New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 3413250 = | 21 (0.550) | 13 (0.370) | 9/286 | NT | 35.1% | pseudogene (785/960 nt) | yhdW | pseudogene, amino‑acid transporter homology;putative transport; Not classified; putative periplasmic binding transport protein; periplasmic‑binding component of ABC superfamily |
? | CP009273 | 3413579 = | 29 (0.830) | coding (87/1182 nt) | yhdX | putative amino‑acid transporter subunit |
TTCAGAAAGCCCGCTGAAAATTAAACGTGGGCAAAATAATCTCTGGAATAACGGCGGTATTCAGTACGCACCGCCCGTGCGTTAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAGCGTTATGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCGCTCAACCGTTAAAGGCTCACTCTCTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCATTACTTCAGGTTTTGCCTTTCTGGATCGCGGCGCTGGCTTCGGTATTGTCCAGCATTTGATCGATTACCAGCAGGGCGACACCTACGGACGCGTTTTTATTGTCGGCTTACTCAATACGCTACTGGTTTCTGCATTGTGTATTGTGTTCGCTTCTGTTTTGGGCTT > CP009273/3413341‑3413812 | ttCAGAAAGCCCGCTGAAAATTAAACGTGGGCAAAATAATCTCTGGAATAACGGCGGTATTCAGTAAGCACCGCCCGTGCGTTAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGAGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAGCGTTATGCTTTCCGAGGTTTTTATGTCTCATCGCCGCTCAAACGTGAAAGGCTGCCTCTCTTTTGCAACAATTCCGGTTCCCGCCGGGTTATTTCCGTCCCATGCTGTTTTTGCGTTTGCTGGCATGGTTGGTNNGTGAtcttcg > 2:74732/1‑270 (MQ=255) gAAAATTAAACGGGGGCATAATAATCTCTGGAATAACTGCGGTATGCAGTATGCACCGCCCGTGCGTTAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAGCGTTATGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCTCTCAACCGTTAAAGGCTCACTCTCTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAAt < 1:74733/275‑1 (MQ=255) gggCAAAATAATCTCTGGAATAACGGCGGTATTCAGTACGCACCGCCCGTGCGTTAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGNGCTCTCTTCAGCGTTATGCCTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCGCTCAACCGTTAAAGGCTCACTCTCTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGt < 1:545218/274‑1 (MQ=255) gggCAAAATAATCTCTGGAATAACGGCGGTATTCAGTACGCACCGCCCGTGCGTTAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAGCGTTATGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCGCTCAACCGTTAAAGGCTCACTCTCTTTTGCCAACCCTACTGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTg > 1:372854/1‑275 (MQ=255) aCCGCCCGTGCGTTAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAGCGTTATGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCGCTCAACCGTTAAAGGCTCACTCTCTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTc > 1:25595/1‑204 (MQ=255) cccGTGCGTTAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAGCGTTATGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCGCTCAACCGTTAAAGGCTCACTCTCTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCacaa < 2:25595/204‑1 (MQ=255) ccGTGCGTTAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAGCGTTATGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCGCTCAACCGTTAAAGGCTCACTCTCTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTAt > 2:596216/1‑196 (MQ=255) gCGTTAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAGCGTTATGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCGCTCAACCGTTAAAGGCTCACTCTCTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTca < 1:596225/196‑1 (MQ=255) cGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAGCGTTATGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCGCTCAACCGTTAAAGGCTCACTCTCTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTCACGAATCTCAATAATCGTGGCATTACTTCAGGTTTTGCCTTTCTGGTTCGCGGCTCTGGCTTCGGTATTTTCCAGCATTTGATCGATTa > 1:275687/1‑273 (MQ=255) cGTCGCTATGGGGTCGCTCTCTTCAGCGTTATGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCAGCGCCGCTCAACCGTTAAAGGCTCACTCTCTTTTGCCAACACTACGGTTCGCGCCTTGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCATTACTTCAGGTTTTGCCTTTCTGGATCGCGGCGCTGGCTTCGGTATTGTCCAGCATTTGATCGATTACcagc < 1:406887/274‑1 (MQ=255) cagcgggctttctgaacctacgttactctcaaaaatttccgagtcgttacccacctgtttgatgatgttataggcccatttattatccagcttcagatccttgccgtTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGTTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCACTAATCGTGGCATTACTTCAGGTGTTGCCTTTCTGGATcgctgcgctg > 2:258604‑M2/108‑211 (MQ=255) tATGCTTTCCGATGTTTCTATGTCTCATCGCCGCTCAACCGTTAAAGGCTCACTCTCTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCATTACTTCAGGTTTTGCCTTTCTGGATCGCGGCGCTGGCTTCGGTATTGTCCAGCATTTGATCGATTACCAGCAGGGCGACACCTACGGACGCGTTTTTATTg < 1:236247/275‑1 (MQ=255) gcgggctttttgaatctacgtttcgctcaaaaatttccgagtagttacccacctgtttgatgatgttataggcccatttattatccagcttcagatccttgccgtTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCATTACTTCAGGTTTTGCCTTTCTGGATCGCGGCGCTGGCTTCGGTATTGTCCAGCATTTGATCGATTACCAGCAGGGCGACACCTACGGACGCGTTTTTATTg < 1:34733‑M2/170‑1 (MQ=255) tGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCGCTCAACCGTTAAAGGCTCACTCTCTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCAttg > 2:230119/1‑123 (MQ=255) tGCTTTCCGAAGTTTCTATGTCTCATCGCCGCTCAACCGTTAAAGGCTCACTCTCTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTTTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGt > 1:719404/1‑167 (MQ=255) ggtctttctgaacctacgttacgctcaaaaattgccgagtagttacccacctgtttgatgatgttataggcccatttattatccagcttcagatccttgccgtTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCATTACTTCAGGTTTTGCCTTTCTGGATCGCGGCGCTGGCtt < 1:258609‑M2/108‑1 (MQ=255) ttCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCGCTCAACCGTTAAAGGCTCACTCTCTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTgttgg < 1:230124/123‑1 (MQ=255) cTATGTCTCATCGCCGCTCAACCGTTAAAGGCTCACTCTCTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTgttggttg > 2:45503/1‑115 (MQ=255) gTCTCATCGCCGCTCAACCGTTAAAGGCTCACTCTCTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTa < 1:45503/115‑1 (MQ=255) aTCGCCGCTCAACCGTTAAAGGCTCACTCTCTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGt > 2:648404/1‑143 (MQ=255) cgccgcTCAACCGTTAAAGGCTCACTCTCTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCATTACATCAGGt > 1:584452/1‑156 (MQ=255) ccgcTCAACCGTTAAAGGCTCACTCTCTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCa < 1:648413/143‑1 (MQ=255) gcTCAACCGTTAAAGGCTCACTCTCTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCATTACTTCAGGTTTTg < 2:584443/156‑1 (MQ=255) ggtacaggTTATAGGTTCACTCTCTTTTTCCAACCCTACGGTTTGCGCCTGGTTATTCCAGAGCCTTGCCGTTGTTGCTATTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCATTACTTCAGGTTTTGCCTTTCTGGATCGCGGCGCTGGCTTCGGTATTGTCCAGCATTTGATCGATTACCAGCAGGGCGACACCTACGGACGCGTTTTTATTGTCGGCTTACTCAATACGCTACTGGTTTCTGCat < 1:697898/268‑1 (MQ=255) aCTCTCTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCATTACTTCAGGTTTTGCCTTTCTGGATCGCGGCGCTGGCTTCGGTATTGTCCAGCATTTGATCGATTACCAGCAGGGCGACACCTACGGACGCGTTTTTATTGTCGGCTTACTCAATACGCTACTGGttt > 1:168897/1‑251 (MQ=255) tctTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGTTCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCATTACTTCAGGTTTTGCCTTTCTGGATCGCGGCGCTGGCTTCGGTATTGTCCAGCATTTGATCGATTACCAGCAGGGCGACACCTACGGACGCGTTTTTATTGTCGGCTTACTCAATACGCTACTGGTTTCTGc < 2:168894/251‑1 (MQ=255) aaCCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACATCACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCATTACTTCAGGTTTTGCCTTTCTGGATCGCGGCGCTGGCTTCGGTATTGTCCAGCATTTGATCGATTACCAGCAGGGCGACACCTACGGACGCGTTTTTATTGTCGGCTTACTCAATACGCTACTGGTTTCTGCATTGTGTATTGTGTTCGCTTCTGTTTTGGGctt < 1:685732/275‑1 (MQ=255) ttataggcccatttattatccagcttcagatccttgccgtTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCaa > 2:433917‑M2/41‑97 (MQ=255) ttataggcccatttattatccagcttcagatccttgccgtTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCATTACTTCAGGTTTTGCCTTTCTGGATCGCGGCGCTg > 1:427323‑M2/41‑144 (MQ=255) ttataggcccatttattatccagcttcagatccttgccgtTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCATTACTTCAGGTTTTGCCTTTCTGGATCGCGGCGCTGGCTTCGGTATTGTCCAg > 2:307919‑M2/41‑161 (MQ=255) ttataggcccatttattatccagcttcagatccttgccgtTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCATTACTTCAGGTTTTGCCTTTCTGGATCGCGGCGCTGGCATCggtct > 1:640490‑M2/41‑152 (MQ=255) aggcccatttattatccagcttcagatccttgccgtTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCaataat < 1:433924‑M2/61‑1 (MQ=255) aggcccatttattatccagcttcagatccttgccgtTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCATTACTTCAGGTTTTGCCTTTCTGGATCGCGGCGCTGGCtt < 2:427316‑M2/108‑1 (MQ=255) aggcccatttattatccagcttcagatccttgccgtTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCATTACTTCAGGTTTTGCCTTTCTGGATCGCGGCGCTGGCTTCGGTATTGTc < 2:640481‑M2/118‑1 (MQ=255) aggcccatttattatccagcttcagatccttgccgtTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCATTACTTCAGGTTTTGCCTTTCTGGATCGCGGCGCTGGCTTCGGTATTGTCCAGCAtt < 1:307925‑M2/125‑1 (MQ=255) atttattatcaagcttcagatccttgccgtTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCATTACTTCAGGTTTTGCCTTTCTGGATCGCGGCGCTGGCTTCGGTATTGTCCAGCATTTGATCGATTa > 1:719289‑M2/31‑165 (MQ=255) cgcgCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTcac > 1:34283/1‑66 (MQ=255) cgcgCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGCTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCATTACTTCAGGTTTTGCCTTTCTGTATCGCGGCGCTGGCTTCGGTATTGTCCAGCATTTGATCGATTACCAGCAGGGCGACACCTACNGACGCGTTTTTATTGTCGGCTTACTCAATACGCTACTGGTTTCTGCATTGTGTATTGTGTTCGCTTCTGtttt > 1:496065/1‑257 (MQ=255) attatccagcttcagatccttgccgtTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCATTACTTCAGGTTTTGCCTTTCTGGATCGCGGCGCTGGCTTCGGTATTGTCCAGCATTTGATCGATTACcag < 2:719279‑M2/139‑1 (MQ=255) ccTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCacaaca < 2:34283/66‑1 (MQ=255) ccTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCATTACTTCAGGTTTTGCCTTTCTGGATCGCGGCGCTGGCTTCGGTATTGTCCAGCATTTGATCGATTACCAGCAGGGCGACACCTACGGACGCGTTTTTATTGTCGGCTTACTCAATACGCTACTGGttt < 1:166768/222‑1 (MQ=255) gTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTgttggttg > 2:295248/1‑48 (MQ=255) ttCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTa < 1:295254/48‑1 (MQ=255) tCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCATTACTTCAGGTTTTGCCTTTCTGGATCGCGGCGCTGGCTTc > 1:710203/1‑125 (MQ=255) gatccttgccgtTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCATTACTTCAGGTTTTGCCTTTCTGGATCGCGGCGCTGGCTTCGGTa < 2:710193‑M2/113‑1 (MQ=255) ttgccgtTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGt > 2:473304‑M2/8‑71 (MQ=255) cgtTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCa < 1:473311‑M2/68‑1 (MQ=255) | TTCAGAAAGCCCGCTGAAAATTAAACGTGGGCAAAATAATCTCTGGAATAACGGCGGTATTCAGTACGCACCGCCCGTGCGTTAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAGCGTTATGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCGCTCAACCGTTAAAGGCTCACTCTCTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCAATAATCGTGGCATTACTTCAGGTTTTGCCTTTCTGGATCGCGGCGCTGGCTTCGGTATTGTCCAGCATTTGATCGATTACCAGCAGGGCGACACCTACGGACGCGTTTTTATTGTCGGCTTACTCAATACGCTACTGGTTTCTGCATTGTGTATTGTGTTCGCTTCTGTTTTGGGCTT > CP009273/3413341‑3413812 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |