatctctgctgatggagctttccgcactgtgtcgggtggaggtggaagaaggtctggcgctggacgcgttgattggcaatgacctgtcaaaagcctgcggcgttggcaaagaggtattcggcgtactggaaccgttcaacattcgcatgatttgttatggcgcatccagccataacctgtgcttcctggtgcccggcgaagatgccgagcaggtggtgcaaaaactgcatagtaatttgtt > 1:375334‑M1/273‑275 (MQ=255) acacaaccnccacttgctatacgttgcagacgcaatctcttcggatggagctttccgcactgtgtcgggtggatgtggaagaaggtcgggcgctggtcgcgttgattggcaatgaccggtcaaaagcttgcggcgttggcaaagaggtattaggcgtactggaaccgttcaacattcgcatgatttgttatggcgcagccagccataacctttgcttcctggtgcccggcgaagatgccgagcaggtggtgcaaaaactgcatagtaatttgtt > 2:266009‑M1/272‑274 (MQ=255) caacctccactggcgatacgttgctgacgcaatctctgctgatggagctttccgcactgtgtcgggtggaggtggaagaaggtctggcgctggtcgcgttgattggcaatgacctgtcaaaagcctgcggcgttggcaaagaggtattcggcgtactggaaccgttcaacattcgcatgatttgttatggcgcatccagccataacctgtgcttcctggtgcccggcgaagatgcggagcaggtggtgcaaaaactgcatactgatttttttttt < 2:575989‑M1/7‑4 (MQ=255) atacgttgctgacgcaatctctgctgatggagctttccgcactgtgtcgggtggaggtggaagaaggtctggcgctggtcgcgttgattggcaatgacctgtcaaaagcctgcggcgttggcaaagaggtattcggcgtactggaaccgttcaacattcgcatgatttgttatggcgcatccagccataacctgtgcttcctggtgcccggcgaagatgccgagcaggtggtgcaaaaactgcatagtaatttgtt > 1:178936‑M1/254‑256 (MQ=255) tGCTTTTTCTTCAACTGGCGGGCTTTTTTCGCTTCAGCCTCACGCTCAACCATTAATTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCCAGCAGTGTTTTAAGTTCACGCTGCTCGCGTTCAGTCATCTCTTTTTGGGTAATACGGGGGAGTGCCATGATGTTGCCCTCGGTGAGCCAGAGAGTTCATTGTACGGGAATTCGATTGCGAGCAGAAcgatacaatttca > 1:229452/1‑262 (MQ=255) tGCTTTTTCTTCAACTGGCGGGCTTTTTTCGCTTCAGCCTCACGCTCAACCATTAATTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCCAGCAGTGTTTTAAGTTCACGCTGCTCGCGTTCAGTCATCTCTTTTTGGGTAATACGGGGGAGTGCCATGATGGTGCGCTCAGTGCGCAAGAGAGTTCAGTGTAGGGGAATGCGTTTGCGAGCCGANGTTTTAATAttaaa > 2:516023/1‑272 (MQ=255) cggggtgCTTTTTTCGTGTCAGCCTCGCGCTCAACCATTAATTTATCGATGTTATCTTTCTTTATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCCAGCAGTGTTTTAAGTTCACGCTGCTCGCGTTCAGTCATCTCTTTTTGGGTAATACGGGGGAGTGCCATGATGGTGCCCTCAGTGAGCCAGAGAGTTCAGTGTACGGGAATTCGTTTGCGAGCAGAACTGATAATATTCATTTTGCCTTCTCTTaa < 2:156636/269‑1 (MQ=255) ggaagaaggtctggcgctggtcgcgttgattggcaatgacctgtcaaaagcctgcggcgttggcaaagaggtattcggcgtactggaaccgttcaacattcgcatgatttgttatggcgcatccagccataacctgtgcttcctggtgcccggcgaagatgccgagcaggtggtgcaaaaactgcatagtaatttgtt > 1:103664‑M1/196‑198 (MQ=255) gtctggcgctggtcgcgttgattggcaatgacctgtcaaaagcctgcggcgttggcaaagaggtattcggcgtactggaaccgttcaacattcgcatgatttgttatggcgcatccagccataacctgtgcttcctggtgcccggcgaagatgccgagcaggtggtgcaaaaactgcatagtaatttGTTTGCGAGCAGAACTGATAATATTCATTTTGCCTTCTCTTAACTATTTATCTCTTTCGATAATTAATTAGAGATGCAGATaaaaaaa < 1:208509‑M1/88‑1 (MQ=255) gtctggcgctggtcgcgttgattggcaatgacctgtcaaaagcctgcggcgttggcaaagaggtattcggcgtactggaaccgttcaacattcgcatgatttgttatggcccatccagccataacctgtgcttcctggtgcccggcgcagatgccgcgnaggtggtgcaaaaactgcatagtaatttGTTTGCGAGCAGAACTGATAATATTCATTTTGCCTTCTCTTAACTATTTATCTCTTTCGATAATTAATTAGAGATGCAGATaaaaaaa < 1:665157‑M1/88‑1 (MQ=255) aTGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCCAGCAGTGTTTTAAGTTCACGCTGCTCGCGTTCAGTCATCTCTTTTTGGGTAATACGGGGGAGTGCTATGATGGTGCCCTCAGTGAGCCAGAGAGTTCAGTGTACGGGAATTCGTTTGCGAGCAGAACGGATAATATTCATTTTGCCTTCTCTTAACTATTTATCTCTTTCGAtaa < 1:52897/247‑1 (MQ=255) cttAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCCAGCAGTGTTTTAAGTTCACGCTGCTCGCGTTCAGTCATCTCTTTTTGGGTAATACGGGGGAGTGCCATGATGGTGCCCTCAGTGAGCCAGAGAGTTCAGTGTACGGGAATTCGTTTGCGAGCAGAACTGATAATATTCATTTTGCCTtctc > 2:383705/1‑212 (MQ=255) tAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCCAGCAGTGTTTTAAGTTCACGCTGCTCGCGTTCAGTCATCTCTTTTTGGGTAATACGGGGGAGTGCCATGATGGTGCCCTCAGTGAGCCAGAGAGTTCAGTGTACGGGAATTCGTTTGCGAGc > 1:681337/1‑181 (MQ=255) aTGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCCAGCAGTGTTTTAAGTTCACGCTGCTCGCGTTCAGTCATCTCTTTTTGGGTAATACGGGGGAGTGCCATGATGGTGCCCTCAGTGAGCCAGAGAGTTCAGTGTACGGGAATTCGTTTGCGAGCAGAACTGATAATATTCATTTTGCCTTCTCTTaa < 1:383711/212‑1 (MQ=255) gCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCCAGCAGTGTTTTAAGTTCACGCTGCTCGCGTTCAGTCATCTCTTTTTGGGTAATACGGGGGAGTGCCATGATGGTGCCCTCAGTGAGCCAGAGAGTTCAGTGTACGGGAATTCGTTTGCGAGCAGaa < 2:681328/181‑1 (MQ=255) gTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACAATGCGCAATCCGCGGTCGATCCAGCAGTGTTTTAAGTTCACGATGCTCGAGTTCAGTCATCGCTTTGTGGGTAATACGGGGGAGTGCCATGATGGTGCTCGCGGTGAGACAGAGAGTTCAGTGTACGGGAATTCGTTTGCGAGCATAAGTGATAATATTCATTATGCCTTCTCTTAAGTATTTAACTCTTTCAATAATTAATTAGAGAGGCAGATAAAAAAATAAAAGGCAattatttttctat > 2:583327/1‑267 (MQ=255) cGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCCAGCAGTGTTTTAAGTTCACGCTGCTCGCGTTCAGTCATCTCTTTTTGGGTAATACGGGGGAGTGCCATGATGGTGCCCTCAGTGAGCCAGAGAGTTCAGTGTACGGGAATTCGTTTGCGAGCAGAACTGATAATATTCAtt > 2:176840/1‑185 (MQ=255) gTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCCAGCAGTGTTTTAAGTTCACGCTGCTCGCGTTCAGTCATCTCTTTTTGGGTAATACGGGGGAGTGCCATGATGGTGCCCTCAGTGAGCCAGAGAGTTCAGTGTACGGGAATTCGTTTGCGAGCAGAACTGATAATATTCATTTTGc < 1:176843/185‑1 (MQ=255) tGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCCAGCAGTGTTTTAAGTTCACGCTGCTCGCGTTCAGTCATCTCTTTTTGGGGAATACGGGGGAGTGCCATGATGGTGCCCTCAGTGAGCCAGAGAGTTCAGTGTACGGGAATTCGTTTGCGAGCAGAACTGATAATATTCATTTTGCCTTCTCTTAACTATTTATCTCTTTCGATAATTAATTAGAGATGCAGATAAAAAAATTAAAGGCAATTATTCTCCGATAAAGACGCTGGTTaa < 1:55665/275‑1 (MQ=255) ggTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCCAGCAGTGTTTTAAGTACACGCTGCTCGCGTTCAGTCCTCTCTTTTTGGGTAATACGGGGGAGTGCCATGATGGTGCCCTCACTGAGCCAGAGAGTTCAGTGTACGGGAATTCGTTTGCGAGCAGAACTGAAAATATTCATTTTGCCTTCTCTTAACTATTTATCTATTACGTTAATTCATTAGAGATGAAGATAAAAAAATTAAAGGCAATTATCTTCCGATCAACACGCTgtt > 2:97855/1‑269 (MQ=255) gACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCCAGCAGTGTTTTAAGTTCACGCTGCTCGCGTTCAGTCATCTCTTTTTGGGTAATACGGGGGAGTGCCATGATGGTGCCCTCAGTGAGCCAGAGAGTTCAGTGTACGGGAATTCGTTTGCGAGCAGAACTGATAATATTCAtttt > 1:308154/1‑169 (MQ=255) gACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCCAGCAGTGTTTTAAGTTCACGCTGCTCGCGTTCAGTCATCTCTTTTTGGGTAATACGGGGGAGTGCCATGATGGTGCCCTCAGTGAGCCAGAGAGTTCAGTGTACGGGAATTCGTTTGCGAGCAGAACTGATAATATTCATTTTGCCTTCTCTTAACTATTTATCTCTTTCg > 1:117796/1‑197 (MQ=255) aTGCGCAATCCGCGCCCGATCCAGCAGTGTTTTAAGTTCACGCTGCTCGCGTTCAGTCATCTCTTTTTGGGTAATACGGGGGAGTGCCATGATGGTGCCCTCAGTGAGCCAGAGAGTTCAGTGTACGGGAATTCGTTTGCGAGCAGAACTGATAATATTCATTTTGCCt < 2:308148/169‑1 (MQ=255) aTGCGCAATCCGCGCCCGATCCAGCAGTGTTTTAAGTTCACGCTGCTCGCGTTCAGTCATCTCTTTTTGGGTAATACGGGGGAGTGCCATGATGGTGCCCTCAGTGAGCCAGAGAGTTCAGTGTACGGGAATTCGTTTGCGAGCAGAACTGATAATATTCATTTTGCCTTCTCTTAACTATTTATCTCTTTCGAtaa < 2:117795/197‑1 (MQ=255) tGCGCAATCCGCGCCCGATCCAGCAGTGTTTTAAGTTCACGCTGCTCGCGTTCAGTCATCTCTTTTTGGGTAATACGGGGGAGTGCCATGATGGTGCCCTCAGTGAGCCAGAGAGTTCAGTGTACGGGAATTCGTTTGCGAGCa > 1:553052/1‑144 (MQ=255) cAATCCGCGCCCGATCCAGCAGTTTTTTAAGTTCACGCTGCTCGCGTTCAGTCATCTCTTTTTGGGTAATACGGGGGAGTGCCATGATGGTGCCCTCAGTGAGCCAGAGAGTTCAGTGTACGGGAATTCGTTTGCGAGCAGAAc < 2:553043/144‑1 (MQ=255) ggcCCGATCCTGTGGTGTTTTAAGTTCACGCTGCTCGCGTTCAGTCATCTCTTTTTGGGTAATACGGGGGAGTGCCATGATGGTGCCCTCAGTGAGCCAGAGAGTTCAGTGTACGGGAATTCGTTTGCGAGCAGAACTGATAATATTCATTTTGCCTTCTCTTAACTATTTATCTCTTTCGATAAGTAATTAGAGATGCAGATAAAAAAATTAAAGGCAATTATTCTCCGATAAAGACGCTGGTTAACAGAGTACAGGCTCGTTTATTGATGAGc < 2:27540/274‑1 (MQ=255) cgcCCGATCCAGCAGTGTTTTAAGTTCACGCTGCTCGCGTTCAGTCATCTCTTTTTGGGTAATACGGGGGAGTGCCATGATGGTGCCCTCAGTGAGCCAGAGAGTTCAGTGTACGGGAATTCGTTTGCGAGCAGAACTGATAATATTCATTTTGCCTTCTCTTAACTATTTATCTCTTTCGATAATTAATTAGAGATGCAGATAAAAAAATTAAAGGCAATTATTCTCCGATAAAGACGCTGGTTAACAGAGTACAGGCTCGTTTATTGATGAGc > 2:152845/1‑275 (MQ=255) gcagTGTTTTAAGTTCACGCTGCTCGCGTTCAGTCATCTCTTTTTGGGTAATACGGGGGAGTGCCATGATGGTGCCCTCAGTGAGCCAGAGAGTTCAGTGTACGGGAATTCGTTTGCGAGCAGAACTGATAATATTCATTTTGCCTTCTCTTAACTATTTATCTCTTTCGATAATTAATTAGAGATGCAGATAAAAAAATTAAAGGCAATTATTCTCCGATAAAGACGCTGGTTAACAGAGTACAGGCTCGTTTATTGATGAGCATAGTGACAAg < 1:152848/275‑1 (MQ=255) agttagtttcaccattcgcattattttttatggcgcatccagccatatcctgtgcttcctggtgctctgcgaagatgccgggcaggtggttcaaaatctgcatagtaatttGTTTGCGAGCAGAACTGATAATATTCATTTTGCCTTCTCTTAACTATTTATCGCTTTCGATAATTAATTAGAGATGCAGATAAAAAAATTAAAGGCGATTATTCTCCGATAAAGACGCTGGTTAACAGAGTACAGGCTCGTTTATTGATGAGCATAGTGACAAg > 2:80933‑M1/112‑275 (MQ=255) gtaccgtttatcattcgcatgatttgttatggcgcatccagccataacctgtgcttcctggtgcccggcgaagatgccgagcaggtggtgcaaaaactgcatagtaatttGTTTGCGAGCAGAACTGATAATATTCATTTTGCCTTCTCTTAACTATTTATCTCTTTCGATAATTAATTAGAGATGCAGATAAAAAAATTAAAGGCAATTATTCTCCGATAAAGACGCTGGTTAACAGAGTACAGGCTCGTTTATTGATGAGCATAGTGACAAg > 1:195400‑M1/111‑274 (MQ=255) ggaccggtcaacagtcgcaggatttgtgatggcgcatccagccataacctgtgcttcctggtgcccggcgaagatgccgagcaggtggtgcaaaaactgcatagtaatttGTTTGCGAGCAGAACTGATAATATTCATTTTGCCTTCTCTTAACTATTTATCTCTTTCGATAATTAATTAGAGATGCAGATAAAAAAATTAAAGGCAATTATTCTCCGATAAAGACGCTGGTTAACAGAGTACAGGCTCGTTTATTGATGAGCATAGTGACAAg > 2:208505‑M1/111‑274 (MQ=255) ccgttcaacattcgcatgatttgttatggcgcatccagccataacctgtgcttcctggtgcccggcgaagatgccgagcaggtggtgcaaaaactgcatagtaatttGTTTGCGAGCAGAACTGATAATATTCATCTTGCCTTCTCTTAACTATTTATCTCTTTCGATAATTAATTAGAGATGCAGATAAAAAAATTAAAGGCAATTATTCTCCGATAAAGACGCTGGTTAACAGAGTACAGGCTCGTTTATTGATGAGCATAGTGa < 1:371271‑M1/160‑1 (MQ=255) 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2:76910/1‑210 (MQ=255) tGCCATGATGGTGCCCTCAGTGAGCCAGAGAGTTCAGTGTACGGGAATTCGTTTGCGAGCAGAACTGATAATATTCATTTTGCCTTCTCTTAACTATTTATCTCTTTCGATAATTAATTAGAGATGCAGATAAAAAAATTAAAGGCAATTATTCTCCGATAAAGACGCTGGTTAACAGAGTACAGGCTCGTTTATTGATGAGCATAGTGACAAGAAAATCAATACGGCCCGaa > 1:360494/1‑233 (MQ=255) tGCCATGATGGTGCCCTCAGTGAGCCAGAGAGTTCAGTGTACGGGAATTCGTTTGCGAGCAGAACTGATAATATTCATTTTGCCTTCTCTTAACTATTTATCTCTTTCGATAATTAATTAGAGATGCAGATAAAAAAATTAAAGGCAATTATTCTCCGATAAAGACGCTGGTTAACAGAGTACAGGCTCGTTTATTGATGAGCATAGAGACAAGAAAATAAAAACGGCACGAAATATAGCTTCCAGGCCATACAGTATTAAATCAAAAAAATTAc > 2:584006/1‑275 (MQ=255) tGCCATGATGGTGCCCTCAGTGAGCCAGAGAGTTAAGTGTACGGGAATTCGTTTGCGAGCAGAACTGATAATATTCATTTTGCCTTCTCTTAACTATTTATCTCttt > 1:460773/1‑107 (MQ=255) gtgcccggcgaagatgccgagcaggtggtgcaaaaactgcatagtaatttGTTTGCGAGCAGAACTGATAATATTCATTTTGCCTTCTCTTAACTATTTATCTCTTTCGATAATTAATTAGAGATGCAGATAAAAAAATTAAAGGCAATTATTCTCCGATAAAGACGCTGGTTAACAGAGTACAGGCTCGTTTATTGATGAGCATAGTGACAAg > 2:168556‑M1/51‑214 (MQ=255) 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aTTCGTTTGCGAGCAGAACTGATAATATTCATTTTGCCTTCTCTTAACTATTTATCTCTTTCGATAATTAATTAGAGATGCAGATAAAAAAATTAAAGGCAATTATTCTCCGATAAAGACGCTGGTTAACa < 1:603779/131‑1 (MQ=255) | CGCTTCAGGATCCGGTTTATAAGCCTGCTTTTTCTTCAACTGGCGGGCTTTTTTCGCTTCAGCCTCACGCTCAACCATTAATTTATCGATGTAATCTTTCTTAATGCTGTTGGTTTCGGAGTTGGTCAATACGCGACCATGCGCAATCCGCGCCCGATCCAGCAGTGTTTTAAGTTCACGCTGCTCGCGTTCAGTCATCTCTTTTTGGGTAATACGGGGGAGTGCCATGATGGTGCCCTCAGTGAGCCAGAGAGTTCAGTGTACGGGAATTCGTTTGCGAGCAGAACTGATAATATTCATTTTGCCTTCTCTTAACTATTTATCTCTTTCGATAATTAATTAGAGATGCAGATAAAAAAATTAAAGGCAATTATTCTCCGATAAAGACGCTGGTTAACAGAGTACAGGCTCGTTTATTGATGAGCATAGTGACAAGAAAATCAATACGGCCCGAAATATAGCTTCCAGGCCATACAGTATTTACTCAAACAAATTACTATGCAGTTTTTGCACCACCTGCTCGGCATCTTCGCCGGG > CP009273/4221332‑4221868 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |