New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 1813583 = | 25 (0.650) | 5 (0.140) | 5/298 | NT | 19.7% | coding (122/843 nt) | chbR | repressor of chb operon for N,N'‑diacetylchitobiose utilization |
? | CP009273 | 1813704 = | 17 (0.470) | coding (1/843 nt) | chbR | repressor of chb operon for N,N'‑diacetylchitobiose utilization |
ATGCGCGTGGCACCAAACTCATAAAAACTTTGATGGTGCGAACCTAACGGAATAAAAACAAAATCGCCCCGTTCCAGTAACACGCGCTTACCGTTAATCTCCTGGAAATAACGCCCGGTTAATACCAGAGTAAATTCATAATAGTCGTGCTGATGCAGTCCGCTGATACTCTCAGTTTTGTTATAGATAAACACATGGAAGTTTTTGCCATTAAACAACTGCTGTTCTCGGGCAGTGGCAATTTCCGGCGCGTTAATCACTGGCTGCATCATCGACTCCTTATGCCTTCAGTTTTTCATGAAGCTCAATTAATTCAGTAATCAGTTCACGCGCAAGCATGGACGTCATTAAATGATCCTGAGCGTGGACCAGCACCAGACTCACTTTCATCTTACCTTCGCCCGCATCGCCTTCAATCAGTTTCGTCTGTACCAGATGCGCTTCATTCAATGCCATCCGTGACTGATCCATCATGGC > CP009273/1813433‑1813909 | atGCGCGTGGCACCAAACTCATAAAAACTTTGATGGTGCGAACCTAACGGAATAAAAACAAAATCGCCCCGTTCCAGTAACACGCGCTTACCGTTAATCTCCTGGAAATAACGCCCGGTTAATACCAGAGTAAATTCATAATAGTCGTGCTGATGCAGTCCGCTGATACTCTCAGTTTTGTTATAGATAAACACATGGAAGTTTTTGCCATTAAACAACTGCTGTTCTCGGGCAGTGGCAATTTCCGGCGCGTTAATCACTGGCTGCATCATCGa < 1:437365/275‑1 (MQ=255) aTAAAAACTTTGATGGTGCGAACCTAAAGGAATAAAAAAAAAATCGCCCCGTTCCAGTAACACGCGCTTACCGTTAATCTCCTGGAAATAACGCCCGGTTAATACCAGAGTAAATTCATAATAGTCGTGCTGATGCAGTCCGCTGATACTCTCAGTTTTGTTATAGATAAACACATGGAAGTTTTTGCCATTAAACAACTGATGTTCTAGGGCAGTGGCAATTTCCGGCGCGTTAATAAATGGCTGCATCATCGACTCATGATGCCTTCAgagtt > 2:181648/1‑271 (MQ=255) aCGGAATAAAAACAAAATCGCCCCGTTCCAGTAACACGCGCTTACCGTTAATCTCCTGGAAATAACGCCCGGTTAATACCAGAGTAAATTCATAATAGTCGTGCTGATGCAGTCCGCTGATACTCTCAGTTTTGTTATAGATAAACACATGGAAGTTTTTGCCATTAAACAACTGCTGTTCTCGTGCAGTGGCAATTTCCGGCGCGTTAATCACTGGCTGCATCATCGACTCCTTATGCCTTCAGTTTTTCATGAAGCTCAATTAATTCAGTAAt > 1:65975/1‑275 (MQ=255) aaCCCGCGCTTACCGTTAATCTCCTGGAAATAACGCCCGGTTAATACCAGAGTAAATTCATAATAGTCGTGCTGATGCAGTCCGCTGATACTCTCAGTTTTGTTATAGATAAACACATGGAAGTTTTTGCCATTAAACAACTGCTGTTCTCGGGCAGTGGCAATTTCCGGCGCGTTAATCACTGGCTGCATCATCGACTCCTTATGCCTTCAGTTTTTCATGAAGCTCAATTAATTCAGTAATCAGTTCACGCGCAAGCATGGACGTCATTAAAt < 1:181651/275‑1 (MQ=255) aaTCTCCTGGAAATAACGCCCGGTTAATACCAGAGTAAATTCATAATAGTCGTGCTGATGCAGTCCGCTGATACTCTCAGTTTTGTTATAGATAAACACATGGAAGTTTTTGCCATTAAACAACTGCTGTTCTCGGGCAGTGGCAATTTCCGGCGCGTTAATCACTGGCTGCATCATCGACTCCTTATGCCTTCAGTTTTTCATGAAGCTCAATTAATTCAGTAATCAGTTCAc > 2:474143/1‑234 (MQ=255) tcCTGGAAATAACGCCCGGTTAATACCAGAGTAAATTCATAATAGTCGTGCTGATGCAGTCCGCTGATACTCTCAGTTTTGTTATAGATAAACACATGGAAGTTTTTGCCATTAAACAACTGCTGTTCTCGGGCAGTGGCAATTTCCGGCGCGTTAATCACTGGCTGCATCATCGACTCCTTATGCCTTCAGTTTTTCATGAAGCTCGATTAATTCAGTAATCAGTTCACgcgc < 1:474150/234‑1 (MQ=255) gAAATAACGCCCGGTTAATACCAGAGTAAATTCATAATAGTCGTGCTGATGCAGTCCGCTGATACTCTCAGTTTTGTTATAGATAAACACATGGAAGTTTTTGCCATTAAACAACTGCTGTTATCGGGCAGTGGCAATTTCCGGCGCGTTAATCACTGGCTGCATCATCGACTCCTTATGCCTTCAGTTTTTCATGAAGCTCAATTAATTCAGTAATCAGTTCACGCGCAAGCATGGACGTCATTAAATGATCCTGAGCGTGGACCAGCACCAGa < 1:585866/275‑1 (MQ=255) taaagaCGCCANATTAATACCAGGGTAAATTCATAATATGCGTGCTGATGCAGTCCGCTGATACTCTCAGTTTTGTTATAGATAAACACATGGAAGTTTTTGCCATTAAACAACTGCTGTTCTCGGGCAGTGGCAATTTCCGGCGCGTTAATCACTGGCTGCATCATCGACTCCTTATGCCTTCAGTTTTTCATGAAGCTCAATTAATTCAGTAATCAGTTCACGCGCAAGCATGGACGTCATTAAATGATCCTGAGCGTGGACCAGCACCAGAc < 2:65974/270‑1 (MQ=255) aaTACCAGAGTAAATTCATAATAGTCGTGCTGATGCAGTCCGCTGATACTCTCAGTTTTGTTATAGATAAACACATGGAAGTTTTTGCCATTAAACAACTGCTGTTCTCGGGCAGTGGCAATTTCCGGCGCGTTAATCACTGGCTGCatcatc < 1:125709/153‑1 (MQ=255) gagTAAATTCATAATAGTCGTGCTGATGCAGTCCGCTGATACTCTCAGTTTTGTTATAGATAAACACATGGAAGTTTTTGCCATTAAACAACTGCTGTTCTCGGGCAGTGGCAATTTCCGGCGCGTTAATCACTGGCTGCATCATCGACTCCTTATGCCTTCAGTTTTTCATGAAGCTCAATTAATTCAGTAATCAGTTCACGCGCAAGCATGGACGTCATTAAATGATCCTGAGCGTGGAGCAGCACCAGACTCACTTTCACCTTACCTTCTcc > 2:610897/1‑275 (MQ=255) aaTTCATAATAGTCGTGCTGATGCAGTCCGCTGATACTCTCAGTTTTGTTATAGATAAACACATGGAAGTTTTTGCCATTAAACAACTGCTGTTCTCGGGCAGTGGCAATTTCCGGCGCGTTAATCACTGGCTGCATCATCGa < 2:10108/143‑1 (MQ=255) tGCTGATGCAGTCCGCTGATACTCTCAGTTTTGTTATAGATAAACACATGGAAGTTTTTGCCATTAAACAACTGCTGTTCTCGGGCAGTGGCAATTTCCGGCGCGTTAATCACTGGCTGCATNATCGACTCCTTATGCCTTCAGTTTTTCATGAAGCTCAATTAATTCAGTAATCAGTTCACGCGCAAGCATGGACGTCATTAAATGATCCTGAGCGTGGACCAGCACCAGACTCACTTTCATCTTACCTTCGCCCGCATCGCCTTCAATCAGtt < 1:610906/275‑1 (MQ=255) gCTGATGCAGTCCGCTGATACTCTCAGTTTTGTTATAGATAAACACATGGAAGTTTTTGCCATTAAACAACTGCTGTTCTCGGGCAGTGGCAATTTCCGGCGCGTTAATCACTGGCTGCATCATCGACTCCTTATGCCTTCAGTTTTTCATGAAGCTCAATTAATTCAGTAATCAGTTCACGCGCAAGCATGGACGTCATTAAATGATCCTGAGCGTGGACCAGCACCAGACTCACTTTCATCTTACCTTCGCCCGCAt < 1:432450/259‑1 (MQ=255) acgcgccggaaattgcccctgcccgagaacagcagttgtttaatggcaaaaacttccatgtgtttatctataacaaaactgagagtatcagcggactgcatcaTCGACTCCTTATGCCTTCAGTTTTTCATTAAGCTCAATTAATTAAGTAATCAGTTCACGCGCAAGCATGGACGTCATTAAATGATCCTGAGCGTGGACCAGCACCAGACTCACTTTCATCTTACCTTCGCCCGCATCTCATTCAATCCGTTTCGTCTGTACCAGATGCGCt > 1:625112‑M2/104‑274 (MQ=255) aGTTTTGTTATAGATAAACACATGGAAGTTTTTGCCATTAAACAACTGCTGTTCTCGGGCAGTGGCAATTTCCGGCGCGTTAATCACTGGCTGCATCATCGACTCCTTATGCCTTCAGTTTTTCATGCCGCCCAATTAATTCAGTAATCAGTTCACGCGCAAGCATGGACGTCATTAAATGATCCTGATCGt > 2:517369/1‑192 (MQ=255) ttGTTATANATAAACACATGGAAGTTTTTGCCATTAAACAACTGCTGTTCTCGGGCAGTGGCAATTTCCGGCGCGTTAATCACTGGCTGCATCATCGACTCCTTATGCCTTCAGTTTTTCATGAAGCTCAATTAATTCAGTAATCAGCTCACGCGCAAGCATGCACGTCATTAAATGATCCTGAGCGTGGAc < 1:517376/192‑1 (MQ=255) tgccactgcccgagaacagcagttgtttaatggcaaaaacttccatgtgtttatctataacaaaactgagagtatcagcggactgcatcaTCGACTCCTTATGCCTTCAGTTTTTCATGAAGCTCAATTAATTCAGTAATCAGTTCa > 2:644699‑M2/91‑147 (MQ=255) tctgcccgagaacagcagttgtttaatggcaaaaacttccatgtgtttatctataacaaaactgagagtatcagcggactgcatcaTCGACTCCTTATGCCTTCAGTTTTTCATGAAGCTCAATTAATTCAGTAATCAGTTCAcgcg < 1:644708‑M2/61‑1 (MQ=255) acacATGGAAGTTTTTGCCATTAAACAACGGCTGTTCTCGGGCAGTGGCAATTTACGGCGCGTTAATCACTGGCTGCATCATCGACTCCTTATGCCTTCAGTTTTTCATAAAGCTCAATTAATTCAGTACTCAGTCAACGCGCAATCATGGCCGTCATTAAATTATCCTTAGCGTGGACCAGCACCAGACTAACTTTCATCTTACCTTCGCCCGAATCGCCTTCCATCAGTTTCGTCTGTCCCATATGCGCTTCCTTCAATAGNATCCGtccgcg > 2:66511/1‑270 (MQ=255) aTGGAAGTTTTTGCCATTAAACAACTGCTGTTCTCGGGCAGTGGCAATTTCCGGCGCGTTAATCACTGGCTGCATCATCGACTCCTTATGCCTTCAGTTTTTCATGAAGCTCAATTAATTCAGTAATCAGTTCACGCGCAAGCATGGACGTCATTAAATGATCCTGAGCGTGGACCAGCACCAGACTCACTTTCATCTTACCTTCGCCCGCATCGCCTTCAATCAGTTTCGTCTGTACCAGATGCGCttcattca < 1:66512/255‑1 (MQ=255) ttttGCCATTAAACAACTGCAGTTCTCGGGCAGTGGCAATTTCCGGCGCGTTAATCACTAGATGCATCATCGACTCCTGATGCCTTCAGTTTTTCATGAAGCTCAGTTACTTCAGTCATCAGTTCACGCGCAAGCATGGACGTCATTAAATGATCCTGAGCGTGGACCAGCACCAGACTCACATTAATCTTACCTTCGCCCGCATCGCCTTCACTCAGCTTCGTCTGTACCAGATGCGCTCCATTCCATCCCATCCGTGACttctcgagacgggc > 2:121188/1‑262 (MQ=255) gTGGCAATTTCCGGCGCGTTAATCACTGGCTGCATCATCGACTCCTTATGCCTTCAGTTTTTCATGAAGCTCAATTAATTCAGTAATCAGTTCACGCGCAAGCATGGACGTCATTAAATGATCCTGAGCGTGGACCAGCACCAGACt > 2:597535/1‑147 (MQ=255) cAATTTCTGGCGCGTTAATCACTGGCTGCATCATCGACTCCTTATGCCTTCAGTTTTTCATGAAGCTCAATTAATTCAGTAATCAGTTCACGCGCAAGCATGGACGTCATTAAATGATCCTGAGCGTGGACCAGCACCAGACTCACt < 1:597544/147‑1 (MQ=255) aaactgagagtatcagcggactgcatcaTCGACTCCTTATGCCTTCAGttttt > 2:280342‑M2/29‑53 (MQ=255) tgagagtatcagcggactgcatcaTCGACTCCTTATGCCTTCAGTTTTTCATg < 1:280347‑M2/29‑1 (MQ=255) | ATGCGCGTGGCACCAAACTCATAAAAACTTTGATGGTGCGAACCTAACGGAATAAAAACAAAATCGCCCCGTTCCAGTAACACGCGCTTACCGTTAATCTCCTGGAAATAACGCCCGGTTAATACCAGAGTAAATTCATAATAGTCGTGCTGATGCAGTCCGCTGATACTCTCAGTTTTGTTATAGATAAACACATGGAAGTTTTTGCCATTAAACAACTGCTGTTCTCGGGCAGTGGCAATTTCCGGCGCGTTAATCACTGGCTGCATCATCGACTCCTTATGCCTTCAGTTTTTCATGAAGCTCAATTAATTCAGTAATCAGTTCACGCGCAAGCATGGACGTCATTAAATGATCCTGAGCGTGGACCAGCACCAGACTCACTTTCATCTTACCTTCGCCCGCATCGCCTTCAATCAGTTTCGTCTGTACCAGATGCGCTTCATTCAATGCCATCCGTGACTGATCCATCATGGC > CP009273/1813433‑1813909 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |