New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 2676758 = | 46 (1.200) | 4 (0.110) | 4/302 | NT | 9.4% | coding (537/1194 nt) | yphH | putative DNA‑binding transcriptional regulator |
? | CP009273 | 2677317 = | 33 (0.890) | coding (1096/1194 nt) | yphH | putative DNA‑binding transcriptional regulator |
AACCGGTTAGTACTCAAC‑TTGATCCTGAAAAACTGACTACAGCGCAGTTAATCGCTGCCTGGCAAAGTGGAGAACCGTGGATCACCAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGTTTGAGTCTGTATAACTTCCTCAACATCCTCAATATTAATCAGATTTGGTTGTACGGTCGCAGTTGTGCCTTTGGTGAGAACTGGCTTAATACTATTATTCGCCAGACAGGATTTAACCCGTTCGACCGCGACGAAGGACCGAGCGTGAAAGCGACGCAAATTGGCTTTGGGCAATTAAGCCGCGCACAACAGGTGCTGGGAATTGGCTATTTGTATGTTGAGGCGCAGTTACGACAGATTTGATGGCGCGATAACGTAGAAAGGCTTCCCGAAGGAAGCCTTGATGATCATAAACGAAAAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACACGGAGATTGCAATATATTGAATTTGCAAAGTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGC > CP009273/2677054‑2677566 | aaCCGGTTAGTACTCAAC‑TTGATCCTGAAAAACTGACTACAGCGCAGTTAATCGCTGCCTGGCAAAGTGGAGAACCGTGGATCACCAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGTTTGAGTCTGTATAACTTCCTCAACATCCTCAATATTAATCAGATTTGGTTGTACGGTCGCAGTTGTGCCTTTGGTGAGAACTGGCTTAATACTATTATTCGCCAGACAGGATTTAAACCGTTCGACCGCGACGAAGGACCGAACGTGAGAGCGagc > 2:110084/1‑273 (MQ=255) gccgTAATCAACGTTGATCCTGAAAAACTGACTACAGCGCAGTTAATCGCTGCCTGGCAAAGTGGAGAACCGTGGATCAGCAGCTGGGTTGATCGCTCTTCCAATGCCATTGGTTTGAGTCTGTATAACTTCCTCAACATCCTCAATATTAATCAGATTTGGTTGTACGGTCGCAGTTGTGCCTTTGGTGAGAACTGGCTTAATACTATTATTCGCCAGACAGGATTTAACCCGTTCGACCGCGACGAAGGACCGAGCGTGAAAGCGACGCAAAt < 1:713129/272‑1 (MQ=255) ttaaC‑TTGATCCTTAAAAACTGACTACAGCGCAGTTAATCGCGGCCTGGCAAAGTTGAGAACCGTGGATCACCAGCTGGGTTGATCGCTCTNCCAATGCCATTGGTTTGAGTCTGTATAACTTCCTCAACATCCTCAAGATTAATCAGATTTGGTTGTACGGGCGCAGTTGTGCCTTTGGTGAGAACTGGCTTAATACTATTAGTCGGCAGACAGGATTTAACCCGATCGACCGCGACGAAGGACTTAGCATGGAAGCGACGCAAATTGGCTTTg < 1:485872/273‑1 (MQ=255) aaC‑TTGATCCTGAAAAACTGACTACAGCGCAGTTAATCGCTGCCTGGCAAAGTGGAGAACCGTGGATCACCAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGTTTGAGTCTGTATAACTTCCTCAACATCCTCAATATTAATCAGATTTGGTTGTACGGTCGCAGTTGTGCCTTTGGTGAGAACTGGCTTAATACTATTATTCGCCAGACAGGATTTAACCCGTTCGACCGCGACGAAGGACCGAGCGTGAAAGCGACGCAAATTGGCTTTggg > 1:196820/1‑275 (MQ=255) ccccAGTTAATCGTTGCCTGGCAAAGTGGGTAACCGTGGATCACCAGTTGGGTTGATTGCTTTGCCAATGCCATTGGTTTGAGTCTGTATAACTTCCTCAACATCCTCAATATTAATCAGATTTGGTTGTACGGTCGCAGTTGTGCCTTTGGTGAGAACTGGCTTAATACTATTATTCGCCAGACAGGATTTAACCCGTTCGACCGCGACGAAGGACCGAGCGTGAAAGCGACGCAAATTGGCTTTGGGCAATTAAGCCGCGCACAACAGGTGc < 2:196817/271‑1 (MQ=255) ttAATCGCTGCCTGGCAAAGTGGAGAACCGTGGATCACCAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGTTTGAGTCTGTATAACTTCCTCAACATCCTCAATATTAATCAGATTTGGTTGTACGGTCGCAGTTGTGCCTTTGGTGAGAACTGGCTTAATACTATTATTCGCCAGACAGGATTTAACCCGTTCGACCGCGACGAAGGACCGAGCGTGAAAGCGACGCAAATTGGCTTTGGGCAATTAAGCCGCGCACAACAGGTGCTGGGAAt > 1:143523/1‑275 (MQ=255) tgccgcgataaatttgctcgttaatcacgaacgacgagccaatgccgtaatcaacgttgatcacgcagaaatcccgttcctgcgaattattttgccatttctccgccagcgccagcatcacgcagtcattatcgaccatcacccgaatgccgagcGTGAAAGCGACGCAAATTGGCTTTGGGCAATTAAGCCGCGCACAACAGGTGCTGGGAATTGGCTATTTGTATGTTGAGGCGCAGTTACGACAGATTGGAGGGCGCGATAACGGAgaaat > 2:711289‑M2/156‑273 (MQ=255) ttCCTCAACATCCTCAATATTAATCAGATTTGGTTGTACGGTCGCAGTTGTGCCTTTGGTGAGAACTGGCTTAATACTATTATTCGCCAGACAGGATTTAACCCGTTCGACCGCGACGAAGGACCGAGCGTGAAAGCGACGCAAATTGGCTTTGGGCAATTAAGCCGCGCACAACAGGTGCTGGGAATTGGCTATTTGTATGTTGAGGCGCAGTTACGACAGATTTGATGGCGCGATAACGTAGAAAGGCTTCGCGAAGGAAGcttgttttttc > 2:229690/1‑264 (MQ=255) tAATCAGATTTGGTTGTACGGTCGCAGTTGTGCCTTTGGTGAGAACTGGCTTAATACTATTATTCGCCAGACAGGATTTAACCCGTTCGACCGCGACGAAGGACCGAGCGTGAAAGCGACGCAAATTGGCTTTGGGCACTTAAGCCGCGCACAACAGGTGCTGGGGATTGGCGATTTGTATGTTGAGGCGCAGTTACGACAGATTTGATGGCGCGACAAGGTAAAAAGGCTTCTCGAAGGAAGCCTTGATGATCATAAAAGaaaaacaaccaga > 2:78228/1‑266 (MQ=255) tCAGGTTTGGTGTTACGGTCGCAGTTGTGCCTTTGGTGGGAACTGGCTTAATACTATTATTCGCCAGACAGGATTTAACCCGTTCGACCGCGACGAAGGACCGAGCGTGAAAGCGACGCAAATTGTCTTTGGGCAATTAAGCCGCGCACAACAGGTGCTGGGAATTGGCTATTTGTATGTTGAGGCGCAGTTACGACAGATTTGATGGCGCGATAACGTAGAAAGGCTTCCCGAAGGAAGCCTTGATGATCATAATCGAAAAATTGCCTGATgcg < 1:579285/275‑1 (MQ=255) tCAGATTTGGTTGTACGGTCGCAGTTGTGCCTTTGGTGAGAACTGGCTTAATACTATTATTCGCCAGACAGGATTTAACCCGTTCGACCGCGACGAAGGACCGAGCGTGAAAGCGACGCAAATTGGCTTTGGGCAATTAAGCCGCGCACAACAGGTGCTGGGAATTGGCTATTTGTATGTTGAGGCGCAGTTACGACAGATTTGATGGCGCGATAACGTAGAAAGGCTTCCCGAAGGAAGCCTTGATGATCATAAACGAAAAATTGCCTGATgcg < 1:229695/275‑1 (MQ=255) caacgttgatcacgcagaaatcccgttcctgcgaattattttgccatttctccgccagcgccagcatcacgcagtcattatcgaccatcacccgaatgccgagcGTGAAAGCGACGCAAATTGGCTTTGGGCAATTAAGCCGCGCACAACAGGTGCTGGGAATTGGCTATTTGTATGTTGAGGCGCAGTTACGACAGATTTGATGGCGCGATAACGTAGAAAGGCTTCCCGAAGGAAGCCTTGATGATCAt > 1:155239‑M2/105‑251 (MQ=255) aTTTGGTTGTACGGTCGCAGTTGTGCCTTTGGTGAGAACTGGCTTAATACTATTATTCGCCAGACAGGATTTAACCCGTTCGACCGCGACGAAGGACCGAGCGTGAAAGCGACGCAAAtt > 1:596774/1‑120 (MQ=255) gttgatcacgcagaaatcccgtttctacgaattattttgccatttctcctccagcgccagcatcacgcagtcattatcgaccatcaccagaatgccgagcGTGAAAGCGACGCAAATTGGCTTTGGGCAATTAAGCCGCGCACAACAGGTGCTGGGAATTGGCTATTTGTATGTTGAGGCGCAGTTACGACAGATTTGATGGCGCGATAACGTAGAAAGGCTTCCCGAAGGAAGCCTTGATGATCATAAAc < 2:155236‑M2/151‑1 (MQ=255) ggTTGTACGGTCGCAGTTGTGCCTTTGGTGAGAACTGGCTTAATACTATTATTCGCCAGACAGGATTTAACCCGTTCGACCGCGACGAAGGACCGAGCGTGAAAGCGACGCAAATTGGCt < 2:596765/120‑1 (MQ=255) gCCTTTGGTGAGAACTGGCTTAATACTATTATTCGCCAGACAGGATTTAACCCGTTCGACCGCGACGAAGGACCGAGCGTGAAAGCGACGCAAATTGGCTTTGGGCAATTAAGCCGCGCACAACAGGTGCTGGGAATTGGCTATTTGTATGTTGAGGCGCAGTTACGACAGATTTGATGGCGCGATAACGTAGAAAGGCTTCCCGAAGGAAGCCTTGATGATCATAAACGAAAAATTGCCTGATgcgc > 2:585640/1‑248 (MQ=255) ttGGTGAGAACTGGCTTAATACTATTATTCGCCAGACAGGATTTAACCCGTTCGACCGCGACGAAGGACCGAGCGTGAAAGCGACGCAAATTGGCTTTGGGCAATTAAGCCGCGCACAACAGGTGCTGGGAATTGGCTATTTGTATGTTGAGGCGCAGTTACGACAGATTTGATGGCGCGATAACGTAGAAAGGCTTCCCGAAGGAAGCCTTGATGATCATAAACGAAAAATTGCCTGATGCGCTACg < 1:585649/248‑1 (MQ=255) ttGGTGAGAAATTGATTAATACTATTAGTCTGCAGACAGGATTTTACCCGTTCGACCGGGTCGAAGGACCGAGCGGGAAAGCGACGCAAATTGGATTTGTGCAATTAAGCCGAGCACAACAGGTGCTGGGAATTGGCTATTTGTATGTTGAGGCGCAGTTACGACAGATTTGATGGCGCGATAACGTAGAAAGGCTTCCCGAAGGAAGCCTTGATGATCATAAACGAAAAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACACGGAGATTGCa < 1:78229/274‑1 (MQ=255) gCTTAATACTATTATTCGCCAGACAGGATTTAACCCGTTCGACCGCGACGAAGGACCGAGCGTGAAAGc > 1:120823/1‑69 (MQ=255) ccatttctccgccagcgccagcatcacgcagtcattatcgaccatcacccgaatgccgagcGTGAAAGCGACGCAAATTAGCTTTGGGCAATTAAGCCGCGCACAACAGGTGCTGGGAATTGGCTATTTGTATGTTGAGGCGCAGTTACGACAGATTTGATGGCGCGATAACGTAGAAAGGCTTCCCGAAGGAAGCCTTGATGATCATAAACGAAAAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACACGGAGATTGCAATATATTGAATTTg < 1:711299‑M2/214‑1 (MQ=255) aaTACTATTATTCGCCAGACAGGATTTAACCCGTTCGACCGCGACGAAGGACCGAGCGTGAAAGCGACg < 2:120822/69‑1 (MQ=255) aTACTATTATTCGCCAGACAGGATTTAACCCGTTCGACCGCGACGAAGGACCGAGCGTGAAAGCGACGCAAATTGGCTTTGGGCAATTAAGCCGCGCACAACAGGTGCTGGGAATTGGCTATTTGTATGTTg > 2:54343/1‑132 (MQ=255) aTACTATTATTCGCCAGACAGGATTTAACACGTTCGACCGCGACGAAGGACCGAGCGTGAAAGCGACGCAAATTGGCTTGGGGCAATTAAGCCGCGCCCAACAGGTGCAGGGaa > 2:125992/1‑114 (MQ=255) tattatTCGCCCGACAGGATTTAACCCGTTCGACCGCGACGAAGGACCGAGCGTGAAAGCGACGCAAATTGGCTTTGGGCAATTAAGCCGCGCACAACAGGTGCTGGGAATTgg < 1:125993/114‑1 (MQ=255) tattatTCGCCAGACAGGATTTAACCCGTTCGACCGCGACGAAGGACCGAGCGTGAAAGCGACGCAAATTGGCTTTGGGCAATTAAGCCGCGCACAACAGGTGCTGGGAATTGGCTATTTGTATGTTGAGgc < 1:54343/132‑1 (MQ=255) attattCGCCAGACAGGATTTAACCCGTTCGACCGCGACGAAGGACCGAGCGTGAAAGCGACGCAAATTGGCTTTGGGCAATTAAGCCGCGCACAACAGGTGCTGGGAATTGGCTATTTGTATGTTGAGGCGCAGTTACGACAGAt > 2:537750/1‑146 (MQ=255) attattCGCCAGACAGGATTTAACCCGTTCGACCGCGACGAAGGACCGAGCGTGAAAGCGACGCAAATTGGCTTTGGGCAATTAAGCCGCGCACAACAGGTGCTGGGAATTGGCTATTTGTATGTTGAGGCGCAGTTACGACAGATTTGATGGCGCGATAACGTAGAAAGGCTTCCCGAAGGAAGCCTTGATGATCATAAACGAAAAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACACGGAGATTGCAATATATTGAATTTGCAAAGTTTTg > 1:421087/1‑275 (MQ=255) ttCGCCAGACAGGATTTAACCCGTTCGACCGCGACGAAGGACCGAGCGTGAAAGCGACGCAAATTGGCTTTGGGCAATTAAGCCGCGCACAACAGGTGCTGGGAATTGGCTATTTGTATGTTGAGGCGCAGTTACGACAGATTTGa < 1:537758/146‑1 (MQ=255) ttCGCCAGACAGGATTTAACCCGTTCGACCGCGACGAAGGACCGAGCGTGAAAGCGACGCAAATTGGCTTTGGGCAATTAAGCCGCGCACAACAGGTGCTGGGAATTGGCTATTTGTATGTTGAGGCGCAGTTACGACAGATTTGATGGCGCGATAACGTAGAAAGGCTTCCCGAAGGAAGCCTTGATGATCATAAACGAAAAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACACGGAGATTGCAAAATATTGAATTTACAAAGTTTTGttag > 2:495394/1‑272 (MQ=255) ttCGCCAGACAGGATTTAACCCGTTCGACCGCGACGAAGGACCGAGCGTGAAAGCGACGCAAATTGGCATTGGGCAATTAAGCCGCGCACAACAGGTGCTGGGAATTGGCTATTTGTATGTTGAGGCGCAGTTACGACAGATTTGATGGCGCGATAACGTAGAAAGGCTTCCCGAAGGAAGCCTTGATGATCATAAACGAAAAATTGCCTGATGCGCTACg < 1:644025/221‑1 (MQ=255) gTTCGACCGCGACGAAGGACCGAGCGTGAAAGCGACGCAAATTGGCTTTGGGCAATTAAGCCGCGCACAACAGGTGCTGGGAATTGGCTATTTGTATGTTGAGGCGCAGTTACGACAGATTTGATGGCGCGATAACGTAGAAAGGCTTCCCGACGGAAGCCTTGATGATCATAAAGGAAAAATTGCCTGATGCGCTACGCTTAt > 1:202256/1‑204 (MQ=255) gTTCGACCGCGACGAAGGACCGAGCGTGAAAGCGACGCAAATTGGCTTTGGGCAATTAAGCCGCGCACAACAGGTGCTGGGAATTGGCTATTTGTATGTTGAGGCGCAGTTACGACAGATTTGATGGCGCGATAACGTAGAAAGGCTTCCCGAAGGAAGCCTTGATGATCATAAACGAAAAATTg > 2:650840/1‑185 (MQ=255) gTTCGACCGCGACGAAGGACCGAGCGTGAAAGCGACGCAAATTGGCTTTGGGCAATTAAGCCGCGCACAACAGGTGCTGGGAATTGGCTATTTGTATGTTGAGGCGCAGTTACGACAGATTTGATGGCGCGATAACGTAGAAAGGCTTCCCGAAGGAAGCCTTGATGATCATAAACGAAAAATTGCCTGATGCGCTACGCTTAt > 1:684749/1‑204 (MQ=255) gTTCGACCGCGACGAAGGACCGAGCGTGAAAGCGACGCAAATTGGCTTTGGGCAATTAAGCCGCGCACAACAGGTGCTGGGAATTGGCTATTTGTATGTTGAGGCGCAGTTACGACAGATTTGATGGCGCGATAACGTAGAAAGGCTTCCCGAAGGAAGCCTTGATGATCATAAACGAAAAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACACGGAGATTGCAATATATTGAATTTGCAAAGATTTGTAGGCCGGATAAGGCGTACAcgccgc > 1:88817/1‑275 (MQ=255) gtccGGGACGAAGGACCGAGCGTGAAAGCGACGCAAATTGGCTTTGGTGAATTAAGCCGCTCACAACAGGTGCTGGGAATTGGCTATTTGTATGTTGAGGCGCAGTTACGACAGATTTGATGGCGCGATAACGTAGAAAGGCTTCCCGAAGGAAGCCTTGATGATCATAAACGAAAAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAgg < 2:202252/202‑1 (MQ=255) gACGGCGACGAAGGACCGAGCGTGAAAGCGACGCAAATTGGCTTTGGGCAATTAAGCCGCGCACAACAGGTGCTGGGAATTGGCTATTTGTATGTTGAGGCGCAGTTACGACAGATTTGATGGCGCGATAACGTAGAAAGGCTTCCCGAAGGAAGCCTTGATGATCATAAACGAAAAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAgg < 2:684740/204‑1 (MQ=255) gACCGCGACGAAGGACCGAGCGTGAAAGCGACGCAAATTGGCTTTGGGCAATTAAGCCGCGCACAACAGGTGCTGGGAATTGGCTATTTGTATGTTGAGGCGCAGTTACGACAGATTTGATGGCGCGATAACGTAGAAAGGCTTCCCGAAGGAAGCCTTGATGATCATAAACGAAAAATTGCCTg < 1:650849/185‑1 (MQ=255) agcGTGAAAGCGACGCAAATTGGCTTTGGGCAATTAAGCCGCGCACAACAGGTGCTGGGAATTGGCTATTTGTATGTTGAGGCGCAGTTACGACAGATTTGATGGCGCGATAACGTAGAAAGGCTTCCCGAAGGAAGCCTTGATGATCATAAACg > 2:661170‑M2/4‑155 (MQ=255) agcGTGAAAGCGACGCAAATTGGCTTTGGGCAATTAAGCCGCGCACAACAGGTGCTGGGAATTGGCTATTTGTATGTTGAGGCGCAGTTACGACAGATTTGATGGCGCGATAACGTAGAAAGGCTTCCCGAAGGAAGCCTTGATGATCATAAACGAAAAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACACGGAGAt > 1:554758‑M2/4‑199 (MQ=255) cGTGCAAGCGCCGCAAATTGGCTTTGGGCAATTAAGCCGCGCACAACAGGTGCTGGGAATTGGCTATTTGTATGTTGAGGCGCAGTTACGACAGATTTGATGGCGCGATAACGTAGAAAGGCTTCCCGAAGGAAGCCTTGATGATCATAAACGAAAAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACACGGAGAt > 1:722031‑M2/2‑197 (MQ=255) | AACCGGTTAGTACTCAAC‑TTGATCCTGAAAAACTGACTACAGCGCAGTTAATCGCTGCCTGGCAAAGTGGAGAACCGTGGATCACCAGCTGGGTTGATCGCTCTGCCAATGCCATTGGTTTGAGTCTGTATAACTTCCTCAACATCCTCAATATTAATCAGATTTGGTTGTACGGTCGCAGTTGTGCCTTTGGTGAGAACTGGCTTAATACTATTATTCGCCAGACAGGATTTAACCCGTTCGACCGCGACGAAGGACCGAGCGTGAAAGCGACGCAAATTGGCTTTGGGCAATTAAGCCGCGCACAACAGGTGCTGGGAATTGGCTATTTGTATGTTGAGGCGCAGTTACGACAGATTTGATGGCGCGATAACGTAGAAAGGCTTCCCGAAGGAAGCCTTGATGATCATAAACGAAAAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACACGGAGATTGCAATATATTGAATTTGCAAAGTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGC > CP009273/2677054‑2677566 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |