New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 1577603 = | 25 (0.650) | 4 (0.100) | 4/312 | NT | 13.6% | coding (342/762 nt) | ydeO | UV‑inducible global regulator, EvgA‑, GadE‑dependent |
? | CP009273 | 1578335 = | 26 (0.680) | intergenic (‑119/+129) | safA/ydeP | two‑component system connector membrane protein, EvgSA to PhoQP/putative oxidoreductase |
TAAGTGTCAGTAATAAGACAACCACAATTGCAGACATGATTTCTTTATAGTTGTCTCTTTGCGTGATTTTGTTTTTCACTGTGGTCGCATGCATTTCAAATATGTTTATTTAGCGGATAACGTTAAAAATCGTTAATCAGTATGCTTAATATAACAGGCTGGAGAAAAGAGGAAATAGGACTGGTGCTTCAGTACTGAGCGGAGTTTCTTACAGCTGTAGGCAGAAGTTTATATCTTATAGTATGTAGTTTAATTTAATCCATGTGAGCAAATTGCGAAATAATAGTCAATGAGGAATTCTTCTGCTGTGCGGATGACAGCAGAAGAAATGAGAAGAGGCATTAATTTGATGGTTCTAATTCAACCGGAATACTTTTATAGCCAGGAATGCCACTTAATGGATCGTGGTTATCAAGTGTTAGCATGTGATTCGATTCTGGAAAATAGGTCACCAGTG > CP009273/1578123‑1578579 | tagagacaggttataaGACTACCACAATTGCAGATATTATTTCTGTATAGTTGTCGCTTTGCGTGATTTTGTTTTTCACAGTGGTCGCATGCATTTCAAATATGTTTATTTAGCGGATAACGTTAAAAATCGTTAATCAGTATGCTTAATATAACAGGCTGGAGAAAAGAGGAAATAGGACTGGTGCTTCAGTACTGAGCGGAGTTTCTTACAGCTGTAGGCAGAAGTTTATATCTTATAGTATGTGGTTTAATTTAATCCATGTGAGCAGATTg < 1:698421/263‑1 (MQ=255) gcggcattttaaagagatcggatttactgaaaataccattaaaaaatatctacaatgcactaacatccagacagtgacggtgcctgttcctgcgaagtttttacgtgcttcaaatgtaccgactggattgcttaatgaaatgattgcttatctcaactcggaagaacgcaatcatcataatttttcagaacttttgcttttttcttgcAGCTGTAGGCAGAAGTTTATATCTTATAGTATGTAGTTTAATTTAATCCATGTGAGCAAATTGCGaa > 1:8040‑M2/209‑275 (MQ=255) gcattttaaagagatcggatttactgaaaataccattaaaaaatatctacaatgcactaacatccagacagtgacggtgcctgttcctgcgaagtttttacgtgcttcaaatgtaccgactggattgcttaatgaaatgattgcttatctcaactcggaagaacgcaatcgtcataatttttcagaacttttgcttttttcttgcAGCTGTAGGCAGAAGTTTATATCTTATAGTATGTAGTTTAATTTAATCCATGTGAGCAAATTGCGAaata > 1:438333‑M2/206‑275 (MQ=255) aaagaaataggatttaatgaaaatagcattaaaaaatatctacaatncactaacatccagacagtgacggtgcctgttcctgcgaagtttttacgtgcttcaaatgtaccgactggattgcttaatgaaatgattgcttatctcaactcggaagaacgcaatcatcataatttttcagaacttttgcttttttcttgcAGCTGTAGGCAGAAGTTTATATCTTATAGTATGTAGTTTAATTTAATCCATGTGAGCAAATTGCGAAATAATAGTCa < 2:438326‑M2/77‑1 (MQ=255) tactcaATTGAAGACATTATTTCTTTATAGTTGTTTCTTTGTGTGATTTTGTTGTTCACTGTGGTCGCATGCATTTCAAATATGTTTATTTAGCGGATAACGTTAAAAATCGTTAATCAGTATGCTTAATATAACAGGCTGGAGAAAAGAGGAAATAGGACTGGTGCTTCAGTACTGAGCGGAGTTTCTTACAGCTGTAGGCAGAAGTTTATATCTTATAGTATGTAGTTTAATTTAATCCATGTGAGCAAATTGCGAAATAATAGTCAATGAgg < 2:38417/271‑1 (MQ=255) aCCACAATTGCAGACATGATTTCTTTATAGTTGTCTCTTTGCGTGATTTTGTTTTTCACTGTGGTCGCATGCATTTCAAATATGTTTATTTAGCGGATAACGTTAAAAATGGTTAATCAGTATGCTTAATATAACAGGCTGAAGAAAAGAGGAAATAGGACTGGTGCTTCAGTACTGAGCGGAGTTTCTTACAGCTGTAGTGAGAAGTTGATAGCTTATAGTATGTCGTTTAATTTAATCAAGCTTAGAAGATTACGAAATAATAgcagtctctt > 2:698412/1‑266 (MQ=255) aCCACAATTGCAGACATGATTTCTTTATAGTTGTCTCTTTGCGTGATTTTGTTTTTCACTGTGGTCGCATGCATTTCAAATATGTTTATTTAGCGGATAACGTTAAAAATCGTTAATCAGTATGCTTAATATAACAGGCTGGAGAAAAGAGGAAATAGGACTGGTGCTTCAGTACTGAGCGGAGTTTCTTACAGCTGTAg > 1:23105/1‑200 (MQ=255) aCCACAATTGCAGACATGATTTCTTTATAGTTGTCTCTTTGCGTGATTTTGTTTTTCACTGTGGTCGCATGCATTTCAAATATGTTTATTTAGCGGATAACGTTAAAAATCGTTAATCAGTATGCTTAATATAACAGGCTGGAGAAAAGAGGAAATAGGACTGGTGCTTCAGTACTGAGCGGAGTTTCTTACAGCTGTAGGCAGaa > 1:125091/1‑206 (MQ=255) caATTGCAGACATGATTTCTTTATAGTTGTCTCTTTGCGTGATTTTGTTTTTCACTGTGGTCGCATGCATTTCAAATATGTTTATTTAGCGGATAACGTTAAAAATCGTTAATCAGTATGCTTAATATAACAGGCTGGAGAAAAGAGGAAATAGGACTGGTGCTTCAGTACTGAGCGGAGTTTCTTACAGCTGTAGGCAg < 2:23105/200‑1 (MQ=255) caATTGCAGACATGATTTCTTTATAGTTGTCTCTTTGCGTGATTTTGTTTTTCACTGTGGTCGCATGCATTTCAAATATGTTTATTTAGCGGATAACGTTAAAAATCGTTAATCAGTATGCTTAATATAACAGGCTGGAGAAAAGAGGAAATAGGACTGGTGCTTCAGTACTGAGCGGAGTTTCTTACAGCTGTAGGCAGAAGttt < 2:125090/206‑1 (MQ=255) gaaaataccattaaaaaatatctacaatgcactaacatccagacagtgacggtgcctgttcctgcgaagtttttacgtgcttcaaatgtaccgactggattgcttaatgaaatgattgcttatctcaactcggaagaacgcaatcatcataatttttcagaacttttgcttttttcttgcAGCTGTAGGCAGAAGTTTATATCTTATAGTATGTAGTTTAATTTAATCCATGTGAGCAAATTGCGAAATAATAGTCAATGAGGAATTCTTctgct < 2:8040‑M2/95‑1 (MQ=255) gTCTCTTTGCGTGATTTTGTTTTTCACTGTGGTCGCATGCATTTCAAATATGTTTATTTAGCGGATAACGTTAAAAATCGTTAATCAGTATGCTTAATATAACAGGCTGGAGAAAAGAGGAAATAGGACTGGTGCTTCAGTACTGAGCGGAGTTTCTTACAGCTGTAGGCAGaa > 1:663659/1‑174 (MQ=255) ctTTGCGTGATTTTGTTTTTCACTGTGGTCGCATGCATTTCAAATATGTTTATTTAGCGGATAACGTTAAAAATCGTTAATCAGTATGCTTAATATAACAGGCTGGAGAAAAGAGGAAATAGGACTGGTGCTTCAGTACTGAGCGGAGTTTCTTACAGCTGTAGGCAGAAGttt < 2:663650/174‑1 (MQ=255) gCGTGATTTTGTTTTTCACTGTGGTCGCATGCATTTCAAATATGTTTATTTAGCGGATAACGTTAAAAATCGTTAATCAGTATGCTTAATATAACAGGCTGGAGAAAAGAGGAAATAGGACTGGTGCTTCAGTACTGAGCGGAGTTTCTTACAGCTGTAGGCAGAAGTTTATATCTTATAGTATGTAGTTTAATTTAATCCATGTGAGCAAATTGCGAAataata > 1:94831/1‑225 (MQ=255) gATTTTGTTTTTCACTGTGGTCGCATGCATTTCAAATATGTTTATTTAGCGGATAACGTTAAAAATCGTTAATCAGTATGCTTAATATAACAGGCTGGAGAAAAGAGGAAATAGGACTGGTGCTTCAGTACTGAGCGGAGTTTCTTACAGCTGTAGGCAGAAGTTTATATCTTATAGTATGTAGTTTAATTTAATCCATGTGAGCAAATTGCGAAATAATAGTCa < 2:94830/225‑1 (MQ=255) catTTCAAATATGTTTATTTAGCGGATAACGTTAAAAATCGTTAATCAGTATGATTAATATAACAGGCTGGAGAAAAGAGGAAATAGGACTGGTGCTTCAGTACTGAGCGGAGTTTCTTACAGCTGTAGGCAGaa > 2:228620/1‑135 (MQ=255) tCAAATATGTTTATTTAGCGGATAACGTTAAAAATCGTTAATCAGTATGCTTAATATAACAGGCTGGAGAAAAGAGGAAATAGGACTGGTGCTTCAGTACTGAGCGGAGTTTCTTACAGCTGTAGGCAGAAGttt < 1:228625/135‑1 (MQ=255) aaTATGTTTATTTAGCGGATAACGTTAAAAATCGTTAATCAGTATGCTTAATATAACAGGCTGGAGAAAAGAGGAAATAGGACTGGTGCTTCAGTACTGAGCGGAGTTTCTTACAGCTGTAGGCAGaa > 2:364380/1‑128 (MQ=255) tGTTTATTTAGCGGATAACGTTAAAAATCGTTAATCAGTATGCTTAATATAACAGGCTGGAGAAAAGAGGAAATAGGACTGGTGCTTCAGTACTGAGCGGAGTTTCTTACAGCTGTAGGCAGAAGttt < 1:364386/128‑1 (MQ=255) cGGATAACGTTAAAAATCGTTAATCAGTATGCTTAATATAACAGGCTGGAGAAAAGAGGAAATAGGACTGGTGCTTCAGTACTGAGCGGAGTTTCTTACAGCTGTAg > 2:681204/1‑107 (MQ=255) ggATAACGTTAAAAATCGTTAATCAGTATGCTTAATATAACAGGCTGGAGAAAAGAGGAAATAGGACTGGTGCTTCAGTACTGAGCGGAGTTTCTTACAGCTGTAGGCAg > 2:91880/1‑110 (MQ=255) tAACGTTAAAAATCGTTAATCAGTATGCTTAATATAACAGGCTGGAGAAAAGAGGAAATAGGACTGGTGCTTCAGTACTGAGCGGAGTTTCTTACAGCTGTAGGCAg < 1:681213/107‑1 (MQ=255) aaCGTTAAAAATCGTTAATCAGTATGCTTAAGATAACAGGCTGGAGAAAAGAGGAAATAGGACTGGTGCTTCAGTACTGAGCGGAGTTTCTTACAGCTGTAGGCAGAAGt < 1:91881/110‑1 (MQ=255) aaaTCGTTAATCAGTATGCTTAATATAACAGGCTGGAGAAAAGAGGAAATAGGACTGGTGCTTCAGTACTGAGCGGAGTTTCTTACAGCTGTAGGCAGaa > 2:430644/1‑100 (MQ=255) cGTTAATCAGTATGCTTAATATAACAGGCTGGAGAAAAGAGGAAATAGGACTGGTGCTTCAGTACTGAGCGGAGTTTCTTACAGCTGTAGGCAGAAGttt < 1:430651/100‑1 (MQ=255) cAGGCTGGAGAAAAGAGGAAATAGGACTGGTGCTTCAGTACTGAGCGGAGTTTCTTACAGCTGTAg > 1:458405/1‑66 (MQ=255) cTGGAGAAAAGAGGAAATAGGACTGGTGCTTCAGTACTGAGCGGAGTTTCTTACAGCTGTAGGCAg < 2:458398/66‑1 (MQ=255) tGGAGAAAAGAGGAAATCGGGCTGGTGCTTCAGTACTGAGCGGCGTTTCTTCCAGCTGTAGGCAGaa > 2:509469/1‑67 (MQ=255) aTAGGACTGGTTTTTTAGTACTGAGGGGAGTTTCTTACAGCTGTAGGAAGAAGTTTATATCTTATAGTATGTAGTTTAATTTAATCCATGTGAGCAAATTGCGAAATAATAGTCAATGAGGAATTCTTCTGCTGTGCGGATGACAGCAGAAGAAATGAGAAGAGGCATTAATTTGATGGTTCTAATTCAACCGGAATACTTTTATAGCCAGGAATGCCACTTAATGGATCGTGGTTATCAAGTGTTAGCATGTGATTCGATTCTGGAAAATAGGt < 1:216412/275‑1 (MQ=255) gTGCTTCAGTACTGAGCGGAGTTTCTTACAGCTGTAGGCAGAAGTTTATATCTTATAGTATGTAGTTTAATTTAATCCATGTGAGCAAATTGCGAAATAATAGTCAATGAGGAATTCTTCTGCTGTGCGGATGACAGCAGAAGAAATGAGAAGAGGCATTAATTTGATGGTTCTAATTCAACCGGAATACTTTTATAGCCAGGAATGCCACTTAATGGATCGTGGTTATCACGTGTTAGCATGGGATTCGATTCTGGAAAGTAGGTCACCaaaa > 2:216408/1‑271 (MQ=255) | TAAGTGTCAGTAATAAGACAACCACAATTGCAGACATGATTTCTTTATAGTTGTCTCTTTGCGTGATTTTGTTTTTCACTGTGGTCGCATGCATTTCAAATATGTTTATTTAGCGGATAACGTTAAAAATCGTTAATCAGTATGCTTAATATAACAGGCTGGAGAAAAGAGGAAATAGGACTGGTGCTTCAGTACTGAGCGGAGTTTCTTACAGCTGTAGGCAGAAGTTTATATCTTATAGTATGTAGTTTAATTTAATCCATGTGAGCAAATTGCGAAATAATAGTCAATGAGGAATTCTTCTGCTGTGCGGATGACAGCAGAAGAAATGAGAAGAGGCATTAATTTGATGGTTCTAATTCAACCGGAATACTTTTATAGCCAGGAATGCCACTTAATGGATCGTGGTTATCAAGTGTTAGCATGTGATTCGATTCTGGAAAATAGGTCACCAGTG > CP009273/1578123‑1578579 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |