New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 2985582 = | 39 (1.010) | 4 (0.110) | 4/298 | NT | 6.2% | coding (130/1377 nt) | ygeH | putative transcriptional regulator |
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GAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTGTAAGATTAGCTAAGCAGGACCAAGGATATAAGAATCATTATTTATCAGATGAAATGTTAGCCGGAAAGAAAGAACTTTAC > CP009273/2985740‑2986253 | gAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATaa > 1:108550/1‑275 (MQ=255) 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attcTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAAt > 2:44434/1‑45 (MQ=255) tttttGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTGATCGACGCTAAAAACC‑TTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTGTAAGATTAGCTAAGAAGGACCAAGGAAATAAGAATCATTATTTATCAGATGAAATGTAATCCGgaaagaa > 2:137319/4‑274 (MQ=255) cTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACAt < 1:35396/149‑1 (MQ=255) ttGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAAc < 1:44434/45‑1 (MQ=255) tGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCa > 1:373247/1‑56 (MQ=255) cAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGa < 2:373241/56‑1 (MQ=255) aGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTGATCGACGCTAAAAACC‑TTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTGTAAGATTAGCTAAGCAGGACCAAGGATATAAGAATCATTATTTATCAGATGAAATGTTAGCCGGAAAGAAAGAACTTTAc < 1:137320/275‑1 (MQ=255) | GAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAAATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTGTAAGATTAGCTAAGCAGGACCAAGGATATAAGAATCATTATTTATCAGATGAAATGTTAGCCGGAAAGAAAGAACTTTAC > CP009273/2985740‑2986253 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |