New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 3431091 = | 33 (0.860) | 4 (0.110) | 4/298 | NT | 10.6% | coding (1215/1377 nt) | trkA | NAD‑binding component of TrK potassium transporter |
? | CP009273 | 3431325 = | 36 (0.990) | intergenic (+72/‑58) | trkA/mscL | NAD‑binding component of TrK potassium transporter/mechanosensitive channel protein, high conductance |
CGGTGGTACGTGGAAACGACGTGATGATTGCCAATGACAATCTGCGCATTGAGCAAGGCGATCACGTAATTATGTTCCTCACAGATAAAAAGTTTATTACCGACGTCGAAAGACTCTTCCAGCCAAGCCCTTTCTTCTTGTAATTAATAAGGCGTCTAATGACGCCTTATTATTTCCCTTTGATTATCAAGGATTAATTAAATTCATTCCTGGCAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCATAGGGAGAATAACATGAGCATTATTAAAGAATTTCGCGAATTTGCGATGCGCGGGAACGTGGTGGATTTGGCGGTGGGTGTCATTATCGGTGCGGCATTCGGGAAGATTGTCTCTTCACTGGTTGCCGATATCATCATGCCTCCTCTGGGCTTATTAATTGGCGGGATCGATTTTAAACAGTTTGCTGTCACGCTACGCGATGCGCAGGGGGATATC > CP009273/3431111‑3431586 | cGGTGGTACGTGGAAACGACGTGATGATTGCCAATGACAATCTGCGCATTGAGCAAGGCGATCACGTAATTATGTTCCTCACAGATAAAAAGTTTATTACCGACGTCGAAAGACTCTTCCAGCCAAGCCCTTTCTTCTTGTAATTAATAAGGCGTCTAATGACGCCTTATAATTTCCCTTTGATTATCAAGGATTAATTAAATTCATTCCTGGCAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCATAGGGAGAATAACATg > 1:434710/1‑275 (MQ=255) acgacgTGATGATTGCCAATGCCAATCTGCGCATTGAGCAAGTCGATCACGTAATTATGTTCCTCACAGATAAAAAGTTTATTACCGACGTCGAAAGACTCTTCAAGCCAAGCCATTTCTTCTTGTAATTAATAAGGCGTCTAATGACGCCTTATTATNTCCCTTTGATTATCAAGGATTAATTAAATTCATTCCTGGCTGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCATAGGGAGAATAACATGAGCATTATTAAAGaa > 1:649194/1‑275 (MQ=255) acgacgTGATGATTGCCAATGACAATCTGCGCATTGAGCAAGGCGATCACGTAATTATGTTCCTCACAGATAAAAAGTTTATTACCGACGTCGAAAGACTCTTCCAGCCAAGCCCTTTCTTCTTGTAATTAATAAGGCGTCTAATGACGCCTTATTATTTCCCTTTGATTATCAAGGATTAATTAAATTCATTCCTGGCAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCATAGTGAGAA‑AACATggcaatcgg > 1:302531/1‑259 (MQ=255) acgacgTGATGATTGCCAATGACAATCTGCGCATTGAGCAAGGCGATCACGTAATTATGTTCCTCACAGATAAAAAGTTTATTACCGACGTCGAAAGACTCTTCCAGCCAAGCCCTTTCTTCTTGTAATTAATAAGGCGTCTAATGACGCCTTATTATTTCCCTTTGATTATCAAGGATTAATTAAATTCATTCCTGGCAGGAAAATGACTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCATAGGGAGAATAACATGAGCatgaattaaa > 2:92697/1‑265 (MQ=255) tGCCAATGACAATCTGCGCATTGAGCAAGGCGATCACGTAATTATGTTCCTCACAGATAAAAAGTTTATTACCGACGTCGAAAGACTCTTCCAGCCAAGCCCTTTCTTCTTGTAATTAATAAGGCGTCTAATGACGCCTTATTATTTCCCTTTGATTATCAAGGATTAATTAAATTCATTCCTGGCAGGAAAATGCCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCATAGGGAGAATAACATGAGCATTATTAAAGAATTTCGCGAATTTg > 1:706790/1‑275 (MQ=255) taaTTGGGAAAGGCGATCACGTAATTATGTTCCTCACAGATAAAAAGTTTATTACCGACGTCGAAAGACTCTTCCAGCCAAGCCCTTTCTTCTTGTAATTAATAAGGCGTCTAATGACGCCTTATTATTTCCCTTTGATTATCAAGGATTAATTAAATTCATTCCTGGCAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCATAGGGAGAATAACATGAGCATTATTAAAGAATTTCGCGAATTTGCGATGCGCGGGAACgtg < 2:706780/273‑1 (MQ=255) gaaTTGAGAAAGGTGATTAAGTTANTTTTTTCCTACCAGTTAAAAANTTTATTACCGACGTCGAAAGACTCTTCCAGCCAAGCCCTTTCTTCTTGTAATTAATAAGGCGTCTAATGACGCCTTATTATTTCCCTTTGATTATCAAGGATTAATTAAATTCATTCCTGGCAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCATAGGGAGAATAACATGAGCATTATTAAAGAATTTCGCGAATTTGCGATGCGCGGGAACgtg < 2:434703/273‑1 (MQ=255) aaTTATGTTCCTCACAGATAAAAAGTTTATTACCGACGTCGAAAGACTCTTCCAGCCAAGCCCTTTCTTCTTGTAATTAATAAGGCGTCTAATGACGCCTTATTATTTCCCTTTGATTATCAAGGATTAATTAAATTCATTCCTGGCAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCATAGGGAGAATAACATGAGCATTATTAAAGAATTTCGCGAATTTGCGATGCGCGGGAACGTGGTGGATTTGGCGGTGGGTGTCa > 2:153799/1‑275 (MQ=255) aTTATGTTCCTCACAGATAAAAAGTTTATTACCGACGTCGAAAGACTCTTCCAGCCAAGCCCTTTCTTCTTGTAATTAATAAGGCGTCTAATGACGCCTTATTATTTCCCTTTGATTATCAAGGATTAATTAAATTCATTCCTGGCAGGAAANTGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCATAGGGAGAATAACATGAGCATTATTAAAGAATTTCGCGAATTTGCGATGCGCGGGAACGTGGTGGATTTGGCGGTGGGTGTCAt > 1:612425/1‑275 (MQ=255) tCACAGATAAAAAGTTTATTACCGACGTCGAAAGACTCTTNCAGCCAAGCCTGTTCTTCTTGTAATTAATAAGGCGTCTAATGACGCCTTATTATTTCCCTTTGATTATCAAGGATTAATTAAATTCATTCCTGGCAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCATAGGGAGAATAACATGAg < 1:645698/199‑1 (MQ=255) tcggtaataaactttttatctgtgaggaacataattacgtgatcgccttgctcaatgcgcagattgtcattggcaatcatcacgtcgtttccacgtaccaccgctccaataatcgttcctggcAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCtt > 2:213361‑M2/124‑166 (MQ=255) tattaCCGACGTCGAAAGACTCTTCCAGCCAAGCCCTTTCTTCTTGTAATTAATAAGGCGTCTAATGACGCCTTATTATTTCCCTTTGATTATCAAGGATTAATTAAATTCATTCCTGGCAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCATAGGGAGAATAACATGAGCATTATTAAAGAATTTCGCGAATTTGCGATGCGCGGGAACGTGGTGGATTTGGAGGTGGGTGTCATTTTAGTTGCGGNTTTTGGTATGAtta > 2:521713/1‑274 (MQ=255) taataaactttttatctgtgaggaacataattacgtgatcgccttgctcaatgcgcagattgtcattggcaatcatcacgtcgtttccacgtaccaccgctccaataatcgttcctggcAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCATa < 1:213365‑M2/47‑1 (MQ=255) taGCCCTTTCTTCTTGTAATTAATAAGGCGTCTAATGACGCCTTATTATTTCCCTTTGATTATCAAGGATTAATTAAATTCATTCCTGGCAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCATAGGGAGAATAACATGAGCATTATTAAAGAATTTCGCGAATTTGCGATGCGCGGGAACGTGGTGGATTTGGCGGTGGGTGTCATTATCGGTGCGGCATTCGGGAAGATTGTCTCTTCACTGGTTGCCGATATCATCATGc < 1:92698/274‑1 (MQ=255) cttGTAATTAATAAGGCGTCTAATGACGCCTTATTATTTCCCTTTGATTATCAAGGATTAATTAAATTCATTCCTGGCAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCtt > 2:43728/1‑121 (MQ=255) taattaatAAGGCGTCTAATGACGCCTTATTATTTCCCTTTGATTATCAAGGATTAATTAAATTCATTCCTGGCAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCATa < 1:43728/121‑1 (MQ=255) taaGGCGTCTAATGACGCCTTATTATTTCCCTTTGATTATCAAGGATTAATTAAATTCATTCCTGGCAGGAAAATGGCtt > 1:502367/1‑80 (MQ=255) taaGGCGTCTAATGACGCCTTATTATTTCCCTTTGATTATCAAGGATTAATTAAATTCATTCCTGGCAGGAAAATGGCTTAAAATTTGTTANACTTATGGTTGTCGGCTTCATAGGGAGAATAACATGAGCATTATTAAAGAATTTCGCGAATTTGCGATGCGCGGGAACGTGGTGGATTTGGCGGTGGGTGTCATTATCGGTGCGGCATTCGGGAAGATTGTCTCTTCACTGGTTGCCGATATCATCATGCCTCCTCTGGGCTTATTAATTGGc < 1:521720/275‑1 (MQ=255) ggCGTCTAATGACGCCTTATTATTTCCCTTTGATTATCAAGGATTAATTAAATTCATTCCTGGCAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCATAGGGAGAATAACATGAGCATTATTAAAGAATTTCGCGAAtt > 2:74186/1‑151 (MQ=255) gCGTCTAATGACGCCTTATTATTTCCCTTTGATTATCAAGGATTAATTAAATTCATTCCTGGCAGGAAAATGGCTTAACa < 2:502360/80‑1 (MQ=255) cGTCTATTTACGCCTTATTATTTCCCTTTGATTATCAAGGATTAATTAAATTCATTCCTGGCAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTATCGGCTTCATAGGGAGAATAACATGAGCATTATTAAAGAATTTCGCGAATTTGCGATGCGCGGGAACGTGGTGGATTTGGCGGTGGGTGTCATTATCGGTGCGGCATTCGGGAAGATTGTCTCTTCACTGGTTGCCGATATCATCATGCCTCCTCTGGGCTTATTAATTGGCGGGAt < 1:373109/275‑1 (MQ=255) cGTCTAATGACGCCTTATTATTTCCCTTTGATTATCAAGGATTAATTAAATTCATTCCTGGCAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCATAGGGAGAATAACATGAGCATTATTAAAGAATTTCGCGAATTTGCGATGCGCGGGaa > 2:672623/1‑164 (MQ=255) tCTAATGACGCCTTATTATTTCCCTTTGATTATCAAGGATTAATTAAATTCATTCCTGGCAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCATAGGGAGAATAACATGAGCATTATTAAAGAATTTCGCGAATTTGCg < 1:74187/151‑1 (MQ=255) tAATGACGCCTTATTATTTCCCTTTGATTATCAAGGATTAATTAAATTCATTCCTGGCAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCATAGGGAGAATAACATGAGCATTATTAAAGAATTTCGCGAATTTGCGATGCGCGGGAACgtg < 1:672632/164‑1 (MQ=255) aataattagtaTTTACTTTTGATTATCAAGGATTAATTAAATTCATTCCTGGCAGGAAAATTGCTTAACATTTGTTAGAATTATGGTTGTCGGCTTCATAGGGAGAATAACATGAGCATTATTAAAGAATTTCGCGAATTTGCGATGCGCGGGAACGTGGTGGATTTGGCGGTGGGTGTCATTATCGGTGCGGCATTCGGGAAGATTGTCTCTTCACTGGTTGCCGATATCATCATGCCTCCTCTGGGCTTATTAATTGGCGGGATCGATTTTaa < 2:612416/270‑1 (MQ=255) attattTCCCTTTGATTATCAAGGATTAATTAAATTCATTCCTGGCAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCATAGGGAGAATa > 2:188380/1‑102 (MQ=255) cacgtcgtttccacgtaccaccgctccaataatcgttcctggcAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCATAGGGAGAATAACa > 1:602363‑M2/44‑102 (MQ=255) tttCCCTTTGATTATCAAGGATTAATTAAATTCATTCCTGGCAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCATAGGGAGAATAACAt < 1:188383/102‑1 (MQ=255) tcgtttccacgtaccaccgctccaataatcgttcctggcAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCATAGGGAGAATAACATGAg < 2:602354‑M2/63‑1 (MQ=255) cTTTGATTATCAAGGATTAATTAAATTCATTCCTGGCAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCATAGGGAGAATAACATGAGCATTATTAAAGAAt > 1:225306/1‑114 (MQ=255) tttGATTATCAAGGATTAATTAAATTCATTCCTGGCAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCATAGGGAGAATAACATGAGCATTATTAAAGAATTTCGCGAATTTGCGATGCGCGGGAACGTGGTGGATTTGGCGGTGGGTGTCATTATCGGTGCGGCATTCGGGAAGATTGTCTCTTCACTgg > 1:184411/1‑203 (MQ=255) ttGATTATCAAGGATTAATTAAATTCATTCCTGGCAGGAAAATGGCt > 1:652929/1‑47 (MQ=255) tGATTATCAAGGATTAATTAAATTCATTCCTGGCAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCa > 1:471667/1‑79 (MQ=255) tGATTATCAAGGATTAATTAAATTCATTCCTGGCAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCATAGGGAGAATAACa > 2:243229/1‑93 (MQ=255) gATTATCAAGGATTAATTAAATTCATTCCTGGCAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCATAGGGAGAATAACATGAGCATTATTAAAGAATTTcg < 2:225301/114‑1 (MQ=255) aTTATCAAGGATTAATTAAATTCATTCCTGGCAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCATAGGGAGAATAACATGAGCATTATTAAAGAATTTCGCGAATTTGCGATGCGCGGGAACGTGGTGGATTTGGCGGTGGGTGTCATTATCGGTGCGGCATTCGGGAAGATTGTCTCTTCACTGGTTGc < 2:184408/203‑1 (MQ=255) ttATCAAGGATTAATTAAATTCATTCCTGGCAGGAAAATGGCTTAAc < 2:652920/47‑1 (MQ=255) tATCAAGGATTAATTAAATTCATTCCTGGCAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCATAgg < 2:471660/79‑1 (MQ=255) tATCAAGGATTAATTAAATTCATTCCTGGCAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCATAGGGAGAATAACATGAg < 1:243234/93‑1 (MQ=255) aattaaATTCATTCCTGGCAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCATAGGGAGAATAACATGAGCATTATTAAAGAATTTCGCGAATTTGCGATGCGCGGGAACGTGGTGGATTTGGCGGTGGGTGTCATTATCGGTGCGGCATTCGGGAAGATTGTCTCTTCACTGGTTGCCGATATCATCATGCCTCCTCTGGGCTTATTAATTGGCGGGATCGATTTTAAACAGTTTGCTGTCACGCTACGCGATGCGCAgggg < 1:153802/275‑1 (MQ=255) attctttcCTGGCAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATAGTTGTTGGCTTCATAGGGAGAATAACATGAGCATTATTCAAGAATTTCGCGAATTTGAGATGCGCGGGAACGAGGTGGATTAGGCGGTGGGTGTCATTATCGGTGCGGCATTCGGGAAGAATGTCTCTTCACTGGTTGGCGATATCATCATGCTTCCTTTGGGCTTATTTATTGGCGGGGTAGAATTTAATCGGTTTGCTGTGACGTTCCGGGATTCTTAGGGGGATTTc > 2:634115/1‑275 (MQ=255) attcattcCTGGCAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCATAGGGAGAATAACa > 2:364971/1‑72 (MQ=255) attcattcCTGGCAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCATAGGGAGAATAACATGAGCATTATTAAAGAATTTCGCGAATTTGCGATGCGCGGGAACGTGGTGGATTTGGCGGTGGGTGTCATTATCGGTGCGGCATTCGGGAAGATTGTCTCTTCACTGGTTGCCGATATCATCATGCCTCCTCTGGGCTTATTAATTGGCGGGATCGATTTTAAACAGTTTGCTGTCACGCTACGCGATGCGCAGGGGGATATc > 1:244206/1‑275 (MQ=255) ttcattcCTGGCAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATgg > 2:271695/1‑45 (MQ=255) ttcattcCTGGCAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCATAGGGAGAATAACATGAGCATTATTAAAGAATTTCGCGAATTTGCGATGCGCGGGAACGTGGTGGAt > 1:224076/1‑124 (MQ=255) attcCTGGCAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCATAGGGAGAATAACATGAg < 1:364977/72‑1 (MQ=255) ttcctggcAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGt < 1:271700‑M2/37‑1 (MQ=255) ttcctggcAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCATAGGGAGAATAACATGAGCATTATTAAAGAATTTCGCGAATTTGCGATGCGCGGGAACGTGGTGGATTTgg < 2:224071‑M2/116‑1 (MQ=255) tcctggcAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCATAGGGAGAATAACa > 2:158733‑M2/8‑66 (MQ=255) tcctggcAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCATAGGGAGAATAACATGAGCATTATTAAAGAATTTCGCGAATTTGCGATGCGCGGGAACGTGGTGGATTTGGCGGTGGGTGTCATTATCGGTGCGGCATTCGGGAAGATTGTCTCTTCACTGGTTGCCGATATCATCATGCCTCCTCTGGGCTTATTAATTGGCGGGATCGATTTTAAACAGTTTGCTGTCACGCTACGCGATgc > 2:70889‑M2/8‑256 (MQ=255) ggcAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCATAGGGAGAATAACATGAg < 1:158736‑M2/63‑1 (MQ=255) ggcAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCATAGGGAGAATAACATGAGCATTATTAAAGAATTTCGCGAATTTGCGATGCGCGGGAACGTGGTGGATTTGGCGGTGGGTGTCATTATCGGTGCGGCATTCGGGAAGATTGTCTCTTCACTGGTTGCCGATATCATCATGCCTCCTCTGGGCTTATTAATTGGCGGGATCGATTTTAAACAGTTTGCTGTCACGCTACGCGATGCGCAg < 1:70890‑M2/253‑1 (MQ=255) | CGGTGGTACGTGGAAACGACGTGATGATTGCCAATGACAATCTGCGCATTGAGCAAGGCGATCACGTAATTATGTTCCTCACAGATAAAAAGTTTATTACCGACGTCGAAAGACTCTTCCAGCCAAGCCCTTTCTTCTTGTAATTAATAAGGCGTCTAATGACGCCTTATTATTTCCCTTTGATTATCAAGGATTAATTAAATTCATTCCTGGCAGGAAAATGGCTTAACATTTGTTAGACTTATGGTTGTCGGCTTCATAGGGAGAATAACATGAGCATTATTAAAGAATTTCGCGAATTTGCGATGCGCGGGAACGTGGTGGATTTGGCGGTGGGTGTCATTATCGGTGCGGCATTCGGGAAGATTGTCTCTTCACTGGTTGCCGATATCATCATGCCTCCTCTGGGCTTATTAATTGGCGGGATCGATTTTAAACAGTTTGCTGTCACGCTACGCGATGCGCAGGGGGATATC > CP009273/3431111‑3431586 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |